| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 27,444,090 – 27,444,202 |
| Length | 112 |
| Max. P | 0.987139 |
| Location | 27,444,090 – 27,444,202 |
|---|---|
| Length | 112 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 118 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 82.41 |
| Shannon entropy | 0.36835 |
| G+C content | 0.44523 |
| Mean single sequence MFE | -36.41 |
| Consensus MFE | -26.50 |
| Energy contribution | -26.11 |
| Covariance contribution | -0.39 |
| Combinations/Pair | 1.25 |
| Mean z-score | -2.36 |
| Structure conservation index | 0.73 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 2.27 |
| SVM RNA-class probability | 0.987139 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 27444090 112 + 27905053 -GGGGCUUCUGGCUUAACCAAUGUGGCACUUCCAAUGAGAAAUCAAUUGCAAGGCGUUGGAUGCUCUCAGUAUUGGUUAUUGGCGAGAUUGGCCCCGGGACAGCAUUACUAGA----- -(((((((((.(((((((((((((((.....))).(((((.(((...(((...)))...)))..))))).)))))))))..))).)))..)))))).................----- ( -39.00, z-score = -1.76, R) >droSim1.chr3R 27063967 112 + 27517382 -GGGGCUUCUGGCUUAACCAAUGUGGCACUUCCAAUGAGAAAUCAAUUGCAAGGCGUUGGAUGCUCUCAGUAUUGGUUAUUGGCGAGAUUGGCCCCGGGACAGCAUUACUAGA----- -(((((((((.(((((((((((((((.....))).(((((.(((...(((...)))...)))..))))).)))))))))..))).)))..)))))).................----- ( -39.00, z-score = -1.76, R) >droSec1.super_31 104410 112 + 568655 -GGGGCUUCUGGCUUAACCAAUGUGGCACUUCCAAUGAGAAAUCAAUUGCAAGGCGUUGGAUGCUCUCAGUAUUGGUUAUUGGCGAGAUUGGCCCCGGGACAGCAUUACUAGA----- -(((((((((.(((((((((((((((.....))).(((((.(((...(((...)))...)))..))))).)))))))))..))).)))..)))))).................----- ( -39.00, z-score = -1.76, R) >droYak2.chr3R 28380204 112 + 28832112 -GGGGCUUCUGGCUUAACCAAUGUGGCACUUCCAAUGAGAAAUCAAUUGCAAGGCGUUGGAUGCUCUCAGUAUUGGUUAUUGGCGAGAUUGGCCCCGGGACAGCAUUACCAGA----- -(((((((((.(((((((((((((((.....))).(((((.(((...(((...)))...)))..))))).)))))))))..))).)))..))))))((..........))...----- ( -40.20, z-score = -1.83, R) >droEre2.scaffold_4820 9939474 112 - 10470090 -GGGGCUUCUGGCUUAACCAAUGUGGCACUUCCAAUGAGAAAUCAAUUGCAAGGCGUUGGAUGCUCUCAGUAUUGGUUAUUGGCGAGAUUGGCCCCGGGGCAGCAUAACUAGA----- -(((((((((.(((((((((((((((.....))).(((((.(((...(((...)))...)))..))))).)))))))))..))).)))..)))))).................----- ( -39.00, z-score = -1.36, R) >droAna3.scaffold_12911 1699640 114 - 5364042 GGGCGAUUCUGGCCUAACCAAUGUGGCACUUCCAAUGAGAAAUCAAUUGCAAGUCGUUGGAUGCUCUCAGUAUUGGUUAUUGGCGAGAUUGGGCCCGAGACAACUGUUGUCCAC---- ((((...(((.((((((((((((.((((..((((((((...............)))))))))))).....)))))))))..))).)))....))))(.((((.....)))))..---- ( -39.16, z-score = -2.06, R) >dp4.chr2 14118491 114 - 30794189 -GGGGUCUCUGGCUUAACCAAUGUGGCACUUCCAAUGAAAAAUCAAUUACAAGUCGUUGGACGUUCUCAGUAUUGGUUAUUGGCAAGAAGAGCCCACAGGCAGCUAUAAGAGUUA--- -(((.(((((.(((((((((((((((.((.((((((((...............)))))))).)).).)).)))))))))..))).)).))).)))......((((.....)))).--- ( -35.06, z-score = -2.26, R) >droPer1.super_0 3721651 114 + 11822988 -GGGGUCUCUGGCUUAACCAAUGUGGCACUUCCAAUGAAAAAUCAAUUACAAGUCGUUGGACGUUCUCAGUAUUGGUUAUUGGCAAGAAGAGCCCACAGGCAGCUAUAAGAGUUA--- -(((.(((((.(((((((((((((((.((.((((((((...............)))))))).)).).)).)))))))))..))).)).))).)))......((((.....)))).--- ( -35.06, z-score = -2.26, R) >droWil1.scaffold_181089 9400236 117 + 12369635 -GUUGCUUCUAGCUUAAUCAAUGCGACACUUCCAAUGAGGAAUCCAUUCGAAAUCGUUGGAUGAUAUCAGUAUUGGUUAUUGGCGAGAAGCAUCUAAAAGCAGCUUUAAGUUAACAAA -..(((((((.(((((((((((((((....((((((((.(((....)))....)))))))).....)).))))))))))..))).))))))).......................... ( -33.00, z-score = -2.86, R) >droVir3.scaffold_13047 9663771 112 - 19223366 -GGGUUUUCUAGCUUAACCAAUGUGGCACUUCCAAUGAAAAAUCAAUUCGAAAUCGUUGGAUGUUCUCAGUAUUGGUUAUUGGCCAGAAGAACCCAAACACAGCUAUAAGAAA----- -(((((((((.(((((((((((((((.((.((((((((....((.....))..)))))))).)).).)).)))))))))..))).)).)))))))..................----- ( -34.40, z-score = -3.84, R) >droMoj3.scaffold_6540 26480772 112 - 34148556 -GAGUUUUCUAGCUUAACCAAUGUGGCACCUCCAAUGAAAAAUCAAUUCGAAAUCGUUGGAUGUUCUCAAUAUUGGUUAUUGGCCAGAAGAGCUCAAACACAGCUAUAAGAAA----- -(((((((((.(((((((((((((((.((.((((((((....((.....))..)))))))).)).))..))))))))))..))).)).)))))))..................----- ( -32.80, z-score = -3.80, R) >droGri2.scaffold_14906 11723768 112 - 14172833 -GGGUUUUCUAGCUUAACCAAUGUGGCACUUCCAAUGAAAAAUCAAUUUGCAAUCGUUGGAUGUUCUCAGUAUUGGUUAUUGGCCAGAUGAAUCCAAACACAGCAAUAAUUAA----- -(((((((((.(((((((((((((((.((.((((((((...............)))))))).)).).)).)))))))))..))).))).))))))..................----- ( -31.26, z-score = -2.82, R) >consensus _GGGGCUUCUGGCUUAACCAAUGUGGCACUUCCAAUGAGAAAUCAAUUGCAAGUCGUUGGAUGCUCUCAGUAUUGGUUAUUGGCGAGAUGGGCCCAGAGACAGCAUUAAUAGA_____ .(((...(((.(((((((((((((((....(((((((.................))))))).....))).)))))))))..))).)))....)))....................... (-26.50 = -26.11 + -0.39)
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