| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 23,163,953 – 23,164,061 |
| Length | 108 |
| Max. P | 0.813674 |
| Location | 23,163,953 – 23,164,061 |
|---|---|
| Length | 108 |
| Sequences | 10 |
| Columns | 114 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 90.35 |
| Shannon entropy | 0.19430 |
| G+C content | 0.38997 |
| Mean single sequence MFE | -30.61 |
| Consensus MFE | -26.93 |
| Energy contribution | -26.15 |
| Covariance contribution | -0.78 |
| Combinations/Pair | 1.18 |
| Mean z-score | -1.56 |
| Structure conservation index | 0.88 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.77 |
| SVM RNA-class probability | 0.813674 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 23163953 108 + 27905053 -----GGACCAUCGCAUUGCCAUUGUUUGAUGGUGGUUAUAAAGCUGACAGCUGUCAGUU-GGCAGUAAAUUUGCUAAAAUGUUUAUUUGCCAAGCGGCUAAGUUUGCGUUUAA -----.((((((((((..((....)).)).))))))))....(((((((....)))))))-(((((.....))))).((((((..(((((((....))).))))..)))))).. ( -32.60, z-score = -1.58, R) >droPer1.super_0 2641546 103 + 11822988 -----------UGUUGUUGCUAUUGUUUGAUGGUGGUUAUAAAGCUGACAGCUGUCAGUUUGGUAGUAAAUUUGCUAAAAUGUUUAUUUGCCAAGCGGCUAAGUUUGCGUUUAA -----------(((..(..(((((....)))))..)..)))((((((((....))))))))(((((.....))))).((((((..(((((((....))).))))..)))))).. ( -27.80, z-score = -1.80, R) >dp4.chr2 8828800 103 + 30794189 -----------UGUUGUUGCUAUUGUUUGAUGGUGGUUAUAAAGCUGACAGCUGUCAGUUUGGUAGUAAAUUUGCUAAAAUGUUUAUUUGCCAAGCGGCUAAGUUUGCGUUUAA -----------(((..(..(((((....)))))..)..)))((((((((....))))))))(((((.....))))).((((((..(((((((....))).))))..)))))).. ( -27.80, z-score = -1.80, R) >droAna3.scaffold_13340 4171174 99 - 23697760 --------------CGUCGGUAUUGUUUGAUGGUGGUUAUAAAGCUGACAGCUGUCAGUU-GGCAGUAAAUUUGCUAAAAUGUUUAUUUGCCAAGCGGCUAAGUUUGCGUUUAA --------------((((((......))))))..........(((((((....)))))))-(((((.....))))).((((((..(((((((....))).))))..)))))).. ( -27.10, z-score = -1.44, R) >droEre2.scaffold_4820 5602177 108 - 10470090 -----GCACCAUCGCAUUGCCAUUGUUUGAUGGUGGUUAUAAAGCUGACAGCUGUCAGUU-GGCAGUAAAUUUGCUAAAAUGUUUAUUUGCCAAGCGGCUAAGUUUGCGUUUAA -----.((((((((((.......)))..))))))).......(((((((....)))))))-(((((.....))))).((((((..(((((((....))).))))..)))))).. ( -34.20, z-score = -1.89, R) >droYak2.chr3R 5504059 108 - 28832112 -----GCACCAUCGCAUUGCCAUUGUUUGAUGGUGGUUAUAAAGCUGACAGCUGUCAGUU-GGCAGUAAAUUUGCUAAAAUGUUUAUUUGCCAAGCGGCUAAGUUUGCGUUUAA -----.((((((((((.......)))..))))))).......(((((((....)))))))-(((((.....))))).((((((..(((((((....))).))))..)))))).. ( -34.20, z-score = -1.89, R) >droSec1.super_13 1916184 108 + 2104621 -----GGACCAUCGCAUUGCCAUUGUUUGAUGGUGGUUAUAAAGCUGACAGCUGUCAGUU-GGCAGUAAAUUUGCUAAAAUGUUUAUUUGCCAAGCGGCUAAGUUUGCGUUUAA -----.((((((((((..((....)).)).))))))))....(((((((....)))))))-(((((.....))))).((((((..(((((((....))).))))..)))))).. ( -32.60, z-score = -1.58, R) >droSim1.chr3R 22913108 108 + 27517382 -----GGACCAUCGCAUUGCCAUUGUUUGAUGGUGGUUAUAAAGCUGACAGCUGUCAGUU-GGCAGUAAAUUUGCUAAAAUGUUUAUUUGCCAAGCGGCUAAGUUUGCGUUUAA -----.((((((((((..((....)).)).))))))))....(((((((....)))))))-(((((.....))))).((((((..(((((((....))).))))..)))))).. ( -32.60, z-score = -1.58, R) >droWil1.scaffold_181089 3402954 113 + 12369635 UAACUUGUUGUUGUUGCUGGCAUUGUUUGAUGAUGGUUAUAAAGCUGACAGCUGUCAGUU-GGUAGUAAAUUUGCUAAAAUGUUUAUUUGCCAAGCGGCUGAGUUUGCGUUUAA ..........((((.(((..((((....))))..))).))))(((((((....)))))))-(((((.....))))).((((((..(((((((....))).))))..)))))).. ( -26.00, z-score = 0.16, R) >droMoj3.scaffold_6540 20145058 103 - 34148556 ----------AUAUUGCUGCCAUUGUUUGAUGGUGGUUAUAAAGCUGACAGCUGUCAGUU-GGCAGUAAAUUUGCUAAAAUGUUUAUUUGCCAAGCGGAUGAGUUUGCGUUUAA ----------...(((((((((....((((((((.((((......)))).)))))))).)-))))))))........((((((..(((((((....)).)))))..)))))).. ( -31.20, z-score = -2.24, R) >consensus _____G_ACCAUCGCAUUGCCAUUGUUUGAUGGUGGUUAUAAAGCUGACAGCUGUCAGUU_GGCAGUAAAUUUGCUAAAAUGUUUAUUUGCCAAGCGGCUAAGUUUGCGUUUAA ...............(((((((((....))))))))).....(((((((....))))))).(((((.....))))).((((((..(((((((....))).))))..)))))).. (-26.93 = -26.15 + -0.78)
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