| Sequence ID | dm3.chrX |
|---|---|
| Location | 1,002,762 – 1,002,902 |
| Length | 140 |
| Max. P | 0.865940 |
| Location | 1,002,762 – 1,002,902 |
|---|---|
| Length | 140 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 142 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 66.31 |
| Shannon entropy | 0.62053 |
| G+C content | 0.48179 |
| Mean single sequence MFE | -43.98 |
| Consensus MFE | -16.59 |
| Energy contribution | -16.77 |
| Covariance contribution | 0.18 |
| Combinations/Pair | 1.57 |
| Mean z-score | -1.77 |
| Structure conservation index | 0.38 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.98 |
| SVM RNA-class probability | 0.865940 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chrX 1002762 140 + 22422827 UAUAUGUAUAUAACGUAUAUGUAUAUGUACGAUCGCGCUGAUCGGUCAGUCAGAUGGGUCAGAUCGUUUGGAUCGGUCUGCAUGUGGACAUGUGGAUAUGGCCGCAGGUCGACAUAAUCAUCAAAC--ACAUUUAGCGGAUG ((((((((((((.....))))))))))))((((((((((((((.(((.....))).))))))..)))...)))))((((((((((((((.(((((......))))).)))((.....))......)--))))...)))))). ( -48.30, z-score = -2.29, R) >droSim1.chrX_random 866434 140 + 5698898 UAUAUGCAUAUAACGUAUAUGUAUAUGUACGAUCGCGAUGAUCGGUCGGUCAGAUGGGUCAGAUCGUUUGGAUCGGUCUGCAUGUGGACAUGUGGAUAUGGCCGCAGGUCGACACAAUCAGCAAAC--ACAUUUAGCGGAUG ((((((((((((...))))))))))))..((((((((((((((.(((.....))).)))))..))))...)))))((((((((((((((.(((((......))))).)))((.....))......)--))))...)))))). ( -49.10, z-score = -2.33, R) >droSec1.super_10 829913 140 + 3036183 UAUAUGCAUUUAACGUAUAUGUAUAUGUACGACCGCGAUGAUCGGUCGGUCAGAUGGGUCAGAUCGUUUGGAUCGGUCUGCAUGUGGACAUGUGGAUAUGGCCGCAGGUCGACAUAAUCAGCAAAC--ACAUUUAGCGGAUG (((((((.......)))))))..(((((.(((((((..(((((....)))))....(((((((((.....)))).(((..((((....))))..))).))))))).))))))))))(((.((....--.......)).))). ( -46.90, z-score = -1.76, R) >droYak2.chrX 913390 123 + 21770863 ---------UAUAUGCACACCUAUGCAUACGAUCGCGCUGAUCGACCAG----AUGGGUUAGAUGGGUUAGAUCGGUCUGCAUAUCG----GUGGAUAUGGCCGCAGGUCGGCAUAAUCAGCAAAC--ACAUUUUGCGGAUG ---------..(((((.((((((((((..(((((..(((.(((((((..----...)))).))).)))..)))))...))))))..)----)))....(((((...))))))))))(((.(((((.--....))))).))). ( -43.90, z-score = -2.35, R) >droEre2.scaffold_4644 980328 107 + 2521924 ---------------------UGUAUGUACAAUCGCGCUGAUCGGUCUG----AUGGGUCAGAUCGGUAGGAUCGGUCUGCAU--------GUGGAUAUGGCCGAAUGUCGGCAUACGCAGCAAGC--ACAUUUAGCGGAUG ---------------------..........(((.((((((((((((((----(....)))))))))).......(..(((.(--------(((......((((.....))))...)))))))..)--.....)))))))). ( -37.70, z-score = -1.29, R) >droAna3.scaffold_12929 791770 118 + 3277472 --------------UAUUAUAUAUUCGGGGAGAUGUGCUCAUCGGAUCAUC--AUAAUCGUCAUUAUCUGGCCUGGCCCGGGU--------AUGGCCAUCGGUCGCGGCCAAAAUAAUUGCUGAGCGGACAUUUCGCGGAUG --------------..........((.(.((((((((((((...(((....--...)))((.(((((.((((((((((..((.--------....))...))))).)))))..))))).)))))))..))))))).).)).. ( -38.00, z-score = -0.59, R) >consensus __________UAACGUAUAUGUAUAUGUACGAUCGCGCUGAUCGGUCAGUC__AUGGGUCAGAUCGUUUGGAUCGGUCUGCAUGUGG____GUGGAUAUGGCCGCAGGUCGACAUAAUCAGCAAAC__ACAUUUAGCGGAUG .............................(((((..(((((((((((.........)))).)))))))..)))))((((((..........((((......))))..((.((.....)).)).............)))))). (-16.59 = -16.77 + 0.18)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Wed Apr 20 01:04:55 2011