Locus 14178

Sequence ID	dm3.chrX
Location	11,657,182 – 11,657,340
Length	158
Max. P	0.973976

overview

Window 0

Location	11,657,182 – 11,657,340
Length	158
Sequences	11
Columns	175
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	73.93
Shannon entropy	0.54785
G+C content	0.40920
Mean single sequence MFE	-38.53
Consensus MFE	-25.29
Energy contribution	-24.66
Covariance contribution	-0.62
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-1.43
Structure conservation index	0.66
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	1.90
SVM RNA-class probability	0.973976
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chrX 11657182 158 + 22422827
----------UUAUGUAUUUUUUUCCCUAUUUUCAGAUCCGAUCGCCACGCCCACAGCGCCAACAUGUGGAGCCCACAAAAAGGCCCUACACGACUGUGGGACCUUAGGUUUAGUAGCUGUAUAUUUAUCUUACACUUAAUGGUAAGUAAGCAAAAUCAAAUUGUAAA-------
----------..............................(((.((.((.(((((((((......(((((.(((........))).))))))).)))))))(((...)))...)).))(((.((((((((...........)))))))).)))..)))..........------- ( -33.70, z-score =  -0.35, R)
>droGri2.scaffold_14853 8339836 164 - 10151454
-------UAAUCGUUGUUUUCA-C---CCAUUCCAGAUAUAGGCGAAGCGCCCACAUCGCCAGCAUGUGGAGCCCACAAAAAGGUCCUACACGGCUGUGGGACCUUAGACUUAGUAGCUGUAUAUUUAUCUUACAUUUAAUGGUGAGUAUAACUAACAUAUAAUCUAACUUUAAA
-------.....(((((.((((-(---(......(((((..(((((.(......).)))))(((.(((((...)))))..(((((((((((....)))))))))))..........))).......)))))..........)))))).)))))...................... ( -45.39, z-score =  -2.76, R)
>droVir3.scaffold_12932 1462053 167 - 2102469
-------UUCUUGUUGUUCUCG-CUUUCUUUUGCAGAUAUAGCCGCAGCGCCCACAUCGCCAGCAUGUGGAGCCCACAAAAAGGUCCUACACGGCUGUGGGACCUUAGAUUUAGUAGCUGUAUAUUUAUUUUACAUUUAAUGGUGAGUACAAUUUGAAAGUAAAUUAAAAUUAAG
-------(((..(((((.((((-((......((.(((((.....((((((((((((((....).)))))).)).......(((((((((((....)))))))))))..........))))).....)))))..))......)))))).)))))..)))................. ( -50.60, z-score =  -3.51, R)
>droWil1.scaffold_180777 378183 172 + 4753960
UUGUGUAUUGUUUUUGCAUUCA-UCU-CGUUCUCAGAUCUAGACGCAGCGCCCACAUUGCCAAUAUGUGGAGUCCACAAAAAGGUCCUACACGUCUGUGGGACAUUAGAUUUAGUAGCUGUAUAUUUAUUUUACAUUUAACGGUAAGUCAAAUAAAUAAUUAAAAUAUUGUAAA-
............((((((....-...-.(((((.((((((((.....(.((((((((.......)))))).)).)........((((((((....)))))))).)))))))))).)))(((.(((((..(((((........)))))..))))).)))..........))))))- ( -35.50, z-score =  -0.62, R)
>droPer1.super_28 409192 162 - 1111753
------AUAUUCAAUACUCUUU-CGCCUCGUUGCAGAUCCGAUCGCCACGCCCACAGCACCAGCAUGUGGAGCCCACAAAAAGGUCCUACACGGCUGUGGGACCUUAGACUUAGUAGCUGUAUAUUUAUUUUACACUUAAUGGUAAGUACAACAGAACACAACCACAGA------
------...(((.((((....(-((..((......))..)))..((.(((((((((((....)).))))).)).......(((((((((((....))))))))))).......)).)).))))...........(((((....)))))......)))............------ ( -38.30, z-score =  -0.99, R)
>dp4.chrXL_group1a 6885011 162 - 9151740
------AUAUUCAAUACUCUUU-CGCCUCGUUGCAGAUCCGAUCGCCACGCCCACAGCACCAGCAUGUGGAGCCCACAAAAAGGUCCUACACGGCUGUGGGACCUUAGACUUAGUAGCUGUAUAUUUAUUUUACACUUAAUGGUAAGUACAACAAAACACAACCACAGA------
------.......((((....(-((..((......))..)))..((.(((((((((((....)).))))).)).......(((((((((((....))))))))))).......)).)).)))).................((((..((........))...))))....------ ( -37.70, z-score =  -1.07, R)
>droAna3.scaffold_13417 1404370 151 + 6960332
-----------UUUUGUUAUCU-UUUUUAAUUUCAGUUUCGAUUGCCACUUCCACAGAACCAAUAUGUGGAGUCCACAGAAGGGCCCUACACGACUGUGGGACCUUAGGUUUAGUAGCUGUAUAUUUAUCUUACACCUAAUGGUAAGUGGUCUAUUUCAGCUU------------
-----------...........-...........((((..(((.((((((((((..(((((....(((((...))))).((((..((((((....)))))).)))).)))))..(((.((((.........)))).))).))).)))))))..)))..)))).------------ ( -39.50, z-score =  -1.68, R)
>droEre2.scaffold_4690 15206482 149 - 18748788
-------------UCAUUUUUU-UUCCUAUUUUCAGUUCCGAUCGCCACGCCCACAGCCCCAACAUGUGGAGCCCACAAAAAGGCCCUACACGACUGUGGGACCUUAGGUUUAGUAGCUGUAUAUUUAUCUUACACUUAAUGGUGAGUAAGGAAUCUAGUAAA------------
-------------.........-(((((.....(((((.(....(((..(((((((.........))))).)).......((((.((((((....)))))).)))).)))...).)))))..((((((((...........))))))))))))).........------------ ( -37.20, z-score =  -1.29, R)
>droYak2.chrX 6729769 142 - 21770863
-----------UUAUUUUGUUUGUUUUUAUUUUCAGAUCCGAUCGCCACGCCCACAGCCCCAACAUGUGGAGCCCACAAAAAGGCCCUACACGACUGUGGGACCUUAGGUUUAGUAGCUGUAUAUUUAUCUUACACUUAAUGGUAAGUA-UAAA---------------------
-----------......................(((........(((..(((((((.........))))).)).......((((.((((((....)))))).)))).))).......)))((((((((((...........))))))))-))..--------------------- ( -31.76, z-score =  -0.54, R)
>droSec1.super_36 332894 155 + 449511
----------UUAUGAAUUUUU--CGCUAUUUUCAGAUCCGAUCGCCACGCCCACAGCGCCAACAUGUGGAGCCCACAAAAAGGCCCUACACGACUGUGGGACCUUAGAUUUAGUAGCUGUAUAUUUAUCUUACACUUAAUGGUGAGUAAGCUAAAUCUAAUU-UAAA-------
----------...((((..(..--....)..))))...............(((((((((......(((((.(((........))).))))))).)))))))...(((((((((((.((((((....)))....((((....)))))))..)))))))))))..-....------- ( -37.10, z-score =  -1.71, R)
>droSim1.chrX 8973946 155 + 17042790
----------UUAUGAAUUUUU--CGCUAUUUUCAGAUCCGAUCGCCACGCCCACAGCGCCAACAUGUGGAGCCCACAAAAAGGCCCUACACGACUGUGGGACCUUAGGUUUAGUAGCUGUAUAUUUAUCUUACACUUAAUGGUGAGUAAGCUAAAUCAAAUU-UAAA-------
----------...(((((((..--.((((((.........((((......(((((((((......(((((.(((........))).))))))).)))))))......)))).)))))).((.((((((((...........)))))))).))......)))))-))..------- ( -37.10, z-score =  -1.22, R)
>consensus
__________UUAUUAUUUUUU_UCCCUAUUUUCAGAUCCGAUCGCCACGCCCACAGCGCCAACAUGUGGAGCCCACAAAAAGGCCCUACACGACUGUGGGACCUUAGAUUUAGUAGCUGUAUAUUUAUCUUACACUUAAUGGUAAGUAAAAUAAAUCAAAAA_U_AA_______
............................................((.(((((((((.........))))).)).......((((.((((((....)))))).)))).......)).))....((((((((...........)))))))).......................... (-25.29 = -24.66 +  -0.62)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	11,657,182 – 11,657,340
Length	158
Sequences	11
Columns	175
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	73.93
Shannon entropy	0.54785
G+C content	0.40920
Mean single sequence MFE	-43.04
Consensus MFE	-22.24
Energy contribution	-21.97
Covariance contribution	-0.26
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-1.35
Structure conservation index	0.52
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	0.85
SVM RNA-class probability	0.834399
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chrX 11657182 158 - 22422827
-------UUUACAAUUUGAUUUUGCUUACUUACCAUUAAGUGUAAGAUAAAUAUACAGCUACUAAACCUAAGGUCCCACAGUCGUGUAGGGCCUUUUUGUGGGCUCCACAUGUUGGCGCUGUGGGCGUGGCGAUCGGAUCUGAAAAUAGGGAAAAAAAUACAUAA----------
-------....((((((((((.......((((((.....).)))))...........(((((...(((...)))(((((((((((((.((((((......)))))).))))).....)))))))).))))))))))))).)).......................---------- ( -43.30, z-score =  -1.25, R)
>droGri2.scaffold_14853 8339836 164 + 10151454
UUUAAAGUUAGAUUAUAUGUUAGUUAUACUCACCAUUAAAUGUAAGAUAAAUAUACAGCUACUAAGUCUAAGGUCCCACAGCCGUGUAGGACCUUUUUGUGGGCUCCACAUGCUGGCGAUGUGGGCGCUUCGCCUAUAUCUGGAAUGG---G-UGAAAACAACGAUUA-------
.................((((..((.(((((((((....................((((..........(((((((.(((....))).)))))))..(((((...))))).))))..((((((((((...)))))))))))))..)))---)-)).))..))))....------- ( -45.40, z-score =  -1.38, R)
>droVir3.scaffold_12932 1462053 167 + 2102469
CUUAAUUUUAAUUUACUUUCAAAUUGUACUCACCAUUAAAUGUAAAAUAAAUAUACAGCUACUAAAUCUAAGGUCCCACAGCCGUGUAGGACCUUUUUGUGGGCUCCACAUGCUGGCGAUGUGGGCGCUGCGGCUAUAUCUGCAAAAGAAAG-CGAGAACAACAAGAA-------
.......................((((.(((........................((((..(((.....(((((((.(((....))).)))))))....)))((.(((((((....).))))))))))))..(((...(((.....))).))-)))).))))......------- ( -40.00, z-score =  -0.90, R)
>droWil1.scaffold_180777 378183 172 - 4753960
-UUUACAAUAUUUUAAUUAUUUAUUUGACUUACCGUUAAAUGUAAAAUAAAUAUACAGCUACUAAAUCUAAUGUCCCACAGACGUGUAGGACCUUUUUGUGGACUCCACAUAUUGGCAAUGUGGGCGCUGCGUCUAGAUCUGAGAACG-AGA-UGAAUGCAAAAACAAUACACAA
-......((((((........((((((((.....))))))))......))))))...((......((((...((((.(((....))).))))(((..(.(((((.((((((.......))))))((...))))))).)...)))....-)))-)....))............... ( -30.84, z-score =   0.21, R)
>droPer1.super_28 409192 162 + 1111753
------UCUGUGGUUGUGUUCUGUUGUACUUACCAUUAAGUGUAAAAUAAAUAUACAGCUACUAAGUCUAAGGUCCCACAGCCGUGUAGGACCUUUUUGUGGGCUCCACAUGCUGGUGCUGUGGGCGUGGCGAUCGGAUCUGCAACGAGGCG-AAAGAGUAUUGAAUAU------
------(((((((((((((..((((.((((((....))))))...))))...))))))))))...((((.....(((((((((((((.((((((......))).)))))))).....))))))))(((.(((........))).))))))).-..)))...........------ ( -50.20, z-score =  -1.13, R)
>dp4.chrXL_group1a 6885011 162 + 9151740
------UCUGUGGUUGUGUUUUGUUGUACUUACCAUUAAGUGUAAAAUAAAUAUACAGCUACUAAGUCUAAGGUCCCACAGCCGUGUAGGACCUUUUUGUGGGCUCCACAUGCUGGUGCUGUGGGCGUGGCGAUCGGAUCUGCAACGAGGCG-AAAGAGUAUUGAAUAU------
------((.(((.((.((((((((((((..(.((.....(((((.......))))).(((((..((((((((((((.(((....))).)))))).....))))))(((((.((....)))))))..)))))....)))..))))))))))))-...)).))).))....------ ( -52.20, z-score =  -1.78, R)
>droAna3.scaffold_13417 1404370 151 - 6960332
------------AAGCUGAAAUAGACCACUUACCAUUAGGUGUAAGAUAAAUAUACAGCUACUAAACCUAAGGUCCCACAGUCGUGUAGGGCCCUUCUGUGGACUCCACAUAUUGGUUCUGUGGAAGUGGCAAUCGAAACUGAAAUUAAAAA-AGAUAACAAAA-----------
------------...........(.((((((.(((((((.((((.........)))).)))...((((.((((.((((((....))).))).)))).(((((...)))))....))))..))))))))))).....................-...........----------- ( -33.40, z-score =  -0.32, R)
>droEre2.scaffold_4690 15206482 149 + 18748788
------------UUUACUAGAUUCCUUACUCACCAUUAAGUGUAAGAUAAAUAUACAGCUACUAAACCUAAGGUCCCACAGUCGUGUAGGGCCUUUUUGUGGGCUCCACAUGUUGGGGCUGUGGGCGUGGCGAUCGGAACUGAAAAUAGGAA-AAAAAAUGA-------------
------------.........(((((...(((((.....(((((.......))))).(((((....((((.(((((((....(((((.((((((......)))))).))))).))))))).)))).)))))....))...)))....)))))-.........------------- ( -46.90, z-score =  -2.30, R)
>droYak2.chrX 6729769 142 + 21770863
---------------------UUUA-UACUUACCAUUAAGUGUAAGAUAAAUAUACAGCUACUAAACCUAAGGUCCCACAGUCGUGUAGGGCCUUUUUGUGGGCUCCACAUGUUGGGGCUGUGGGCGUGGCGAUCGGAUCUGAAAAUAAAAACAAACAAAAUAA-----------
---------------------((((-((((((....))))))))))...........(((((....((((.(((((((....(((((.((((((......)))))).))))).))))))).)))).))))).................................----------- ( -43.90, z-score =  -2.72, R)
>droSec1.super_36 332894 155 - 449511
-------UUUA-AAUUAGAUUUAGCUUACUCACCAUUAAGUGUAAGAUAAAUAUACAGCUACUAAAUCUAAGGUCCCACAGUCGUGUAGGGCCUUUUUGUGGGCUCCACAUGUUGGCGCUGUGGGCGUGGCGAUCGGAUCUGAAAAUAGCG--AAAAAUUCAUAA----------
-------....-..((((((((..(((((.(........).)))))...........(((((((....))..(.(((((((((((((.((((((......)))))).))))).....))))))))))))))....))))))))........--............---------- ( -42.50, z-score =  -1.44, R)
>droSim1.chrX 8973946 155 - 17042790
-------UUUA-AAUUUGAUUUAGCUUACUCACCAUUAAGUGUAAGAUAAAUAUACAGCUACUAAACCUAAGGUCCCACAGUCGUGUAGGGCCUUUUUGUGGGCUCCACAUGUUGGCGCUGUGGGCGUGGCGAUCGGAUCUGAAAAUAGCG--AAAAAUUCAUAA----------
-------((((-.((((((((...(((((.(........).)))))...........(((((...(((...)))(((((((((((((.((((((......)))))).))))).....)))))))).))))))))))))).)))).......--............---------- ( -44.80, z-score =  -1.86, R)
>consensus
_______UU_A_AUUUUGAUUUAUUUUACUUACCAUUAAGUGUAAGAUAAAUAUACAGCUACUAAAUCUAAGGUCCCACAGUCGUGUAGGGCCUUUUUGUGGGCUCCACAUGUUGGCGCUGUGGGCGUGGCGAUCGGAUCUGAAAAUAGAAA_AAAAAAUAAUAA__________
.......................................................(((((((.......(((((((.(((....))).)))))))...))))((((((((.........)))))).))...........)))................................. (-22.24 = -21.97 +  -0.26)

alignment

secondary structure

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