| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 24,601,677 – 24,601,785 |
| Length | 108 |
| Max. P | 0.594649 |
| Location | 24,601,677 – 24,601,785 |
|---|---|
| Length | 108 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 89.41 |
| Shannon entropy | 0.22821 |
| G+C content | 0.43831 |
| Mean single sequence MFE | -32.09 |
| Consensus MFE | -23.10 |
| Energy contribution | -23.14 |
| Covariance contribution | 0.04 |
| Combinations/Pair | 1.21 |
| Mean z-score | -1.84 |
| Structure conservation index | 0.72 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.21 |
| SVM RNA-class probability | 0.594649 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 24601677 108 - 27905053 -------CGGCGAAAUGUGCCGAAAUUCCAUCAAAGCGACGUUUUACGGAUAAAACAUUUGCAUAUUUUGAUUGGACACGCCCAGUUGUGUGU---GCACAGUGGGCGA--GCAAACAAU -------(((((.....)))))....(((((((((((((.((((((....))))))..))))....))))).))))..((((((.(((((...---.))))))))))).--......... ( -34.90, z-score = -2.23, R) >droSim1.chr3R 24287595 108 - 27517382 -------CGGCGAAAUGUGCCGAAAUUCCAUCAAAGCGACGUUUUACGGAUAAAACAUUUGCAUAUUUUGAUUGGACACGCCCAGUUGUGUGU---GCACAGUGGGCGA--GCAAACAAU -------(((((.....)))))....(((((((((((((.((((((....))))))..))))....))))).))))..((((((.(((((...---.))))))))))).--......... ( -34.90, z-score = -2.23, R) >droSec1.super_4 3470573 108 - 6179234 -------CGGCGAAAUGUGCCGAAAUUCCAUCAAAGCGACGUUUUACGGAUAAAACAUUUGCAUAUUUUGAUUGGACACGCCCAGUUGUGUGU---GCACAGUGGGCGA--GCAAACAAU -------(((((.....)))))....(((((((((((((.((((((....))))))..))))....))))).))))..((((((.(((((...---.))))))))))).--......... ( -34.90, z-score = -2.23, R) >droYak2.chr3R 6931922 108 + 28832112 -------CGGCGAAAUGUGCCGAAAUUCCAUCAAAGCGACGUUUUACGGAUAAAACAUUUGCAUAUUUUGAUUGGACACGCCCAGUUGUGUGU---GCACAGUGGGCGA--GCAAACAAU -------(((((.....)))))....(((((((((((((.((((((....))))))..))))....))))).))))..((((((.(((((...---.))))))))))).--......... ( -34.90, z-score = -2.23, R) >droEre2.scaffold_4820 7037912 108 + 10470090 -------CGGCGAAAUGUGCCGAAAUUCCAUCAAAGCGACGUUUUACGGAUAAAACAUUUGCAUAUUUUGAUUGGACACGCCCAGUUGUGUGU---GCACAGUGGGCGA--GCAAACAAU -------(((((.....)))))....(((((((((((((.((((((....))))))..))))....))))).))))..((((((.(((((...---.))))))))))).--......... ( -34.90, z-score = -2.23, R) >droAna3.scaffold_13340 17398002 107 - 23697760 --------AGCGAAAUGUGCCGAAAUUCCAUCAAAGCGACGUUUUACGGAUAAAACAUUUGCAUAUUUUGAUUGGACACGCCCAGUUGUGUGU---GCACAGUGGGCGA--GCAAACAAU --------.((...............(((((((((((((.((((((....))))))..))))....))))).))))..((((((.(((((...---.))))))))))).--))....... ( -31.20, z-score = -1.49, R) >dp4.chr2 27377510 115 + 30794189 GGAAAGCUGGCGAAAUGUGCCGAAAUUCCAUCAAAGCGACGUUUUACGGAUAAAACAUUUGCAUAUUUUGAUUGGACACGCCCAGUUGUGUGU---GCCUAGUGGGCGA--GCAAACAAU .....(((((((.....)))).....(((((((((((((.((((((....))))))..))))....))))).))))..((((((.(.((....---))..).)))))))--))....... ( -30.80, z-score = -0.46, R) >droPer1.super_7 923712 115 - 4445127 GGAAAGCUGGCGAAAUGUGCCGAAAUUCCAUCAAAGCGACGUUUUACGGAUAAAACAUUUGCAUAUUUUGAUUGGACACGCCCAGUUGUGUGU---GCCUAGUGGGCGA--GCAAACAAU .....(((((((.....)))).....(((((((((((((.((((((....))))))..))))....))))).))))..((((((.(.((....---))..).)))))))--))....... ( -30.80, z-score = -0.46, R) >droWil1.scaffold_181089 9306186 106 - 12369635 -----------GAAAUGUGCCGAAAUUCCAUCAAAGCGACGUUUUACGGAUAAAACAUUUGCAUAUUUUGAUUGGACACGCCCAGUUUUGUGC---GCAUAGUGGGCGAACGUAAACAAU -----------....(((..((....(((((((((((((.((((((....))))))..))))....))))).))))..((((((.(..((...---.)).).))))))..))...))).. ( -26.20, z-score = -0.77, R) >droVir3.scaffold_13047 8932846 110 + 19223366 -------GAACAAAAUGUGCUGAAAUUCCAUCAAAGCGACGUUUUACGGAUAAAACAUUUGCAUAUUUUGAUUGGACACGCCCAGCUCGGUGUAGGG-CAAGUGGGCGA--GCAAACAAU -------..........((((.....(((((((((((((.((((((....))))))..))))....))))).))))..((((((((((......)))-)...)))))))--)))...... ( -31.60, z-score = -2.06, R) >droMoj3.scaffold_6540 5712526 111 + 34148556 -------GAACAAAAUGUGCAGAAAUUUCAUCAAAGCGACGUUUUACGGGUAAAACAUUUGCAUAUUUUGAUUGGACACGCCCACUUCGGCAUUGGGUCUAGUGGGCGA--GCAAACAAU -------...(((((((((((((.......((.....)).((((((....)))))).)))))))))))))((((..(.((((((((..(((.....))).)))))))).--)....)))) ( -35.90, z-score = -3.87, R) >droGri2.scaffold_14624 4194856 110 + 4233967 -------UAACAAUAUGUCCAGAAAUUCCAUUAAAGCGACGUUUCAUGGAUAAAACAUUUACAUAUUUUGAUUGGACACGCCCAGUUCAGUUU-AAGGCAAGUGGGCGA--GCAAAGAAU -------........(((((((....(((((.(((......))).)))))...........((.....)).)))))))((((((.(((.....-...).)).)))))).--......... ( -24.10, z-score = -1.83, R) >consensus _______CGGCGAAAUGUGCCGAAAUUCCAUCAAAGCGACGUUUUACGGAUAAAACAUUUGCAUAUUUUGAUUGGACACGCCCAGUUGUGUGU___GCACAGUGGGCGA__GCAAACAAU .................(((......(((((((((((((.((((((....))))))..))))....))))).))))..((((((.((.(((.....))).))))))))...)))...... (-23.10 = -23.14 + 0.04)
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