Locus 12707

Sequence ID	dm3.chrX
Location	1,675,802 – 1,675,880
Length	78
Max. P	0.852677

overview

Window 5

Location	1,675,802 – 1,675,880
Length	78
Sequences	15
Columns	78
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.39
Shannon entropy	0.29036
G+C content	0.40000
Mean single sequence MFE	-20.70
Consensus MFE	-15.40
Energy contribution	-15.79
Covariance contribution	0.39
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-1.87
Structure conservation index	0.74
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	0.92
SVM RNA-class probability	0.852677
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chrX 1675802 78 - 22422827
UGAGGACUAAAUAUCCGUGCAUCCCCACAAGGUGCUGUAUUUAUAUACAAAUGGAAAUGUACCCCGGAUUUUAGUUUA
...((((((((.(((((((......)))..((((((((((....))))).((....)))))))..)))))))))))). ( -20.40, z-score =  -2.14, R)
>droSim1.chrX 1184373 78 - 17042790
UGAGGACUAAAUAUCCGUGCAUCCCCACAAGGUGCUGUAUUUAUAUACAAAUGGAAAUGUACCCCGGAUUUUAGUUUA
...((((((((.(((((((......)))..((((((((((....))))).((....)))))))..)))))))))))). ( -20.40, z-score =  -2.14, R)
>droSec1.super_10 1470703 78 - 3036183
UGAGGACUAAAUAUCCGUGCAUCCCCACAAGGUGCUGUAUUUAUAUACAAAUGGAAAUGUACCCCGGAUUUUAGUUUA
...((((((((.(((((((......)))..((((((((((....))))).((....)))))))..)))))))))))). ( -20.40, z-score =  -2.14, R)
>droYak2.chrX 1521128 78 - 21770863
UGAGGACUAAAUAUCCGUGCAUCCCCACAAGGUGCUGUAUUUAUAUACAAAUGGAAAUGUACCCCGGAUUUUAGUUUA
...((((((((.(((((((......)))..((((((((((....))))).((....)))))))..)))))))))))). ( -20.40, z-score =  -2.14, R)
>droEre2.scaffold_4644 1653644 78 - 2521924
UGAGGACUAAAUAUCCGUGCAUCCCCACAAGGUGCUGUAUUUAUAUACAAAUGGAAAUGUACCCCGGAUUUUAGUUUA
...((((((((.(((((((......)))..((((((((((....))))).((....)))))))..)))))))))))). ( -20.40, z-score =  -2.14, R)
>droAna3.scaffold_12929 1681678 78 + 3277472
UGAGGACUAAAUAUCCGUGCAUCCCCACAAGGUGCUGUAUUUAUAUACAAAUGGAAAUGUACCCCGGAUUUUAGUUUA
...((((((((.(((((((......)))..((((((((((....))))).((....)))))))..)))))))))))). ( -20.40, z-score =  -2.14, R)
>dp4.chrXL_group1a 4244148 78 - 9151740
UGAGGACUAAAUAUCCGUGCAUCCCCACAAGGUGCUGUAUUUAUAUACAAAUGGAAAUGUACCCCGGAUUUUAGUUUA
...((((((((.(((((((......)))..((((((((((....))))).((....)))))))..)))))))))))). ( -20.40, z-score =  -2.14, R)
>droPer1.super_11 819615 78 - 2846995
UGAGGACUAAAUAUCCGUGCAUCCCCACAAGGUGCUGUAUUUAUAUACAAAUGGAAAUGUACCCCGGAUUUUAGUUUA
...((((((((.(((((((......)))..((((((((((....))))).((....)))))))..)))))))))))). ( -20.40, z-score =  -2.14, R)
>droWil1.scaffold_181096 7702525 78 + 12416693
UGAGGACUAAAUAUCCGUGCAUCCCCACAAGGUGCUGUAUUAAUAUACAAAUGGAAAUGUACCCCGGAUUUUAGUUUA
...((((((((.(((((((......)))..((((((((((....))))).((....)))))))..)))))))))))). ( -20.40, z-score =  -2.20, R)
>droVir3.scaffold_12942 110462 78 + 183257
UGAGGACUAAAUAUCCGUGCAUCCCCACAUGGUGCUGUAUUUAUAUACAAAUGGAAAUGUACCCCGGAUUUUAGUUUA
...((((((((.(((((((......)))..((((((((((....))))).((....)))))))..)))))))))))). ( -20.20, z-score =  -1.88, R)
>droMoj3.scaffold_6328 36897 78 + 4453435
UGAGGACUAAAUAUCCGUGCAUCCCCACAUGGUGCUGUAUUUAUAUACAAAUGGAAAUGUACCCCGGAUUUUAGUUUA
...((((((((.(((((((......)))..((((((((((....))))).((....)))))))..)))))))))))). ( -20.20, z-score =  -1.88, R)
>droGri2.scaffold_14853 9335297 78 + 10151454
UGAGGACUAAAUAUCCGUGCAUCCCCACAUGGUGCUGUAUUUAUAUACAAAUGGAAAUGUACCCCGGAUUUUAGUUUA
...((((((((.(((((((......)))..((((((((((....))))).((....)))))))..)))))))))))). ( -20.20, z-score =  -1.88, R)
>anoGam1.chrX 19110708 78 + 22145176
UGCGGGCUGAAGACGCGCGCAUCGCCGCACGGUGCCGUGUUGAUGUACAGAUGGAAGUAGAUGCCGUCCUUCAGCGUG
..((.((((((((((((.((((((.....))))))))))).........(((((.........)))))))))))).)) ( -31.10, z-score =  -1.01, R)
>apiMel3.Group15 3289257 78 - 7856270
UGUGGUGAAAAUAUUCUUGCAUCACCACAUGGUGCGGUAUUUAUGUACAAAUGAAACUGAAUGCCUUGUUUUAGCUUA
((((((((.............)))))))).(((.((((.(((((......)))))))))...)))............. ( -17.82, z-score =  -1.17, R)
>triCas2.ChLG4 12729145 78 - 13894384
UGAGGACAAAAAAUUCGAGCGUCACCACACGGUGCGAUAUUUAUGUAAAGGUGGAAUUCGAUUCCAUCCUUAAGUUUG
((((((........(((((..((((((((..(........)..)))...)))))..))))).....))))))...... ( -17.42, z-score =  -0.92, R)
>consensus
UGAGGACUAAAUAUCCGUGCAUCCCCACAAGGUGCUGUAUUUAUAUACAAAUGGAAAUGUACCCCGGAUUUUAGUUUA
...((((((((.(((((.(((((.......))))).((((....))))................))))))))))))). (-15.40 = -15.79 +   0.39)

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