| Sequence ID | dm3.chr2L |
|---|---|
| Location | 16,698,563 – 16,698,654 |
| Length | 91 |
| Max. P | 0.999532 |
| Location | 16,698,563 – 16,698,654 |
|---|---|
| Length | 91 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 94 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.92 |
| Shannon entropy | 0.44845 |
| G+C content | 0.39229 |
| Mean single sequence MFE | -31.14 |
| Consensus MFE | -27.26 |
| Energy contribution | -27.44 |
| Covariance contribution | 0.18 |
| Combinations/Pair | 1.25 |
| Mean z-score | -4.22 |
| Structure conservation index | 0.88 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 3.86 |
| SVM RNA-class probability | 0.999406 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 16698563 91 + 23011544 UUGCCAUUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGA-UUUAAACUACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGGCUUCUGCAGGUCAAUCG-- ..((((.((((((((...(((((((.((((((((.-......)))..))))).)))))))...)))))))).))))................-- ( -31.70, z-score = -4.36, R) >droSec1.super_7 345574 91 + 3727775 UUGCCAUUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGA-UUUAAACUACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGGCUUGUGCAGAUCAAUCG-- ..((((.((((((((...(((((((.((((((((.-......)))..))))).)))))))...)))))))).))))................-- ( -31.70, z-score = -4.47, R) >droYak2.chr2R 16734712 91 - 21139217 UUGCCAUUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGA-UUUAUACUACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGGCUUCUGCAGAUCAAUCA-- ..((((.((((((((...(((((((.((((((((.-......)))..))))).)))))))...)))))))).))))................-- ( -31.70, z-score = -4.57, R) >droEre2.scaffold_4845 19768209 91 + 22589142 UUGCCAUUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGA-UUUAAACUACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGGCUUCUGCAGAUCAAUCU-- ..((((.((((((((...(((((((.((((((((.-......)))..))))).)))))))...)))))))).))))................-- ( -31.70, z-score = -4.61, R) >droAna3.scaffold_12916 316032 90 - 16180835 UAACCGAUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGA-UUUAAA-UACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGGCUUCCGCAGGCCUGUCU-- .....((((((((((...(((((((.(((((....-......-....))))).)))))))...))))))))))((((......)))).....-- ( -30.44, z-score = -3.73, R) >dp4.chr4_group3 8444003 90 + 11692001 CUGCUUCUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGA-UUUAAAAUACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGGC-UCUGUGGAAACUUCA-- ..(((..((((((((...(((((((.(((((...(-(.....))...))))).)))))))...))))))))..)))-.....(....)....-- ( -28.40, z-score = -3.68, R) >droPer1.super_1 9895122 90 + 10282868 CUGCUUCUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGA-UUUAAAAUACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGGC-UCUGUGGAAACUUCA-- ..(((..((((((((...(((((((.(((((...(-(.....))...))))).)))))))...))))))))..)))-.....(....)....-- ( -28.40, z-score = -3.68, R) >droWil1.scaffold_181132 161741 91 - 1035393 UUGCCUAUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGA-UUUG-ACUACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUGGGCUCUGGCUGACUUAAUCA- ..(((((((((((((...(((((((.((((((((.-....-.)))..))))).)))))))...))))))))))))).................- ( -35.50, z-score = -5.36, R) >droVir3.scaffold_12963 7343130 89 - 20206255 CUGCCGUUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGA-UUUGAA-UACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGGC-UCUGUGGCCAGCUUA-- ..((((.((((((((...(((((((.(((((....-......-....))))).)))))))...)))))))).))))-.(((....)))....-- ( -30.04, z-score = -2.72, R) >droMoj3.scaffold_6500 7202138 91 + 32352404 UUGCCGUUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGA-UUUAAA-UACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGGC-UCUGUGGCCAAACCCCA ..((((.((((((((...(((((((.(((((....-......-....))))).)))))))...)))))))).))))-................. ( -29.94, z-score = -3.49, R) >droGri2.scaffold_14978 831099 90 + 1124632 UUGCCGUCGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGA-UUUGAA-UACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUCGGCGCCUGUGGCCAGCUUA-- ..((((..(((((((...(((((((.(((((....-......-....))))).)))))))...)))))))..))))(((...))).......-- ( -33.14, z-score = -3.25, R) >anoGam1.chr3R 47383742 91 - 53272125 UUGUCCGCGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGAAUUUGAACUAUUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUAGACGAAUUGGGACAAUGC--- ((((((..(((((((...(((((((.((((((((........)))..))))).)))))))...))))))).....(.....)))))))...--- ( -28.50, z-score = -3.65, R) >apiMel3.Group15 5706926 89 - 7856270 UUGCCUUUACUUUGGUAAUAUAGCUCUAUGAUUUUAAUUAAG---GAUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAAAGAGCACUAGCAUUAUACAU-- .(((((((.((((((((((.(((((.(((((((((.....))---))))))).))))).)))))))))).)))).)))..............-- ( -33.60, z-score = -7.28, R) >consensus UUGCCAUUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGA_UUUAAACUACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGGCUUCUGCGGACAAAUCA__ ..((((.((((((((...(((((((.(((((................))))).)))))))...)))))))).)))).................. (-27.26 = -27.44 + 0.18)
| Location | 16,698,563 – 16,698,654 |
|---|---|
| Length | 91 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 94 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 80.92 |
| Shannon entropy | 0.44845 |
| G+C content | 0.39229 |
| Mean single sequence MFE | -31.56 |
| Consensus MFE | -26.76 |
| Energy contribution | -26.46 |
| Covariance contribution | -0.29 |
| Combinations/Pair | 1.28 |
| Mean z-score | -4.61 |
| Structure conservation index | 0.85 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 3.98 |
| SVM RNA-class probability | 0.999532 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 16698563 91 - 23011544 --CGAUUGACCUGCAGAAGCCAAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUAGUUUAAA-UCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCAAUGGCAA --................((((.(((((((((..(.(((((.(((((..(((......-.)))))))).))))).)..))))))))).)))).. ( -32.40, z-score = -4.67, R) >droSec1.super_7 345574 91 - 3727775 --CGAUUGAUCUGCACAAGCCAAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUAGUUUAAA-UCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCAAUGGCAA --................((((.(((((((((..(.(((((.(((((..(((......-.)))))))).))))).)..))))))))).)))).. ( -32.40, z-score = -4.92, R) >droYak2.chr2R 16734712 91 + 21139217 --UGAUUGAUCUGCAGAAGCCAAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUAGUAUAAA-UCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCAAUGGCAA --................((((.(((((((((..(.(((((.(((((..(((......-.)))))))).))))).)..))))))))).)))).. ( -32.40, z-score = -4.55, R) >droEre2.scaffold_4845 19768209 91 - 22589142 --AGAUUGAUCUGCAGAAGCCAAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUAGUUUAAA-UCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCAAUGGCAA --................((((.(((((((((..(.(((((.(((((..(((......-.)))))))).))))).)..))))))))).)))).. ( -32.40, z-score = -4.48, R) >droAna3.scaffold_12916 316032 90 + 16180835 --AGACAGGCCUGCGGAAGCCAAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUA-UUUAAA-UCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCAUCGGUUA --.....((((.((....))..((((((((((..(.(((((.(((((((..-......-.)).))))).))))).)..)))))))))).)))). ( -31.00, z-score = -3.64, R) >dp4.chr4_group3 8444003 90 - 11692001 --UGAAGUUUCCACAGA-GCCAAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUAUUUUAAA-UCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCAGAAGCAG --...............-((...(((((((((..(.(((((.(((((((.........-.)).))))).))))).)..)))))))))...)).. ( -26.10, z-score = -3.61, R) >droPer1.super_1 9895122 90 - 10282868 --UGAAGUUUCCACAGA-GCCAAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUAUUUUAAA-UCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCAGAAGCAG --...............-((...(((((((((..(.(((((.(((((((.........-.)).))))).))))).)..)))))))))...)).. ( -26.10, z-score = -3.61, R) >droWil1.scaffold_181132 161741 91 + 1035393 -UGAUUAAGUCAGCCAGAGCCCAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUAGU-CAAA-UCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCAUAGGCAA -.................(((.((((((((((..(.(((((.(((((..(((.-....-.)))))))).))))).)..)))))))))).))).. ( -32.50, z-score = -5.09, R) >droVir3.scaffold_12963 7343130 89 + 20206255 --UAAGCUGGCCACAGA-GCCAAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUA-UUCAAA-UCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCAACGGCAG --....(((....))).-(((..(((((((((..(.(((((.(((((((..-......-.)).))))).))))).)..)))))))))..))).. ( -31.00, z-score = -4.30, R) >droMoj3.scaffold_6500 7202138 91 - 32352404 UGGGGUUUGGCCACAGA-GCCAAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUA-UUUAAA-UCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCAACGGCAA ((.((.....)).))..-(((..(((((((((..(.(((((.(((((((..-......-.)).))))).))))).)..)))))))))..))).. ( -30.60, z-score = -3.16, R) >droGri2.scaffold_14978 831099 90 - 1124632 --UAAGCUGGCCACAGGCGCCGAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUA-UUCAAA-UCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCGACGGCAA --.......(((...)))((((.(((((((((..(.(((((.(((((((..-......-.)).))))).))))).)..))))))))).)))).. ( -34.50, z-score = -4.23, R) >anoGam1.chr3R 47383742 91 + 53272125 ---GCAUUGUCCCAAUUCGUCUAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAAUAGUUCAAAUUCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCGCGGACAA ---...............(((..(((((((((..(.(((((.(((((..(((........)))))))).))))).)..)))))))))..))).. ( -30.50, z-score = -5.50, R) >apiMel3.Group15 5706926 89 + 7856270 --AUGUAUAAUGCUAGUGCUCUUUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAUC---CUUAAUUAAAAUCAUAGAGCUAUAUUACCAAAGUAAAGGCAA --..............(((.(((((((((((((((.((((((((((((.---..........)))))))))))).)))))))))))))))))). ( -38.40, z-score = -8.21, R) >consensus __UGAUUUGUCCGCAGAAGCCAAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUAGUUUAAA_UCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCAAAGGCAA ..................(((..(((((((((..(.(((((.(((((((...........)).))))).))))).)..)))))))))..))).. (-26.76 = -26.46 + -0.29)
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