Locus 1446

Sequence ID dm3.chr2L
Location 11,314,475 – 11,314,593
Length 118
Max. P 0.987261
window1973 window1974

overview

Window 3

Location 11,314,475 – 11,314,593
Length 118
Sequences 11
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.19
Shannon entropy 0.07605
G+C content 0.26797
Mean single sequence MFE -25.97
Consensus MFE -22.92
Energy contribution -22.70
Covariance contribution -0.22
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -3.00
Structure conservation index 0.88
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 2.27
SVM RNA-class probability 0.987261
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2L 11314475 118 + 23011544
GCAUAUUAUGCGGUCGGACGUU-GUAUUAAAAUUGUUAAUUGGUUUUGUUUUUAAUCUGUCAAUCAAUUAAAAAA-CAACUGCGAUUUAAUUAAUUAAAUCAACAAAGACCGCAAUAAUG
...((((((((((((....(((-((..((((((((.....))))))))((((((((.((.....)))))))))))-))))...(((((((....)))))))......)))))).)))))) ( -27.10, z-score =  -3.10, R)
>droSim1.chr2L 11118260 119 + 22036055
GCAUAUUAUGCGGUCGGACGUU-GUAUUAAAAUUGUUAAUUGGUUUUGUUUUUAAUCUGUCAAUCAAUUAAAAAAACAACUGCGAUUUAAUUAAUUAAAUCAACAAAGACCGCAAUAAUG
...((((((((((((....(((-((..((((((((.....))))))))((((((((.((.....)))))))))).)))))...(((((((....)))))))......)))))).)))))) ( -27.10, z-score =  -3.11, R)
>droSec1.super_3 6711566 119 + 7220098
GCAUAUUAUGCGGUCGGACGUU-GUAUUAAAAUUGUUAAUUGGUUUUGUUUUUAAUCUGUCAAUCAAUUAAAAAAACAACUGCGAUUUAAUUAAUUAAAUCAACAAAGACCGCAAUAAUG
...((((((((((((....(((-((..((((((((.....))))))))((((((((.((.....)))))))))).)))))...(((((((....)))))))......)))))).)))))) ( -27.10, z-score =  -3.11, R)
>droYak2.chr2L 7711710 119 + 22324452
GCAUAUUAUGCGGUCGGACGUU-GUAUUAAAAUUGUUAAUUGGUUUUGUUUUUAAUCUGUCAAUCAAUUAAAAAAACAACUGCGAUUUAAUUAAUUAAAUCAACAAAGACCGCAAUAAUG
...((((((((((((....(((-((..((((((((.....))))))))((((((((.((.....)))))))))).)))))...(((((((....)))))))......)))))).)))))) ( -27.10, z-score =  -3.11, R)
>droEre2.scaffold_4929 12512942 119 - 26641161
GCAUAUUAUGCGGUCGCACGUU-GUAUUAAAAUUGUUAAUUGGUUUUGUUUUUAAUCUGUCAAUCAAUUAAAAAAACAACUGCGAUUUAAUUAAUUAAAUCAACAAAGACCGCAAUAACG
........((((((((((.(((-((..((((((((.....))))))))((((((((.((.....)))))))))).))))))))(((((((....)))))))......)))))))...... ( -30.60, z-score =  -4.30, R)
>droAna3.scaffold_12916 12033937 119 - 16180835
GCAUAUUAUGCGGUUGUCAGUU-GUAUUAAAAUUGUUAAUUGGUUUUGUUUUUAAUCUGUCAAUCAAUUAAAAAAACAACUGCGAUUUAAUUAAUUAAAUCAACAAAGGCCGCAAUAAUG
...(((((((((((((.(((((-((..((((((((.....))))))))((((((((.((.....)))))))))).))))))))(((((((....)))))))......)))))).)))))) ( -28.10, z-score =  -3.51, R)
>dp4.chr4_group3 6752543 119 + 11692001
GCAUAUUAUGCGGUCGUCAUUU-GUAUUAAAAUUGUUAAUUGGUUUUGUUUUUAAUCUGUCAAUCAAUUAAAAAAACAACUGCGAUUUAAUUAAUUAAAUCAACAAAGACCGCAAUAAUC
........((((((((.((.((-((..((((((((.....))))))))((((((((.((.....)))))))))).)))).)))(((((((....)))))))......)))))))...... ( -24.60, z-score =  -3.08, R)
>droPer1.super_1 8201635 119 + 10282868
GCAUAUUAUGCGGUCGUCAUUU-GUAUUAAAAUUGUUAAUUGGUUUUGUUUUUAAUCUGUCAAUCAAUUAAAAAAACAACUGCGAUUUAAUUAAUUAAAUCAACAAAGACCGCAAUAAUC
........((((((((.((.((-((..((((((((.....))))))))((((((((.((.....)))))))))).)))).)))(((((((....)))))))......)))))))...... ( -24.60, z-score =  -3.08, R)
>droWil1.scaffold_181038 225411 119 - 637489
GCAUAUUAUGCGGUUGUCAUUU-GUAUUAAAAUUGUUAAUUGGUUUUGUUUUUAAUCUGUCAAUCAAUUAAAAAAACAACUGCGAUUUAAUUAAUUAAAUCAACAAAGACCGCAAUAAUC
........(((((((....(((-((................((((...((((((((.((.....))))))))))...))))..(((((((....))))))).))))))))))))...... ( -22.20, z-score =  -2.01, R)
>droVir3.scaffold_12963 18003293 120 - 20206255
GCAUAUUAUGCGGUUGUCAUUUUGUAUUAAAAUUGUUAAUUGGUUUUGUUUUUAAUCUGUCAAUCAAUUAAAAAUACAACUGCGAUUUAAUUAAUUAAAUCAACAAAGACCGCAAUAAUC
........(((((((.....(((((................((((.((((((((((.((.....)))))))))))).))))..(((((((....))))))).))))))))))))...... ( -24.80, z-score =  -2.80, R)
>droGri2.scaffold_15126 7120480 120 - 8399593
GCAUAUUAUGCGGUUGUCAUUUUGUAUUAAAAUUGUUAAUUGGUUUUGUUUUUAAUCUGUCAAUCAAUUAAAAAAACAACGGCGAUUUAAUUAAUUAAAUCAACAAAGACCGCAAUAAUC
........((((((((((...((((..((((((((.....))))))))((((((((.((.....)))))))))).)))).)))(((((((....)))))))......)))))))...... ( -22.40, z-score =  -1.80, R)
>consensus
GCAUAUUAUGCGGUCGUCAGUU_GUAUUAAAAUUGUUAAUUGGUUUUGUUUUUAAUCUGUCAAUCAAUUAAAAAAACAACUGCGAUUUAAUUAAUUAAAUCAACAAAGACCGCAAUAAUG
........(((((((........(((.........((((((((((................)))))))))).........)))(((((((....)))))))......)))))))...... (-22.92 = -22.70 +  -0.22)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 11,314,475 – 11,314,593
Length 118
Sequences 11
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.19
Shannon entropy 0.07605
G+C content 0.26797
Mean single sequence MFE -25.00
Consensus MFE -19.43
Energy contribution -19.53
Covariance contribution 0.10
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.85
Structure conservation index 0.78
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 1.34
SVM RNA-class probability 0.929077
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2L 11314475 118 - 23011544
CAUUAUUGCGGUCUUUGUUGAUUUAAUUAAUUAAAUCGCAGUUG-UUUUUUAAUUGAUUGACAGAUUAAAAACAAAACCAAUUAACAAUUUUAAUAC-AACGUCCGACCGCAUAAUAUGC
.(((((.((((((..(((((..(((((((((((((..((....)-)..)))))))))))))...(((((((.................))))))).)-))))...))))))))))).... ( -27.83, z-score =  -3.82, R)
>droSim1.chr2L 11118260 119 - 22036055
CAUUAUUGCGGUCUUUGUUGAUUUAAUUAAUUAAAUCGCAGUUGUUUUUUUAAUUGAUUGACAGAUUAAAAACAAAACCAAUUAACAAUUUUAAUAC-AACGUCCGACCGCAUAAUAUGC
.(((((.((((((..(((((..(((((((((((((..((....))...)))))))))))))...(((((((.................))))))).)-))))...))))))))))).... ( -26.53, z-score =  -3.37, R)
>droSec1.super_3 6711566 119 - 7220098
CAUUAUUGCGGUCUUUGUUGAUUUAAUUAAUUAAAUCGCAGUUGUUUUUUUAAUUGAUUGACAGAUUAAAAACAAAACCAAUUAACAAUUUUAAUAC-AACGUCCGACCGCAUAAUAUGC
.(((((.((((((..(((((..(((((((((((((..((....))...)))))))))))))...(((((((.................))))))).)-))))...))))))))))).... ( -26.53, z-score =  -3.37, R)
>droYak2.chr2L 7711710 119 - 22324452
CAUUAUUGCGGUCUUUGUUGAUUUAAUUAAUUAAAUCGCAGUUGUUUUUUUAAUUGAUUGACAGAUUAAAAACAAAACCAAUUAACAAUUUUAAUAC-AACGUCCGACCGCAUAAUAUGC
.(((((.((((((..(((((..(((((((((((((..((....))...)))))))))))))...(((((((.................))))))).)-))))...))))))))))).... ( -26.53, z-score =  -3.37, R)
>droEre2.scaffold_4929 12512942 119 + 26641161
CGUUAUUGCGGUCUUUGUUGAUUUAAUUAAUUAAAUCGCAGUUGUUUUUUUAAUUGAUUGACAGAUUAAAAACAAAACCAAUUAACAAUUUUAAUAC-AACGUGCGACCGCAUAAUAUGC
.(((((.((((((......(((((((....)))))))((((((((.(((((((((........)))))))))........(((((.....)))))))-))).)))))))))))))).... ( -29.30, z-score =  -3.35, R)
>droAna3.scaffold_12916 12033937 119 + 16180835
CAUUAUUGCGGCCUUUGUUGAUUUAAUUAAUUAAAUCGCAGUUGUUUUUUUAAUUGAUUGACAGAUUAAAAACAAAACCAAUUAACAAUUUUAAUAC-AACUGACAACCGCAUAAUAUGC
.(((((.((((...((((.(((((((....))))))).(((((((.(((((((((........)))))))))........(((((.....)))))))-)))))))))))))))))).... ( -24.10, z-score =  -3.04, R)
>dp4.chr4_group3 6752543 119 - 11692001
GAUUAUUGCGGUCUUUGUUGAUUUAAUUAAUUAAAUCGCAGUUGUUUUUUUAAUUGAUUGACAGAUUAAAAACAAAACCAAUUAACAAUUUUAAUAC-AAAUGACGACCGCAUAAUAUGC
.(((((.((((((..(((.(((((((....))))))))))((..(((((((((((........)))))))).........(((((.....)))))..-)))..))))))))))))).... ( -24.80, z-score =  -2.82, R)
>droPer1.super_1 8201635 119 - 10282868
GAUUAUUGCGGUCUUUGUUGAUUUAAUUAAUUAAAUCGCAGUUGUUUUUUUAAUUGAUUGACAGAUUAAAAACAAAACCAAUUAACAAUUUUAAUAC-AAAUGACGACCGCAUAAUAUGC
.(((((.((((((..(((.(((((((....))))))))))((..(((((((((((........)))))))).........(((((.....)))))..-)))..))))))))))))).... ( -24.80, z-score =  -2.82, R)
>droWil1.scaffold_181038 225411 119 + 637489
GAUUAUUGCGGUCUUUGUUGAUUUAAUUAAUUAAAUCGCAGUUGUUUUUUUAAUUGAUUGACAGAUUAAAAACAAAACCAAUUAACAAUUUUAAUAC-AAAUGACAACCGCAUAAUAUGC
.(((((.(((((..(..(((((((((....)))))))..((((((((((((((((........)))))))))...........))))))).......-.))..)..)))))))))).... ( -21.20, z-score =  -1.68, R)
>droVir3.scaffold_12963 18003293 120 + 20206255
GAUUAUUGCGGUCUUUGUUGAUUUAAUUAAUUAAAUCGCAGUUGUAUUUUUAAUUGAUUGACAGAUUAAAAACAAAACCAAUUAACAAUUUUAAUACAAAAUGACAACCGCAUAAUAUGC
.(((((.(((((..(..(((((((((....)))))))....(((((((...(((((((((..................))))...)))))..)))))))))..)..)))))))))).... ( -22.27, z-score =  -2.07, R)
>droGri2.scaffold_15126 7120480 120 + 8399593
GAUUAUUGCGGUCUUUGUUGAUUUAAUUAAUUAAAUCGCCGUUGUUUUUUUAAUUGAUUGACAGAUUAAAAACAAAACCAAUUAACAAUUUUAAUACAAAAUGACAACCGCAUAAUAUGC
.(((((.(((((..(..(((((((((....)))))))...(((...(((((((((........)))))))))...))).....................))..)..)))))))))).... ( -21.10, z-score =  -1.64, R)
>consensus
CAUUAUUGCGGUCUUUGUUGAUUUAAUUAAUUAAAUCGCAGUUGUUUUUUUAAUUGAUUGACAGAUUAAAAACAAAACCAAUUAACAAUUUUAAUAC_AACUGACGACCGCAUAAUAUGC
.(((((.(((((...(((.(((((((....))))))))))(((...(((((((((........)))))))))...)))............................)))))))))).... (-19.43 = -19.53 +   0.10)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Tue Apr 19 21:32:07 2011