Locus 14172

Sequence ID dm3.chrX
Location 11,596,444 – 11,596,584
Length 140
Max. P 0.973880
window19511 window19512 window19513

overview

Window 1

Location 11,596,444 – 11,596,551
Length 107
Sequences 11
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.06
Shannon entropy 0.16075
G+C content 0.39386
Mean single sequence MFE -27.26
Consensus MFE -18.15
Energy contribution -18.48
Covariance contribution 0.33
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -3.30
Structure conservation index 0.67
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 1.90
SVM RNA-class probability 0.973880
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chrX 11596444 107 + 22422827
UCUCCUCUGUUGAUGAU--------GUUAUACACGUUUUGUUU--GUGUGUCAUGU-CCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAAGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUG
....(((((..((.(((--------((.(((((((.......)--)))))).))))-).))........)))))...(((((((((((((.(((....)))))))))..))))))).. ( -29.70, z-score =  -4.42, R)
>droSim1.chrX 8925397 107 + 17042790
UCUCCUCUGUUGAUGAU--------GUUAUACACGUUUUGUUU--GUGUGUCAUGU-UCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAAGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUG
....(((((..((.(((--------((.(((((((.......)--)))))).))))-).))........)))))...(((((((((((((.(((....)))))))))..))))))).. ( -28.00, z-score =  -3.72, R)
>droSec1.super_36 285111 107 + 449511
UCUCCUCUGUUGAUGAU--------GUUAUACACGUUUUGUUU--GUGUGUCAUGU-UCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAAGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUG
....(((((..((.(((--------((.(((((((.......)--)))))).))))-).))........)))))...(((((((((((((.(((....)))))))))..))))))).. ( -28.00, z-score =  -3.72, R)
>droYak2.chrX 6681826 107 - 21770863
UCUCCUCUGUUGAUGAU--------GUUAAACACGUUUUGUUU--GUGUGUCAUGU-UCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAAGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUG
....(((((..((.(((--------((...(((((.......)--))))...))))-).))........)))))...(((((((((((((.(((....)))))))))..))))))).. ( -25.00, z-score =  -2.85, R)
>droEre2.scaffold_4690 15158723 107 - 18748788
UCUCCUCUGUUGAUGAU--------GUUAAACACGUUUUGUUU--GUGUGUCAUGU-UCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAAGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUG
....(((((..((.(((--------((...(((((.......)--))))...))))-).))........)))))...(((((((((((((.(((....)))))))))..))))))).. ( -25.00, z-score =  -2.85, R)
>droAna3.scaffold_13117 1091439 118 - 5790199
CCUCCACUGUUGAUGAUUUGAUGAUGUUAUACACGUUUUGUGUGUUUGUGUCAUGUGUCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAGGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUG
.(((((.(((.((.(((...((((..(.((((((.....))))))..)..))))..))))).))).))...)))...(((((((((((((((.......))))))))..))))))).. ( -29.80, z-score =  -1.94, R)
>dp4.chrXL_group1a 6832161 108 - 9151740
UCUCCUCUGUUGGUGAU--------GUUGUACACGUUUUGUUUU-GUGUGUCAUGU-UCUCAAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUACCAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUG
....((((((((..(((--------((..((((((........)-)))))..))))-)..)))......)))))...(((((((((((((.((....))..))))))..))))))).. ( -25.90, z-score =  -2.57, R)
>droPer1.super_28 354937 108 - 1111753
UCUCCUCUGUUGGUGAU--------GUUGUACACGUUUUGUUUU-GUGUGUCAUGU-UCUCAAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUACCAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUG
....((((((((..(((--------((..((((((........)-)))))..))))-)..)))......)))))...(((((((((((((.((....))..))))))..))))))).. ( -25.90, z-score =  -2.57, R)
>droVir3.scaffold_13042 2806062 108 + 5191987
UCUCCUCUGUAUGAUUU--------GAUAUACACGUUUUGUUUU-GUGUGUCAUGU-UCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAAGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUG
....(((((.(..((.(--------((((((((.(......).)-))))))))...-.......))..))))))...(((((((((((((.(((....)))))))))..))))))).. ( -28.00, z-score =  -3.87, R)
>droMoj3.scaffold_6328 3645061 108 - 4453435
UCUCCUCUGUAUGAUUU--------GAUAUACACGUUUUGUUUU-GUGUGUCAUGU-UCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAAGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUG
....(((((.(..((.(--------((((((((.(......).)-))))))))...-.......))..))))))...(((((((((((((.(((....)))))))))..))))))).. ( -28.00, z-score =  -3.87, R)
>droGri2.scaffold_14853 8815489 108 - 10151454
UCUCCUCUGUAUGAAUU--------AAUAUACACGUUUUGUUUU-GUGUAUCAUGU-UCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAAGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUG
....(((((...((((.--------...(((((((........)-))))))...))-))..........)))))...(((((((((((((.(((....)))))))))..))))))).. ( -26.52, z-score =  -3.93, R)
>consensus
UCUCCUCUGUUGAUGAU________GUUAUACACGUUUUGUUU__GUGUGUCAUGU_UCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAAGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUG
....(((((...................((((((...........)))))).((((......))))...)))))...(((((((((((((.(((....)))))))))..))))))).. (-18.15 = -18.48 +   0.33)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 2

Location 11,596,444 – 11,596,551
Length 107
Sequences 11
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.06
Shannon entropy 0.16075
G+C content 0.39386
Mean single sequence MFE -18.93
Consensus MFE -15.39
Energy contribution -15.51
Covariance contribution 0.13
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.93
Structure conservation index 0.81
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 0.61
SVM RNA-class probability 0.762276
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chrX 11596444 107 - 22422827
CACAACACCGACUUAUAGACACACAUCUUAUAAGGGCGUUGAGACUCUGACAAUAUAGAGG-ACAUGACACAC--AAACAAAACGUGUAUAAC--------AUCAUCAACAGAGGAGA
..((((.((..((((((((......)).)))))))).))))...(((((............-(((((......--........))))).....--------........))))).... ( -18.05, z-score =  -1.59, R)
>droSim1.chrX 8925397 107 - 17042790
CACAACACCGACUUAUAGACACACAUCUUAUAAGGGCGUUGAGACUCUGACAAUAUAGAGA-ACAUGACACAC--AAACAAAACGUGUAUAAC--------AUCAUCAACAGAGGAGA
.......((..((((((((......)).))))))...((((((((((((......))))).-.......((((--.........)))).....--------.)).)))))...))... ( -17.80, z-score =  -1.81, R)
>droSec1.super_36 285111 107 - 449511
CACAACACCGACUUAUAGACACACAUCUUAUAAGGGCGUUGAGACUCUGACAAUAUAGAGA-ACAUGACACAC--AAACAAAACGUGUAUAAC--------AUCAUCAACAGAGGAGA
.......((..((((((((......)).))))))...((((((((((((......))))).-.......((((--.........)))).....--------.)).)))))...))... ( -17.80, z-score =  -1.81, R)
>droYak2.chrX 6681826 107 + 21770863
CACAACACCGACUUAUAGACACACAUCUUAUAAGGGCGUUGAGACUCUGACAAUAUAGAGA-ACAUGACACAC--AAACAAAACGUGUUUAAC--------AUCAUCAACAGAGGAGA
..((((.((..((((((((......)).)))))))).))))...(((((..........((-(((((......--........)))))))...--------........))))).... ( -19.34, z-score =  -2.31, R)
>droEre2.scaffold_4690 15158723 107 + 18748788
CACAACACCGACUUAUAGACACACAUCUUAUAAGGGCGUUGAGACUCUGACAAUAUAGAGA-ACAUGACACAC--AAACAAAACGUGUUUAAC--------AUCAUCAACAGAGGAGA
..((((.((..((((((((......)).)))))))).))))...(((((..........((-(((((......--........)))))))...--------........))))).... ( -19.34, z-score =  -2.31, R)
>droAna3.scaffold_13117 1091439 118 + 5790199
CACAACACCGACUUAUAGACACACAUCCUAUAAGGGCGUUGAGACUCUGACAAUAUAGAGACACAUGACACAAACACACAAAACGUGUAUAACAUCAUCAAAUCAUCAACAGUGGAGG
(((........(((((((.........)))))))...((((((((((((......)))))....((((.......((((.....))))......))))....)).))))).))).... ( -21.42, z-score =  -1.77, R)
>dp4.chrXL_group1a 6832161 108 + 9151740
CACAACACCGACUUAUAGACACACAUGGUAUAAGGGCGUUGAGACUCUGACAAUAUUGAGA-ACAUGACACAC-AAAACAAAACGUGUACAAC--------AUCACCAACAGAGGAGA
..((((.((..((((((..((....)).)))))))).))))...(((((.......(((..-.....((((..-..........)))).....--------.)))....))))).... ( -18.42, z-score =  -1.13, R)
>droPer1.super_28 354937 108 + 1111753
CACAACACCGACUUAUAGACACACAUGGUAUAAGGGCGUUGAGACUCUGACAAUAUUGAGA-ACAUGACACAC-AAAACAAAACGUGUACAAC--------AUCACCAACAGAGGAGA
..((((.((..((((((..((....)).)))))))).))))...(((((.......(((..-.....((((..-..........)))).....--------.)))....))))).... ( -18.42, z-score =  -1.13, R)
>droVir3.scaffold_13042 2806062 108 - 5191987
CACAACACCGACUUAUAGACACACAUCUUAUAAGGGCGUUGAGACUCUGACAAUAUAGAGA-ACAUGACACAC-AAAACAAAACGUGUAUAUC--------AAAUCAUACAGAGGAGA
..((((.((..((((((((......)).)))))))).))))...(((((........((..-(((((......-.........)))))...))--------........))))).... ( -18.35, z-score =  -2.07, R)
>droMoj3.scaffold_6328 3645061 108 + 4453435
CACAACACCGACUUAUAGACACACAUCUUAUAAGGGCGUUGAGACUCUGACAAUAUAGAGA-ACAUGACACAC-AAAACAAAACGUGUAUAUC--------AAAUCAUACAGAGGAGA
..((((.((..((((((((......)).)))))))).))))...(((((........((..-(((((......-.........)))))...))--------........))))).... ( -18.35, z-score =  -2.07, R)
>droGri2.scaffold_14853 8815489 108 + 10151454
CACAACACCGACUUAUAGACACACAUCUUAUAAGGGCGUUGAGACUCUGACAAUAUAGAGA-ACAUGAUACAC-AAAACAAAACGUGUAUAUU--------AAUUCAUACAGAGGAGA
..((((.((..((((((((......)).)))))))).))))...(((((.(......).((-(....((((((-..........))))))...--------..)))...))))).... ( -20.90, z-score =  -3.22, R)
>consensus
CACAACACCGACUUAUAGACACACAUCUUAUAAGGGCGUUGAGACUCUGACAAUAUAGAGA_ACAUGACACAC__AAACAAAACGUGUAUAAC________AUCAUCAACAGAGGAGA
..((((.((..(((((((.........))))))))).))))...(((((.(......).........((((.............)))).....................))))).... (-15.39 = -15.51 +   0.13)

alignment

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secondary structure

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Window 3

Location 11,596,476 – 11,596,584
Length 108
Sequences 11
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.52
Shannon entropy 0.13580
G+C content 0.41317
Mean single sequence MFE -25.57
Consensus MFE -22.97
Energy contribution -23.15
Covariance contribution 0.18
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.66
Structure conservation index 0.90
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 0.82
SVM RNA-class probability 0.827722
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chrX 11596476 108 + 22422827
--UUUGUGUGUCAUGU-CCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAAGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUGGAGACUCCCUUGUGAGUAAACCAAG---UCAAACUG---
--...((.((.(.((.-.(((.(((......(((((((((((((((((((.(((....)))))))))..))))))...)))))))...)))))).....)).)---.)).))..--- ( -24.40, z-score =  -1.51, R)
>droSim1.chrX 8925429 108 + 17042790
--UUUGUGUGUCAUGU-UCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAAGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUGGAGACUCCCUUGUGAGUAAACCAAG---UCAAACUG---
--...((.((.(.((.-.(((.(((......(((((((((((((((((((.(((....)))))))))..))))))...)))))))...)))))).....)).)---.)).))..--- ( -25.10, z-score =  -1.70, R)
>droSec1.super_36 285143 108 + 449511
--UUUGUGUGUCAUGU-UCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAAGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUGGAGACUCCCUUGUGAGUAAACCAAG---UCAAACUG---
--...((.((.(.((.-.(((.(((......(((((((((((((((((((.(((....)))))))))..))))))...)))))))...)))))).....)).)---.)).))..--- ( -25.10, z-score =  -1.70, R)
>droYak2.chrX 6681858 108 - 21770863
--UUUGUGUGUCAUGU-UCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAAGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUGGAGACUCCCUUGUGAGUAAACCAAG---UCAAAGUG---
--((((..((......-.(((.(((......(((((((((((((((((((.(((....)))))))))..))))))...)))))))...)))))).....))..---.))))...--- ( -24.70, z-score =  -1.82, R)
>droEre2.scaffold_4690 15158755 108 - 18748788
--UUUGUGUGUCAUGU-UCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAAGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUGGAGACUCCCUUGUGAGUAAACCAAG---UCAAACUG---
--...((.((.(.((.-.(((.(((......(((((((((((((((((((.(((....)))))))))..))))))...)))))))...)))))).....)).)---.)).))..--- ( -25.10, z-score =  -1.70, R)
>droAna3.scaffold_13117 1091479 113 - 5790199
UGUGUUUGUGUCAUGUGUCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAGGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUGGAGACUCCCUUGUGAGUAAACCAAG---UCAAACUGAU-
...(((((......((..(((.(((......(((((((((((((((((((((.......))))))))..))))))...)))))))...))))))...))....---.)))))....- ( -29.30, z-score =  -1.89, R)
>dp4.chrXL_group1a 6832193 109 - 9151740
-UUUUGUGUGUCAUGU-UCUCAAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUACCAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUGGAGACUCCAUUGUGAGUAGACCAAA---GAAAACUG---
-((((.((.(((....-.((((....((...(((((((((((((((((((.((....))..))))))..))))))...)))))))))...))))..))))).)---))).....--- ( -26.30, z-score =  -1.31, R)
>droPer1.super_28 354969 109 - 1111753
-UUUUGUGUGUCAUGU-UCUCAAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUACCAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUGGAGACUCCAUUGUGAGUAGACCAAA---GAAAACUG---
-((((.((.(((....-.((((....((...(((((((((((((((((((.((....))..))))))..))))))...)))))))))...))))..))))).)---))).....--- ( -26.30, z-score =  -1.31, R)
>droVir3.scaffold_13042 2806094 115 + 5191987
-UUUUGUGUGUCAUGU-UCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAAGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUGGAGACUCCCUUGUGAGUAAACCAAAAAGUCAAAUUGCCA
-(((((.((.......-.(((.(((......(((((((((((((((((((.(((....)))))))))..))))))...)))))))...))))))...)))))))............. ( -25.40, z-score =  -1.75, R)
>droMoj3.scaffold_6328 3645093 111 - 4453435
-UUUUGUGUGUCAUGU-UCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAAGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUGGAGACUCCCUUGUGAGUAAACCAAA--GUCAAAAUGC--
-(((((..........-.(((.(((......(((((((((((((((((((.(((....)))))))))..))))))...)))))))...)))))).........--..)))))...-- ( -25.55, z-score =  -2.12, R)
>droGri2.scaffold_14853 8815521 111 - 10151454
-UUUUGUGUAUCAUGU-UCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAAGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUGGAGACUCCCUUGUGAGUAAACCAAA--GUAAAACUGC--
-(((((.((.((((..-...(......)...(((((((((((((((((((.(((....)))))))))..))))))...)))))))....))))....))))))--).........-- ( -24.00, z-score =  -1.43, R)
>consensus
__UUUGUGUGUCAUGU_UCUCUAUAUUGUCAGAGUCUCAACGCCCUUAUAAGAUGUGUGUCUAUAAGUCGGUGUUGUGGAGACUCCCUUGUGAGUAAACCAAG___UCAAACUG___
..............((..(((.(((......(((((((((((((((((((.(((....)))))))))..))))))...)))))))...))))))...)).................. (-22.97 = -23.15 +   0.18)

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