| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 22,181,915 – 22,182,045 |
| Length | 130 |
| Max. P | 0.698902 |
| Location | 22,181,915 – 22,182,045 |
|---|---|
| Length | 130 |
| Sequences | 15 |
| Columns | 131 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 73.54 |
| Shannon entropy | 0.63080 |
| G+C content | 0.51724 |
| Mean single sequence MFE | -42.51 |
| Consensus MFE | -19.33 |
| Energy contribution | -18.36 |
| Covariance contribution | -0.97 |
| Combinations/Pair | 1.90 |
| Mean z-score | -1.09 |
| Structure conservation index | 0.45 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.45 |
| SVM RNA-class probability | 0.698902 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 22181915 130 + 27905053 UCUUUGGGU-GAUUUUUCCGCAGGGUGAUGCUGUUCAUCGUGGGUCUGCCCGUGGUGCAGAUACUGCUCUUCUGUUACGCCAUCGGCCAUGAUCCCACUGGCCUCAAAUUGGCCGUGGCGAAUCACGAGAU ((((...((-(((((..((((..(((((......)))))(((((((.(((.((((((((((.........)))))...))))).)))...)).))))).((((.......)))))))).))))))))))). ( -51.70, z-score = -2.38, R) >anoGam1.chr2R 24846325 116 + 62725911 ---------------UGGCACAGUGUGAUGGCAUUCAUCAUUGGACUGCCGGUAGCACAGAUCAUUCUGUUCUGCUGGGCGAUCGGGCACGAUCCGGUCGGUUUGAAGCUGGCCGUUGCCAACUACGAGCU ---------------(((((((((.((((((......)))))).))))(((((((.(((((....))))).)))))))..(((((....)))))((((((((.....)))))))).))))).......... ( -49.00, z-score = -2.49, R) >apiMel3.Group15 3730336 119 + 7856270 ------------UUUUAUUAUAGGGUGUUACUGUUCGUUUUUGCACUCCCAGUAAUGCAAGUAGUUCUAUUCUGUUUGGCGAUUGGUAAAGAUCCAACAGAUUUAAAAAUGGCGAUAGUUAAUCGUGAAAU ------------....(((((...(((((((((...((......))...)))))))))..))))).....((((((.((...((....))...))))))))........(.(((((.....))))).)... ( -20.70, z-score = 0.59, R) >droMoj3.scaffold_6540 12461227 122 - 34148556 --------UGAUU-CGCCUCCAGAAUAAUGCUGUUCAUAGUGGGUCUGCCGGUGGUGCAGAUAUUGCUAUUCUGCUAUGCGAUUGGCCAUGAUCCCACUGGCCUCAAAGUGGCCGUGGCGAAUCACGAGAU --------(((((-((((.(..(((((....)))))..((((((((.((((((.(((((((.........)))))...)).))))))...)).))))))((((.......))))).)))))))))...... ( -51.40, z-score = -3.67, R) >droGri2.scaffold_14906 10154309 128 + 14172833 ---UCUGCUGCUUGCUCCUCUAGGAUAAUGCUGUUCAUAGUGGGCCUGCCAGUGCUGCAGAUAUUGCUGUUCUGCUAUGCGAUUGGUCAUGAUCCCACUGGCCUCAAAUUGGCUGUGGCGAAUCACGAGAU ---...(((((..((.((.((((((((....))))).))).))))..).))))((.(((((.........)))))...))......((.(((((((((.((((.......)))))))).).)))).))... ( -38.60, z-score = 0.36, R) >droWil1.scaffold_181130 9668809 124 - 16660200 -------UCACUGAACGAUUUAGUAUAAUGCUUUUCAUUGUGGGACUGCCUGUGGUGCAAAUAUUGCUAUUCUGUUAUGCCAUUGGCCAUAAUCCGACUGGCAUCAAAUUGGCUGUGGCAAAUCACGAGAU -------..(((((.....)))))..........((.((((((...((((.(..((.(((....(((((.((.((((((((...)).))))))..)).))))).....)))))..)))))..)))))))). ( -28.10, z-score = 0.82, R) >droPer1.super_3 5830833 131 - 7375914 ACUUUCGGUUAAUUUUCCAACAGGGUAAUGCUGUUCAUUGUGGGCCUGCCUGUGGUUCAGAUACUGCUGUUCUGCUAUGCCAUCGGCCAUGAUCCUACCGGGCUCAAAGUGGCCGUGGCGAAUCACGAGAU ..(((((...........(((((((((...(((...((..((((....))))..)).))).)))).)))))......(((((.(((((((((.((.....)).)))...))))))))))).....))))). ( -42.00, z-score = -0.49, R) >dp4.chr2 11973659 131 - 30794189 ACUUUCGGUUAAUUUUCCAACAGGGUAAUGCUGUUCAUUGUGGGCCUGCCUGUGGUCCAGAUUCUGCUGUUCUGCUAUGCCAUCGGCCAUGAUCCUACCGGGCUCAAAGUGGCCGUGGCGAAUCACGAGAU ..(((((...........(((((.......))))).....((((((.......))))))(((((.((......))...((((.(((((((((.((.....)).)))...))))))))))))))).))))). ( -44.60, z-score = -1.13, R) >droAna3.scaffold_13088 63796 129 + 569066 ACUUUGGAU--GCCUUUCCACAGGGUGAUGCUGUUCAUUGUGGGCCUGCCCGUGGUGCAGAUACUGCUGUUCUGCUACGCAAUUGGCCAUGAUCCGACUGGCAUCAAAUUGGCUGUGGCGAAUCACGAGAU .((.((((.--.....)))).)).(((((.......((..((((....))))..))(((((.((....)))))))..(((...((((((((((((....)).))))...))))))..))).)))))..... ( -42.40, z-score = -0.13, R) >droEre2.scaffold_4820 4609336 130 - 10470090 ACGCCGGGU-GAUUUUUCCACAGGGUGAUGCUGUUCAUCGUGGGCCUGCCCGUGGUGCAGAUACUGCUCUUCUGUUACGCCAUCGGCCAUGAUCCCACUGGCCUCAAAUUGGCCGUGGCGAAUCACGAGAU .......((-(((((..((((..(((((......)))))(((((...(((.((((((((((.........)))))...))))).)))......))))).((((.......)))))))).)))))))..... ( -48.90, z-score = -1.10, R) >droYak2.chr3R 4532562 130 - 28832112 ACUCUGGGU-GAUUUUUCCACAGGGUGAUGCUGUUCAUCGUGGGCCUGCCCGUGGUGCAGAUACUGCUCUUCUGCUACGCCAUCGGCCAUGAUCCCACUGGCCUCAAAUUGGCCGUGGCGAAUCACGAGAU .(((...((-(((((..((((..(((((......)))))(((((...(((.((((((((((.........)))))...))))).)))......))))).((((.......)))))))).)))))))))).. ( -51.50, z-score = -2.15, R) >droSec1.super_13 969627 130 + 2104621 UCUUUGGGU-GAUUUUUCCGCAGGGUGAUGCUGUUCAUCGUGGGUCUGCCCGUGGUGCAGAUACUGCUCUUCUGUUACGCCAUCGGCCAUGAUCCAACUGGCCUCAAAUUGGCCGUGGCGAAUCACGAGAU ((((...((-(((((..(((((((((((......))))).((((((.(((.((((((((((.........)))))...))))).)))...)))))).))((((.......)))))))).))))))))))). ( -49.90, z-score = -2.07, R) >droSim1.chr3R 22028637 130 + 27517382 UCUUUGGGU-GAUUUUUCCGCAGGGUGAUGCUGUUCAUCGUGGGUCUGCCCGUGGUGCAGAUACUGCCCUUCUGUUACGCCAUCGGCCAUGAUCCAACUGGCCUCAAAUUGGCCGUGGCGAAUCACGAGAU ((((...((-((((.....(.(((((..(((((..(((((((((....)))))))))))).))..))))).).....(((((.(((((((((.((....))..)))...))))))))))))))))))))). ( -50.20, z-score = -1.95, R) >triCas2.ChLG9 2830359 110 - 15222296 --------------------CGGCGUGAUGCUGUUCAUCUUCGCACUGCCCGUCAUGCAAGUGAUACUGUUUUGCCUAGCCAUCGGGCGCGACCCCACCGGCCUGAAGCUGGCCAUCGUCAACCACGAGA- --------------------(((((((((((.((.(......).)).))..)))))))...((((..((....(((.(((..((((((.((.......)))))))).))))))))..))))....))...- ( -31.50, z-score = 1.04, R) >droVir3.scaffold_13047 4707689 110 + 19223366 ---------------------AGGAUAAUGCUGUUCAUAGUGGGUCUGCCGGUGGUGCAGAUAUUACUUUUCUGCUACGCGAUUGGCCAUGAUCCGACUGGCCUUAAAUUGGCCGUGGCAAAUCACGAGAU ---------------------..(((..(((..(....((((((((.((((((.(((((((.........)))))...)).))))))...))))).)))((((.......)))))..))).)))....... ( -37.10, z-score = -1.56, R) >consensus _C_UU_GGU__AUUUUUCCACAGGGUGAUGCUGUUCAUCGUGGGCCUGCCCGUGGUGCAGAUACUGCUGUUCUGCUACGCCAUCGGCCAUGAUCCCACUGGCCUCAAAUUGGCCGUGGCGAAUCACGAGAU ....................((((((((((.....))))))...))))...((((((((((.........)))))..(((...((((((....((....))........))))))..))).)))))..... (-19.33 = -18.36 + -0.97)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Wed Apr 20 00:45:22 2011