| Sequence ID | dm3.chr2L |
|---|---|
| Location | 16,771,032 – 16,771,155 |
| Length | 123 |
| Max. P | 0.966025 |
| Location | 16,771,032 – 16,771,155 |
|---|---|
| Length | 123 |
| Sequences | 15 |
| Columns | 142 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 77.28 |
| Shannon entropy | 0.50642 |
| G+C content | 0.48994 |
| Mean single sequence MFE | -35.96 |
| Consensus MFE | -25.93 |
| Energy contribution | -26.03 |
| Covariance contribution | 0.10 |
| Combinations/Pair | 1.27 |
| Mean z-score | -1.41 |
| Structure conservation index | 0.72 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 1.76 |
| SVM RNA-class probability | 0.966025 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 16771032 123 + 23011544 ----ACCAUUACAGAUCUGCUGGAGAAGGCUCGUGUCAUCUCCCAGCAGUCCCUGGAGCGUUCCUACCACAUCUUCUACCAGAUCAUGUCUGGCUCCGUUCCCGGUGUUAAAGGUAUACAAUCG--UCU------------- ----(((.(((((((.((((((((((.(((....))).))).)))))))))((.((((((..((....((((..((.....))..))))..))...)))))).)))).))).))).........--...------------- ( -37.70, z-score = -2.26, R) >droSim1.chr2L 16471977 123 + 22036055 ----ACCAUUACAGAUCUGCUGGAGAAGGCCCGUGUCAUCUCCCAGCAGUCCCUGGAGCGUUCUUACCACAUCUUCUACCAGAUCAUGUCUGGCUCCGUUGCCGGUGUUAAAGGUAUACAAUCG--UCU------------- ----.......(((..((((((((((.(((....))).))).)))))))...)))((..((...((((((((..((.....))..))))(((((......))))).......)))).))..)).--...------------- ( -36.90, z-score = -1.73, R) >droSec1.super_7 417816 123 + 3727775 ----ACCAUUACAGAUCUGCUGGAGAAGGCCCGUGUCAUCUCCCAGCAGUCCCUGGAGCGUUCUUACCACAUCUUCUACCAGAUCAUGUCUGGCUCCGUUGCCGGUGUUAAAGGUAUACAAUCG--UCU------------- ----.......(((..((((((((((.(((....))).))).)))))))...)))((..((...((((((((..((.....))..))))(((((......))))).......)))).))..)).--...------------- ( -36.90, z-score = -1.73, R) >droEre2.scaffold_4845 19841743 120 + 22589142 -------AUUACAGAUCUGCUGGAGAAGGCCCGUGUCAUCUCCCAGCAGUCCCUGGAGCGUUCCUACCACAUUUUCUACCAGAUCAUGUCUGGCUCCGUUGCCGGUGUUAAAGGUAUACAAUCG--CCU------------- -------....(((..((((((((((.(((....))).))).)))))))...)))..(((....((((((((..((.....))..))))(((((......))))).......))))......))--)..------------- ( -37.70, z-score = -2.09, R) >droYak2.chr2R 16808230 123 - 21139217 ----ACCAUUACAGAUCUGCUCGAGAAGGCCCGUGUCAUCUCCCAGCAGUCCCUGGAGCGUUCCUACCACAUCUUCUACCAGAUCAUGUCUGGCUCCGUUGCCGGUGUCAAAGGUAUACAAACG--UCU------------- ----.......(((..(((((.((((.(((....))).))))..)))))...)))..(((((..((((((((..((.....))..)))).((((.(((....))).))))..))))....))))--)..------------- ( -33.40, z-score = -1.10, R) >droAna3.scaffold_12916 7330569 120 + 16180835 -------CUUACAGAUCUGCUGGAGAAGGCCCGUGUCAUCUCCCAGCAGUCCCUGGAGCGUUCCUACCACAUCUUCUACCAGAUCAUGUCUGGCUCCGUUGCCGGUGUUAAAGGUAUACAAUCA--UUU------------- -------....(((..((((((((((.(((....))).))).)))))))...)))((..((...((((((((..((.....))..))))(((((......))))).......)))).))..)).--...------------- ( -36.20, z-score = -1.86, R) >dp4.chr4_group3 8682058 133 - 11692001 -------AUUACAGAUCUGCUGGAGAAGGCCCGUGUCAUCUCCCAGCAGUCCCUGGAGCGCUCCUACCAUAUCUUCUACCAGAUCAUGUCUGGCUCCGUUGCCGGUGUUAAAGGUAUACAACGA--UCAACAUUCAUCAGAU -------......(((((((((((((.(((....))).))).))))))...(((..((((((.....(((((((......)))).)))...(((......)))))))))..)))........))--)).............. ( -36.20, z-score = -0.82, R) >droPer1.super_1 5786226 133 - 10282868 -------AUUACAGAUCUGCUGGAGAAGGCCCGUGUCAUCUCCCAGCAGUCCCUGGAGCGCUCCUACCAUAUCUUCUACCAGAUCAUGUCUGGCUCCGUUGCCGGUGUUAAAGGUAUAAAACGA--UCAACAUUCAUCAGAC -------......(((((((((((((.(((....))).))).))))))...(((..((((((.....(((((((......)))).)))...(((......)))))))))..)))........))--)).............. ( -36.20, z-score = -1.03, R) >droWil1.scaffold_180764 1128483 132 + 3949147 ----UCUCUUACAGAUCUGUUGGAGAAGGCUCGUGUCAUCUCUCAGCAAUCUCUGGAGCGUUCUUACCACAUUUUCUACCAGAUCAUGUCUGGCUCCGUGGCCGGUGUGAAAGGUAUACAAAAAUCAUACAAAAAC------ ----.((((...((((.(((((((((.(((....))).)))).)))))))))..)))).((...((((......((.....))(((((.((((((....)))))))))))..)))).)).................------ ( -35.80, z-score = -1.76, R) >droVir3.scaffold_12963 10117896 131 + 20206255 -----CUUUUACAGAUCUGUUGGAGAAGGCUCGUGUCAUCUCUCAGCAGUCCCUGGAGCGCUCCUACCAUAUCUUCUACCAGAUUAUGUCCGGUGCCGUUGCUGGUGUCAAAGGUAUAAAAAUAUGCUCGCAUUAU------ -----......(((..((((((((((.(((....))).)))).))))))...)))(((((........(((((((.((((((...(((........)))..))))))...))))))).......))))).......------ ( -37.56, z-score = -1.65, R) >droMoj3.scaffold_6500 2798108 136 + 32352404 AUCUACUUUAACAGAUCUGUUGGAGAAGGCUCGUGUCAUCUCCCAGCAGUCGCUGGAGCGCUCUUACCACAUCUUCUACCAGAUCAUGUCUGGUGCCGUUCCCGGUGUUAAAGGUAUACACAGAAGUUCACAAUGU------ ...........(((..((((((((((.(((....))).))).)))))))...)))((((..(((((((.........(((((((...)))))))((((....))))......)))).....))).)))).......------ ( -41.70, z-score = -2.07, R) >droGri2.scaffold_15252 13251985 134 + 17193109 UUCUCUUCUCUCAGAUCUGUUGGAGAAGGCUCGUGUCAUCUCUCAGCAGUCGUUGGAGCGUUCCUACCACAUCUUCUACCAGAUCAUGUCUGGUGCUGUUGCUGGUGUUAAAGGUAUAAGUCCA--UUAGCAUUGU------ .......((((..((.((((((((((.(((....))).)))).))))))))...)))).......((((((.(...((((((((...))))))))..).)).))))(((((.((.......)).--))))).....------ ( -39.40, z-score = -1.61, R) >anoGam1.chr3R 50151975 114 + 53272125 ----------------CUGCUGGAGAAGGCCCGUGUCAUCUCGCAGCAGACUCUGGAGCGCUCGUACCACAUCUUCUACCAGAUUAUGUCUGGAUCCGUCAAGGGAUUGAAAGGUAAUUUACAAUGGUUU------------ ----------------((((((((((.(((....))).)))).))))))....(((.((....)).)))........((((((((((.(.(.(((((......))))).).).)))))).....))))..------------ ( -32.50, z-score = -0.28, R) >apiMel3.GroupUn 666155 112 + 399230636 ----AUCGUUACAGAUCUGCUGGAGAAGGCUCGUGUCAUCUCGCAACAGGCUCUGGAACGCUCUUAUCACAUUUUCUACCAAAUGAUGUCGGGCUCGGUUCCUGGAUUAAAGGGUA-------------------------- ----...(((.((((((((.((((((.(((....))).)))).)).)))).)))).)))(((((((((.(((((......)))))....((((.......)))))))..)))))).-------------------------- ( -31.10, z-score = -0.65, R) >triCas2.ChLG8 11599046 125 - 15773733 ACAAAAGUUUGUAGAUUUGCUUGAGAAGGCUCGUGUCAUCUCCCAACAAUCCUUGGAGCGUUCUUACCACAUUUUCUACCAAAUGAUGUCCGGCGCCGUCAAGGGCCUUAAGGGUAAAUUUCUUU----------------- ((((....))))((((((((((...(((((((.((.(.....((((......)))).(((((...((..(((((......)))))..))..))))).).)).)))))))..))))))))))....----------------- ( -30.20, z-score = -0.45, R) >consensus ____AC_AUUACAGAUCUGCUGGAGAAGGCCCGUGUCAUCUCCCAGCAGUCCCUGGAGCGUUCCUACCACAUCUUCUACCAGAUCAUGUCUGGCUCCGUUGCCGGUGUUAAAGGUAUACAACCA__UCU_____________ ...........(((..((((((((((.(((....))).)))).))))))...))).........((((((((..((.....))..))))((((........)))).......)))).......................... (-25.93 = -26.03 + 0.10)
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