| Sequence ID | dm3.chrX |
|---|---|
| Location | 14,124,125 – 14,124,236 |
| Length | 111 |
| Max. P | 0.643377 |
| Location | 14,124,125 – 14,124,236 |
|---|---|
| Length | 111 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 115 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 79.38 |
| Shannon entropy | 0.45930 |
| G+C content | 0.57217 |
| Mean single sequence MFE | -47.26 |
| Consensus MFE | -18.40 |
| Energy contribution | -19.02 |
| Covariance contribution | 0.62 |
| Combinations/Pair | 1.38 |
| Mean z-score | -2.14 |
| Structure conservation index | 0.39 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.32 |
| SVM RNA-class probability | 0.643377 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chrX 14124125 111 + 22422827 -GCAAGUGAUCGUUGUAGCAUUUAACCACAUGCUGCAGCGAAUCGAUGGCCCGAAUGUCCAGCGAGCUGGACGGCGAGCUAU---UGCUCGGAUGCCAACUGUUCGAACGCAUCA -......((((((((((((((........))))))))))).)))(((((..(((((((((((....))))))(((((((...---.))))....)))....)))))..).)))). ( -47.20, z-score = -3.62, R) >anoGam1.chrX 2021425 108 + 22145176 UGCAGCUGACUGAAGCUGCUCUGGAUGGU-CGCGAUGGUG--UCGCUCAGGUCGAGCGACGGCGGGGACGGCACC-ACCGGC---GGCUUGGCCCUCGGCACGGCGAGCGUGCCG .((((((......))))))...((..(((-((((.(((((--((((((.....)))))))(.((....)).))))-).).))---))))...))..(((((((.....))))))) ( -56.60, z-score = -1.64, R) >droGri2.scaffold_15203 11589168 114 - 11997470 -GCAGAUGCGCAUUGUAGCAUUUGACGACAUGCUGCAGCGUAUCAAUGGCAUUAAUGUCCAACGAGCUGGAUGGCGAUAAGCAACUGCUCGGAUGCCAGCUGUUCGAACGCAUUA -((.(((((((..((((((((........)))))))))))))))..(((((....)).))).(((((.((.(((((...(((....)))....))))).)))))))...)).... ( -40.60, z-score = -1.35, R) >droMoj3.scaffold_6473 4081694 111 - 16943266 -GCAGAUGCGCAUUGUAGCACUUGACCACAUGCUGGAGCGAGUCGAUCGCAUUGAUGUCCAGCGAGCUGGAGGGCGACGUGU---UGCUCGGAUGCCAGCUGUUGGAGCGCAUCA -...(((((((..(.(((((..((....))))))).)((((.....)))).......((((((.((((((.((((((....)---))))).....))))))))))))))))))). ( -49.00, z-score = -1.92, R) >droVir3.scaffold_12970 2504829 111 + 11907090 -GCAGAUGCGCAUUAUAGCACUUGACCACAUGCUGCAGCGUGUCAAUGGCAUUGAUGUCCAGCGAGCUGGAGGGCGACGAGU---UGCUCGGAUGCCAGCUGUUGGAGCGCAUCA -...(((((((((((..((..(((((...((((....)))))))))..))..)))).((((((.((((((.((((((....)---))))).....))))))))))))))))))). ( -50.40, z-score = -2.63, R) >droWil1.scaffold_181096 7128498 111 + 12416693 -GGAGAUGCUCAUUAUAACACUUGACCGCAUGCUGCAGUGAGUCAAUGGCAUUGAUGUCCAGAGAGCUAGAUGGCGAAUUGU---UGCUCGGAUGCCAGCUGUUGGAGCGCAUCA -...(((((.(((((...((.((((((((........))).)))))))....)))))(((((..((((.(.((((((....)---))).))....).)))).)))))..))))). ( -31.70, z-score = 1.09, R) >droPer1.super_13 2194417 111 - 2293547 -GCAGAUGCUCGUUGUAGCACUUGACCACGUGCUGCAGCGAGUCAAUGGCACGAAUGUCCAGGGAGCUGGAGGGCGAGCUGU---UGCUCGGAUGCCAGCUAUUGGAGCGCAUCA -...(((((((((((((((((........)))))))))))).((((((((.......(((((....))))).(((((((...---.))))....))).))))))))...))))). ( -54.00, z-score = -3.40, R) >dp4.chrXL_group1e 8474396 111 + 12523060 -GCAGAUGCUCGUUGUAGCACUUGACCACGUGCUGCAGCGAGUCAAUGGCACGAAUGUCCAGGGAGCUGGAGGGCGAGCUGU---UGCUCGGAUGCCAGCUAUUGGAGCGCAUCA -...(((((((((((((((((........)))))))))))).((((((((.......(((((....))))).(((((((...---.))))....))).))))))))...))))). ( -54.00, z-score = -3.40, R) >droAna3.scaffold_12903 340232 111 - 802071 -GCAGGUGAUCGUUGUAGCACUUGACCACAUGCUGCAGCGAAUCAAUGGCCCGGAUGUCCAGGGAACUGGAGGGCGAGUUGU---UGCUCGGAUGCCAGCUGUUGGAGCGCAUCA -.((..((((((((((((((..((....)))))))))))).)))).))((((.....(((((....)))))))))((((...---.)))).(((((..(((.....)))))))). ( -46.50, z-score = -1.81, R) >droEre2.scaffold_4690 5942312 111 - 18748788 -GCAGGUGAUCGUUGUAGCACUUGACCACAUGCUGCAGCGAAUCGAUGGCCCGGAUAUCCAGCGAGCUGGACGGCGAGCUGU---UGCUCGGAUGCCAACUGUUCGAGCGCAUCA -......(((((((((((((..((....)))))))))))).)))((((((.(((((((((((....))))).(((((((...---.))))....)))...)))))).)).)))). ( -46.10, z-score = -1.71, R) >droYak2.chrX 8377522 111 + 21770863 -GCAAGUGAUCGUUGUAGCACUUCACCACAUGCUGCAGCGAAUCGAUGGCCCGGAUAUCCAGCGAGCUGGACGGCGAGCUGU---UGCUCGGAUGCCAGCUGUUCGAGCGCAUCA -......(((((((((((((..........)))))))))).)))((((((.(((((........((((((.((.(((((...---.)))))..))))))))))))).)).)))). ( -46.30, z-score = -1.65, R) >droSec1.super_20 728002 111 + 1148123 -GCAAGUGAUCGUUGUAGCACUUAACCACAUGCUGCAGCGAAUCGAUGGCCCGGAUGUCCAGCGAGCUGGACGGCGAGCUAU---UGCUCGGAUGCCAACUGUUCGAACGCAUCA -....(((.(((((((((((..........)))))))))((((.(.((((.....(((((((....))))))).(((((...---.)))))...)))).).)))))).))).... ( -45.00, z-score = -2.56, R) >droSim1.chrX 10844510 111 + 17042790 -GCAAGUGAUCGUUGUAGCAUUUAACCACAUGCUGCAGCGAAUCGAUGGCCCGGAUGUCCAGCGAGCUGGACGGCGAGCUAU---UGCUCGGAUGCCAACUGUUCGAACGCAUCA -....(((.((((((((((((........))))))))))((((.(.((((.....(((((((....))))))).(((((...---.)))))...)))).).)))))).))).... ( -47.00, z-score = -3.18, R) >consensus _GCAGAUGAUCGUUGUAGCACUUGACCACAUGCUGCAGCGAAUCGAUGGCACGGAUGUCCAGCGAGCUGGACGGCGAGCUGU___UGCUCGGAUGCCAGCUGUUCGAGCGCAUCA .((......(((((.(((((..........))))).))))).....((((.......(((((....)))))...(((...........)))...))))...........)).... (-18.40 = -19.02 + 0.62)
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