| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 23,186,185 – 23,186,305 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.563635 |
| Location | 23,186,185 – 23,186,305 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 15 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 81.55 |
| Shannon entropy | 0.42081 |
| G+C content | 0.56889 |
| Mean single sequence MFE | -47.64 |
| Consensus MFE | -24.30 |
| Energy contribution | -24.36 |
| Covariance contribution | 0.06 |
| Combinations/Pair | 1.66 |
| Mean z-score | -1.69 |
| Structure conservation index | 0.51 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.14 |
| SVM RNA-class probability | 0.563635 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 23186185 120 + 27905053 AGGAUGGCUUCACACCGCUCCACCUGGCCGUCAUCCAGGGCAACCUGGCCAUGGUUAAUCUGCUGCUGGCCAACAAGGCGGAUGUGAACGCGGUGGACAAUGAGGGCCACUCGGUGGUGC .((.((......))))((.((((((((((.(((((((((....)))))((((.((..(((((((..((.....)).)))))))......)).))))...)))).)))))...))))).)) ( -54.80, z-score = -2.03, R) >anoGam1.chr2R 7824221 120 + 62725911 AGGACGGAUUUACGCCGCUGCAUCUGGCGGUAAUACAGGGAAACCUGCAGCUGGUCAAUCUGCUGCUAGCGAACGGGGCGGAUGUGAACGCACUCGACAACGAGGGACACUCGGUGGUGC .((.((((((.((((((((......))))))....((((....))))......)).))))))))((((.(...(((((((........))).)))).....(((.....)))).)))).. ( -42.80, z-score = -1.20, R) >droGri2.scaffold_15074 833327 120 - 7742996 AAGAUGGCUUCACGCCGCUUCACUUGGCUGUUAUUCAGGGCAACUUGGCGAUGGUCAAUUUGCUGCUAGCGAACAAAGCCGAUGUGAAUGCGGUGGACAAUGAAGGUCACUCUGUGGUGC .(((((((((((((((((((((((((((((((....(((((((.(((((....))))).))))).))....)))..)))))).))))).)))))).....)))).)))).)))....... ( -43.10, z-score = -1.80, R) >droMoj3.scaffold_6540 20166891 120 - 34148556 AGGAUGGCUUCACGCCGCUUCACUUGGCUGUUAUUCAGGGCAACUUGGCGAUGGUCAAUUUGCUGCUAGCGAACAAAGCCGAUGUGAAUGCGGUGGACAAUGAAGGCCACUCGGUGGUGC .(..((((((((((((((((((((((((((((....(((((((.(((((....))))).))))).))....)))..)))))).))))).)))))).....)))).))))..)........ ( -46.30, z-score = -2.12, R) >droVir3.scaffold_13047 17689767 120 + 19223366 AGGAUGGCUUCACGCCGCUUCACUUGGCUGUUAUUCAGGGCAAUUUGGCGAUGGUCAAUUUGCUGCUAGCGAACAAAGCCGAUGUGAACGCGGUGGACAAUGAAGGCCAUUCGGUGGUGC .(((((((((((((((((((((((((((((((....(((((((.(((((....))))).))))).))....)))..)))))).))))).)))))).....)))).)))))))........ ( -49.80, z-score = -3.28, R) >droWil1.scaffold_181089 3419262 120 + 12369635 AAGAUGGCUUCACACCGCUUCACUUGGCUGUUAUUCAGGGCAAUUUGGCCAUGGUCAAUUUGCUGCUAGCGAACAAAGCCGAUGUGAAUGCGGUGGACAAUGAGGGGCAUUCGGUUGUCC ..((..(((((.((((((((((((((((((((....(((((((.(((((....))))).))))).))....)))..)))))).))))).))))))))....(((.....))))))..)). ( -45.60, z-score = -2.54, R) >droPer1.super_0 2656647 120 + 11822988 AAGAUGGCUUCACGCCGCUUCACUUGGCUGUUAUUCAGGGCAAUUUGGCCAUGGUCAAUUUGCUGCUAGCGAACAAAGCCGAUGUGAAUGCGGUGGACAAUGAGGGUCACUCGGUGGUGC ......((.(((((((((((((((((((((((....(((((((.(((((....))))).))))).))....)))..)))))).))))).)))))......((((.....)))))))).)) ( -44.90, z-score = -1.92, R) >dp4.chr2 8843847 120 + 30794189 AAGAUGGCUUCACGCCGCUUCACUUGGCUGUUAUUCAGGGCAACUUGGCCAUGGUCAAUUUGCUGCUAGCGAACAAAGCCGAUGUGAAUGCGGUGGACAAUGAGGGUCACUCGGUGGUGC ......((.(((((((((((((((((((((((....(((((((.(((((....))))).))))).))....)))..)))))).))))).)))))......((((.....)))))))).)) ( -44.40, z-score = -1.65, R) >droAna3.scaffold_13340 4185953 120 - 23697760 AGGAUGGCUUCACGCCGCUUCACCUGGCCGUUAUCCAGGGCAACCUGGCGAUGGUCAACCUGCUCCUGGCCAACAAGGCGGAGGUGAAUGCAGUGGACAACGAAGGGCACUCGGUGGUGC ......((....((((((((((((((((((((..(((((....))))).)))))))...(((((..((.....)).)))))))))))).))((((..(......)..)))).))))..)) ( -49.10, z-score = -0.77, R) >droEre2.scaffold_4820 5619339 120 - 10470090 AGGAUGGCUUCACACCGCUCCACCUGGCCGUCAUCCAGGGCAACCUGGCCAUGGUCAAUCUGCUGCUGGCCAACAAGGCGGAUGUGAACGCGGUGGACAAUGAGGGCCACUCGGUGGUGC .((.((......))))((.((((((((((.(((((((((....)))))((((.(((((((((((..((.....)).))))))).))...)).))))...)))).)))))...))))).)) ( -54.90, z-score = -1.82, R) >droYak2.chr3R 5518665 120 - 28832112 AGGAUGGCUUCACGCCGCUCCACCUGGCCGUCAUCCAGGGCAACCUGGCCAUGGUCAAUCUGCUGCUGGCCAACAAGGCGGAGGUGAACGCGGUGGACAAUGAGGGCCACUCGGUGGUGC .....(((.....)))((.((((((((((.(((((((((....)))))((((.((((.((((((..((.....)).))))))..))...)).))))...)))).)))))...))))).)) ( -56.30, z-score = -1.68, R) >droSec1.super_13 1929728 120 + 2104621 AGGAUGGCUUCACACCGCUCCAUCUGGCCGUCAUCCAGGGCAACCUGGCCAUGGUCAACCUGCUGCUGGCCAACAAGGCGGAUGUGAACGCGGUGGACAAUGAGGGCCAUUCGGUGGUGC .((((((((((((((((((((((((((((((...(((((....)))))..))))))............(((.....)))))))).))..)))))).....))).))))))))........ ( -52.30, z-score = -1.28, R) >droSim1.chr3R_random 1096439 120 + 1307089 AGGAUGGCUUCACACCGCUCCAUCUGGCCGUCAUCCAGGGCAACCUGGCCAUGGUCAACCUGCUGCUGGCCAACAAGGCGGAUGUGAACGCGGUGGACAAUGAGGGCCACUCGGUGGUGC .((.((......))))((.((((((((((.(((((((((....)))))((((.((((..(((((..((.....)).)))))...))...)).))))...)))).)))))...))))).)) ( -49.80, z-score = -0.47, R) >apiMel3.Group5 11064306 120 - 13386189 CAGAAGGACACACGCCUCUUCAUCUGGCUGUCAUUGCGGGUGACACUCAAUUAGUGGCUGUCCUAUUGGCGAAUGGUGCUGAUGUAAACGCCAAGGAUCUGGAGGGACACAGUGUUCUUC ..(((((((((..(((.((.....((..((((((.....))))))..))...)).)))((((((.((((((.....(((....)))..)))))).........))))))..))))))))) ( -41.10, z-score = -1.38, R) >triCas2.ChLG7 10795054 120 - 17478683 AUGACGGGUUUACACCGUUGCAUUUGGCCGUGAUCGCUGGGAAUAUGCCCCUGGUGACCUUCCUCCUGGCUAAUAAGGCCGAUGUAAACGCCAUGGAUAACGAAAAACACACCGUGGUGC ..(((((.......)))))(((((.((((....((((..((........))..))))((........)).......)))))))))...((((((((...............)))))))). ( -39.46, z-score = -1.36, R) >consensus AGGAUGGCUUCACGCCGCUUCACCUGGCCGUUAUCCAGGGCAACCUGGCCAUGGUCAAUCUGCUGCUGGCGAACAAGGCCGAUGUGAACGCGGUGGACAAUGAGGGCCACUCGGUGGUGC ............((((((((((((((((((....(((((....)))))...))))))...........((.......))............))))))...((((.....)))))))))). (-24.30 = -24.36 + 0.06)
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