| Sequence ID | dm3.chrXHet |
|---|---|
| Location | 9,237 – 9,357 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.829389 |
| Location | 9,237 – 9,357 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 15 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 83.55 |
| Shannon entropy | 0.38895 |
| G+C content | 0.57278 |
| Mean single sequence MFE | -45.66 |
| Consensus MFE | -25.11 |
| Energy contribution | -25.63 |
| Covariance contribution | 0.51 |
| Combinations/Pair | 1.31 |
| Mean z-score | -2.03 |
| Structure conservation index | 0.55 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.83 |
| SVM RNA-class probability | 0.829389 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chrXHet 9237 120 - 204112 CCCACUCCGAUGUCGCCCUCCGUGAUAAAGGUUCCUAUCACGUUGACAAAUAAUUCUGGGGCGGAGGUGGCCGCGGCCAUGAAAGUGGCACCCGCCACAUCAUUGGACAUGUUGAGUGCU ..(((((..((((((((((.(((((((........)))))))..((........)).))))).((.(((((.(..(((((....)))))..).))))).))....)))))...))))).. ( -47.80, z-score = -2.48, R) >droSim1.chrXh_random 9460 120 + 84659 CCCACUCCGAUGUCGCCCUCCGUGAUAAAGGUUCCUAUCACGUUGACAAAUAGCUCUGGGGCGGAGGUGGCCGCGGCCAUGAACGUGGCACCCGCCACAUCAUUGGACAUGUUGAGUGCU ..(((((..((((((((((..((((((........))))))((((.....))))...))))).((.(((((.(..(((((....)))))..).))))).))....)))))...))))).. ( -46.50, z-score = -1.54, R) >droSec1.super_109 9102 120 + 87397 CCCACUCCGAUGUCGCCCUCCGUGAUAAAGGUUCCUAUCACGUUGACAAAUAGCUCUGGGGCGGAGGUGGCCGCGGCCAUGAACGUGGCACCCGCCACAUCAUUGGACAUGUUGAGUGCU ..(((((..((((((((((..((((((........))))))((((.....))))...))))).((.(((((.(..(((((....)))))..).))))).))....)))))...))))).. ( -46.50, z-score = -1.54, R) >droYak2.chrX 21755765 120 - 21770863 CCCACACCGAUGUCGCCCUCCGUGAUAAAGGUUCCUAUCACGUUAACGAAUAACUCUGGGGCGGAGGUGGCGGCGGCCAUGAACGUGGCACCCGCCACAUCAUUGGACAUGUUGAGAGCU ......(((((((((((((..((((((........))))))((((.....))))...)))))))..(((((((..(((((....)))))..)))))))..)))))).............. ( -50.00, z-score = -2.85, R) >droEre2.scaffold_4690 18687123 120 - 18748788 CCCACUCCGAUGUCGCCUUCCGUGAUAAAGGUUCCUAUCACGUUGACAAAUAGCUCUGGGGCGGAGGUGGCCGCGGCCAUGAAUGUGGCACCCGCCACAUCAUUGGACAUGUUGAGUGCU ..(((((..((((((((((((((((((........)))))))..........(((....)))))))))(((....)))((((.((((((....))))))))))..)))))...))))).. ( -47.00, z-score = -1.86, R) >droAna3.scaffold_12929 2272135 120 + 3277472 CCUACUCCGAUGUCGCCCUCCGUGAUGAAGGUCCCUAUCACGUUGACGAAGAGUUCCGGAGCGGAGGUGGCCGCUGCCAUGAACGUGGCUCCCGCCACAUCGUUGGACAUGUUGAGUGCU ..(((((..(((((......(((((((........)))))))..(((((...((((.(((((((......))))).))..))))(((((....))))).))))).)))))...))))).. ( -44.40, z-score = -1.31, R) >dp4.chrXL_group1e 11973417 120 + 12523060 CCCACUCCGAUGUCGCCCUCUGUGAUGAAGGUGCCUAUCACGUUGACGAACAGCUCCGGGGCGGAAGUGGCCGCGGCCAUGAACGUGGCCCCCGCCACAUCGUUGGACAUGUUGAGGGCU (((..((((((((((((((..((((((........))))))((((.....))))...)))))))..(((((.(.((((((....)))))).).)))))..)))))))(.....).))).. ( -50.00, z-score = -1.25, R) >droPer1.super_30 664173 120 - 958394 CCCACUCCGAUGUCGCCCUCUGUGAUGAAGGUGCCUAUCACGUUGACGAACAGCUCCGGGGCGGAAGUGGCCGCGGCCAUGAACGUGGCCCCCGCCACAUCGUUGGACAUGUUGAGGGCU (((..((((((((((((((..((((((........))))))((((.....))))...)))))))..(((((.(.((((((....)))))).).)))))..)))))))(.....).))).. ( -50.00, z-score = -1.25, R) >droWil1.scaffold_180702 3719537 120 + 4511350 CCAACACCGAUGUCACCCUCUGUGAUAAAUGUGCCUAUCACAUUGACAAACAACUCGGGGGCCGAUGUGGCUGCAGCCAUAAAUGUGGCCCCCGCCACAUCGUUGGACAUGUUGAGGGCU ...............((((((((((((........)))))))..((((.......(((((((((.((((((....))))))....)))))))))(((......)))...))))))))).. ( -46.30, z-score = -2.54, R) >droVir3.scaffold_12928 7411848 120 + 7717345 CCGACACCGAUGUCGCCCUCCGUGAUAAAUGUGCCUAUCACAUUGACAAAGAGCUCCGGCGCGGAUGUGGCCGCGGCCAUAAACGUGGCGCCCGCCACAUCGUUGGACAUAUUGAGUGCU (((((..((.(((((..(((..((...((((((.....))))))..))..)))...)))))))((((((((.(((.((((....)))))))..))))))))))))).............. ( -44.90, z-score = -1.78, R) >droMoj3.scaffold_6328 536384 120 - 4453435 CCCACUCCGAUGUCGCCCUCCGUGAUAAAUGUGCCUAUCACAUUGACAAAGAGCUCUGGCGCUGAUGUGGCCGCGGCCAUAAACGUGGCGCCCGCCACAUCAUUGGACAUAUUGAGUGCU ..(((((..(((((((((((..((...((((((.....))))))..))..)))....)))..(((((((((.(((.((((....)))))))..)))))))))...)))))...))))).. ( -48.20, z-score = -3.87, R) >droGri2.scaffold_15203 5251452 120 + 11997470 CCAACACCGAUAUCGCCCUCCGUAAUGAAUGUCCCUAUCACAUUCACAAAGAGCUCCGGCGCCGAUGUGGCAGCGGCCAUAAAAGUGGCACCCGCCACAUCGUUGGACAUGUUUAAUGCU (((((........(((((((.....(((((((.......)))))))....)))....))))..((((((((.(..(((((....)))))..).))))))))))))).............. ( -42.80, z-score = -3.85, R) >anoGam1.chr3L 27935033 120 + 41284009 CCGACGCCGAUGUCACCUUCGGUGAUGAACGUGCCAAUCACGUUCACGAACAGUUCUGGGGCGGAGGUGGCCGCUGCCAUAAACGUGGCACCGGCUACAUCGUUGGACAUGUUUAACGCU .(..((((...((((((...))))))(((((((.....)))))))..............))))..)(((((((.((((((....)))))).)))))))..(((((((....))))))).. ( -51.10, z-score = -2.80, R) >apiMel3.GroupUn 6034721 120 - 399230636 CCGACACCGAUGUCACCUUCGGUGAUAAAUGUACCGAUUGCAUUUACGAACAGUUCCGGUGCCGACGUUGCUGCAGCCAUAAAAGUAGCACCUGCUACGUCCUUGGACAUCGAAAGUGCU ....((((((........))))))...............((((((.(((.((((..((.......))..))))..((((.....(((((....))))).....))).).))).)))))). ( -36.00, z-score = -1.89, R) >triCas2.ChLG5 6049857 120 + 18847211 CCGACGCCGAUAUCGCCCUGAGUGACGAAGGUGCCGACGCAGUUGAUGAAUAACUCUGGACUAGAACUGGCCAUGGCCAUGAAAGUGGCUCCGGCGACGUCUUCUCGCAUGUUUAAGCCU .((.((((....((((.....))))....)))).))..(((((((.....)))))...((..(((..(.(((..((((((....))))))..))).)..)))..))))............ ( -33.40, z-score = 0.42, R) >consensus CCCACUCCGAUGUCGCCCUCCGUGAUAAAGGUGCCUAUCACGUUGACAAAUAGCUCUGGGGCGGAGGUGGCCGCGGCCAUGAACGUGGCACCCGCCACAUCGUUGGACAUGUUGAGUGCU .........(((((.......((((((........)))))).....(((...((......)).((.(((((.(..(((((....)))))..).))))).)).)))))))).......... (-25.11 = -25.63 + 0.51)
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