| Sequence ID | dm3.chr2L |
|---|---|
| Location | 11,812,192 – 11,812,338 |
| Length | 146 |
| Max. P | 0.587904 |
| Location | 11,812,192 – 11,812,338 |
|---|---|
| Length | 146 |
| Sequences | 10 |
| Columns | 155 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 67.11 |
| Shannon entropy | 0.69221 |
| G+C content | 0.59959 |
| Mean single sequence MFE | -57.53 |
| Consensus MFE | -21.02 |
| Energy contribution | -20.94 |
| Covariance contribution | -0.08 |
| Combinations/Pair | 1.68 |
| Mean z-score | -1.16 |
| Structure conservation index | 0.37 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.19 |
| SVM RNA-class probability | 0.587904 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 11812192 146 + 23011544 UGGUUCUCAUAGUUGUCACCGCCGCCACCCUGCUGAUUCUGUUG---CUGAUUGUGGCCGUGAUGAUGGUGAUGCAGGUGCACCGCCGACGCGGAUCCA------UGGUGGCCGUCCAACUGGUGCUGUGACGUGUGCGGCGGAUGACCCAGCUG .........((((((((((((((((((((((((....((.....---..))..((.(((((....))))).))))))).(((((((....))((((((.------....))..))))....)))))......))).))))))).))))..))))) ( -54.70, z-score = 0.38, R) >droWil1.scaffold_180708 2452433 155 + 12563649 UGAUUUUCAAAAUUAUCAUUACUUCCGCCCUGCUGAUGAUGAUGAUGACCACCGCCACCGUGGCCAUGAUGAUGAUGAUGAACAGCCGCUGUUGAGCCACCAUGAUGAUGGCCAUCCAAUUGAUGUUGCGAUGUAUGUGGCGGAUGAUUCAAUUG (((...(((..((((((((((..((.((...)).)))))))))))).....(((((((...((((((.((.(((.((.(.(((((...))))).)..)).))).)).))))))(((((((....)))).)))....))))))).))).))).... ( -50.60, z-score = -3.21, R) >droPer1.super_8 317155 128 + 3966273 UGAUUCUCGAAAUUGUC---GCUGCUGCCCUGCUGGUGGUGAUG------------------------AUGAUGAUGGUGCACGGCCGCCGUGGAGCCAUGAUGAUGAUGUCCGUCCAGCUGGUGCUGCGAGGUGUGUGGCGGAUGAUUCAGCUG (((.(((((..(((.((---((.((.(((..((((((((..((.------------------------((.((.(((((.(((((...)))))..))))).)).)).))..))).))))).))))).)))).)...))..)))..)).))).... ( -46.80, z-score = -1.00, R) >dp4.chr4_group3 9131289 128 + 11692001 UGAUUCUCGAAAUUGUC---GCUGCUGCCCUGCUGGUGGUGAUG------------------------AUGAUGAUGGUGCACGGCCGCCGUGGAGCCAUGAUGAUGAUGUCCGUCCAGCUGGUGCUGCGAGGUGUGUGGCGGAUGAUUCAGCUG (((.(((((..(((.((---((.((.(((..((((((((..((.------------------------((.((.(((((.(((((...)))))..))))).)).)).))..))).))))).))))).)))).)...))..)))..)).))).... ( -46.80, z-score = -1.00, R) >droAna3.scaffold_12943 2580467 131 - 5039921 UGGUUCUCGAAAUUAUC------GCCGCUCUGUUGAUUCUGGUG---------CUGGCCGUGG---UGGUGAUGCAAGUGCACCGCCGCCGUGGAACCG------UGGUGGCCGUCAAGCUGAUGCUGUGACGUGUGCGGCGGAUGGCUCAGCUG .................------((((.((....))...))))(---------((((((((((---(((((.(((....))).)))))))......(((------(.(((..((((((((....))).)))))..))).))))))))).)))).. ( -53.20, z-score = -0.91, R) >droYak2.chr2L 8232586 146 + 22324452 UGGUUCUCAUAGUUGUCACCGCCGCCGCCCUGCUGGUUGUGCUG---CUGAUUGUGGCCGUGCUGGUGAUGGUGCAGGUGCACCGUCGACGCGGAUCCA------UGGUGGCCGUCCAGCUGGUGCUGCGACGUGUGCGGCGGAUGACUCAGCUG .........(((((((((((((((((((..(((..((((..(.(---((.((..((((((((....(((((((((....))))))))).)))))..)))------..))))).)..))))..)))..)))......))))))).))))..))))) ( -68.40, z-score = -1.23, R) >droEre2.scaffold_4929 13037974 149 - 26641161 UGGUUCUCAUAGUUGUCACCGCCGCCGCCCUGCUGGAUCUGCUGGAUCUGGUACUGAUUAUGGCCCUGAUGGUGCAGGUGCACCGCCGACGCGGAUCCG------UGGUGGCCGUCCAGCUGGUGCUGCGACGUGUGCGGCGGAUGACUCAGCUG .........(((((((((((((((((((((..(.((((((((((((((.((..(.......)..)).)))(((((....))))).)))..)))))))))------..).)))((((((((....)))).)))).).))))))).))))..))))) ( -71.30, z-score = -2.37, R) >droSec1.super_3 7201243 146 + 7220098 UGGUUCUCAUAGUUGUCACCGCCGCCGCCCUGCUGAUUCUGCUG---CUGAUUGUGGCCGUGAUGAUGGUGGUGCAGGUGCACCGCCGACGCGGAUCCA------UGGUGGCCGUCCAGCUGGUGCUGUGACGUGUGCGGCGGAUGACCCAGCUG .........((((((((((((((((((((.((..(((((.((..---(.....)..)).(((....(((((((((....))))))))).))))))))))------.))))((((((((((....)))).)))).))))))))).))))..))))) ( -68.20, z-score = -2.01, R) >droSim1.chr2L 11622372 146 + 22036055 UGGUUCUCAUAGUUGUCACCGCCGCCGCCCUGCUGAUUCUGCUG---CUGAUUGUGGCCGUGAUGGUGGUGGUGCAGGUGCACCGCCGACGCGGAUCCA------UGGUGGCCGUCCAGCUGGUGCUGUGACGUGUGCGGCGGAUGACCCAGCUG .........((((((((((((((((((((.((..(((((.((..---(.....)..)).(((....(((((((((....))))))))).))))))))))------.))))((((((((((....)))).)))).))))))))).))))..))))) ( -69.30, z-score = -1.87, R) >triCas2.ChLG5 612135 135 + 18847211 UCGCCCUCAU--UUAGC---GUAUCUUCAAUGGGGAUGAUGACG----CGGUGGCUGGUCUGCGGGCUGGAGUACGAGCA-GCAGCUGUUCUUGUUGCCC----AUGGUGGCCCCCUUAGCGUGCCAUCGCUAUCUGCGGCAGCUCAUC------ ....((((((--(.((.---....))..)))))))..(((((.(----((((.((((.(((((........))).)).))-)).)))))....((((((.----..(((((((........).))))))((.....)))))))))))))------ ( -46.00, z-score = 1.66, R) >consensus UGGUUCUCAUAGUUGUCACCGCCGCCGCCCUGCUGAUUCUGAUG___CUGAUUGUGGCCGUGAUG_UGAUGAUGCAGGUGCACCGCCGACGCGGAUCCA______UGGUGGCCGUCCAGCUGGUGCUGCGACGUGUGCGGCGGAUGACUCAGCUG ..............(((....(((((((......................................................((((....))))..................((((((((....)))).))))...)))))))..)))....... (-21.02 = -20.94 + -0.08)
| Location | 11,812,192 – 11,812,338 |
|---|---|
| Length | 146 |
| Sequences | 10 |
| Columns | 155 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 67.11 |
| Shannon entropy | 0.69221 |
| G+C content | 0.59959 |
| Mean single sequence MFE | -49.22 |
| Consensus MFE | -15.82 |
| Energy contribution | -16.19 |
| Covariance contribution | 0.37 |
| Combinations/Pair | 1.68 |
| Mean z-score | -1.38 |
| Structure conservation index | 0.32 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.02 |
| SVM RNA-class probability | 0.505926 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 11812192 146 - 23011544 CAGCUGGGUCAUCCGCCGCACACGUCACAGCACCAGUUGGACGGCCACCA------UGGAUCCGCGUCGGCGGUGCACCUGCAUCACCAUCAUCACGGCCACAAUCAG---CAACAGAAUCAGCAGGGUGGCGGCGGUGACAACUAUGAGAACCA ((.....((((.(((((.....((((.((((....))))))))((((((.------(((..(((.(..((.(((((....))))).)).....).))))))......(---(..........))..))))))))))))))).....))....... ( -54.20, z-score = -1.19, R) >droWil1.scaffold_180708 2452433 155 - 12563649 CAAUUGAAUCAUCCGCCACAUACAUCGCAACAUCAAUUGGAUGGCCAUCAUCAUGGUGGCUCAACAGCGGCUGUUCAUCAUCAUCAUCAUGGCCACGGUGGCGGUGGUCAUCAUCAUCAUCAGCAGGGCGGAAGUAAUGAUAAUUUUGAAAAUCA ....(((.(((.(((((((....(((.(((......))))))((((((.((.(((((((...(((((...)))))..))))))).)).))))))...)))))))))))))(((..((.((((.....((....))..)))).))..)))...... ( -47.20, z-score = -1.94, R) >droPer1.super_8 317155 128 - 3966273 CAGCUGAAUCAUCCGCCACACACCUCGCAGCACCAGCUGGACGGACAUCAUCAUCAUGGCUCCACGGCGGCCGUGCACCAUCAUCAU------------------------CAUCACCACCAGCAGGGCAGCAGC---GACAAUUUCGAGAAUCA ..((((.......((((.......((.((((....)))))).(((..((((....)))).)))..))))(((.(((...........------------------------...........))).)))..))))---................. ( -32.05, z-score = -0.16, R) >dp4.chr4_group3 9131289 128 - 11692001 CAGCUGAAUCAUCCGCCACACACCUCGCAGCACCAGCUGGACGGACAUCAUCAUCAUGGCUCCACGGCGGCCGUGCACCAUCAUCAU------------------------CAUCACCACCAGCAGGGCAGCAGC---GACAAUUUCGAGAAUCA ..((((.......((((.......((.((((....)))))).(((..((((....)))).)))..))))(((.(((...........------------------------...........))).)))..))))---................. ( -32.05, z-score = -0.16, R) >droAna3.scaffold_12943 2580467 131 + 5039921 CAGCUGAGCCAUCCGCCGCACACGUCACAGCAUCAGCUUGACGGCCACCA------CGGUUCCACGGCGGCGGUGCACUUGCAUCACCA---CCACGGCCAG---------CACCAGAAUCAACAGAGCGGC------GAUAAUUUCGAGAACCA ..((((.(((..((((((....(((((.(((....))))))))(((....------.)))....)))))).(((((....)))))....---....))))))---------).................(((------((.....)))....)). ( -44.40, z-score = -2.35, R) >droYak2.chr2L 8232586 146 - 22324452 CAGCUGAGUCAUCCGCCGCACACGUCGCAGCACCAGCUGGACGGCCACCA------UGGAUCCGCGUCGACGGUGCACCUGCACCAUCACCAGCACGGCCACAAUCAG---CAGCACAACCAGCAGGGCGGCGGCGGUGACAACUAUGAGAACCA .......((((.(((((((...((((.((((....))))))))(((....------(((.........((.(((((....))))).))....((...((........)---).))....)))....))).))))))))))).............. ( -57.10, z-score = -1.72, R) >droEre2.scaffold_4929 13037974 149 + 26641161 CAGCUGAGUCAUCCGCCGCACACGUCGCAGCACCAGCUGGACGGCCACCA------CGGAUCCGCGUCGGCGGUGCACCUGCACCAUCAGGGCCAUAAUCAGUACCAGAUCCAGCAGAUCCAGCAGGGCGGCGGCGGUGACAACUAUGAGAACCA .......((((.(((((((...((((.((((....))))))))(((....------.(((((.((((((..(((((....)))))..).((..(.......)..)).)))...)).))))).....))).))))))))))).............. ( -62.10, z-score = -2.36, R) >droSec1.super_3 7201243 146 - 7220098 CAGCUGGGUCAUCCGCCGCACACGUCACAGCACCAGCUGGACGGCCACCA------UGGAUCCGCGUCGGCGGUGCACCUGCACCACCAUCAUCACGGCCACAAUCAG---CAGCAGAAUCAGCAGGGCGGCGGCGGUGACAACUAUGAGAACCA ((.....((((.(((((((...((((.((((....))))))))(((....------(((.((.((...((.(((((....))))).)).........((........)---).)).)).)))....))).))))))))))).....))....... ( -60.00, z-score = -2.24, R) >droSim1.chr2L 11622372 146 - 22036055 CAGCUGGGUCAUCCGCCGCACACGUCACAGCACCAGCUGGACGGCCACCA------UGGAUCCGCGUCGGCGGUGCACCUGCACCACCACCAUCACGGCCACAAUCAG---CAGCAGAAUCAGCAGGGCGGCGGCGGUGACAACUAUGAGAACCA ((.....((((.(((((((...((((.((((....))))))))(((....------(((.((.((...((.(((((....))))).)).........((........)---).)).)).)))....))).))))))))))).....))....... ( -60.00, z-score = -2.08, R) >triCas2.ChLG5 612135 135 - 18847211 ------GAUGAGCUGCCGCAGAUAGCGAUGGCACGCUAAGGGGGCCACCAU----GGGCAACAAGAACAGCUGC-UGCUCGUACUCCAGCCCGCAGACCAGCCACCG----CGUCAUCAUCCCCAUUGAAGAUAC---GCUAA--AUGAGGGCGA ------.((((((.((.((...(((((......)))))..(..(((.....----.)))..).......)).))-.))))))......((((((......))....(----(((.(((.((......)).)))))---))...--....)))).. ( -43.10, z-score = 0.37, R) >consensus CAGCUGAGUCAUCCGCCGCACACGUCGCAGCACCAGCUGGACGGCCACCA______UGGAUCCACGUCGGCGGUGCACCUGCACCACCA_CACCACGGCCACAAUCAG___CAGCAGAAUCAGCAGGGCGGCGGCGGUGACAACUAUGAGAACCA ..((((......(((((.....((((.((((....))))))))..............((...(((.......)))..))...............................................))))))))).................... (-15.82 = -16.19 + 0.37)
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