| Sequence ID | dm3.chr2L |
|---|---|
| Location | 18,210,666 – 18,210,771 |
| Length | 105 |
| Max. P | 0.749994 |
| Location | 18,210,666 – 18,210,771 |
|---|---|
| Length | 105 |
| Sequences | 9 |
| Columns | 111 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 78.03 |
| Shannon entropy | 0.46043 |
| G+C content | 0.66749 |
| Mean single sequence MFE | -49.67 |
| Consensus MFE | -35.86 |
| Energy contribution | -35.27 |
| Covariance contribution | -0.59 |
| Combinations/Pair | 1.57 |
| Mean z-score | -0.97 |
| Structure conservation index | 0.72 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.58 |
| SVM RNA-class probability | 0.749994 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 18210666 105 + 23011544 CCGCCCAAACCGCCGGCACC------ACCAAGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUGCUGGCCGCACUGUUGCCACCGCUGCUGAGGUUGCAGCCGUGA ...........(((((((((------((((...((.((((((((....)))..))))).)))))))))))))))..(((.(((((.(((........))).))))).))). ( -54.30, z-score = -2.07, R) >droPer1.super_1 4164025 111 - 10282868 CCGCCGCCACUGCUGGCACCUCCGCCUCCCAGGGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUGCUGCUGCUCGUGGUGCUUGCCGCACUGUUGCCGCCACUGCUCAGGUUGCAGCCGUGA .......(((.((((.(((((..((((....)))).(..(((((.(..((.((((.((.((.......))..)).)))).))..).)))))..)..))).)))))).))). ( -49.80, z-score = 0.46, R) >dp4.chr4_group3 7058952 111 - 11692001 CCGCCGCCACUGCUGGCACCUCCGCCUCCCAGGGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUGCUGCUGCUCGUGGUGCUUGCCGCACUGUUGCCGCCACUGCUCAGGUUGCAGCCGUGA .......(((.((((.(((((..((((....)))).(..(((((.(..((.((((.((.((.......))..)).)))).))..).)))))..)..))).)))))).))). ( -49.80, z-score = 0.46, R) >droWil1.scaffold_180708 11276464 102 + 12563649 ------ACACCACCAGCACC---ACCAUUCAGAGCUGUGGUUGCUGUGGCCGUACUGCUGCUAGUGGUGCUGGCUGCACUGUUGCCACCGCUGCUUAAAUUGCAGCCAUGA ------.(((((((((((..---(((((........))))))))))((((.(.....).)))))))))).((((((((..((.((....)).))......))))))))... ( -37.90, z-score = -0.20, R) >droEre2.scaffold_4845 16529837 105 - 22589142 CCGCCCAAACCACCGGCACC------ACCAAGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUGCUGGCCGCACUGUUGCCACCGCUGCUCAGGUUGCAGCCGUGA ..(((...(((((.(((((.------.....))))))))))))).(((((((((((((.....))))))).))))))........(((.(((((.......))))).))). ( -51.00, z-score = -1.24, R) >droYak2.chr2R 4716586 105 + 21139217 CCGCCCAAACCACCGGCACC------ACCAAGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUGCUGGCCGCACUGUUGCCACCGCUGCUCAGGUUGCAGCCGUGA ..(((...(((((.(((((.------.....))))))))))))).(((((((((((((.....))))))).))))))........(((.(((((.......))))).))). ( -51.00, z-score = -1.24, R) >droSec1.super_7 1836327 105 + 3727775 CCGCCCAAACCGCCGGCACC------ACCAAGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUGCUGGCCGCACUGUUGCCACCGCUGCUCAGGUUGCAGCCGUGA ...........(((((((((------((((...((.((((((((....)))..))))).)))))))))))))))..(((.(((((.(((........))).))))).))). ( -54.30, z-score = -1.98, R) >droSim1.chr2L 17889427 105 + 22036055 CCGCCCAAACCGCCGGCACC------ACCAAGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUGCUGGCCGCACUGUUGCCACCGCUGCUCAGGUUGCAGCCGUGA ...........(((((((((------((((...((.((((((((....)))..))))).)))))))))))))))..(((.(((((.(((........))).))))).))). ( -54.30, z-score = -1.98, R) >anoGam1.chr3R 42164388 101 - 53272125 ---CCGUGCAGUCCGGCGAC--CGGCGCAUUAGGCUGUUGCGCUCCGGGAUGCACCAUUCCCG--GGUGCUGCCCUUGCUGCUGCUGCUGUUGCUGAGAUGGUUGUGG--- ---((((.((((.(((((..--(((((((...(((....((((.((((((........)))))--))))).)))..))).)))).)))))..))))..))))......--- ( -44.60, z-score = -0.97, R) >consensus CCGCCCAAACCGCCGGCACC______ACCAAGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUGCUGGCCGCACUGUUGCCACCGCUGCUCAGGUUGCAGCCGUGA .............((((...................((((((((.(((((((((((((.....))))))).))))))......))))))))(((.......)))))))... (-35.86 = -35.27 + -0.59)
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