| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 27,281,744 – 27,281,905 |
| Length | 161 |
| Max. P | 0.662719 |
| Location | 27,281,744 – 27,281,905 |
|---|---|
| Length | 161 |
| Sequences | 15 |
| Columns | 174 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 77.77 |
| Shannon entropy | 0.49448 |
| G+C content | 0.45890 |
| Mean single sequence MFE | -42.24 |
| Consensus MFE | -22.15 |
| Energy contribution | -22.55 |
| Covariance contribution | 0.39 |
| Combinations/Pair | 1.35 |
| Mean z-score | -1.38 |
| Structure conservation index | 0.52 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.37 |
| SVM RNA-class probability | 0.662719 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 27281744 161 + 27905053 ------------CUAAUCGUUUUGCC-AUCAUCCACAGCCGCACGCCGUUUACGCCAAAGAUGUGCUCGAUAUUGAACAGUUCUCUACGGUGAAGGGCGUCAAUAUCGACGAAUCCGACACGAAUUUCUAUACGAAAUUCAACACAGGCUCCGUGUCCAUUUCCUGGCAGAACG ------------.....(((((((((-(............(((((.(............).)))))((((((((((...((((((......).))))).)))))))))).(((...((((((((((((.....)))))))......(....))))))...))).)))))))))) ( -49.70, z-score = -3.32, R) >anoGam1.chr2R 52029959 163 + 62725911 ----------CUAACGGACUCUCUAACACUAUUU-CAGCCGCACGCCGUUUAUGCCAAAGACGUACUGGAUAUUGAGCAAUUUUCCACCGUGAAGGGUGUCAAUCUGGACGCGACGGAUGAGAAUUUCUACACUAAGUUUAAUACCGGCUCAGUGUCGAUACCGUGGCAGGACG ----------....(((.((..............-.))))).....(((((.(((((.....(((.(.((((((((((.........((.....))(((((......)))))..(((((..((((((.......)))))).)).))))))))))))).))))..)))))))))) 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( -38.10, z-score = -1.22, R) >dp4.chr2 4506372 162 + 30794189 ------------UAAAUCAUUUUGCCCAUCAAUUGCAGCCGCACGCCGUUUACGCCAAAGAUGUGCUCGAUAUUGAACAGUUCUCGACGGUGAAGGGCGUCAAUAUCGACGAGUCCGACACGAAUUUCUAUACGAAAUUCAACACCGGCUCGGUGUCCAUUUCAUGGCAGACUG ------------.....((.((((((........((....))((((((.....(((...(((.((.((((((((((...(((((((....)).))))).)))))))))))).)))......(((((((.....)))))))......))).)))))).........)))))).)) ( -46.40, z-score = -1.29, R) >droPer1.super_19 205130 162 + 1869541 ------------UAAAUCAUUUUGCCCAUCAAUUGCAGCCGCACGCCGUUUACGCCAAAGAUGUGCUCGAUAUUGAACAGUUCUCGACGGUGAAGGGCGUCAAUAUCGACGAGUCCGACACGAAUUUCUAUACGAAAUUCAACACCGGCUCGGUGUCCAUUUCAUGGCAGACUG ------------.....((.((((((........((....))((((((.....(((...(((.((.((((((((((...(((((((....)).))))).)))))))))))).)))......(((((((.....)))))))......))).)))))).........)))))).)) ( -46.40, z-score = -1.29, R) >droAna3.scaffold_13340 5164558 174 + 23697760 UUAAAUCACUUUCCAAUCCAAUCCAAUCCACCCAACAGCCGCACGCCGUUUAUGCCAAAGAUGUGCUCGAUAUUGAACAGUUCUCCACCGUGAAGGGCGUCAAUAUCGAUGAGUCCGAUACGAAUUUCUACACGAAAUUCAAUACGGGUUCCGUGUCCAUAUCCUGGCAGAAUG .....((..........................(((.((.....)).)))..(((((..((((((.((((((((((...(((((.(.....).))))).)))))))))).((..(((....(((((((.....)))))))....)))..))......)))))).)))))))... ( -44.00, z-score = -2.06, R) >droEre2.scaffold_4820 9767359 161 - 10470090 ------------UUAAUCGUUUUUCC-AUCAUCCGCAGCCGCACGCCGUUUACGCCAAAGAUGUGCUCGAUAUUGAACAGUUCUCUACGGUUAAGGGCGUCAAUAUCGACGAAUCCGACACAAAUUUCUAUACGAAAUUCAACACAGGCUCCGUGUCCAUUUCCUGGCAGAACG ------------.....((((((.((-(............(((((.(............).)))))((((((((((...((((((....)...))))).)))))))))).(((...(((((.((((((.....)))))).......(....))))))...))).))).)))))) ( -38.40, z-score = -1.05, R) >droYak2.chr3R 28213179 161 + 28832112 ------------CUAAUAGUUUCACC-AUCAUCCGCAGCCGCACGCCGUUUACGCCAAAGAUGUGCUCGAUAUUGAACAGUUCUCCACGGUGAAGGGCGUCAAUAUCGACGAAUCCGACACAAAUUUCUAUACGAAAUUCAACACAGGCUCCGUGUCCAUUUCCUGGCAGAACG ------------..............-.......((....))....(((((..((((.(((((((.((((((((((...(((((.(.....).))))).)))))))))))).....(((((.((((((.....)))))).......(....)))))))))))..)))).))))) ( -37.80, z-score = -0.58, R) >droSec1.super_4 6081600 161 + 6179234 ------------CUAAUCGUUUUUCC-AUCAUCCGCAGCCGCACGCCGUUUACGCCAAAGAUGUGCUCGAUAUUGAACAGUUCUCCACGGUGAAGGGCGUCAAUAUCGACGAAUCCGACACGAAUUUCUAUACGAAAUUCAACACAGGCUCCGUGUCCAUUUCCUGGCAGAACG ------------.....((((((.((-(............(((((.(............).)))))((((((((((...(((((.(.....).))))).)))))))))).(((...((((((((((((.....)))))))......(....))))))...))).))).)))))) ( -43.00, z-score = -1.40, R) >droSim1.chr3R 26912452 161 + 27517382 ------------CUAAUCGUUUUUCC-AUCAUCCGCAGCCGCACGCCGUUUACGCCAAAGAUGUGCUCGAUAUUGAACAGUUCUCUACGGUGAAGGGCGUCAAUAUCGACGAAUCCGACACGAAUUUCUAUACGAAAUUCAACACAGGCUCCGUGUCCAUUUCCUGGCAGAACG ------------.....((((((.((-(............(((((.(............).)))))((((((((((...((((((......).))))).)))))))))).(((...((((((((((((.....)))))))......(....))))))...))).))).)))))) ( -43.10, z-score = -1.49, R) >apiMel3.Group15 1674930 146 - 7856270 ----------------------------UUAUUUACAGCCUCAUGCGGUGUAUGCUAAAGAUGUAUUGGACAUUGAGCAAUUCUCUACAGUGAAAGGUGUCAAUUUGGAUGCCACUGAUGAUACCUUCUAUAGCAAAUUCAAUACUGGUAGCGUGUCUAUUCCAUGGCAGAAUG ----------------------------.........(((..(((..((((((((((.....(((((((((((((((.......)).))))).(((((((((...(((...)))....)))))))))..........))))))))...)))))))..)))..))))))...... ( -35.50, z-score = -0.01, R) >triCas2.ChLG9 836096 149 - 15222296 -------------------------GUUUUGAUUCCAGCCUCAUGCGGUUUACGCCAAAGACGUGCUCGAUAUCGAGCAGUUUUCCACCGUCAAAGGCGUGAAUAUUGACGAGAACGAUUCCUCGUUUUAUAGCAAGUUCAACAGUGGUUGUGUGUCCAUACCAUGGCAAAAUG -------------------------............(((...(((.(((((((((...((((((((((....)))))).........))))...)))))))))...((((((........)))))).....))).........(((((.(((....)))))))))))...... ( -45.40, z-score = -2.59, R) >consensus ____________CAAAUCGUUUUUCC_AUCAUCUGCAGCCGCACGCCGUUUACGCCAAAGAUGUGCUCGAUAUUGAACAGUUCUCCACGGUGAAGGGCGUCAAUAUCGACGAAUCCGACACGAAUUUCUAUACGAAAUUCAACACAGGCUCCGUGUCCAUUUCAUGGCAGAAUG .....................................(((....(((((((.......))))).))((((((((((...(((((.........))))).)))))))))).......(((((.((((((.....))))))(......).....)))))........)))...... (-22.15 = -22.55 + 0.39)
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