Locus 2533

Sequence ID	dm3.chr2L
Location	19,812,668 – 19,812,787
Length	119
Max. P	0.999221

overview

Window 3

Location	19,812,668 – 19,812,787
Length	119
Sequences	13
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.95
Shannon entropy	0.24937
G+C content	0.40640
Mean single sequence MFE	-32.68
Consensus MFE	-27.99
Energy contribution	-28.54
Covariance contribution	0.55
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-1.57
Structure conservation index	0.86
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	0.93
SVM RNA-class probability	0.855905
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2L 19812668 119 + 23011544
AGAUCAAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGCU-AACAUCUGAUAGUUCCUCCAUUGGAGGACAACAAAUGUUAAACUGAUUUUUGGAAUCAGACGGAGUGCUAGGGGCUUGCUCCACCUC
................((((((((.(((((.(-(((((.((...((.(((((...)))))))..)).))))))..)))))....)))).)))).(((((((.....))..)))))..... ( -32.50, z-score =  -1.08, R)
>droSec1.super_7 3418139 120 + 3727775
AGAUCAAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGCUUAACAUCUGAUAGUUCCUCCAUUGGAGGACAACAAAUGUUAAACUGAUUUUUGGAAUCAGACGGAGUGCUAGGGGCUUGCUCCACCUC
................((((((((.(((((.(((((((.((...((.(((((...)))))))..)).))))))).)))))....)))).)))).(((((((.....))..)))))..... ( -35.40, z-score =  -1.92, R)
>droSim1.chr2L 19471789 120 + 22036055
AGAUCAAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGCUUAACAUCUGAUAGUUCCUCCAUUGGAGGACAACAAAUGUUAAACUGAUUUUUGGAACCAGACGGAGUGCUAGGGGCUUGCUCCACCUC
................((((((((.(((((.(((((((.((...((.(((((...)))))))..)).))))))).)))))....)))).)))).(((((((.....))..)))))..... ( -35.40, z-score =  -1.81, R)
>droYak2.chr2R 6275398 119 + 21139217
AGAUCAA-GUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGCUUAACAUCUGAUAGUUCCUCCAUUGGAGGACAACAAAUGUUAAACUGAUUUUUGGGAUCAGACGGAGUGCUAGGGGCUUGCUCCACCUC
.......-........((((((((.(((((.(((((((.((...((.(((((...)))))))..)).))))))).)))))....)))).)))).(((((((.....))..)))))..... ( -34.90, z-score =  -1.41, R)
>droEre2.scaffold_4845 18079646 120 - 22589142
AGAUCAAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGCUUAACAUCUGAUAGUUCCUCCAUUGGAGGACAACAAAUGUUAAACUGAUUUUUGGAAUCAGACGGAGUGCUAGGGGCUUGCUCCACCUC
................((((((((.(((((.(((((((.((...((.(((((...)))))))..)).))))))).)))))....)))).)))).(((((((.....))..)))))..... ( -35.40, z-score =  -1.92, R)
>droAna3.scaffold_12916 7183671 105 - 16180835
AGAUCUCAGUCUGAUGCCUGUUAUUAUCUUCCUCAAAGCGAAA-----------UGAUAGAAAAGAAAUGUUCAAUAUCUUUUCACAAUCAGUUGAAGUGUUAGAAGU----UCCACCUU
.....((((.(((((......((((((.((((.....).))))-----------)))))(((((((.((.....)).)))))))...)))))))))............----........ ( -16.80, z-score =   0.08, R)
>dp4.chr4_group4 2583281 120 - 6586962
AGAUCAAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGCUUAACAUCUGAUAGUUUCUCCAUUGGAGAACAACAAAUGUUAAACUGAUUUUUGGAAUCAGACGGAGUGCUAGGGGCUUGCUCCACCUC
................((((((((.(((((.(((((((.((...(((.((((...)))))))..)).))))))).)))))....)))).)))).(((((((.....))..)))))..... ( -33.00, z-score =  -1.67, R)
>droPer1.super_10 406312 120 - 3432795
AGAUCAAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGCUUAACAUCUGAUAGUUUCUCCAUUGGAGAACAACAAAUGUUAAACUGAUUUUUGGAAUCAGACGGAGUGCUAGGGGCUUGCUCCACCUC
................((((((((.(((((.(((((((.((...(((.((((...)))))))..)).))))))).)))))....)))).)))).(((((((.....))..)))))..... ( -33.00, z-score =  -1.67, R)
>droWil1.scaffold_180708 407193 120 - 12563649
AGAUCAAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGCUUAACAUCUGAUAGUUUCUCCAUUGGAGAACAACAAAUGUUAAACUGAUUUUUGGAAACAGACGGAGUGCUAGGGGCUUGCUCCACCUC
...........(((((((((((...(((((.(((((((.((...(((.((((...)))))))..)).))))))).)))))...((....)))))))).)))))((((....))))..... ( -34.20, z-score =  -2.07, R)
>droVir3.scaffold_12963 18754608 120 - 20206255
AGAUCAAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGCUUAACAUCUGAUAGUUUCUCCAUUGGAGAACAACAAAUGUUAAACUGAUUUUUGGAAUCAGACGGAGUGCUAGGGGCUUGCUCCACCUC
................((((((((.(((((.(((((((.((...(((.((((...)))))))..)).))))))).)))))....)))).)))).(((((((.....))..)))))..... ( -33.00, z-score =  -1.67, R)
>droMoj3.scaffold_6500 4054925 120 - 32352404
AGAUCAAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGCUUAACAUCUGAUAGUUUCUCCAUUGGAGAACAACAAAUGUUAAACUGAUUUUUGGAAUCAGACGGAGUGCUAGGGGCUUGCUCCACCUC
................((((((((.(((((.(((((((.((...(((.((((...)))))))..)).))))))).)))))....)))).)))).(((((((.....))..)))))..... ( -33.00, z-score =  -1.67, R)
>droGri2.scaffold_15126 7053743 120 + 8399593
AGAUCAAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGCUUAACAUCUGAUAGUUUCUCCAUUGGAGAACAACAAAUGUUAAACUGAUUUUUGGAAUCAGACGGAGUGCUAGGGGCUUGCUCCACCUC
................((((((((.(((((.(((((((.((...(((.((((...)))))))..)).))))))).)))))....)))).)))).(((((((.....))..)))))..... ( -33.00, z-score =  -1.67, R)
>anoGam1.chr3L 4334947 120 + 41284009
AGAUCAAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGCUUAACAUCUGAUAGCUCUCCCAUUGGGAGACGACAAAUGUUAAACUGAUUUUUGGAAAGAGGCGGAUCGUACGGGGCUUGCUCCACAUC
.((((........((.(((.((((.(((((.(((((((.((...(.((((((...)))))))..)).))))))).)))))....))))))).)).))))....((((....))))..... ( -35.30, z-score =  -1.89, R)
>consensus
AGAUCAAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCAGCUUAACAUCUGAUAGUUCCUCCAUUGGAGGACAACAAAUGUUAAACUGAUUUUUGGAAUCAGACGGAGUGCUAGGGGCUUGCUCCACCUC
................((((((((.(((((.(((((((.((.....((((((...))))))...)).))))))).)))))....)))).)))).(((((((.....))..)))))..... (-27.99 = -28.54 +   0.55)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	19,812,668 – 19,812,787
Length	119
Sequences	13
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.95
Shannon entropy	0.24937
G+C content	0.40640
Mean single sequence MFE	-38.72
Consensus MFE	-33.68
Energy contribution	-34.88
Covariance contribution	1.20
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-4.25
Structure conservation index	0.87
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	3.72
SVM RNA-class probability	0.999221
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2L 19812668 119 - 23011544
GAGGUGGAGCAAGCCCCUAGCACUCCGUCUGAUUCCAAAAAUCAGUUUAACAUUUGUUGUCCUCCAAUGGAGGAACUAUCAGAUGUU-AGCUGAUAAGAACAGAUACUACACUUUGAUCU
(((((((((...((.....)).))))(((((.(((.....(((((((.((((((((...((((((...)))))).....))))))))-)))))))..)))))))).....)))))..... ( -37.90, z-score =  -3.58, R)
>droSec1.super_7 3418139 120 - 3727775
GAGGUGGAGCAAGCCCCUAGCACUCCGUCUGAUUCCAAAAAUCAGUUUAACAUUUGUUGUCCUCCAAUGGAGGAACUAUCAGAUGUUAAGCUGAUAAGAACAGAUACUACACUUUGAUCU
(((((((((...((.....)).))))(((((.(((.....((((((((((((((((...((((((...)))))).....))))))))))))))))..)))))))).....)))))..... ( -42.60, z-score =  -5.05, R)
>droSim1.chr2L 19471789 120 - 22036055
GAGGUGGAGCAAGCCCCUAGCACUCCGUCUGGUUCCAAAAAUCAGUUUAACAUUUGUUGUCCUCCAAUGGAGGAACUAUCAGAUGUUAAGCUGAUAAGAACAGAUACUACACUUUGAUCU
(((((((((...((.....)).))))(((((.(((.....((((((((((((((((...((((((...)))))).....))))))))))))))))..)))))))).....)))))..... ( -42.60, z-score =  -4.53, R)
>droYak2.chr2R 6275398 119 - 21139217
GAGGUGGAGCAAGCCCCUAGCACUCCGUCUGAUCCCAAAAAUCAGUUUAACAUUUGUUGUCCUCCAAUGGAGGAACUAUCAGAUGUUAAGCUGAUAAGAACAGAUACUACAC-UUGAUCU
.((((((((...((.....)).))))(((((.((......((((((((((((((((...((((((...)))))).....))))))))))))))))..)).))))).....))-))..... ( -40.70, z-score =  -4.52, R)
>droEre2.scaffold_4845 18079646 120 + 22589142
GAGGUGGAGCAAGCCCCUAGCACUCCGUCUGAUUCCAAAAAUCAGUUUAACAUUUGUUGUCCUCCAAUGGAGGAACUAUCAGAUGUUAAGCUGAUAAGAACAGAUACUACACUUUGAUCU
(((((((((...((.....)).))))(((((.(((.....((((((((((((((((...((((((...)))))).....))))))))))))))))..)))))))).....)))))..... ( -42.60, z-score =  -5.05, R)
>droAna3.scaffold_12916 7183671 105 + 16180835
AAGGUGGA----ACUUCUAACACUUCAACUGAUUGUGAAAAGAUAUUGAACAUUUCUUUUCUAUCA-----------UUUCGCUUUGAGGAAGAUAAUAACAGGCAUCAGACUGAGAUCU
.(((((..----........)))))...(((((.(((((((((...........)))))))((((.-----------((((.......)))))))).......))))))).......... ( -17.70, z-score =   0.64, R)
>dp4.chr4_group4 2583281 120 + 6586962
GAGGUGGAGCAAGCCCCUAGCACUCCGUCUGAUUCCAAAAAUCAGUUUAACAUUUGUUGUUCUCCAAUGGAGAAACUAUCAGAUGUUAAGCUGAUAAGAACAGAUACUACACUUUGAUCU
(((((((((...((.....)).))))(((((.(((.....((((((((((((((((...((((((...)))))).....))))))))))))))))..)))))))).....)))))..... ( -40.20, z-score =  -4.85, R)
>droPer1.super_10 406312 120 + 3432795
GAGGUGGAGCAAGCCCCUAGCACUCCGUCUGAUUCCAAAAAUCAGUUUAACAUUUGUUGUUCUCCAAUGGAGAAACUAUCAGAUGUUAAGCUGAUAAGAACAGAUACUACACUUUGAUCU
(((((((((...((.....)).))))(((((.(((.....((((((((((((((((...((((((...)))))).....))))))))))))))))..)))))))).....)))))..... ( -40.20, z-score =  -4.85, R)
>droWil1.scaffold_180708 407193 120 + 12563649
GAGGUGGAGCAAGCCCCUAGCACUCCGUCUGUUUCCAAAAAUCAGUUUAACAUUUGUUGUUCUCCAAUGGAGAAACUAUCAGAUGUUAAGCUGAUAAGAACAGAUACUACACUUUGAUCU
(((((((((...((.....)).))))((((((((......((((((((((((((((...((((((...)))))).....))))))))))))))))..)))))))).....)))))..... ( -41.60, z-score =  -5.19, R)
>droVir3.scaffold_12963 18754608 120 + 20206255
GAGGUGGAGCAAGCCCCUAGCACUCCGUCUGAUUCCAAAAAUCAGUUUAACAUUUGUUGUUCUCCAAUGGAGAAACUAUCAGAUGUUAAGCUGAUAAGAACAGAUACUACACUUUGAUCU
(((((((((...((.....)).))))(((((.(((.....((((((((((((((((...((((((...)))))).....))))))))))))))))..)))))))).....)))))..... ( -40.20, z-score =  -4.85, R)
>droMoj3.scaffold_6500 4054925 120 + 32352404
GAGGUGGAGCAAGCCCCUAGCACUCCGUCUGAUUCCAAAAAUCAGUUUAACAUUUGUUGUUCUCCAAUGGAGAAACUAUCAGAUGUUAAGCUGAUAAGAACAGAUACUACACUUUGAUCU
(((((((((...((.....)).))))(((((.(((.....((((((((((((((((...((((((...)))))).....))))))))))))))))..)))))))).....)))))..... ( -40.20, z-score =  -4.85, R)
>droGri2.scaffold_15126 7053743 120 - 8399593
GAGGUGGAGCAAGCCCCUAGCACUCCGUCUGAUUCCAAAAAUCAGUUUAACAUUUGUUGUUCUCCAAUGGAGAAACUAUCAGAUGUUAAGCUGAUAAGAACAGAUACUACACUUUGAUCU
(((((((((...((.....)).))))(((((.(((.....((((((((((((((((...((((((...)))))).....))))))))))))))))..)))))))).....)))))..... ( -40.20, z-score =  -4.85, R)
>anoGam1.chr3L 4334947 120 - 41284009
GAUGUGGAGCAAGCCCCGUACGAUCCGCCUCUUUCCAAAAAUCAGUUUAACAUUUGUCGUCUCCCAAUGGGAGAGCUAUCAGAUGUUAAGCUGAUAAGAACAGAUACUACACUUUGAUCU
((.(((((....((...))....))))).)).........((((((((((((((((..(((((((...)))))).)...)))))))))))))))).(((.((((........)))).))) ( -36.60, z-score =  -3.73, R)
>consensus
GAGGUGGAGCAAGCCCCUAGCACUCCGUCUGAUUCCAAAAAUCAGUUUAACAUUUGUUGUCCUCCAAUGGAGAAACUAUCAGAUGUUAAGCUGAUAAGAACAGAUACUACACUUUGAUCU
(((((((((...((.....)).))))(((((.(((.....((((((((((((((((...((((((...)))))).....))))))))))))))))..)))))))).....)))))..... (-33.68 = -34.88 +   1.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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