| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 24,428,035 – 24,428,218 |
| Length | 183 |
| Max. P | 0.819625 |
| Location | 24,428,035 – 24,428,218 |
|---|---|
| Length | 183 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 193 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 70.95 |
| Shannon entropy | 0.63017 |
| G+C content | 0.41791 |
| Mean single sequence MFE | -41.29 |
| Consensus MFE | -28.52 |
| Energy contribution | -27.21 |
| Covariance contribution | -1.31 |
| Combinations/Pair | 1.33 |
| Mean z-score | -0.37 |
| Structure conservation index | 0.69 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.79 |
| SVM RNA-class probability | 0.819625 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 24428035 183 + 27905053 UUUCUAGAUCAGCCCCUUCGUGGACGUCACAGUACUGACAAAUUGACGGGCUUGAA---AAAGUCGCCUGUAUGGUUUUUAUUUA--AACGCUGUGAGAUUAAUUU--AAGCGUCGGCU-AAGCUAUGUGAUGCGAAUGUA--UAUUAUAAAUCAAUUCUGUGUAACACGCAGCCUCGUUACAACUGCAAAUC ..........((((((.....))...(((((((............((((((.....---......))))))...((((......)--)))))))))).........--.......))))-..((..(((((((.(.(((..--...))).........(((((.....))))).).)))))))...))..... ( -37.80, z-score = 1.21, R) >droSim1.chr3R 24119140 183 + 27517382 UUUCUAGAUCACCCCCUUCGUGGACGUCACAGUACUGACAAAUUGACGGGCUUGAA---ACAGUCGCCUGUAUAGUUUUUAUUUA--AACGCUGUGAGAUUAAUUU--AAGCGUCGGCU-AAGCUAUGUUAUGCGAAUGUA--UAUUAUAAAUCAAUUCUGUGUAACACGCAGCCUCGUUACAACUGCAAAUC ......((((....((.....))...(((((((............((((((.....---......))))))...((((......)--)))))))))))))).....--.((((..((((-..((..((((((((((((...--............)))).)))))))).)))))).))))............. ( -40.06, z-score = 0.10, R) >droSec1.super_22 1030418 183 + 1066717 UUUCUAGAUCACACCCUUCGUGGACGUCACAGUUCUGACAAAUUGACGGGCUUGAA---ACAGUCGCCUGUAUAGUUUUUAUUCA--AACGCUGUGAGAUUAAUUU--AAGCGUCGGCU-AAGCUAUGUUAUGCGAAUGUA--UGUUAUAAAUCAAUUCUGUGUAACACGCAGCCUCGUUACAACUGCAAAUG ......(((..(((.....)))...))).(((((.((((.....(((..(((((((---..((((.....((((((.(((....)--)).)))))).))))..)))--)))))))((((-..((..((((((((((((...--............)))).)))))))).))))))..)))).)))))...... ( -41.46, z-score = 0.26, R) >droYak2.chr3R 6766061 173 - 28832112 ----------AGCUGCUUCGUGGACAUCACAGUACUGACAAAUUGACGGGCUUGAA---ACGGUCGCCUGUAUAGUUUUUAUUUA--AACGCUGUGAGAUGAAUUU--AAGCGUCGGCU-AAGCUAUGUUAUGCGAAUGUA--UAUUAUAAACCAAUUCUGUGUAACACGCAGCCUCGUUACAACUGCACUCC ----------...(((......(((.(((((((............((((((.....---......))))))...((((......)--))))))))))((((.....--...))))((((-..((..((((((((((((...--............)))).)))))))).))))))..)))......))).... ( -40.96, z-score = 0.46, R) >droEre2.scaffold_4820 6864283 183 - 10470090 UUUCUAUAUCAGCUCCUUCGUGGGCAUCACAGUACUGACAAAUUGACGGGCAUGAA---ACAGUCGCCUGUAUAGUUUUUAUUUA--AACGCUGUGAGAUGAAUUG--AAGCGUUGGCU-AAGCUAUGUUAUGCGAAUGUA--UAUUAAAAACCAGUUCUGUGUAACACGCAGCCUCGUUACAACUGCACAUC ......((((.((.((.....)))).(((((((............((((((((...---...)).))))))...((((......)--))))))))))))))..(((--.((((..((((-..((..((((((((((((...--............)))).)))))))).)))))).)))).)))......... ( -45.56, z-score = -0.22, R) >droAna3.scaffold_13340 17232554 170 + 23697760 ----UUGGGUAUCCCU-UUUGAGGCUCCACAGCGCUGACAAAUUGACAGGCUUGACU--UCCAACACCUGGGCAGUUUUUCCUCGG-AACGCUGUGAGAUGAAUCC--UAGCGUCGGCU-AAGCUAUGUUAUGCGAAUGUA---GAUCUGUUCCAAUUCAGUGUAACACGCAGCCUCGUUACAA--------- ----..(((...))).-...((((((((((((((((((.((((((.((((.(((...--..)))..))))..))))))....))))-..))))))).)).......--..((((.(((.-..)))..(((((((((((...---((.....))..)))).))))))))))).))))).......--------- ( -49.70, z-score = -0.54, R) >dp4.chr2 27182152 169 - 30794189 CGCCAUAACCACCC---UUUAAGGGUACACAGUACUGACAAACUGUCUGGCAUGAUC--CCCA-CGCCUGAAUAGUUUCUUUUUA--AACGCUGUGAGACGAAUGA--UAGCGUCGGCU-AAGCUAUGUUAUGCGAAUGUA---AAUCAAACACUAUUCUGUGUAACACGCAGCCUCGUUACA---------- .(((......((((---.....)))).((((((...((.((((((((.(((.((...--..))-.))).).))))))).))....--...)))))).((((.....--...))))))).-..(((.(((((((((((((..---..........))))).))))))))...))).........---------- ( -42.60, z-score = -1.09, R) >droPer1.super_7 736621 175 + 4445127 CUCGAGAACCAUCCCUUUUUUGACCUGCACAGUACUGACAAACUAUCUGGCUUGAUC--CCCA-CGCCUGAACAGUUUCCUUUUA--AACGCUGUGAGACGAAUGA--UAGCGUCGGCU-AAGCUAUGUUAUGCGAAUGUA---AAUCAAACACUAUUCAGUGUAACACGCAGCCUCGUUACACUC------- .(((((((........))))))).((.((((((............((.(((.((...--..))-.))).))...((((......)--)))))))))))..((.((.--(((((..((((-..((..(((((((((((((..---..........))))).)))))))).)))))).))))))).))------- ( -38.20, z-score = -0.60, R) >droWil1.scaffold_181089 9124252 179 + 12369635 ------UCUCGAUGAGUGUGUUUACUGUACAGUACUGACAAAUUGAUGGGCUUGAUCAAAGCAACACCCAAUCAGUUUUUAUUUA-AAACGCUGUAAGAUAAAUGA--AAGCGUCGGCUUACGCUAUGUUAUGCGAAUGUAAGAUUUAUUUGCCAAUUCAGUGUAACACGCAGCCUCGUUACAUUUAA----- ------....(((((((((((.((((....))))(((((....(((((((.(((.......)))..))).))))(((((((((((-.............)))))))--))))))))).(((((((..(((..(((((((.......))))))).)))..))))))).)))))..))))))........----- ( -42.12, z-score = -0.47, R) >droVir3.scaffold_13047 6807590 154 - 19223366 ---------------------------CACAGUACUGACAAAUUGACAGGCUUGAU----CCA-CGCCUGUACAGUUUCCUAUUG--AACGCUGUGAGAUAAAUGA--AAGCGUCGGCU-AAGCUAUGUUAUGCGAAUGUA--UAUGAAAAGUUUGUUCAGUGUAACACGCAGCCUCGUUACAAUUUAAUAUA ---------------------------((((((......((((((((((((.((..----.))-.)))))).)))))).(....)--...))))))...(((((..--.((((..((((-..((..(((((((((((((..--..(....)...))))).)))))))).)))))).))))...)))))..... ( -38.60, z-score = -0.92, R) >droMoj3.scaffold_6540 29401487 144 + 34148556 ---------------------------CACAGCACUGACAAAUUGACAAGCUUG-----AUCUUCGCUUGUACGGUUUUUCCUAGUGAAUGCUGUGAGAGUAAUA---AAGCGUCGGCU-AAGCUAUGUUAUGCGAAUUCAU-UAAAAU--CCUAGUUCAGCGUAACACGCAGCCUCGUUACA---------- ---------------------------(((((((.(.((((((((((((((...-----......)))))).))))))......)).).))))))).........---.((((..((((-..((..(((((((((((((...-......--...))))).)))))))).)))))).))))...---------- ( -40.30, z-score = -1.57, R) >droGri2.scaffold_14830 715461 156 + 6267026 ---------------------------CACAGUACUGACAAAUUGACAAGUUUG-----ACCAUC---UUUACGGUGUUAUUUUG-AAACGCUGUGAGAUUAAUAGAAAAGCGUCGGCUUACGCUAUGUUAUGCGAAUGUAG-UUAAAUGCCCCUAUUCAGCGUAACACGCAGCCUCGUUACAAACGUAAAUC ---------------------------..((((........))))....(((((-----...(((---((.((((((((......-.))))))))))))).........((((..((((...((..(((((((((((((..(-(.....))..).)))).)))))))).)))))).)))).)))))....... ( -38.10, z-score = -1.10, R) >consensus _______AUCA_CCCCUUCGUGGACUUCACAGUACUGACAAAUUGACGGGCUUGAA___ACCAUCGCCUGUACAGUUUUUAUUUA__AACGCUGUGAGAUGAAUUA__AAGCGUCGGCU_AAGCUAUGUUAUGCGAAUGUA__UAUUAUAAACCAAUUCAGUGUAACACGCAGCCUCGUUACAACUGCA_AU_ ...........................((((((..(((.(((((((((((................))))).))))))....))).....)))))).............((((..((((...((..((((((((((((.................)))).)))))))).)))))).))))............. (-28.52 = -27.21 + -1.31)
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