Sequence ID | dm3.chrX |
---|---|
Location | 20,107,432 – 20,107,578 |
Length | 146 |
Max. P | 0.930699 |
Location | 20,107,432 – 20,107,578 |
---|---|
Length | 146 |
Sequences | 6 |
Columns | 158 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 69.55 |
Shannon entropy | 0.57212 |
G+C content | 0.45568 |
Mean single sequence MFE | -46.51 |
Consensus MFE | -20.50 |
Energy contribution | -22.27 |
Covariance contribution | 1.77 |
Combinations/Pair | 1.42 |
Mean z-score | -1.86 |
Structure conservation index | 0.44 |
Background model | dinucleotide |
Decision model | sequence based alignment quality |
SVM decision value | 1.36 |
SVM RNA-class probability | 0.930699 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chrX 20107432 146 + 22422827 ACUGUACGGCGAU-AGCUGUGAACAGCUGUCGUGACAGCGAUAGUUCCAGUCUUUCCAUGCACUAGCGCAGCGAUCUGGCAGCACUACUGCGUUUAGCAGAACGCUGUUAGUUACAGUUACAUUUCACAUACACUGCAACACACUUU----------- (((((((.(((((-(((((....))))))))))(((((((...(((((((....((..(((......)))..)).)))).)))....((((.....))))..))))))).).)))))).............................----------- ( -50.20, z-score = -2.46, R) >droSim1.chrX 15436754 146 + 17042790 GCUGUACGACGAU-AGUUGUGAACAGCUGUCGUGACAGCGAUAGUUCCACUACUCCCAUGCUCUAGCGCAGCGGUCUGGCAGCACGGCUGCGCUUAACAGCACGCUGUUAGUUACAGUUACAUUUCGCAUACACUGCAACAUAAUUU----------- (((((((.(((((-(((((....))))))))))(((((((.(((.....)))......((((..((((((((.(((.....).)).))))))))....))))))))))).).))))))........(((.....)))..........----------- ( -55.10, z-score = -3.24, R) >droYak2.chrX 19346500 157 + 21770863 ACUCUAUGACGAU-AGCUGUGAACAGCUGUCGUGACAGCGAUAGUUCCACUGCUCCCAUGCUCUAGCGCAACGAUCUGGCAGCACUGCUGCGCUUAGCAGCACACUGUAAGUUACAGUUACAUUUCGCCUACACUGAAACACAUUUGUGUGCAGUUCU ......(.(((((-(((((....)))))))))).)..((((.........((((.((((((......)))......))).)))).((((((.....)))))).((((((...))))))......))))....((((..((((....)))).))))... ( -50.10, z-score = -0.95, R) >droEre2.scaffold_4690 10201850 155 + 18748788 GUUGUACAGCGUU-AGCUGAGAACAGCUGUCGUGACUGCGAUAGUUACCCUACUCUCGUUCUCUAGCGCAACGAUCUGGCAACACUGCUGCGGCUAGCAGCACACUUUAAGUUACAGUUAUAUAUCGCUUACACUGAAACACACUUGUGCAGUUCC-- (((((.(((((((-.((((((((((((((((((....)))))))))...........)))))).)))..))))..))))))))..((((((.....))))))(((.....(((.((((..............)))).)))......))).......-- ( -45.14, z-score = -0.57, R) >droAna3.scaffold_13417 5281839 136 - 6960332 UUUAAACCAUGUUUAAUUGUGAAUG-----CGUGAUUAUUGU----CUAUGUCUCUAAAAUUAUAGCUUUGAGAUUUAAAAGCUCUUAUUUUAAAAACAAGAU-CAGGUAUUGACAGUAGCCCGUUAAAU-UAUUGCAACUAUCGUU----------- ..(((((...)))))(((((.((((-----(.(((((.((((----.........((((((...((((((........))))))...))))))...)))))))-)).))))).)))))............-................----------- ( -23.20, z-score = -0.50, R) >droSec1.super_8 2302660 146 + 3762037 GCUGUACGACGAU-AGUUGUGAACAGCUGUCGUGACAGCGAUAGUUCCACUACUCCCAUGCUCUAGCGCAGCGGUCUGGCAGCACUGCUGCGCUUAACAGCACGCUGUUAGUUACAGUUACAUUUCGCCUACACUGCAACAUAAUUU----------- (((((((.(((((-(((((....))))))))))(((((((.(((.....)))......((((..((((((((((((.....).)))))))))))....))))))))))).).))))))........((.......))..........----------- ( -55.30, z-score = -3.43, R) >consensus GCUGUACGACGAU_AGCUGUGAACAGCUGUCGUGACAGCGAUAGUUCCACUACUCCCAUGCUCUAGCGCAGCGAUCUGGCAGCACUGCUGCGCUUAACAGCACGCUGUUAGUUACAGUUACAUUUCGCAUACACUGCAACACACUUU___________ ((((((((((.....)))))....(((((((((....))))))))).....................)))))...(((((((...((((((.....))))))..)))))))...((((..............))))...................... (-20.50 = -22.27 + 1.77)
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