| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 24,644,525 – 24,644,645 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.772267 |
| Location | 24,644,525 – 24,644,645 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 14 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 73.19 |
| Shannon entropy | 0.60940 |
| G+C content | 0.49226 |
| Mean single sequence MFE | -38.88 |
| Consensus MFE | -14.56 |
| Energy contribution | -14.24 |
| Covariance contribution | -0.32 |
| Combinations/Pair | 1.95 |
| Mean z-score | -1.71 |
| Structure conservation index | 0.37 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.64 |
| SVM RNA-class probability | 0.772267 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 24644525 120 + 27905053 GAAUCCGCACAGAUCUUUGUGGAGCGUGGUGAGGUCAAGGUGAUGGAUAAUCAUAAUGUAUCCACCGCUUGUGCAGAGAACCAGCUUAUCGCCCGUGGGCGAAAUCCUGCAGCGCAUCAG ((...(((.....((((((((.((.((((((.(((((..(((((.....)))))..)).))))))))))).))))))))..(((..(.(((((....))))).)..)))..)))..)).. ( -41.70, z-score = -1.65, R) >droSim1.chr3R 24325760 120 + 27517382 GAAUCCGCACAGAUCUUUGUGCAGCGUAGUGAGGUCAAGGUGAUGGAUAAUCAUAAUGUAUCCACCGCUUGUGCAGAGAACUAGCUUAUCGCCCGUGGGCGAAAUCCUGCAGCGCAUCAG ((...(((..((.((((((..(((((..(((.(((((..(((((.....)))))..)).))))))))).))..)))))).)).((...(((((....)))))......)).)))..)).. ( -41.20, z-score = -2.09, R) >droSec1.super_4 3508004 120 + 6179234 GAAUCCGCACAGAUCUUUGUGCAGCGUGGUGAGGUCAAGGUGAUGGAUAAUCAUAAUGUAUCCACCGCUUGUGCAGAGAACUAGCUUAUCGCCCGUGGGCGAAAUCCUGCAGCGCAUCAG ((...(((..((.((((((..(((.((((((.(((((..(((((.....)))))..)).))))))))))))..)))))).)).((...(((((....)))))......)).)))..)).. ( -46.00, z-score = -3.03, R) >droYak2.chr3R 6970991 120 - 28832112 GAAUCCGCAGAGAUCUUUGUGCAGCGUGGUGAGGUCAAGGUGAUGGAUAAUCAUAAUGUAUCCACCGCUUGUGCAGAGAACCAACUUAUCGCCCGUGGGCGAAAUCCUGCAGCGCAUCAG ......((((.((((((((..(((.((((((.(((((..(((((.....)))))..)).))))))))))))..)))))).........(((((....)))))..)))))).......... ( -47.40, z-score = -3.71, R) >droEre2.scaffold_4820 7076636 120 - 10470090 AAAUCCGCACAGAUCUUUGUGCAGCGUUGUUAGGUCGAGAUGGUGGAUAAUCAUAAUGUAUCCACCGCUUGUGCAGAGAACCAGCUUAUCGCCCGUGGGCGAAAUCCUGCAGCGCAUCAA ......((((((....)))))).(((((((.(((.((((.(((((((((.........))))))))))))).................(((((....)))))...))))))))))..... ( -45.80, z-score = -3.50, R) >droAna3.scaffold_13340 17440173 120 + 23697760 AAAGCCACAGAGAUCGUUGUGUAAAGUGGUGAGGUCCAGAUGGUGUAUUAUCAUAAUGUAACCGCCACUGGUGCAGAGGACUAGCUUGUCCCCUGCUGGGGAAAUCCGACAACGCAUCAG ...........(((((((((....(((((((.(......((((((...)))))).......))))))))...((((.((((......)))).))))((((....)))))))))).))).. ( -37.02, z-score = -1.04, R) >dp4.chr2 27417787 120 - 30794189 GAAGCCACUGAGGUCUUUGUGCAAUGUGGUCAAGUCCAAGUGAUGGAUGAUCAUGAUGUAGCCACCGCUGGUGCACAACACCAGCUUGUCGCCCGUCGGGGAGAUGCGGCAUCUCAUGAG .....((.((((((.....((((.((((((((..((((.....)))))))))))).))))(((...(((((((.....)))))))..(((.(((....))).)))..))))))))))).. ( -44.40, z-score = -1.09, R) >droPer1.super_7 964379 120 + 4445127 GAAGCCACUGAGGUCUUUGUGCAAUGUGGUCAAGUCCAAGUGAUGGAUGAUCAUGAUGUAGCCACCGCUGGUGCACAACACCAGCUUGUCGCCCGUCGGGGAGAUGCGGCAUCUCAUGAG .....((.((((((.....((((.((((((((..((((.....)))))))))))).))))(((...(((((((.....)))))))..(((.(((....))).)))..))))))))))).. ( -44.40, z-score = -1.09, R) >droWil1.scaffold_181089 9347424 120 + 12369635 AAAUCCACACAAAUCUUUGUGCAGGGUGGUCAAAUCCAAGUGAUGGAUAAUCAUAAUGUAACCACCGCUGGUACACAGAACCAAUUUAUCACCGGCUGGUGAGAUGCGGCAUCUCAUCAG .............(((.(((((((((((((.........(((((.....)))))......)))))).)).))))).)))................(((((((((((...))))))))))) ( -34.96, z-score = -1.82, R) >droMoj3.scaffold_6540 5751211 120 - 34148556 GAAUCCACACAGAUCCUUGUGUAAUGUCGUCAGAUCCAAGUGGUGCACAAUCAUAAUGUAACCACUGCUGGUGCACAAAACCAACUUAUCUCCAGCUGGUGAAAUUCGACAACGCAUUAG ......((((((....))))))..(((((......(((((((((..(((.......))).))))))(((((....................)))))))).......)))))......... ( -28.97, z-score = -1.13, R) >droVir3.scaffold_13047 8973560 120 - 19223366 AAAUCCACACAAAUCCUUGUGUAAUGUGGUCAGAUCCAAGUGAUGCACGAUCAUAAUGUAACCGCUGCUGGUGCACAAGACAAGCUUAUCGCCAGCUGGUGAGAUGCGACAGCGCAUCAG ......((((((....))))))..(((((((.((((.....))).)..))))))).......(((((((((((...(((.....)))..))))))).)))).((((((....)))))).. ( -34.90, z-score = -0.77, R) >droGri2.scaffold_15074 3810723 120 + 7742996 GAAACCACACAGAUCCUUGUGCAAUGUAGUCAAGUCCAAGUGAUGGACGAUCAUAAUGUAACCGCUGCUGGUGCACAGAACCAAUUUGUCACCCGAUGGUGAGAUGCGGCAACGCAUCAG .........(((((..(((((((..(((((...(((((.....))))).........(....))))))...))))))).....)))))(((((....)))))((((((....)))))).. ( -37.80, z-score = -1.82, R) >anoGam1.chr3R 2623289 120 - 53272125 GAAUCCUUCGAGAUCGCCUGCCAGAUUGGCGAGAUCAAGAUCAUGGAUAAUGAUCAAAUAACCGCUGCUCAUACUCAGUACAAGACGGCUUUCGUCCGGCGAUAGACGAGAGCGCAACAG .........((..(((((.........)))))..))..((((((.....))))))........(.(((.........((.....)).(((((((((........)))))))))))).).. ( -34.30, z-score = -1.09, R) >apiMel3.Group15 5127582 120 - 7856270 AAAUCCUGCCAAGUCUUGACUUAAGGAGCUUAACUUAAGAUUAUGUAUAAUGAUGAGGUAUCCAGAAGUAGUACUUAUUAACAUUUUACUGGCAUCUGGACUAAGUCUAGUGCGCAUCAA ......(((((((((((((.(((((...))))).))))))))..(((.((((...((((((.........)))))).....)))).)))))))).((((((...)))))).......... ( -25.50, z-score = -0.13, R) >consensus GAAUCCACACAGAUCUUUGUGCAACGUGGUCAGGUCCAGGUGAUGGAUAAUCAUAAUGUAACCACCGCUGGUGCACAGAACCAGCUUAUCGCCCGUUGGCGAAAUCCGGCAGCGCAUCAG ...................((((..(((((.........(((((.....))))).........)))))...)))).............(((((....))))).................. (-14.56 = -14.24 + -0.32)
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