| Sequence ID | dm3.chr2L |
|---|---|
| Location | 12,010,960 – 12,011,072 |
| Length | 112 |
| Max. P | 0.713186 |
| Location | 12,010,960 – 12,011,072 |
|---|---|
| Length | 112 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 118 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 82.45 |
| Shannon entropy | 0.39812 |
| G+C content | 0.49023 |
| Mean single sequence MFE | -37.94 |
| Consensus MFE | -21.37 |
| Energy contribution | -21.28 |
| Covariance contribution | -0.08 |
| Combinations/Pair | 1.19 |
| Mean z-score | -1.77 |
| Structure conservation index | 0.56 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.48 |
| SVM RNA-class probability | 0.713186 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 12010960 112 + 23011544 GAACGAAACGGUAUC--GUAGCUGUUUAGUGGAUGAUUAAACUGAAUUUAAUCGUUUGCGAACAGGCGCUCAGCGUCACACAGUCGGUCGUCCGGCCAU-UAUGGCCGC---UGCGUU ..............(--(((((........((((((((..((((.......(((....)))...(((((...)))))...)))).))))))))((((..-...))))))---)))).. ( -39.30, z-score = -2.09, R) >droSim1.chr2L 11815039 112 + 22036055 GAACGAAACGGUAUC--GUAGCUGUUUAGUGGAUGAUUAAACUGAAUUUAAUCGUUUGCGAACAGGCGCUCAUCGUCGCACAGGCGGUCGUCCGGCCAU-UAUGGCCGC---UGCGUU ..............(--((((((((((.(..((((((((((.....))))))))))..))))))((((...((((((.....)))))))))).((((..-...))))))---)))).. ( -40.90, z-score = -2.14, R) >droSec1.super_16 206496 112 + 1878335 GAACGAAACGGUAUC--GUAGCUGUUUAGUGGAUGAUUAAACUGAAUUUAAUCGUUUGCGAACAGGCGCUCAUCGUCGCACAGGCGGUCGUCCGGCCAU-UAUGGCCGC---UGCGUU ..............(--((((((((((.(..((((((((((.....))))))))))..))))))((((...((((((.....)))))))))).((((..-...))))))---)))).. ( -40.90, z-score = -2.14, R) >droYak2.chr2L 8430072 112 + 22324452 GAACGAAACGGUAUC--GUAGCUGUUUAGUGGAUGAUUAAACUGAAUUUAAUCGUUUGCGAACAGGAGCUCAGCGUCGCAUAGGCGGUCGUCCGGCCAU-UAUAGCCGC---UGCGUU .((((...((((...--....((((((.(..((((((((((.....))))))))))..)))))))(.(((..(((((((....)))).)))..))))..-....)))).---..)))) ( -37.40, z-score = -1.54, R) >droEre2.scaffold_4929 13238354 112 - 26641161 GAACGAAACGGUAUC--GUAGCUGUUUAGUGGAUGAUUAAACUGAAUUUAAUCGUUUGCGAACAGGCGCUCAGCGUCGCACAGGCGGUCGUUCGGCCAU-UAUGGCCGC---UGCGUU ..............(--(((((......(..((((((((((.....))))))))))..)((((.(((((...)))))((....))....))))((((..-...))))))---)))).. ( -40.80, z-score = -1.95, R) >droAna3.scaffold_12916 6724071 117 - 16180835 GAACGAAACGGUAUCUCGUAGCUGUUUAGUGGAUGAUUAAACUGAAUUUAAUCGUUUGCGAACAGGCGCUCAGCGGAGCUGGGCUCGUCGUCGGGCCAU-UAUUGUCGUUGCUAUGUA ................(((((((((((.(..((((((((((.....))))))))))..))))))(((((((....))))..((((((....))))))..-....)))...)))))).. ( -39.90, z-score = -2.10, R) >dp4.chr4_group2 288456 116 - 1235136 GAACGAAACGGUAUCUCGUAGCUGUUUAGUGGAUGAUUAAACUGAAUUUAAUCGUUUGCGAACAGGCGCACAGCGUCGGCCAGUCCCUCGUUCGGCCAU-UAUUGCUGCA-UUGCGUU ..((((.........))))..((((((.(..((((((((((.....))))))))))..)))))))((((((((((..((((............))))..-...)))))..-.))))). ( -36.10, z-score = -1.23, R) >droPer1.super_8 2949417 116 + 3966273 GAACGAAACGGUAUCUCGUAGCUGUUUAGUGGAUGAUUAAACUGAAUUUAAUCGUUUGCGAACAGGCGCACAGCGUCGGCCAGUCCCUCGUUCGGCCAU-UAUUGCUGCA-UUGCGUU ..((((.........))))..((((((.(..((((((((((.....))))))))))..)))))))((((((((((..((((............))))..-...)))))..-.))))). ( -36.10, z-score = -1.23, R) >droWil1.scaffold_180703 1188110 114 - 3946847 GAACGAAACGGUAUCUCGUAGCUGUUUAGUGGAUGAUUAAACUGAAUUUAAUCGUUUGCGAACAGGCGCACAGCAGUUGCCAGCCAGCCGAUGGGCUAU-UAUGGUCGU---UGCGUU ..((((.........))))..((((((.(..((((((((((.....))))))))))..))))))).......((((..((((...((((....))))..-..))))..)---)))... ( -36.00, z-score = -1.35, R) >droVir3.scaffold_12963 13887960 117 + 20206255 GAACGAAACGGUAUCUCGUAGCUGUUUAGUGGAUGAUUAAACUGAAUUUAAUCGUUUGCGAACAGGCGCACAGCACUCAACUGUAUGCUGCGACGCCUUCUACAGUCGGG-CUGCAGU ..........(((.((((..(((((...(..((((((((((.....))))))))))..)((..((((((.(((((..(....)..))))).).))))))).)))))))))-.)))... ( -39.10, z-score = -2.22, R) >droMoj3.scaffold_6500 26590081 117 - 32352404 GAACGAAACGGUAUCUCGUAGCUGUUUAGUGGAUGAUUAAACUGAAUUUAAUCGUUUGCGAACAGGCGCACAGCAUUUCGCUGUAUGCGACGGCGCUAUUUACGGGCGGG-UUGCAGU ...(((..((....(((((((((((((.(..((((((((((.....))))))))))..)))))))((((...((((........))))....))))...)))))))))..-))).... ( -38.60, z-score = -1.82, R) >droGri2.scaffold_15126 2396124 98 - 8399593 GAACGAAACGGUAUCUCGUAGCUGUUUAGUGGAUGAUUAAACUGAAUUUAAUCGUUUGCGAACAGGCGCACAGCACUCGACGACCGGCGG-GUUGCAGU------------------- ...((...((((...(((.((((((((.(..((((((((((.....))))))))))..)))))))((.....)).)))))..)))).)).-........------------------- ( -30.20, z-score = -1.43, R) >consensus GAACGAAACGGUAUCUCGUAGCUGUUUAGUGGAUGAUUAAACUGAAUUUAAUCGUUUGCGAACAGGCGCACAGCGUCGCACAGUCGGUCGUCCGGCCAU_UAUGGCCGC___UGCGUU ........((((.....((..((((((.(..((((((((((.....))))))))))..)))))))..)).................(((....)))........)))).......... (-21.37 = -21.28 + -0.08)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Tue Apr 19 21:34:14 2011