Locus 13246

Sequence ID	dm3.chrX
Location	5,293,641 – 5,293,758
Length	117
Max. P	0.951160

overview

Window 6

Location	5,293,641 – 5,293,758
Length	117
Sequences	12
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.62
Shannon entropy	0.05179
G+C content	0.45178
Mean single sequence MFE	-25.23
Consensus MFE	-23.90
Energy contribution	-24.07
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.35
Structure conservation index	0.95
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	0.45
SVM RNA-class probability	0.699894
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chrX 5293641 117 + 22422827
GAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA---AAGAGAGCGCUCCAACUCCG
.............(((((((((((.(((..((((......((((..((((((.....)))..)))...))))........))))..))).)))))).---......)))))......... ( -25.05, z-score =  -1.42, R)
>droSim1.chrX 4070958 117 + 17042790
GAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA---AAGAGAGCGCUCCAACUCCG
.............(((((((((((.(((..((((......((((..((((((.....)))..)))...))))........))))..))).)))))).---......)))))......... ( -25.05, z-score =  -1.42, R)
>droSec1.super_4 4717787 117 - 6179234
GAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA---AAGAGAGCGCUCCAACUCCG
.............(((((((((((.(((..((((......((((..((((((.....)))..)))...))))........))))..))).)))))).---......)))))......... ( -25.05, z-score =  -1.42, R)
>droYak2.chrX 18594694 117 - 21770863
GAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA---AAGAGAGCGCUCCAACUCCG
.............(((((((((((.(((..((((......((((..((((((.....)))..)))...))))........))))..))).)))))).---......)))))......... ( -25.05, z-score =  -1.42, R)
>droEre2.scaffold_4690 2647718 117 + 18748788
GAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA---AAGAGAGCGCUCCAACUCCG
.............(((((((((((.(((..((((......((((..((((((.....)))..)))...))))........))))..))).)))))).---......)))))......... ( -25.05, z-score =  -1.42, R)
>droAna3.scaffold_13117 2744390 117 + 5790199
GAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA---AAGAGAGCGCUCCACUUCCG
.............((((.((((((.(((..((((......((((..((((((.....)))..)))...))))........))))..))).)))))).---..(((....))))))).... ( -25.34, z-score =  -1.44, R)
>dp4.chrXL_group1e 10885277 120 + 12523060
GAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGUUGAAUAUCAGAGAGAAGAGAGCGCUCCAGUUCCG
((((..(((.....))).((((((.(((..((((......((((..((((((.....)))..)))...))))........))))..))).))))))......(((....)))..)))).. ( -27.14, z-score =  -1.18, R)
>droPer1.super_14 327270 120 + 2168203
GAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGUUGAAUAUCAGAGAGAAGAGAGCGCUCCAGUUCCG
((((..(((.....))).((((((.(((..((((......((((..((((((.....)))..)))...))))........))))..))).))))))......(((....)))..)))).. ( -27.14, z-score =  -1.18, R)
>droWil1.scaffold_181096 9003027 117 + 12416693
GAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACACAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA---AAGAGAGCGCUCUAAUUCCG
......(((.....))).((((((.(((..((((......((((..((.(((.....))).)).....))))........))))..))).)))))).---.((((....))))....... ( -22.94, z-score =  -1.07, R)
>droVir3.scaffold_12932 1831568 117 - 2102469
GAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCCGA---AAGAGAGCGCUCCAACUCCG
.............(((((((((((.(((..((((......((((..((((((.....)))..)))...))))........))))..))).))))(..---..))).)))))......... ( -24.84, z-score =  -1.49, R)
>droMoj3.scaffold_6308 298430 117 + 3356042
GAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA---CAGAGAGCGCUCCAACUCCG
.............(((((((((((.(((..((((......((((..((((((.....)))..)))...))))........))))..))).)))))).---......)))))......... ( -25.05, z-score =  -1.35, R)
>droGri2.scaffold_14853 2508446 117 + 10151454
GAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA---AAGAGAGCGCUCCAACUCCG
.............(((((((((((.(((..((((......((((..((((((.....)))..)))...))))........))))..))).)))))).---......)))))......... ( -25.05, z-score =  -1.42, R)
>consensus
GAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA___AAGAGAGCGCUCCAACUCCG
.............(((((((((((.(((..((((......((((..((((((.....)))..)))...))))........))))..))).))))))..........)))))......... (-23.90 = -24.07 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	5,293,641 – 5,293,758
Length	117
Sequences	12
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.62
Shannon entropy	0.05179
G+C content	0.45178
Mean single sequence MFE	-37.83
Consensus MFE	-37.25
Energy contribution	-37.26
Covariance contribution	0.01
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.86
Structure conservation index	0.98
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	1.57
SVM RNA-class probability	0.951160
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chrX 5293641 117 - 22422827
CGGAGUUGGAGCGCUCUCUU---UCUGAUAUUCAGCUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUC
........((((((......---(((((((((((..((((((......((((...(((((........)).)))..))))....))))))..)))))))))))(((.....))))))))) ( -37.90, z-score =  -1.80, R)
>droSim1.chrX 4070958 117 - 17042790
CGGAGUUGGAGCGCUCUCUU---UCUGAUAUUCAGCUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUC
........((((((......---(((((((((((..((((((......((((...(((((........)).)))..))))....))))))..)))))))))))(((.....))))))))) ( -37.90, z-score =  -1.80, R)
>droSec1.super_4 4717787 117 + 6179234
CGGAGUUGGAGCGCUCUCUU---UCUGAUAUUCAGCUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUC
........((((((......---(((((((((((..((((((......((((...(((((........)).)))..))))....))))))..)))))))))))(((.....))))))))) ( -37.90, z-score =  -1.80, R)
>droYak2.chrX 18594694 117 + 21770863
CGGAGUUGGAGCGCUCUCUU---UCUGAUAUUCAGCUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUC
........((((((......---(((((((((((..((((((......((((...(((((........)).)))..))))....))))))..)))))))))))(((.....))))))))) ( -37.90, z-score =  -1.80, R)
>droEre2.scaffold_4690 2647718 117 - 18748788
CGGAGUUGGAGCGCUCUCUU---UCUGAUAUUCAGCUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUC
........((((((......---(((((((((((..((((((......((((...(((((........)).)))..))))....))))))..)))))))))))(((.....))))))))) ( -37.90, z-score =  -1.80, R)
>droAna3.scaffold_13117 2744390 117 - 5790199
CGGAAGUGGAGCGCUCUCUU---UCUGAUAUUCAGCUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUC
(....)..((((((......---(((((((((((..((((((......((((...(((((........)).)))..))))....))))))..)))))))))))(((.....))))))))) ( -38.10, z-score =  -1.91, R)
>dp4.chrXL_group1e 10885277 120 - 12523060
CGGAACUGGAGCGCUCUCUUCUCUCUGAUAUUCAACUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUC
........((((((.........(((((((((((..((((((......((((...(((((........)).)))..))))....))))))..)))))))))))(((.....))))))))) ( -38.00, z-score =  -2.12, R)
>droPer1.super_14 327270 120 - 2168203
CGGAACUGGAGCGCUCUCUUCUCUCUGAUAUUCAACUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUC
........((((((.........(((((((((((..((((((......((((...(((((........)).)))..))))....))))))..)))))))))))(((.....))))))))) ( -38.00, z-score =  -2.12, R)
>droWil1.scaffold_181096 9003027 117 - 12416693
CGGAAUUAGAGCGCUCUCUU---UCUGAUAUUCAGCUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGUGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUC
........((((((......---(((((((((((..((((((......((((...(.(((((.......))))).)))))....))))))..)))))))))))(((.....))))))))) ( -38.60, z-score =  -2.68, R)
>droVir3.scaffold_12932 1831568 117 + 2102469
CGGAGUUGGAGCGCUCUCUU---UCGGAUAUUCAGCUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUC
((((...((((....)))))---)))((((((((..((((((......((((...(((((........)).)))..))))....))))))..)))))))).(((((((....))))))). ( -34.30, z-score =  -0.66, R)
>droMoj3.scaffold_6308 298430 117 - 3356042
CGGAGUUGGAGCGCUCUCUG---UCUGAUAUUCAGCUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUC
........(((((((....(---(((((((((((..((((((......((((...(((((........)).)))..))))....))))))..))))))))))))((.....))))))))) ( -39.50, z-score =  -2.10, R)
>droGri2.scaffold_14853 2508446 117 - 10151454
CGGAGUUGGAGCGCUCUCUU---UCUGAUAUUCAGCUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUC
........((((((......---(((((((((((..((((((......((((...(((((........)).)))..))))....))))))..)))))))))))(((.....))))))))) ( -37.90, z-score =  -1.80, R)
>consensus
CGGAGUUGGAGCGCUCUCUU___UCUGAUAUUCAGCUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUC
........((((((.........(((((((((((..((((((......((((...(((((........)).)))..))))....))))))..)))))))))))(((.....))))))))) (-37.25 = -37.26 +   0.01)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Wed Apr 20 01:17:37 2011