Locus 2503

Sequence ID dm3.chr2L
Location 19,569,495 – 19,569,553
Length 58
Max. P 0.999091
window3445 window3446

overview

Window 5

Location 19,569,495 – 19,569,553
Length 58
Sequences 14
Columns 62
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.58
Shannon entropy 0.14994
G+C content 0.47057
Mean single sequence MFE -23.99
Consensus MFE -23.77
Energy contribution -24.28
Covariance contribution 0.51
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -4.47
Structure conservation index 0.99
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 3.64
SVM RNA-class probability 0.999091
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2L 19569495 58 + 23011544
GCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUU-GGGUAUCCAUAUCACAACCACU-UGAUGAG--
.((((((((.(.(((.(((((((((.((.-....)).))))))))).)))))-)))))))-- ( -24.20, z-score =  -4.50, R)
>droGri2.scaffold_15126 7877571 58 - 8399593
GCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUC-GGGUAUCCAUAUCACAACCACU-UGAUGAG--
.((((((((.(.(((.(((((((((.(..-......)))))))))).)))))-)))))))-- ( -24.10, z-score =  -4.54, R)
>droMoj3.scaffold_6500 25443428 58 - 32352404
GCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUC-GGGUAUCCAUAUCACAACCACU-UGAUGAG--
.((((((((.(.(((.(((((((((.(..-......)))))))))).)))))-)))))))-- ( -24.10, z-score =  -4.54, R)
>droVir3.scaffold_12723 2960521 58 + 5802038
GCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUC-GGGUAUCCAUAUCACAACCACU-UGAUGAG--
.((((((((.(.(((.(((((((((.(..-......)))))))))).)))))-)))))))-- ( -24.10, z-score =  -4.54, R)
>droWil1.scaffold_180708 8278524 58 - 12563649
GCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUU-GGGUAUCCAUAUCACAACCACU-UGAUGAG--
.((((((((.(.(((.(((((((((.((.-....)).))))))))).)))))-)))))))-- ( -24.20, z-score =  -4.50, R)
>droPer1.super_5 1253060 58 - 6813705
GCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUU-GGGUAUCCAUAUCACAACCACU-UGAUGAG--
.((((((((.(.(((.(((((((((.((.-....)).))))))))).)))))-)))))))-- ( -24.20, z-score =  -4.50, R)
>dp4.chr4_group5 1283396 58 - 2436548
GCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUU-GGGUAUCCAUAUCACAACCACU-UGAUGAG--
.((((((((.(.(((.(((((((((.((.-....)).))))))))).)))))-)))))))-- ( -24.20, z-score =  -4.50, R)
>droAna3.scaffold_12916 4166784 58 - 16180835
GCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUU-GGGUAUCCAUAUCACAACCACU-UGAUGAG--
.((((((((.(.(((.(((((((((.((.-....)).))))))))).)))))-)))))))-- ( -24.20, z-score =  -4.50, R)
>droEre2.scaffold_4845 17868874 58 - 22589142
GCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUU-GGGUAUCCAUAUCACAACCACU-UGAUGAG--
.((((((((.(.(((.(((((((((.((.-....)).))))))))).)))))-)))))))-- ( -24.20, z-score =  -4.50, R)
>droYak2.chr2R 6066569 58 + 21139217
GCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUU-GGGUAUCCAUAUCACAACCACU-UGAUGAG--
.((((((((.(.(((.(((((((((.((.-....)).))))))))).)))))-)))))))-- ( -24.20, z-score =  -4.50, R)
>droSec1.super_7 3183858 58 + 3727775
GCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUU-GGGUAUCCAUAUCACAACCACU-UGAUGAG--
.((((((((.(.(((.(((((((((.((.-....)).))))))))).)))))-)))))))-- ( -24.20, z-score =  -4.50, R)
>droSim1.chr2L 19257547 58 + 22036055
GCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUU-GGGUAUCCAUAUCACAACCACU-UGAUGAG--
.((((((((.(.(((.(((((((((.((.-....)).))))))))).)))))-)))))))-- ( -24.20, z-score =  -4.50, R)
>apiMel3.Group1 134966 60 + 25854376
GCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUACGAGUCCAAGUUACCACAUCACAACCACUCUGAUGGG--
.(((((((.((.(((.((((((((........))......)))))).))))).)))))))-- ( -17.90, z-score =  -2.39, R)
>triCas2.ChLG3 31519414 60 - 32080666
GCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGAGCUACAAAU-CCAUUUCACAUCCAGU-UGAUGAGCG
((((((((..(((((.(((((.(((..........-.))).))))).)))))-)))))))). ( -27.80, z-score =  -6.08, R)
>consensus
GCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCGUU_GGGUAUCCAUAUCACAACCACU_UGAUGAG__
.(((((((.((.(((.(((((((((.((......)).))))))))).))))).))))))).. (-23.77 = -24.28 +   0.51)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 19,569,495 – 19,569,553
Length 58
Sequences 14
Columns 62
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.58
Shannon entropy 0.14994
G+C content 0.47057
Mean single sequence MFE -27.99
Consensus MFE -27.57
Energy contribution -27.72
Covariance contribution 0.15
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -6.02
Structure conservation index 0.98
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 3.11
SVM RNA-class probability 0.997456
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2L 19569495 58 - 23011544
--CUCAUCA-AGUGGUUGUGAUAUGGAUACCC-AACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC
--(((((((-((((((((((((((((......-..).)))))))))))))..))))))))). ( -28.20, z-score =  -6.29, R)
>droGri2.scaffold_15126 7877571 58 + 8399593
--CUCAUCA-AGUGGUUGUGAUAUGGAUACCC-GACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC
--(((((((-((((((((((((((((......-..).)))))))))))))..))))))))). ( -28.20, z-score =  -6.09, R)
>droMoj3.scaffold_6500 25443428 58 + 32352404
--CUCAUCA-AGUGGUUGUGAUAUGGAUACCC-GACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC
--(((((((-((((((((((((((((......-..).)))))))))))))..))))))))). ( -28.20, z-score =  -6.09, R)
>droVir3.scaffold_12723 2960521 58 - 5802038
--CUCAUCA-AGUGGUUGUGAUAUGGAUACCC-GACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC
--(((((((-((((((((((((((((......-..).)))))))))))))..))))))))). ( -28.20, z-score =  -6.09, R)
>droWil1.scaffold_180708 8278524 58 + 12563649
--CUCAUCA-AGUGGUUGUGAUAUGGAUACCC-AACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC
--(((((((-((((((((((((((((......-..).)))))))))))))..))))))))). ( -28.20, z-score =  -6.29, R)
>droPer1.super_5 1253060 58 + 6813705
--CUCAUCA-AGUGGUUGUGAUAUGGAUACCC-AACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC
--(((((((-((((((((((((((((......-..).)))))))))))))..))))))))). ( -28.20, z-score =  -6.29, R)
>dp4.chr4_group5 1283396 58 + 2436548
--CUCAUCA-AGUGGUUGUGAUAUGGAUACCC-AACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC
--(((((((-((((((((((((((((......-..).)))))))))))))..))))))))). ( -28.20, z-score =  -6.29, R)
>droAna3.scaffold_12916 4166784 58 + 16180835
--CUCAUCA-AGUGGUUGUGAUAUGGAUACCC-AACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC
--(((((((-((((((((((((((((......-..).)))))))))))))..))))))))). ( -28.20, z-score =  -6.29, R)
>droEre2.scaffold_4845 17868874 58 + 22589142
--CUCAUCA-AGUGGUUGUGAUAUGGAUACCC-AACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC
--(((((((-((((((((((((((((......-..).)))))))))))))..))))))))). ( -28.20, z-score =  -6.29, R)
>droYak2.chr2R 6066569 58 - 21139217
--CUCAUCA-AGUGGUUGUGAUAUGGAUACCC-AACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC
--(((((((-((((((((((((((((......-..).)))))))))))))..))))))))). ( -28.20, z-score =  -6.29, R)
>droSec1.super_7 3183858 58 - 3727775
--CUCAUCA-AGUGGUUGUGAUAUGGAUACCC-AACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC
--(((((((-((((((((((((((((......-..).)))))))))))))..))))))))). ( -28.20, z-score =  -6.29, R)
>droSim1.chr2L 19257547 58 - 22036055
--CUCAUCA-AGUGGUUGUGAUAUGGAUACCC-AACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC
--(((((((-((((((((((((((((......-..).)))))))))))))..))))))))). ( -28.20, z-score =  -6.29, R)
>apiMel3.Group1 134966 60 - 25854376
--CCCAUCAGAGUGGUUGUGAUGUGGUAACUUGGACUCGUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC
--..(((((((((((((((((((((((.......)).))))))))))))).))))))))... ( -27.40, z-score =  -4.70, R)
>triCas2.ChLG3 31519414 60 + 32080666
CGCUCAUCA-ACUGGAUGUGAAAUGG-AUUUGUAGCUCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC
.((((((((-(((((.(((((.(((.-.(.....)..))).))))).))))..))))))))) ( -26.10, z-score =  -4.78, R)
>consensus
__CUCAUCA_AGUGGUUGUGAUAUGGAUACCC_AACGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC
..(((((((.(((((((((((((((............))))))))))))).)).))))))). (-27.57 = -27.72 +   0.15)

alignment

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