| Sequence ID | dm3.chr2L |
|---|---|
| Location | 11,632,304 – 11,632,452 |
| Length | 148 |
| Max. P | 0.532201 |
| Location | 11,632,304 – 11,632,452 |
|---|---|
| Length | 148 |
| Sequences | 11 |
| Columns | 166 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 85.43 |
| Shannon entropy | 0.30105 |
| G+C content | 0.41183 |
| Mean single sequence MFE | -41.35 |
| Consensus MFE | -26.09 |
| Energy contribution | -26.65 |
| Covariance contribution | 0.57 |
| Combinations/Pair | 1.14 |
| Mean z-score | -1.79 |
| Structure conservation index | 0.63 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.08 |
| SVM RNA-class probability | 0.532201 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 11632304 148 + 23011544 ACCCAG-CGCAUUCGCACAAA-GUUCAAGAUUUAGAUGCGUUAAGCGUUAUUUAUGGCC-GCAAAUAAAUAAAGCUUAAACCAUACGCAAUGCCUCAUUGUGG-CGUUGAAAGU-----UUUCGACGUUCAUUCCAAUUUGGGUGUGUGUGUGUGUG--------- .....(-(((((.((((((..-(((.(((((((.(((((.((((((.((((((((....-....)))))))).))))))......(((((((...))))))))-))))..))))-----))).)))......(((.....))))))))).)))))).--------- ( -45.80, z-score = -2.67, R) >droSim1.chr2L 11439849 148 + 22036055 ACCCAG-CGCAUUCGCACAAA-GUUCAAGAUUUAGAUGCGUUAAGCGUUAUUUAUGGCC-GCAAAUAAAUAAAGCUUAAACCAUACGCAAUGCCUCAUUGUGG-CGUUGAAAGU-----UUUCGACGUUCAUACCAAUUUGGGUGUGUGUGUGUGGG--------- .((((.-(((((.(((((...-(((.(((((((.(((((.((((((.((((((((....-....)))))))).))))))......(((((((...))))))))-))))..))))-----))).))).......((.....))))))).)))))))))--------- ( -49.50, z-score = -3.27, R) >droSec1.super_3 7016405 140 + 7220098 ACCCAG-CGCAUUCGCACAAA-GUUCAAGAUUUAGAUGCGUUAAGCGUUAUUUAUGGCC-GCAAAUAAAUAAAGCUUAAACCAUACGCAAUGCCUCAUUGUGG-CGUUGAAAGU-----UUUCGACGUUCAUUCCAAUUUGGGUGUGUG----------------- ((((((-((....))).....-(((.(((((((.(((((.((((((.((((((((....-....)))))))).))))))......(((((((...))))))))-))))..))))-----))).))).............))))).....----------------- ( -38.60, z-score = -1.77, R) >droYak2.chr2L 8054941 146 + 22324452 ACCCAG-CGCAUUCGCACAAA-GUUCAAGAUUUAGAUGCGUUAAGCGUUAUUUAUGGCC-GCAAAUAAAUAAAGCUUAAACCAUACGCAAUGCCUCAUUGUGG-CGUUGAAAGU-----UUUCGACGUUCAUUCCAAUUUGGGUGUAUGUGUGUG----------- .....(-(((((..((((...-(((.(((((((.(((((.((((((.((((((((....-....)))))))).))))))......(((((((...))))))))-))))..))))-----))).))).......((.....))))))..)))))).----------- ( -42.30, z-score = -2.17, R) >droEre2.scaffold_4929 12862423 146 - 26641161 ACCCAG-CGCAUUCGCACAAA-GUUCAAGAUUUAGAUGCGUUAAGCGUUAUUUAUGGCC-GCAAAUAAAUAAAGCUUAAACCAUACGCAAUGCCUCAUUGUGG-CGUUGAAAGU-----UUUCGACGUUCAUUCCAAUUUGGGUGUGUGUGUGGG----------- .((((.-((((..(((((...-(((.(((((((.(((((.((((((.((((((((....-....)))))))).))))))......(((((((...))))))))-))))..))))-----))).))).......((.....)))))))))))))))----------- ( -45.50, z-score = -2.52, R) >droAna3.scaffold_12916 9350327 150 - 16180835 ACCCAU-CGCAUUCGCACAAA-GUUCAAGAUUUAGAUGCGUUAAGCGUUAUUUAUGGCC-GCAAAUAAAUAAGGCUUAAACCAUACGCAAUGCCUCAUUGUGG-CGUUGAAAGU-----UUUCGACGUUCAUUCCAAUUUGGGUGUGUGCCUGUGUGCG------- ......-(((((..(((((..-(((.(((((((.(((((.((((((.((((((((....-....)))))))).))))))......(((((((...))))))))-))))..))))-----))).)))...(((((......))))))))))..)))))..------- ( -44.90, z-score = -1.95, R) >dp4.chr4_group3 2491819 147 + 11692001 UCGCAUUCGCAUUCGCACAAA-GUUCAAGAUUUAGAUGCGUUAAGCGUUAUUUAUGGCC-GCAAAUAAAUAAGGCUUAAACCAUACGCAAUGCCUCACUGUGG-CGUUGAAAGU-----UUUCGACGUUCAUUCCAAUUUGGGUGUGUGCGUGGG----------- .((((((.((....))...((-(((...))))).))))))((((((.((((((((....-....)))))))).)))))).((.((((((((((((....((((-(((((((...-----.))))))).))))........)))))).))))))))----------- ( -42.40, z-score = -1.26, R) >droWil1.scaffold_180772 5071876 162 - 8906247 --ACGCACCAAUUCGCACAAA-GUUAAAGAUUUAGAUGCGUUAAGCGUUAUUUAUGGCC-GCAAAUAAAUAAGGCUUAAACCAUACGCAAUGCCUCAUUCCGGGCGUUGAAAGUACAUAUAUUCCUCUAUGUUCCUCUUUUGUUUCUCAUUUGAACGAACGUUUAU --..((........))(((((-(.....(((.((((((..((((((.((((((((....-....)))))))).))))))..))(((.((((((((......))))))))...)))..........)))).)))....))))))........(((((....))))). ( -34.50, z-score = -1.05, R) >droVir3.scaffold_12963 6192817 142 + 20206255 AGCCAG-CACAUUCACACAAAAGUUAAAGAUUUAGAUGCGUUAAGCGUUAUUUAUGGCCGGCAAAUAAAUAAGGCUUAUACCACAUGCAAUGGCUCAUUGUGG-CGUUGAAAGU-----UUCCGACAUUUAUUGUAUUUUCGGUGUGCG----------------- .....(-((((((...((((..(((..((((((.((((((((((((.((((((((.........)))))))).))))).))((((.((....))....)))))-))))..))))-----))..))).....))))......))))))).----------------- ( -33.40, z-score = -0.08, R) >droMoj3.scaffold_6500 25323672 149 + 32352404 AGCCAG-CACAUUCGCACAAA-GUUCAAGAUUUAGAUGCGUUAAGCGUUAUUUAUGGCCAGCAAAUAAAUAAGGCUUAUACCACAUGCAAUGGCUCAUUGUGG-CGUUGAAAGU-----UUUCGACAUUUAUUGUAUUUUCGGUGUGCGAAAGUCAG--------- .....(-.((.(((((((...-(((.(((((((.((((((((((((.((((((((.........)))))))).))))).))((((.((....))....)))))-))))..))))-----))).)))....((((......))))))))))).)))..--------- ( -39.60, z-score = -1.53, R) >droGri2.scaffold_15252 9457870 140 + 17193109 AGCCGG-CACAUUCGCACAAA-GUUAAAGAUUUAGAUGCGUUAAGCGUUAUUUAUGGCCAGCAAAUAAAUAAGGCUUAUACCACAUGCAAUGCCUCAUUGUGG-CGUUGAAAGU-----UUUCGACAUUUAUUGUAUUU-CGGUGUGCG----------------- .....(-(((...(((((.((-(((...))))).).)))).(((((.((((((((.........)))))))).))))).(((..((((((((((.......))-)((((((...-----.))))))....)))))))..-.))))))).----------------- ( -38.30, z-score = -1.44, R) >consensus ACCCAG_CGCAUUCGCACAAA_GUUCAAGAUUUAGAUGCGUUAAGCGUUAUUUAUGGCC_GCAAAUAAAUAAGGCUUAAACCAUACGCAAUGCCUCAUUGUGG_CGUUGAAAGU_____UUUCGACGUUCAUUCCAAUUUGGGUGUGUGUGUGUG___________ .............(((((.......................(((((.((((((((.........)))))))).))))).(((...(((((((...)))))))...(((((((.......)))))))...............))))))))................. (-26.09 = -26.65 + 0.57)
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