| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 27,229,685 – 27,229,805 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.500000 |
| Location | 27,229,685 – 27,229,805 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 15 |
| Columns | 123 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 74.58 |
| Shannon entropy | 0.57779 |
| G+C content | 0.52611 |
| Mean single sequence MFE | -40.16 |
| Consensus MFE | -17.77 |
| Energy contribution | -17.71 |
| Covariance contribution | -0.06 |
| Combinations/Pair | 1.71 |
| Mean z-score | -1.17 |
| Structure conservation index | 0.44 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.01 |
| SVM RNA-class probability | 0.500000 |
| Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 27229685 120 - 27905053 --ACAAAGAUUAUCGCACGGAGACACAGCUGGUGUGCAACAUGUUGGCUAUGGACGCGGUGCACAGUCCGGAUGUGCUUGCAAUCAAUGCCGCUUCCAUGGCGCU-AUCUCUAAGUGACAUUC --..........((((..(((((..((((((........)).))))((((((((.((((((((((.......)))))(((....))).))))).))))))))...-.)))))..))))..... ( -41.20, z-score = -1.14, R) >droSim1.chr3R 26865061 120 - 27517382 --ACAAAGAUUAUCGCACGGAGACACAGCUGGUGUGCAACAUGUUGGCUAUGGACGCGGUGCACAGCCCGGAUGUGCUGGCAAUCAAUGCCGCUUCCAUGGCUCU-UUCUCUAAGUGACAUUC --..........((((..(((((..((((((........)).))))((((((((.(((((((.((((........)))))).......))))).))))))))...-.)))))..))))..... ( -41.11, z-score = -1.12, R) >droSec1.super_4 6034844 120 - 6179234 --ACAAAGAUUAUCGCACGGAGACACAGCUGGUGUGCAACAUGUUGGCUAUGGAUGCGGUGCACAGUCCGGAUGUGCUGGCAAUCAAUGCCGCUUCCAUGGCUCU-UUCUCUAAGUGACAUUC --..........((((..(((((..((((((........)).))))((((((((.((...(((((.......))))).((((.....)))))).))))))))...-.)))))..))))..... ( -41.10, z-score = -1.26, R) >droYak2.chr3R 28161091 120 - 28832112 --ACAAAGACUAUCGCACGGAGACGCAGCUGGUGUGCAACAUGUUGGCCAUGGAUGCGGUGCACAGUCCGGAUGUCCUGGCAAUCAAUGCCGCUUCCAUGGCGCU-UUCUCUUAGUGAUAUUC --.....((.((((((..(((((.((.((......)).........((((((((.(((((.....(((.((....)).))).......))))).)))))))))).-.)))))..)))))).)) ( -44.60, z-score = -1.66, R) >droEre2.scaffold_4820 9717840 120 + 10470090 --AUAAAGAUUAUCGCACCGAGACGCAGCUAGUGUGCAACAUGUUGGCUAUGGAUGCGGUGCACAGUCCGGAUGUCCUGGCAAUCAAUGCCGCUUCCGUGGCACU-UUCUCUAAGUGAUAUUC --.....((.(((((((((((..((.((((((..((...))..)))))).))..).))))))...(((((((.((...((((.....)))))).)))).)))(((-(.....)))))))).)) ( -41.00, z-score = -1.73, R) >droAna3.scaffold_13340 5112998 120 - 23697760 --CCAAAGACUACCGAACGGAGACGCAACUGGUGUGCAACAUGUUGGCCAUGGAUGCGGUCCACAGUCCUGAUGUCCUAGCCAUUAACGCCGCGUCCAUGGCGCU-GUCGCUUAGCGACAUUC --........(((((..((....))....)))))..(((....)))((((((((((((((.....((..(((((.......)))))))))))))))))))))..(-(((((...))))))... ( -42.30, z-score = -1.47, R) >dp4.chr2 4427911 120 - 30794189 --ACAAAGACUACCGCACGGAGACGCAGCUGGUGUGCAACAUGCUGGCCAUGGACGCGGUGCACUCGCCCGACAUUCUAGCCAUCAAUGCCGCCUCCAUGGCCCU-GUCCCUGAGCGAUAUAC --...........(((.(((.((((((....((.....)).))).(((((((((.(((((......((..(.....)..)).......))))).)))))))))..-))).))).)))...... ( -41.92, z-score = -1.26, R) >droPer1.super_19 130381 120 - 1869541 --ACAAAGACUACCGCACGGAGACGCAGCUGGUGUGCAACAUGCUGGCCAUGGACGCGGUGCACUCGCCCGACAUUCUAGCCAUCAAUGCCGCCUCCAUGGCUCU-GUCCCUGAGUGAUAUUC --...........(((.(((.(((.((((((........)).))))((((((((.(((((......((..(.....)..)).......))))).))))))))...-))).))).)))...... ( -40.22, z-score = -0.70, R) >droWil1.scaffold_181108 3270577 120 - 4707319 --CCAAAGAAUAUCGCAAUGAGACGCAGCUGGUGUGCAAUAUGUUGUCCAUGGAUGCAGUGCACUCCCCUGAUGUGCUGGCCAUCAAUGCUGCCUCUAUGGCACU-GUCGUUAAGUGAUAUAC --.......(((((((....(((.(((((.((.(((((...(((.(((....)))))).))))).))..(((((.(....))))))..))))).)))(((((...-)))))...))))))).. ( -38.40, z-score = -1.19, R) >droVir3.scaffold_13047 12631946 120 - 19223366 --CCAAGGAUUAUCGAAACGAGACGCAACUGGUGUGCAAUAUGCUGGCUAUGGAUGCGGUCCACUCGCCCGACGUUCUAGCCAUUAAUGCGGCUUCCAUGGCGCU-CUCCCUGAGCGACAUAC --(((.(((...(((...)))..((((........((.....))((((((.((((((((.(.....).))).)))))))))))....))))...))).)))((((-(.....)))))...... ( -36.80, z-score = -0.45, R) >droMoj3.scaffold_6540 4943982 120 + 34148556 --CCAAGGACUAUCGCAAUGAAACGCAGCUGGUGUGCAACAUGCUAGCUAUGGAUGCGGUACACUCACCCGACGUGCUAGCCAUUAAUGCGGCAUCCAUGGCACU-CUCAUUAAGCGACAUAC --..........(((((((((...((((((((((((...))))))))))(((((((((((((..((....)).))))).((.......)).)))))))).))...-.)))))..))))..... ( -36.80, z-score = -1.04, R) >droGri2.scaffold_15074 5641177 120 + 7742996 --CCAAGGACUAUCGGAAUGAGACGCAGCUGGUGUGCAAUAUGCUCGCCAUGGAUGCAGUUCACUCGCCAGACAUUCUGGCCAUCAACGCAGCCUCGAUGGCGCU-CUCAGUGAGCGAUAUAC --.......((((((((.((((..(((.((((((.((.....)).))))).)..)))..)))).))(((((.....)))))..............))))))((((-(.....)))))...... ( -41.00, z-score = -0.82, R) >anoGam1.chr3L 9032405 120 - 41284009 --CCGCCGAGUUUCGCUACGACACACAGAUCGUGUGCAAUAUGCUUGCGAUCGAUUCGGCCAACCCGCCGGACGUGCAGGCGAUCAAUGGUGCGUCGGCAGCGCU-GGCGCUAAGCGAUAUCC --.....((...(((((.((((.(((.((((((.((((...((....))..((.((((((......)))))))))))).))))))....))).))))..((((..-..)))).)))))..)). ( -46.70, z-score = -0.74, R) >apiMel3.Group5 5669509 120 + 13386189 AACCAAAAUAUUCA--UAUGAAACACAGAUAGUAUGUAAUUUAUUAGCUAUUGAUGGAAUUAAUAAUCCAGAUGUAUUAUCUAUCAAUGCUGCAUCUGCAGCUUUAAGCAUUUCG-GAUAUUC ......(((((((.--.(((((..(((.......)))..)))))..((((((((((((..(((((.........))))))))))))))(((((....)))))....))).....)-)))))). ( -25.20, z-score = -1.54, R) >triCas2.ChLG7 1564522 120 - 17478683 --CCGAACGUUUCGCCUACGAGACCCAGGUUGUGUGUAACAUGUUGGCUGUCGACGGGGUGAAUAACCCCGAUGUGGUGUCGAUUAAUGCGGCAAGCGCUGCGUU-GGCACUCAGCGAUAUUC --......((((((....))))))....((((.((((.....((((((...((.((((((.....)))))).))....))))))(((((((((....))))))))-))))).))))....... ( -44.10, z-score = -1.41, R) >consensus __CCAAAGACUAUCGCACGGAGACGCAGCUGGUGUGCAACAUGUUGGCUAUGGAUGCGGUGCACACUCCGGAUGUGCUGGCCAUCAAUGCCGCUUCCAUGGCGCU_GUCUCUAAGCGAUAUUC .......................(((...(((..((...))..)))((((((((.(((((............................))))).))))))))............)))...... (-17.77 = -17.71 + -0.06)
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