Locus 14072

Sequence ID	dm3.chrX
Location	10,942,020 – 10,942,127
Length	107
Max. P	0.997843

overview

Window 3

Location	10,942,020 – 10,942,127
Length	107
Sequences	14
Columns	110
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	72.49
Shannon entropy	0.64386
G+C content	0.65502
Mean single sequence MFE	-48.75
Consensus MFE	-16.05
Energy contribution	-15.94
Covariance contribution	-0.11
Combinations/Pair	1.75
Mean z-score	-3.22
Structure conservation index	0.33
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	3.19
SVM RNA-class probability	0.997843
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chrX 10942020 107 + 22422827
CUUCCUGCUCGCGCACGACUGCACACCGAACACGGCGCACACGGACGACCCGAGCUCCUUCGAGAUCCUGCUGCGCACCUCGCGGCGCGUGCGCGAGCGGGAAGCGC---
(((((((((((((((((.((((....((....))(((((((.(((...(.((((....)))).).))))).))))).....))))..)))))))))))))))))...--- ( -54.80, z-score =  -3.87, R)
>droSim1.chrX 8496317 107 + 17042790
CUUCCUGCUCGCGCACGACUGCACACCGAACACGGCGCACACGGACGACCCGAGGUCCUUCGAGAUCCUGCUGCGCACCUCGCGGCGCGUGCGCGAGCGGGAAGCGC---
(((((((((((((((((..(((...(((....))).)))..((((.((((...)))).)))).......((((((.....)))))).)))))))))))))))))...--- ( -56.40, z-score =  -3.86, R)
>droSec1.super_15 1653775 107 + 1954846
CUUCCUGCUCGCGCACGACUGCACACCGAACACGGCGCACACGGACGACCCGAGGUCCUUCGAGAUCCUGCUGCGCACCUCGCGGCGCGUGCGCGAGCGGGAAGCGC---
(((((((((((((((((..(((...(((....))).)))..((((.((((...)))).)))).......((((((.....)))))).)))))))))))))))))...--- ( -56.40, z-score =  -3.86, R)
>droYak2.chrX 10594926 107 - 21770863
CUUCCUGCUCGCGCACGACUGCACACCGAACACGGCGCACACGGACGACCCGAGGUCCUUCGAGAUCCUGCUGCGCACCUCGCGGCGCGUGCGCGAGCGGGAAGCGC---
(((((((((((((((((..(((...(((....))).)))..((((.((((...)))).)))).......((((((.....)))))).)))))))))))))))))...--- ( -56.40, z-score =  -3.86, R)
>droEre2.scaffold_4690 14566802 107 - 18748788
CUUCCUGCUCGCGCACGACUGCACACCGAACACGGCGCACACGGACGACCCGAGGUCCUUCGAGAUCCUGCUGCGCACCUCGCGGCGCGUGCGCGAGCGGGAAGCGC---
(((((((((((((((((..(((...(((....))).)))..((((.((((...)))).)))).......((((((.....)))))).)))))))))))))))))...--- ( -56.40, z-score =  -3.86, R)
>droAna3.scaffold_13417 5986539 107 - 6960332
CUUCCUGCUCGCGCACGACUGCUCCCCGAAUACGGCGCACACCGAUCACCCGGAGUCCUACGCCAUCAUUUUGAGGACAUCGCGGCGCGUGCGCGAGCGGGAAGCCC---
(((((((((((((((((.(((((((.((((...((((.((.(((......))).))....)))).....)))).)))....))))..)))))))))))))))))...--- ( -54.40, z-score =  -5.22, R)
>dp4.chrXL_group1e 813316 107 + 12523060
CUUCCUGCUCGCGCACGACUGCAGCCCGAACACUGCGCACACGGACGACCCCCGGUCCUACGCCAUCCUGUUGAGGACAUCGAGGCGCGUGCGCGAGCAGGAGGCUU---
(((((((((((((((((......((((((............(((.......)))(((((..((......))..))))).))).))).)))))))))))))))))...--- ( -53.70, z-score =  -4.29, R)
>droPer1.super_30 570017 107 - 958394
CUUCCUGCUCGCGCACGACUGCAGCCCGAACACUGCGCACACGGACGACCCCCGGUCCUACGCCAUCCUGUUGAGGACAUCGAGGCGCGUGCGCGAGCAGGAGGCUU---
(((((((((((((((((......((((((............(((.......)))(((((..((......))..))))).))).))).)))))))))))))))))...--- ( -53.70, z-score =  -4.29, R)
>droWil1.scaffold_180702 997838 107 + 4511350
CUUUCUGCUCGCGCACGACUGCAGUCCGAACACGGCGCACACCGAUGAUCCCGGCACAUAUGCAAUUUUGCUGCGCACUUCGCGGCGCGUGCACGAGCAGGAGGCGU---
(((((((((((.(((((..(((((((((..(((((......))).))....))).))...)))).....((((((.....)))))).))))).)))))))))))...--- ( -46.60, z-score =  -2.20, R)
>droVir3.scaffold_13042 2012974 107 - 5191987
GUUCCUGCUCGCCCACGACUGCAGCCCCAACACGGCACACACGGACGAUCCACUCAGCUAUGCCAUCCUGUUGCGCACAUCGCGCGCCGUACGCGAACAGGAGACUC---
.((((((.((((..(((...((((((.......)))......((.....)).........))).........((((.....))))..)))..)))).))))))....--- ( -31.80, z-score =  -0.93, R)
>droMoj3.scaffold_6328 837919 107 - 4453435
CUUUCUGCUCGCGCACGACUGCCGACCAAACACAUCGCACACGGACGAUCCACUGGACUACUCGAUCAUCCUGCGGACGUCCCGUUCGGUGCGCGAGCAGGAGACAC---
.(((((((((((((((((((((.((.........)))))...(((((.(((.(.(((...........))).).)))))))).)))..)))))))))))))))....--- ( -43.90, z-score =  -4.05, R)
>droGri2.scaffold_15081 3080640 107 + 4274704
GUUCCUGCUCGCGCACGAUUGCACCCCGAACACGGCGCACACGGAUGACCCAGCCACGUUUGCCAUCCUGCUGCGUACGUCGCGACGCGUGCUCGAGCAGGAGCCGU---
(((((((((((.(((((.((((...(((....)))((((((.(((((...(((......))).))))))).))))......))))..))))).)))))))))))...--- ( -48.40, z-score =  -2.89, R)
>anoGam1.chrX 2429279 105 - 22145176
UGCGAUGCUGUCGCACGACUGUCGCCCGAACACGAAGCACUAUUUUGACGACCGGCUGCAUAUGGUGCUGGUGGCGAC-----GGUCGACAUCCCGGCCGGUGGUGUCAU
((((((...)))))).((((((((((...((....((((((((..((.((......)))).)))))))).))))))))-----))))((((((((....)).)))))).. ( -46.30, z-score =  -2.06, R)
>triCas2.ChLG8 2199690 107 + 15773733
CUUCCUAAUGUCACACGAUUGUGUCCCUAACACGAAUCACAUUGACGAAGAAAGUACCUUCAGGUUAACAGUUCGGGCCUC--GACUAGGAUAGAACCUGGCGAAAUGA-
..(((...(((((...((((((((.....)))).))))....)))))..(((...(((....)))......))))))..((--(.(((((......)))))))).....- ( -23.30, z-score =   0.20, R)
>consensus
CUUCCUGCUCGCGCACGACUGCACCCCGAACACGGCGCACACGGACGACCCGAGGUCCUACGCGAUCCUGCUGCGCACCUCGCGGCGCGUGCGCGAGCAGGAGGCGC___
(((((((((((.(((....)))....................((.....))..........................................)))))))))))...... (-16.05 = -15.94 +  -0.11)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	10,942,020 – 10,942,127
Length	107
Sequences	14
Columns	110
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	72.49
Shannon entropy	0.64386
G+C content	0.65502
Mean single sequence MFE	-53.46
Consensus MFE	-20.47
Energy contribution	-20.58
Covariance contribution	0.11
Combinations/Pair	1.90
Mean z-score	-2.49
Structure conservation index	0.38
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	2.52
SVM RNA-class probability	0.992137
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chrX 10942020 107 - 22422827
---GCGCUUCCCGCUCGCGCACGCGCCGCGAGGUGCGCAGCAGGAUCUCGAAGGAGCUCGGGUCGUCCGUGUGCGCCGUGUUCGGUGUGCAGUCGUGCGCGAGCAGGAAG
---...(((((.(((((((((((((((....)))))...((.(((((((((......)))))..)))).((..(((((....)))))..)))).)))))))))).))))) ( -63.30, z-score =  -3.52, R)
>droSim1.chrX 8496317 107 - 17042790
---GCGCUUCCCGCUCGCGCACGCGCCGCGAGGUGCGCAGCAGGAUCUCGAAGGACCUCGGGUCGUCCGUGUGCGCCGUGUUCGGUGUGCAGUCGUGCGCGAGCAGGAAG
---...(((((.(((((((((((((((....)))))...((.(((((((((......)))))..)))).((..(((((....)))))..)))).)))))))))).))))) ( -63.30, z-score =  -3.64, R)
>droSec1.super_15 1653775 107 - 1954846
---GCGCUUCCCGCUCGCGCACGCGCCGCGAGGUGCGCAGCAGGAUCUCGAAGGACCUCGGGUCGUCCGUGUGCGCCGUGUUCGGUGUGCAGUCGUGCGCGAGCAGGAAG
---...(((((.(((((((((((((((....)))))...((.(((((((((......)))))..)))).((..(((((....)))))..)))).)))))))))).))))) ( -63.30, z-score =  -3.64, R)
>droYak2.chrX 10594926 107 + 21770863
---GCGCUUCCCGCUCGCGCACGCGCCGCGAGGUGCGCAGCAGGAUCUCGAAGGACCUCGGGUCGUCCGUGUGCGCCGUGUUCGGUGUGCAGUCGUGCGCGAGCAGGAAG
---...(((((.(((((((((((((((....)))))...((.(((((((((......)))))..)))).((..(((((....)))))..)))).)))))))))).))))) ( -63.30, z-score =  -3.64, R)
>droEre2.scaffold_4690 14566802 107 + 18748788
---GCGCUUCCCGCUCGCGCACGCGCCGCGAGGUGCGCAGCAGGAUCUCGAAGGACCUCGGGUCGUCCGUGUGCGCCGUGUUCGGUGUGCAGUCGUGCGCGAGCAGGAAG
---...(((((.(((((((((((((((....)))))...((.(((((((((......)))))..)))).((..(((((....)))))..)))).)))))))))).))))) ( -63.30, z-score =  -3.64, R)
>droAna3.scaffold_13417 5986539 107 + 6960332
---GGGCUUCCCGCUCGCGCACGCGCCGCGAUGUCCUCAAAAUGAUGGCGUAGGACUCCGGGUGAUCGGUGUGCGCCGUAUUCGGGGAGCAGUCGUGCGCGAGCAGGAAG
---...(((((.(((((((((((.((.((.(((((.((.....)).)))))....(((((((((..((((....))))))))))))).)).))))))))))))).))))) ( -55.90, z-score =  -2.94, R)
>dp4.chrXL_group1e 813316 107 - 12523060
---AAGCCUCCUGCUCGCGCACGCGCCUCGAUGUCCUCAACAGGAUGGCGUAGGACCGGGGGUCGUCCGUGUGCGCAGUGUUCGGGCUGCAGUCGUGCGCGAGCAGGAAG
---.....(((((((((((((((((((.....(((((....)))))))))).(.((((((.....)))).)).)(((((......)))))....)))))))))))))).. ( -55.90, z-score =  -2.72, R)
>droPer1.super_30 570017 107 + 958394
---AAGCCUCCUGCUCGCGCACGCGCCUCGAUGUCCUCAACAGGAUGGCGUAGGACCGGGGGUCGUCCGUGUGCGCAGUGUUCGGGCUGCAGUCGUGCGCGAGCAGGAAG
---.....(((((((((((((((((((.....(((((....)))))))))).(.((((((.....)))).)).)(((((......)))))....)))))))))))))).. ( -55.90, z-score =  -2.72, R)
>droWil1.scaffold_180702 997838 107 - 4511350
---ACGCCUCCUGCUCGUGCACGCGCCGCGAAGUGCGCAGCAAAAUUGCAUAUGUGCCGGGAUCAUCGGUGUGCGCCGUGUUCGGACUGCAGUCGUGCGCGAGCAGAAAG
---.......((((((((((((.((.((((..((((((.(((....)))......(((((.....)))))))))))))))..))(((....))))))))))))))).... ( -48.30, z-score =  -1.33, R)
>droVir3.scaffold_13042 2012974 107 + 5191987
---GAGUCUCCUGUUCGCGUACGGCGCGCGAUGUGCGCAACAGGAUGGCAUAGCUGAGUGGAUCGUCCGUGUGUGCCGUGUUGGGGCUGCAGUCGUGGGCGAGCAGGAAC
---.....((((((((((.((((((((((...))))((..(((.((((((((.(....(((.....))).))))))))).)))..))....)))))).)))))))))).. ( -53.00, z-score =  -3.04, R)
>droMoj3.scaffold_6328 837919 107 + 4453435
---GUGUCUCCUGCUCGCGCACCGAACGGGACGUCCGCAGGAUGAUCGAGUAGUCCAGUGGAUCGUCCGUGUGCGAUGUGUUUGGUCGGCAGUCGUGCGCGAGCAGAAAG
---.......(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.(.(.....).).)))))))).)))).))))).)))).))))......))))))))))).... ( -50.90, z-score =  -3.35, R)
>droGri2.scaffold_15081 3080640 107 - 4274704
---ACGGCUCCUGCUCGAGCACGCGUCGCGACGUACGCAGCAGGAUGGCAAACGUGGCUGGGUCAUCCGUGUGCGCCGUGUUCGGGGUGCAAUCGUGCGCGAGCAGGAAC
---.....(((((((((.(((((.((.(((.....))).)).(((((((...((....)).))))))).((..(.(((....))).)..))..))))).))))))))).. ( -52.20, z-score =  -1.52, R)
>anoGam1.chrX 2429279 105 + 22145176
AUGACACCACCGGCCGGGAUGUCGACC-----GUCGCCACCAGCACCAUAUGCAGCCGGUCGUCAAAAUAGUGCUUCGUGUUCGGGCGACAGUCGUGCGACAGCAUCGCA
(((((.....((((.((((((.....)-----))).))....(((.....))).))))((((((..((((........))))..)))))).)))))((((.....)))). ( -33.70, z-score =   0.83, R)
>triCas2.ChLG8 2199690 107 - 15773733
-UCAUUUCGCCAGGUUCUAUCCUAGUC--GAGGCCCGAACUGUUAACCUGAAGGUACUUUCUUCGUCAAUGUGAUUCGUGUUAGGGACACAAUCGUGUGACAUUAGGAAG
-...........(((((...(((....--.)))...))))).....((((((((.....)))))(((.(..(((((.(((((...))))))))))..))))...)))... ( -26.10, z-score =  -0.03, R)
>consensus
___GCGCCUCCCGCUCGCGCACGCGCCGCGAGGUGCGCAGCAGGAUCGCGAAGGACCUCGGGUCGUCCGUGUGCGCCGUGUUCGGGGUGCAGUCGUGCGCGAGCAGGAAG
............((((((((((....................................(((.....)))..(((((((....)))..))))...))))))))))...... (-20.47 = -20.58 +   0.11)

alignment

secondary structure

dotplot

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