| Sequence ID | dm3.chrX |
|---|---|
| Location | 19,137,769 – 19,137,924 |
| Length | 155 |
| Max. P | 0.506778 |
| Location | 19,137,769 – 19,137,924 |
|---|---|
| Length | 155 |
| Sequences | 11 |
| Columns | 180 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 62.73 |
| Shannon entropy | 0.76509 |
| G+C content | 0.48408 |
| Mean single sequence MFE | -48.85 |
| Consensus MFE | -15.00 |
| Energy contribution | -14.97 |
| Covariance contribution | -0.02 |
| Combinations/Pair | 1.40 |
| Mean z-score | -1.20 |
| Structure conservation index | 0.31 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.02 |
| SVM RNA-class probability | 0.506778 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chrX 19137769 155 + 22422827 AAAAUGUCCAGAAAGUACGGCAAGCUGCAGCAGCAGUUCCUCUGUUGCUAUCCGGUGAACAAGAUGGCCUGGUCGGUGAGUAAUCCAUGUGAUACAUUAUGACCCGGCCACCUGUUG----------------AAUCGAUUUGGUG----UCCAU-----UGCAGUCGGUCACGCUGCCC ........(((...((..(((..(((((((((((((.....))))))))...((((.((((.(.(((((.(((((.((((((.((.....))))).)))))))).)))))).)))).----------------.))))........----.....-----.)))))..))))).)))... ( -49.70, z-score = -0.84, R) >droGri2.scaffold_14853 5141261 152 + 10151454 ----AGAGCAACAUGUUUGGCAAACUGCAGCAGCAAUUCCUCUGCUGCUAUCCCGUCAACAAAAUGGCCUGGUCGGUAAGU-----GUGUG-UGUGUUCAAAUAAUGUUGACAAUAA----------------AAUUAGUCACUGCCU--CUCGUUUAUUUGUAGACGCUGCAAUUGCCG ----.((((.....))))(((((..((((((((((.......)))))))....((((.(((((((((...((.((((.(.(-----(....-(((..((((......))))..))).----------------...)).).)))))).--.))))...))))).))))..))).))))). 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( -52.70, z-score = -1.30, R) >droYak2.chrX 9582994 160 - 21770863 AAAAUGUCCGGGAAGUACGACAAGCUGCAGCAGCAGUUCCUCUGCUGCUAUCCGGUGAACAAGAUGGCCUGGUCGGUGAGUAGACCCCGUGUUGCAU---GCCGCGGCCACCUUUUGCAUCCC----------AAUCUGUUUGUUGCA--UCCAU-----UGCAGUCGGUCAAGUUGCCA ....((.((((((.(((.((...(((((((((((((.....))))))))....((((..(((.((((...((((........)))))))).)))..)---))))))))....)).))).))))----------.........((((((--.....-----))))).))).))........ ( -55.60, z-score = -1.00, R) >droSec1.super_8 1431130 152 + 3762037 AAAAUGUCCACAAAGUACGGCAAGCUGCAGCAGCAGUUCCUCUGCUGCUAUCCGGUGAACAAGAUGGCCUGGUCGGUGAGUAAUCCAUGUGAUACAU---GACCCGGCCACCUGUUG----------------AAUCGGCUUGGUG----UCCAU-----UGCAGUCGGUCAAGCUGCCC ..((((..(((.((((...((.....))((((((((.....))))))))...((((.((((.(.(((((.((((((........))(((.....)))---)))).)))))).)))).----------------.)))))))).)))----..)))-----)(((((.......))))).. 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