Locus 2169

Sequence ID dm3.chr2L
Location 16,724,758 – 16,724,887
Length 129
Max. P 0.965588
window2994 window2995

overview

Window 4

Location 16,724,758 – 16,724,851
Length 93
Sequences 13
Columns 106
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.11
Shannon entropy 0.25873
G+C content 0.35814
Mean single sequence MFE -23.45
Consensus MFE -18.14
Energy contribution -18.59
Covariance contribution 0.45
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.39
Structure conservation index 0.77
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 1.75
SVM RNA-class probability 0.965588
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2L 16724758 93 - 23011544
----------UGAAAUUGAAAUGCGUAAAUUGUUU---GGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUAGGUGCAAUACCAGUUGAUCUUUUGCCUGUGGGUGCUG
----------.(((((((((.....((((((((..---...))))))))..))))))))).(((((((((((.((((....)))).......)))))))))))... ( -24.50, z-score =  -2.88, R)
>anoGam1.chr3R 18012116 104 + 53272125
UACCAUUGCUGGCAGGCGAAAUGCGCAACGAAUUUGUUUACUCAAUCGUUAUCCUCCCCUCUGUU--UAGGUUCAAUACCAGCUGGUGUUCUGCCUGUGGGUGCUG
...((..(((.(((((((.((((((((((((..(((......))))))))...............--..(((.....))).))..))))).))))))).)))..)) ( -27.30, z-score =  -0.46, R)
>droGri2.scaffold_15252 9753512 93 - 17193109
----------UGAAAUUGAAAUGUGUAAAUUGUUU---GGUCCAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUAGGUGCAAUACCAGCUGAUCUUCUGCCUGUGGGUGCUC
----------.(((((((((.....(((((((...---....)))))))..))))))))).(((((((((((((.......)).........)))))))))))... ( -21.50, z-score =  -1.87, R)
>droMoj3.scaffold_6500 25691015 93 - 32352404
----------UGAAAUUGAAAUGUGUAAAUUGUUU---GGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUAGGUGCAAUACCAGUUGAUCUUCUGCCUGUGGGUGCUG
----------.(((((((((.....((((((((..---...))))))))..))))))))).(((((((((((.((((....)))).......)))))))))))... ( -24.50, z-score =  -3.09, R)
>droVir3.scaffold_12963 6536502 93 - 20206255
----------UGAAAUUGAAAUAUGUAAAUUGUUU---GGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUAGGUGCAAUACCAGUUGAUCUUCUGCCUGUGGGUGCUC
----------.(((((((((.....((((((((..---...))))))))..))))))))).(((((((((((.((((....)))).......)))))))))))... ( -24.50, z-score =  -3.24, R)
>droWil1.scaffold_180708 10779562 95 + 12563649
----------UGAAAUUGAAAUGCCUAAAUUGUUU-UGUGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUAGGUGCAAUAUCAAUUAAUUUUCUGCCUGUGGGUGCUC
----------.(((((((((.....((((((((..-.....))))))))..))))))))).(((((((((((....................)))))))))))... ( -22.15, z-score =  -2.94, R)
>droPer1.super_1 5738371 93 + 10282868
----------UGAAAUUGAAAUGUGUAAAUUGUUU---GUGCCAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUAGGUGCAAUACCAGCUGAUCUUCUGCCUGUGGGUGCUG
----------.(((((((((.....(((((((...---....)))))))..))))))))).(((((((((((((.......)).........)))))))))))... ( -21.50, z-score =  -1.87, R)
>dp4.chr4_group3 8634227 93 + 11692001
----------UGAAAUUGAAAUGUGUAAAUUGUUU---GUGCCAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUAGGUGCAAUACCAGCUGAUCUUCUGCCUGUGGGUGCUG
----------.(((((((((.....(((((((...---....)))))))..))))))))).(((((((((((((.......)).........)))))))))))... ( -21.50, z-score =  -1.87, R)
>droAna3.scaffold_12943 1101482 93 + 5039921
----------UGAAAUUGAAAUGCGUAAAUUGUUU---GGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUAGGUCCAAUACCAGCUGAUCUUCUGCCUGUGGGUGCUG
----------.(((((((((.....((((((((..---...))))))))..))))))))).(((((((((((....................)))))))))))... ( -22.85, z-score =  -2.39, R)
>droEre2.scaffold_4845 19796323 93 - 22589142
----------UGAAAUUGAAAUGCGUAAAUUGUUU---GGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUAGGUGCAAUACCAGUUGAUCUUUUGCUUGUGGGUGCUG
----------.(((((((((.....((((((((..---...))))))))..))))))))).(((((((((((.((((....)))).......)))))))))))... ( -21.80, z-score =  -2.03, R)
>droYak2.chr2R 16760971 93 + 21139217
----------UGAAAUUGAAAUGCGUAAAUUGUUU---GGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUAGGUGCAAUACCAGUUGAUCUUCUGCCUGUGGGUGCUG
----------.(((((((((.....((((((((..---...))))))))..))))))))).(((((((((((.((((....)))).......)))))))))))... ( -24.50, z-score =  -2.89, R)
>droSec1.super_7 371548 93 - 3727775
----------UGAAAUUGAAAUGCGUAAAUUGUUU---GGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUAGGUGCAAUACCAGUUGAUAUUCUGCCUGUGGGUGCUG
----------.(((((((((.....((((((((..---...))))))))..))))))))).((((((((((((.((((.(....).)))).))))))))))))... ( -26.50, z-score =  -3.56, R)
>droSim1.chr2L 16422857 93 - 22036055
----------UGAAAUUGAAAUGCGUAAAUUGUUU---GGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUAGGUGCAAUACCAGUUGAUCUUCUGCUUGUGGGUGCUG
----------.(((((((((.....((((((((..---...))))))))..))))))))).(((((((((((.((((....)))).......)))))))))))... ( -21.80, z-score =  -2.03, R)
>consensus
__________UGAAAUUGAAAUGCGUAAAUUGUUU___GGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUAGGUGCAAUACCAGUUGAUCUUCUGCCUGUGGGUGCUG
...........(((((((((.....(((((((..........)))))))..))))))))).(((((((((((....................)))))))))))... (-18.14 = -18.59 +   0.45)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 16,724,795 – 16,724,887
Length 92
Sequences 14
Columns 107
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.99
Shannon entropy 0.46267
G+C content 0.34974
Mean single sequence MFE -21.92
Consensus MFE -7.45
Energy contribution -8.39
Covariance contribution 0.94
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -2.28
Structure conservation index 0.34
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 0.10
SVM RNA-class probability 0.543278
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2L 16724795 92 - 23011544
GUAUCUUGUCGACCCGUGUCAACUUCCAGGUG----AGUUUGAAAUUGAAAUGCGUAAAUUGUUU--GGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUA---------
.......((.(((....))).))......(((----(((..(((((((((.....((((((((..--...))))))))..)))))))))..)))))).--------- ( -22.20, z-score =  -2.76, R)
>apiMel3.GroupUn 377964998 99 + 399230636
GUGUGCUAUCAGGAAGAGUAAAUUUCCAAGUA---CAAUAUCAACUUAUAUUCUGUAUAUGGGU---AUUAACAUUUAA--UCCAUUGCUUGCAGAAAAAAUGAAUA
.((((((....(((((......))))).))))---)).............(((((((.((((((---...........)--)))))....))))))).......... ( -19.60, z-score =  -1.41, R)
>anoGam1.chr3R 18012153 106 + 53272125
GCAUCCUUUCGUCGCGUGUCAACUUCCAGGUGCGCUAACUACCAUUGCUGGCAGGCGAAAUGCGC-AACGAAUUUGUUUACUCAAUCGUUAUCCUCCCCUCUGUUUA
((((...(((((((((..((........))..)))......(((....)))..))))))))))..-(((((..(((......))))))))................. ( -24.00, z-score =  -0.88, R)
>droGri2.scaffold_15252 9753549 92 - 17193109
GGGUCCUGUCCACGCGCGUCAAUUUCCAAGUG----AGUUUGAAAUUGAAAUGUGUAAAUUGUUU--GGUCCAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUA---------
(((...((.((....).).))...)))..(((----(((..(((((((((.....(((((((...--....)))))))..)))))))))..)))))).--------- ( -19.70, z-score =  -1.65, R)
>droMoj3.scaffold_6500 25691052 92 - 32352404
GCAUCCUGUCGACGCGUGUCAACUUCCAGGUG----AGUUUGAAAUUGAAAUGUGUAAAUUGUUU--GGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUA---------
.......((.(((....))).))......(((----(((..(((((((((.....((((((((..--...))))))))..)))))))))..)))))).--------- ( -22.50, z-score =  -2.36, R)
>droVir3.scaffold_12963 6536539 92 - 20206255
GCAUCCUGUCGACGCGUGUCAACUUUCAGGUG----AGUUUGAAAUUGAAAUAUGUAAAUUGUUU--GGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUA---------
....((((..(((....)))......))))((----(((..(((((((((.....((((((((..--...))))))))..)))))))))..)))))..--------- ( -23.10, z-score =  -2.81, R)
>droWil1.scaffold_180708 10779599 94 + 12563649
GGAUUCUGUCCACUCGUGUUAAUUUCCAGGUG----AGUUUGAAAUUGAAAUGCCUAAAUUGUUUUGUGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUA---------
((((...))))..................(((----(((..(((((((((.....((((((((.......))))))))..)))))))))..)))))).--------- ( -21.30, z-score =  -2.80, R)
>droPer1.super_1 5738408 92 + 10282868
GCAUUCUGUCGACUCGCGUCAACUUUCAGGUG----AGUUUGAAAUUGAAAUGUGUAAAUUGUUU--GUGCCAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUA---------
.......((.(((....))).))......(((----(((..(((((((((.....(((((((...--....)))))))..)))))))))..)))))).--------- ( -20.50, z-score =  -1.92, R)
>dp4.chr4_group3 8634264 92 + 11692001
GCAUUCUGUCGACUCGCGUCAACUUUCAGGUG----AGUUUGAAAUUGAAAUGUGUAAAUUGUUU--GUGCCAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUA---------
.......((.(((....))).))......(((----(((..(((((((((.....(((((((...--....)))))))..)))))))))..)))))).--------- ( -20.50, z-score =  -1.92, R)
>droAna3.scaffold_12943 1101519 92 + 5039921
GCAUCCUGUCGACCCGUGUCAACUUCCAGGUG----AGUUUGAAAUUGAAAUGCGUAAAUUGUUU--GGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUA---------
.......((.(((....))).))......(((----(((..(((((((((.....((((((((..--...))))))))..)))))))))..)))))).--------- ( -22.20, z-score =  -2.55, R)
>droEre2.scaffold_4845 19796360 92 - 22589142
GUAUCCUGUCGACCCGUGUCAACUUCCAGGUG----AGUUUGAAAUUGAAAUGCGUAAAUUGUUU--GGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUA---------
.......((.(((....))).))......(((----(((..(((((((((.....((((((((..--...))))))))..)))))))))..)))))).--------- ( -22.20, z-score =  -2.79, R)
>droYak2.chr2R 16761008 92 + 21139217
GUAUCCUGUCCACUCGUGUCAACUUCCAGGUG----AGUUUGAAAUUGAAAUGCGUAAAUUGUUU--GGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUA---------
....((((..................))))((----(((..(((((((((.....((((((((..--...))))))))..)))))))))..)))))..--------- ( -20.47, z-score =  -2.50, R)
>droSec1.super_7 371585 92 - 3727775
GUAUCCUGUCGACCCGGGUCAACUUCCAGGUG----AGUUUGAAAUUGAAAUGCGUAAAUUGUUU--GGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUA---------
.......((.(((....))).))......(((----(((..(((((((((.....((((((((..--...))))))))..)))))))))..)))))).--------- ( -24.30, z-score =  -2.76, R)
>droSim1.chr2L 16422894 92 - 22036055
GUAUCCUGUCGACCCGGGUCAACUUCCAGGUG----AGUUUGAAAUUGAAAUGCGUAAAUUGUUU--GGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUA---------
.......((.(((....))).))......(((----(((..(((((((((.....((((((((..--...))))))))..)))))))))..)))))).--------- ( -24.30, z-score =  -2.76, R)
>consensus
GCAUCCUGUCGACCCGUGUCAACUUCCAGGUG____AGUUUGAAAUUGAAAUGCGUAAAUUGUUU__GGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUA_________
....((((..................))))...........(((((((((.....(((((((.........)))))))..))))))))).................. ( -7.45 =  -8.39 +   0.94)

alignment

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