| Sequence ID | dm3.chr2L |
|---|---|
| Location | 1,152,792 – 1,152,906 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.599795 |
| Location | 1,152,792 – 1,152,906 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 74.42 |
| Shannon entropy | 0.57353 |
| G+C content | 0.63299 |
| Mean single sequence MFE | -49.22 |
| Consensus MFE | -21.71 |
| Energy contribution | -20.73 |
| Covariance contribution | -0.99 |
| Combinations/Pair | 1.77 |
| Mean z-score | -1.29 |
| Structure conservation index | 0.44 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.22 |
| SVM RNA-class probability | 0.599795 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 1152792 114 + 23011544 GUUGAUCUGGGCGAAGAGGGCGCUGCGAUCAUCUCCGG---CGCUAUCCAGCUUGAGGGCACUCAGAUCCAGCAUGGGCGGCGGUGGGGGCAGACCACCGGGUGGCGGUGGUGGCGG--- ..(((((..((((.......))))..))))).(((((.---((((..((((((((((....)))).....))).)))..)))).)))))((..(((((((.....))))))).))..--- ( -51.20, z-score = -0.73, R) >droPer1.super_8 794985 114 + 3966273 AUUGAUUUGAGCGAACAGUGCAUUGCGUUCAUCGCCGC---CGCUGUCGAGCUUCAGCGCACUCAAGUCUAAUGGAGGCGGUGGUGGCGGCAGACCGCCGGGUGGUGGCGGUGGGGG--- .......((((((............))))))(((((((---(((..((.....(((.(((.(((..........)))))).)))((((((....))))))))..))))))))))...--- ( -48.30, z-score = -0.91, R) >dp4.chr4_group3 9605849 114 + 11692001 AUUGAUUUGAGCGAACAGUGCAUUGCGUUCAUCGCCGC---CGCUGUCGAGCUUCAGAGCACUCAAGUCCAAUGGAGGCGGUGGUGGCGGCAGACCGCCGGGUGGUGGCGGUGGGGG--- .......((((((............))))))..(((((---(((..(((..(((((..(.((....)).)..))))).)))..))))))))..(((((((.....))))))).....--- ( -47.50, z-score = -0.76, R) >droAna3.scaffold_12916 4625327 114 + 16180835 GUUGAUUUGGGCGAACAGAGCACUACGAUCAUCCCCGG---CACUGUCCAGCUUAAGGGCAUUCAGAUCCAGUGGUGGCGGCGGUGGGGGCAGACCACCGGGUGGUGGUGGUGGCGG--- .....((((......)))).((((((.((((((((((.---((((((((.......)))))..((.......))))).))).(((((.......)))))))))))).))))))....--- ( -43.20, z-score = 0.24, R) >droEre2.scaffold_4929 1197276 114 + 26641161 GUUGAUCUGGGCGAAUAGGGCGCUGCGAUCAUCUCCGG---CGCUGUCCAGCUUGAGGGCACUCAGAUCCAGCAUGGGUGGCGGUGGGGGCAGACCACCGGGUGGCGGUGGUGGCGG--- ..(((((..((((.......))))..))))).(((((.---(((..(((((((((((....)))).....))).))))..))).)))))((..(((((((.....))))))).))..--- ( -53.10, z-score = -1.32, R) >droYak2.chr2L 1131543 114 + 22324452 GUUGAUCUGGGCGAAUAGGGCGCUGCGAUCAUCUCCGG---CGCUGUCCAGCUUGAGGGCACUCAGAUCCAGCAUGGGCGGCGGUGGGGGCAGACCACCGGGUGGCGGUGGUGGUGG--- ..(((((..((((.......))))..))))).(((((.---((((((((((((((((....)))).....))).))))))))).)))))((..(((((((.....))))))).))..--- ( -54.00, z-score = -1.58, R) >droSec1.super_14 1112821 114 + 2068291 GUUGAUCUGGGCGAAGAGGGCGCUGCGAUCAUCCCCGG---CGCUGUCCAGCUUGAGGGCACUCAGAUCCAGCAUGGGCGGCGGUGGGGGCAGACCACCGGGUGGCGGUGGUGGCGG--- ..(((((..((((.......))))..))))).(((((.---((((((((((((((((....)))).....))).))))))))).)))))((..(((((((.....))))))).))..--- ( -59.00, z-score = -2.20, R) >droSim1.chr2L 1124799 114 + 22036055 GUUGAUCUGGGCGAAGAGGGCGCUGCGAUCAUCUCCGG---CGCUGUCCAGCUUGAGGGCACUCAGAUCCAGCAUGGGCGGCGGUGGGGGCAGACCACCGGGUGGCGGUGGUGGCGG--- ..(((((..((((.......))))..))))).(((((.---((((((((((((((((....)))).....))).))))))))).)))))((..(((((((.....))))))).))..--- ( -56.00, z-score = -1.77, R) >droWil1.scaffold_180772 3607252 114 + 8906247 AUUGAUUUGGGCAAAGAGCGCACUCCGAUCAUCGCCGG---CACUAUCCAGCUUGAGAGCAUCCAAGUCCAGUGGGGGUGGUGGUGGCGGCAUGCCCCCAGGUGGAGGUGGUGGCGG--- ..(((((((.((.....)).))....))))).(((((.---((((.(((((((((.(.....))))))((..((((((((((.(...).)).)))))))))))))))))).))))).--- ( -43.30, z-score = 0.52, R) >droVir3.scaffold_12963 77096 114 - 20206255 AUUGAUUUGCGCAAAGAGCGCGCUGCGAUCAUCGGCA---GCGCUGUCCAGCUUCAGAGCACUCAGAUCCAGUACCGGUGGUGGUGGUGGCAGACCGCCAGGUGGUGGCGGUGGUGG--- ........((((.....))))(((((.(((((((((.---...(((.((((((....)))........(((.((((...)))).)))))))))...))).)))))).))))).....--- ( -44.00, z-score = 0.33, R) >droGri2.scaffold_15252 5571244 117 + 17193109 AUUGAUUUGGGCAAAGAGCGCGCUGCGUUCAUCGCCACCAGCGCUGUCCAGCUUCAAUGCGCUCAGAUCUAGUGGGGGCGGUGGUGGUGGCAUACCACCGGGUGGUGGUGGUGGUGG--- ...............((((((...))))))..((((((((.(((..(((.........((.((((.......)))).))(((((((......))))))))))..))).)))))))).--- ( -54.40, z-score = -2.37, R) >anoGam1.chr3R 50604295 117 + 53272125 AUUGAUCUGAGCAAACAGAGCGCUCCGAUCGUCUCCAG---AGCCGUCCGCCGACAGAUCGCCUAAUGGCAUCAUCGGCGGUGGGGGCGGCAAACCACCGGGCGGUGGUGGAGGUGGGAC ...((((.((((.........)))).)))).((((((.---.((((((((((((..(((.(((....)))))).)))))(((((..........))))))))))))..))))))...... ( -58.10, z-score = -3.17, R) >apiMel3.GroupUn 350512741 87 - 399230636 AUUAAUUUCAGCGAAAAGAGCACUUCUAUCAUCACUAA---UAUUUGCUGGUAUUAUGUCUGCCAUAGGCAUACAUGGUGGUGGAGGUGG------------------------------ ....................((((((((((((((.(((---((((....)))))))(((.((((...)))).))))))))))))))))).------------------------------ ( -27.70, z-score = -3.06, R) >consensus AUUGAUUUGGGCGAAGAGGGCGCUGCGAUCAUCGCCGG___CGCUGUCCAGCUUGAGGGCACUCAGAUCCAGCAUGGGCGGUGGUGGGGGCAGACCACCGGGUGGUGGUGGUGGCGG___ ..........((.......))..........((((((....(((((((............................))))))).))))))...(((((((.....)))))))........ (-21.71 = -20.73 + -0.99)
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