| Sequence ID | dm3.chr2L |
|---|---|
| Location | 12,473,139 – 12,473,291 |
| Length | 152 |
| Max. P | 0.609488 |
| Location | 12,473,139 – 12,473,291 |
|---|---|
| Length | 152 |
| Sequences | 7 |
| Columns | 176 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 67.97 |
| Shannon entropy | 0.60442 |
| G+C content | 0.50748 |
| Mean single sequence MFE | -49.67 |
| Consensus MFE | -23.42 |
| Energy contribution | -25.23 |
| Covariance contribution | 1.81 |
| Combinations/Pair | 1.53 |
| Mean z-score | -1.01 |
| Structure conservation index | 0.47 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.24 |
| SVM RNA-class probability | 0.609488 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 12473139 152 - 23011544 GGUUCGGGCCAGUUAAGUGCUAAUUAGACGUGGCACUGCCGC--AAAGGCGCCUGCUGAGUCGCCGUUGUUGGCGCUGCGUGUCUAUCAGUAGAUCUAGUCUGGUCUAUAGUUUAUAGCUCGCACAGUUC---UAGCGAUGGACUCGUGACUUCAAA------------------- (((((((((......(((((((........)))))))(((..--...))))))))..((((..((((((((((.((((.(((.(((((.(((((((......))))))).)...))))..))).)))).)---)))))))))))))..)))).....------------------- ( -55.80, z-score = -1.53, R) >droSim1.chr2L 12281974 152 - 22036055 GGUUCGGGCCAGUUAAGUGCUAAUUAGACGUGGCACUGCCGC--AAAGGCACCCGCUGAGUCGCCUUUGUUGGCGCUGCGUGUCUAUCAGUAGAUCUAGUCUGGUCUAUAGUUUAUAGCUCUCACAGUUC---UAGCGAUGGACUCGUGACUUCAAA------------------- ....((((.......(((((((........)))))))(((..--...))).))))..((((((((......)))...(((.(((((((.(((((((......))))))).(((...((((.....)))).---.)))))))))).))))))))....------------------- ( -52.20, z-score = -1.39, R) >droSec1.super_16 663848 152 - 1878335 GGUUCGGGCCAGUUAAGUGCUAAUUAGACGUGGCACUGCCGC--AAAGGCACCCGCUGAGUCGCCUUUGUUGGCGCUGCGUGUCUAUCAGUAGAUCUAGUCUGGUCUAUAGUUUAUAGCUCUCACAGUUC---UAGCGAUGGACUCGUGACUUCAAA------------------- ....((((.......(((((((........)))))))(((..--...))).))))..((((((((......)))...(((.(((((((.(((((((......))))))).(((...((((.....)))).---.)))))))))).))))))))....------------------- ( -52.20, z-score = -1.39, R) >droYak2.chr2L 8910213 149 - 22324452 GGUUCGGGCCAGUUAAGUGCUAAUUAGACGUGGCACUGUUGC--AAAGGCACCCGCUGAGUCGCC---GUUGGCGCGGCGUGUCUAUCAGUAGAUCUAGUCUGGUCUAUAGUUUAUGGCUCUCACAGCUC---UAGCGAUGGACUCGUGACUUCAAA------------------- (((..(((((.((..(((((((........)))))))...))--...))).)).)))((((((((---((....)))))(.(((((((.(((((((......))))))).(((...((((.....)))).---.)))))))))).)..)))))....------------------- ( -52.30, z-score = -1.06, R) >droEre2.scaffold_4929 13694802 149 + 26641161 GGUUCGGGCCAGUUAAGUGCUAAUUAGACGUGGCACUGCCGC--AAAGGCACCCGCUGAGUCGCC---GUUGGUGCUCCGUGUCUAUCAGUAGAUCUAGUCUGGUCUGUAGUUUAUGGCCCUCACAGCUC---UAGCGAUGGACUCGUGACUUCAAA------------------- .....((((((...((.(((..((((((((((((...)))))--..((((((.....(((.((((---...))))))).)))))).............)))))))..))).))..))))))((((((.((---((....)))))).)))).......------------------- ( -52.00, z-score = -1.00, R) >droWil1.scaffold_180708 10231520 138 - 12563649 GGUAAUAGAGAGCACAUUGCUAAUUAGGCUUGGCAUUUUUGCUGGUAGGAGGGCGACGGGCUGGA-CAGAUGA--UUGCGUGUCUAUCAUUCGAUCUCUACAG--UGGCACUUGAUGCCUAGAGAUGGGCAAUUUGUCACAGA--------------------------------- .....(((((((((...((((((......))))))....)))((((((..(.((((((..((...-.)).)).--)))).)..)))))).....))))))..(--(((((.....((((((....))))))...))))))...--------------------------------- ( -41.40, z-score = -0.64, R) >droGri2.scaffold_15252 1625599 156 + 17193109 AAUCUACUAAAAAGUAGUGCUAAUUAGUUGUGGCAC-----------GAGACCUUUUGAGAC-----CGUUGGCCUUGCGUGCUUAUCACUUGAUC--GUCUGGCCUG-ACCUGACAA-AGGCACAUUUCGAAAAGCCACCCACCCAACUCAUUAGAGAUGGCAAUGGGGCUGAGG ...(((((....)))))......(((((((((((.(-----------(((.((...((....-----))..)).)))).(((((((((....))).--(((.((....-.)).)))..-))))))..........)))))(((.(((.(((....))).)))...))))))))).. ( -41.80, z-score = -0.02, R) >consensus GGUUCGGGCCAGUUAAGUGCUAAUUAGACGUGGCACUGCCGC__AAAGGCACCCGCUGAGUCGCC__UGUUGGCGCUGCGUGUCUAUCAGUAGAUCUAGUCUGGUCUAUAGUUUAUAGCUCUCACAGUUC___UAGCGAUGGACUCGUGACUUCAAA___________________ ..........((((((((((((((..(((..(((..((((.......))))...)))..)))......))))))))).((.(((((((.(((((((......))))))).......(((.......)))........))))))).)))))))........................ (-23.42 = -25.23 + 1.81)
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