Locus 11945

Sequence ID	dm3.chr3R
Location	24,661,593 – 24,661,695
Length	102
Max. P	0.991990

overview

Window 3

Location	24,661,593 – 24,661,695
Length	102
Sequences	11
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	91.82
Shannon entropy	0.16437
G+C content	0.56863
Mean single sequence MFE	-45.54
Consensus MFE	-34.17
Energy contribution	-34.26
Covariance contribution	0.09
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.36
Structure conservation index	0.75
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	0.91
SVM RNA-class probability	0.850779
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 24661593 102 + 27905053
UUUCUGCUCUACGUCUGGAGCUGCUG------------UGCUGAGGGCACUUGCUGAUGUAGUAGCUGCCAUUGGGUGACACGGUUCCAAUGCAGCCGCAGACGUAGCCAGGAC
.(((((..(((((((((((((((.((------------((((.((((((.((((((...)))))).)))).)).))).))))))))))).(((....)))))))))).))))). ( -43.10, z-score =  -1.90, R)
>droSim1.chr3R 24344749 102 + 27517382
UUUCUGCUCUACGUCUGGAGCUGCUG------------UGCUGAGGGCACUUGCUGAUGUAGUAGCUGCCAUUGGGUGACACGGUUCCAAUGCAGCCGCAGACGUAGCCAGGAC
.(((((..(((((((((((((((.((------------((((.((((((.((((((...)))))).)))).)).))).))))))))))).(((....)))))))))).))))). ( -43.10, z-score =  -1.90, R)
>droSec1.super_4 3525084 102 + 6179234
UUUCUGCUCUACGUCUGGAGCUGCUG------------UGCUGAGGGCACUUGCUGAUGUAGUAGCUGCCAUUGGGUGACACGGUUCCAAUGCAGCCGCAGACGUAGCCAGGAC
.(((((..(((((((((((((((.((------------((((.((((((.((((((...)))))).)))).)).))).))))))))))).(((....)))))))))).))))). ( -43.10, z-score =  -1.90, R)
>droYak2.chr3R 6988356 102 - 28832112
UUUCUGCUCUACGUCUGGAGCUGCUG------------UGCUGAGGGCACUUGCUGAUGUAGUAGCUGCCAUUGGGUGACACGGUUCCAAUGCAGCCGCAGACGUAGCCAGGAC
.(((((..(((((((((((((((.((------------((((.((((((.((((((...)))))).)))).)).))).))))))))))).(((....)))))))))).))))). ( -43.10, z-score =  -1.90, R)
>droEre2.scaffold_4820 7093923 102 - 10470090
UUUCUGCUCUACGUCUGGAGCUGCUG------------UGCUGAGGGCACUUGCUGAUGUAGUAGCUGCCAUUGGGUGACACGGUUCCAAUGCAGCCGCAGACGUAGCCAGGAC
.(((((..(((((((((((((((.((------------((((.((((((.((((((...)))))).)))).)).))).))))))))))).(((....)))))))))).))))). ( -43.10, z-score =  -1.90, R)
>droAna3.scaffold_13340 17459316 98 + 23697760
----UGCUCUACGUCUGGAGCUGCUG------------UGCUGGGGGCACUUGCUGAUGUAGUAGCUGCCAUUGGGUGACACGGUUCCAAUGCAGCUGCAGACGUAGCCUGGAC
----....(((((((((.((((((..------------...((((((((.((((((...)))))).))))(((((....).))))))))..)))))).)))))))))....... ( -42.80, z-score =  -1.87, R)
>dp4.chr2 17038635 105 - 30794189
UUUCUGCUCUACGUCUGGAGCUGCUGCU---------GUGCUGGGGGCACUUGCUGAUGUAGUAGCUGCCAUUGGGUGACACGGUUCCAAUGCAGCUGCAGACGUAGCCAGGAC
.(((((..(((((((((.((((((.(((---------((((..(.((((.((((((...)))))).)))).)..)....))))))......)))))).))))))))).))))). ( -49.10, z-score =  -2.90, R)
>droPer1.super_0 6692043 105 + 11822988
UUUCUGCUCUACGUCUGGAGCUGCUGCU---------GUGCUGGGGGCACUUGCUGAUGUAGUAGCUGCCAUUGGGUGACACGGUUCCAAUGCAGCUGCAGACGUAGCCAGGAC
.(((((..(((((((((.((((((.(((---------((((..(.((((.((((((...)))))).)))).)..)....))))))......)))))).))))))))).))))). ( -49.10, z-score =  -2.90, R)
>droWil1.scaffold_181089 9365873 111 + 12369635
UUUCUGAUCUACGUCUGGAGCUGCUGCUACUGCU---GUGCUGCUGGCACUUGCUGAUGUAGUAGCCGCCAUUGGGUGACACGGUUCCAAUGCAGCUGCAGACGUAGCCUGAAC
.(((....(((((((((.((((((((((((.((.---((((.....))))..))....)))))))).((.((((((.........)))))))))))).)))))))))...))). ( -49.70, z-score =  -3.72, R)
>droVir3.scaffold_13047 8993161 102 - 19223366
UUUCUGCUCUACGUCUGGAGCUGCUG------------UGCUGUUGGCACUUGCUGAUGUAGUAGCCGCCAUUGGGUGACACGGUUCCAAUGCAGCUGCAGACGUAGCUUGCGC
.....((.(((((((((.((((((..------------.(((((((((..((((((...))))))..))))...(....))))))......)))))).)))))))))...)).. ( -43.80, z-score =  -2.14, R)
>droMoj3.scaffold_6540 5769096 114 - 34148556
UUUCUGCUCUACGUCUGGAGCUGCUGCUGCUGCUGCUGUGCUGUGGACACUUGCUGAUGUAGUAGCCGCCAUUGGGUGACACGGUUCCAAUGCAGCUGCAGACGUAGCCUGCCC
.....((.(((((((((.((((((.((.((((((((...((.((....))..))....)))))))).)).((((((.........)))))))))))).)))))))))...)).. ( -50.90, z-score =  -2.90, R)
>consensus
UUUCUGCUCUACGUCUGGAGCUGCUG____________UGCUGAGGGCACUUGCUGAUGUAGUAGCUGCCAUUGGGUGACACGGUUCCAAUGCAGCUGCAGACGUAGCCAGGAC
........(((((((((..(((((.....................(((..((((((...))))))..)))((((((.........)))))))))))..)))))))))....... (-34.17 = -34.26 +   0.09)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	24,661,593 – 24,661,695
Length	102
Sequences	11
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	91.82
Shannon entropy	0.16437
G+C content	0.56863
Mean single sequence MFE	-41.17
Consensus MFE	-36.55
Energy contribution	-36.03
Covariance contribution	-0.53
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-2.82
Structure conservation index	0.89
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	2.51
SVM RNA-class probability	0.991990
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 24661593 102 - 27905053
GUCCUGGCUACGUCUGCGGCUGCAUUGGAACCGUGUCACCCAAUGGCAGCUACUACAUCAGCAAGUGCCCUCAGCA------------CAGCAGCUCCAGACGUAGAGCAGAAA
...(((.(((((((((.((((((..........(((((.....)))))(((........)))..((((.....)))------------).)))))).)))))))))..)))... ( -40.80, z-score =  -2.79, R)
>droSim1.chr3R 24344749 102 - 27517382
GUCCUGGCUACGUCUGCGGCUGCAUUGGAACCGUGUCACCCAAUGGCAGCUACUACAUCAGCAAGUGCCCUCAGCA------------CAGCAGCUCCAGACGUAGAGCAGAAA
...(((.(((((((((.((((((..........(((((.....)))))(((........)))..((((.....)))------------).)))))).)))))))))..)))... ( -40.80, z-score =  -2.79, R)
>droSec1.super_4 3525084 102 - 6179234
GUCCUGGCUACGUCUGCGGCUGCAUUGGAACCGUGUCACCCAAUGGCAGCUACUACAUCAGCAAGUGCCCUCAGCA------------CAGCAGCUCCAGACGUAGAGCAGAAA
...(((.(((((((((.((((((..........(((((.....)))))(((........)))..((((.....)))------------).)))))).)))))))))..)))... ( -40.80, z-score =  -2.79, R)
>droYak2.chr3R 6988356 102 + 28832112
GUCCUGGCUACGUCUGCGGCUGCAUUGGAACCGUGUCACCCAAUGGCAGCUACUACAUCAGCAAGUGCCCUCAGCA------------CAGCAGCUCCAGACGUAGAGCAGAAA
...(((.(((((((((.((((((..........(((((.....)))))(((........)))..((((.....)))------------).)))))).)))))))))..)))... ( -40.80, z-score =  -2.79, R)
>droEre2.scaffold_4820 7093923 102 + 10470090
GUCCUGGCUACGUCUGCGGCUGCAUUGGAACCGUGUCACCCAAUGGCAGCUACUACAUCAGCAAGUGCCCUCAGCA------------CAGCAGCUCCAGACGUAGAGCAGAAA
...(((.(((((((((.((((((..........(((((.....)))))(((........)))..((((.....)))------------).)))))).)))))))))..)))... ( -40.80, z-score =  -2.79, R)
>droAna3.scaffold_13340 17459316 98 - 23697760
GUCCAGGCUACGUCUGCAGCUGCAUUGGAACCGUGUCACCCAAUGGCAGCUACUACAUCAGCAAGUGCCCCCAGCA------------CAGCAGCUCCAGACGUAGAGCA----
.......(((((((((.((((((..........(((((.....)))))(((........)))..((((.....)))------------).)))))).)))))))))....---- ( -37.30, z-score =  -2.73, R)
>dp4.chr2 17038635 105 + 30794189
GUCCUGGCUACGUCUGCAGCUGCAUUGGAACCGUGUCACCCAAUGGCAGCUACUACAUCAGCAAGUGCCCCCAGCAC---------AGCAGCAGCUCCAGACGUAGAGCAGAAA
...(((.(((((((((.(((((((((((...........))))).((.(((........)))..((((.....))))---------.)).)))))).)))))))))..)))... ( -43.20, z-score =  -3.65, R)
>droPer1.super_0 6692043 105 - 11822988
GUCCUGGCUACGUCUGCAGCUGCAUUGGAACCGUGUCACCCAAUGGCAGCUACUACAUCAGCAAGUGCCCCCAGCAC---------AGCAGCAGCUCCAGACGUAGAGCAGAAA
...(((.(((((((((.(((((((((((...........))))).((.(((........)))..((((.....))))---------.)).)))))).)))))))))..)))... ( -43.20, z-score =  -3.65, R)
>droWil1.scaffold_181089 9365873 111 - 12369635
GUUCAGGCUACGUCUGCAGCUGCAUUGGAACCGUGUCACCCAAUGGCGGCUACUACAUCAGCAAGUGCCAGCAGCAC---AGCAGUAGCAGCAGCUCCAGACGUAGAUCAGAAA
.(((.(((((((((((.(((((((((((...........)))))....((((((......((..((((.....))))---.)))))))).)))))).))))))))).)).))). ( -43.80, z-score =  -3.11, R)
>droVir3.scaffold_13047 8993161 102 + 19223366
GCGCAAGCUACGUCUGCAGCUGCAUUGGAACCGUGUCACCCAAUGGCGGCUACUACAUCAGCAAGUGCCAACAGCA------------CAGCAGCUCCAGACGUAGAGCAGAAA
..((...(((((((((.((((((.........(((((.((....)).))).))...........((((.....)))------------).)))))).))))))))).))..... ( -39.80, z-score =  -2.82, R)
>droMoj3.scaffold_6540 5769096 114 + 34148556
GGGCAGGCUACGUCUGCAGCUGCAUUGGAACCGUGUCACCCAAUGGCGGCUACUACAUCAGCAAGUGUCCACAGCACAGCAGCAGCAGCAGCAGCUCCAGACGUAGAGCAGAAA
..((...(((((((((.((((((.........(((((.((....)).))).)).......((..((((.....)))).((....)).)).)))))).))))))))).))..... ( -41.60, z-score =  -1.16, R)
>consensus
GUCCUGGCUACGUCUGCAGCUGCAUUGGAACCGUGUCACCCAAUGGCAGCUACUACAUCAGCAAGUGCCCUCAGCA____________CAGCAGCUCCAGACGUAGAGCAGAAA
.......(((((((((.(((((((((((...........)))))(((((((........)))...)))).....................)))))).)))))))))........ (-36.55 = -36.03 +  -0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

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