| Sequence ID | dm3.chr2L |
|---|---|
| Location | 16,189,032 – 16,189,152 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.517352 |
| Location | 16,189,032 – 16,189,152 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 89.56 |
| Shannon entropy | 0.25319 |
| G+C content | 0.50214 |
| Mean single sequence MFE | -32.02 |
| Consensus MFE | -25.58 |
| Energy contribution | -26.32 |
| Covariance contribution | 0.73 |
| Combinations/Pair | 1.26 |
| Mean z-score | -1.32 |
| Structure conservation index | 0.80 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.05 |
| SVM RNA-class probability | 0.517352 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 16189032 120 + 23011544 CCCAAUGGUGCUCUUCCUGGCCACGAACGCAUGAUCCAAUCGACACCAGCUAGUCCCUACGAUCAGCGUCGUUUACCAACUUCAUCUGAUAUGAACGGUCUAGCCGAAUCAUUGAUUGGA ..((((((((((...(((((..((((.(((.(((((.....(((........))).....))))))))))))...)))..(((((.....))))).))...)))...)))))))...... ( -29.80, z-score = -0.71, R) >droMoj3.scaffold_6500 9676122 120 + 32352404 GCCAAUGGUGCUAUUCCUGGCCACGAACGCAUGAUCCAAUCGACACCAGCUAGUCCCUACGAUCAGCGUCGUUUACCAACUUCAUCUGAUAUGAAUGGCCUAGCCGAAUCAUUGAUUGGA ..(((((((((((.....((((((((.(((.(((((.....(((........))).....))))))))))))........(((((.....))))).))))))))...)))))))...... ( -32.70, z-score = -1.49, R) >droVir3.scaffold_12723 4137128 120 - 5802038 CCCAAUGGUGCUAUUCCUGGCCACGAACGCAUGAUCCAAUCGACACCAGCUAGUCCCUACGAUCAGCGUCGUUUACCAACUUCAUCUGAAAUGAACGGCCUAGCCGAAUCAUUAAUUGGA .(((((((((..((((((((((((((.(((.(((((.....(((........))).....))))))))))))........(((((.....))))).)))).))..)))))))).))))). ( -32.70, z-score = -2.37, R) >droWil1.scaffold_180764 1654733 120 - 3949147 CCCAAUGGUGCUAUUCCUGGCCACGAGCGCAUGAUCCAAUCGACACCAGCUAGUCCUUACGAUCAGCGUCGUUUACCAACUUCAUCUGAUAUGAACGGUCUAGCCGAAUCAUUGAUUGGA ..(((((((((((..(((((..((((.(((.(((((.....(((........))).....))))))))))))...)))..(((((.....))))).))..))))...)))))))...... ( -32.30, z-score = -1.22, R) >droPer1.super_16 147484 120 - 1990440 CCCAAUGGUGCUAUUCCUGGCCACGAGCGCAUGAUCCAAUCGACCCCAGCUAGUCCCUACGAUCAGCGUCGUUUACCAACUUCAUCUGAAAUGAACGGCCUGGCCGAAUCAUUGAUUGGA ..(((((((......((.((((((((.(((.(((((.....(((........))).....))))))))))))........(((((.....))))).)))).))....)))))))...... ( -33.80, z-score = -1.31, R) >dp4.chr4_group4 5138076 120 + 6586962 CCCAAUGGUGCUAUUCCUGGCCACGAGCGCAUGAUCCAAUCGACCCCAGCUAGUCCCUACGAUCAGCGUCGUUUACCAACUUCAUCUGAAAUGAACGGCCUGGCCGAAUCAUUGAUUGGA ..(((((((......((.((((((((.(((.(((((.....(((........))).....))))))))))))........(((((.....))))).)))).))....)))))))...... ( -33.80, z-score = -1.31, R) >droSim1.chr2L 15897675 120 + 22036055 CCCAAUGGUGCUCUUCCUGGCCACGAACGCAUGAUCCAAUCGACACCAGCUAGUCCCUACGAUCAGCGUCGUUUACCAACUUCAUCUGAUAUGAACGGCCUAGCCGAAUCAUUGAUUGGA .(((((((((.((..(..((((((((.(((.(((((.....(((........))).....))))))))))))........(((((.....))))).))))..)..))..)))).))))). ( -31.70, z-score = -1.40, R) >droSec1.super_5 4910586 120 + 5866729 CCCAAUGGUGCUCUUCCUGGCCACGAACGCAUGAUCCAAUCGACACCAGCUAGUCCCUACGAUCAGCGUCGUUUACCAACUUCAUCUGAUAUGAACGGCCUAGCCGAAUCAUUGAUUGGA .(((((((((.((..(..((((((((.(((.(((((.....(((........))).....))))))))))))........(((((.....))))).))))..)..))..)))).))))). ( -31.70, z-score = -1.40, R) >droYak2.chr2L 3177159 120 - 22324452 CCCAAUGGUGCUCUUCCUGGCCACGAGCGCAUGAUCCAAUCGACACCAGCUAGUCCCUACGAUCAGCGUCGUUUACCAACUUCAUCUGAUAUGAACGGCCUAGCCGAAUCAUUGAUUGGA .(((((((((.((..(..((((((((.(((.(((((.....(((........))).....))))))))))))........(((((.....))))).))))..)..))..)))).))))). ( -31.70, z-score = -0.95, R) >droEre2.scaffold_4929 7885384 120 + 26641161 CCCAAUGGUGCUCUUCCUGGCCACGAACGCAUGAUCCAAUCGACACCAGCUAGUCCCUACGAUCAGCGUCGUUUACCAACUUCAUCUGAUAUGAACGGCCUAGCCGAAUCAUUGAUUGGA .(((((((((.((..(..((((((((.(((.(((((.....(((........))).....))))))))))))........(((((.....))))).))))..)..))..)))).))))). ( -31.70, z-score = -1.40, R) >droGri2.scaffold_15252 8374411 120 - 17193109 CCCAAUGGUGCUAUUCCUGGCCACGAACGCAUGAUCCAAUCGACACCAGCUAGUCCUUACGAUCAGCGUCGUUUACCAACUUCAUCUGAAAUGAAUGGCCUAGCCGAAUCAUUGAUUGGA ..(((((((((((.....((((((((.(((.(((((.....(((........))).....))))))))))))........(((((.....))))).))))))))...)))))))...... ( -32.90, z-score = -1.94, R) >droAna3.scaffold_12916 15976283 120 - 16180835 CCCAAUGGUGCUCUUCCUGGCCACGAACGCAUGAUCCAAUCGACACCAGCUAGUCCUUACGAUCAGCGUCGUUUACCAACUUCAUAUGAAAUGAACGGCCUAGCCGAGUCAUUGAUUGGA .((((((((((((..(..((((((((.(((.(((((.....(((........))).....))))))))))))........(((((.....))))).))))..)..))).)))).))))). ( -36.90, z-score = -2.81, R) >anoGam1.chrU 19473693 113 - 59568033 AUCAA-GUUGCCAAUUUUGAGGAAGAUCGUCUUAUUCACUCAACGCCAAGCAGUCCUCAGGAAACGCAUAAGCUAUCGGCAGAAGUU-AUAGGAUCGGCUGAGA-GUCUCGUGGGC---- .....-...(((..(((((((((.((.........)).......((...))..)))))))))....((..((((.(((((.((....-......)).))))).)-).))..)))))---- ( -24.60, z-score = 1.19, R) >consensus CCCAAUGGUGCUAUUCCUGGCCACGAACGCAUGAUCCAAUCGACACCAGCUAGUCCCUACGAUCAGCGUCGUUUACCAACUUCAUCUGAUAUGAACGGCCUAGCCGAAUCAUUGAUUGGA .(((((((((......((((((((((.(((.(((((.....(((........))).....))))))))))))........(((((.....))))).)))).))......)))).))))). (-25.58 = -26.32 + 0.73)
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