Locus 11528

Sequence ID	dm3.chr3R
Location	21,856,294 – 21,856,401
Length	107
Max. P	0.932379

overview

Window 1

Location	21,856,294 – 21,856,401
Length	107
Sequences	12
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	91.39
Shannon entropy	0.17930
G+C content	0.47317
Mean single sequence MFE	-33.26
Consensus MFE	-28.17
Energy contribution	-27.92
Covariance contribution	-0.26
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.12
Structure conservation index	0.85
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	1.37
SVM RNA-class probability	0.932379
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 21856294 107 + 27905053
-----------GUUUGUUUUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAACCGCUCGAGACGCGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGACGCUUAUAUGGUUACGAUUA
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>droSim1.chr3R 21707773 107 + 27517382
-----------GUUUGUUUUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAACCGCUCGAGACGCGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGACGCUUAUAUGGUUACGAUUA
-----------....((((((..((.(((((((...))))))).))..))))))((((((((((.....))))))))))........(((((.((((...)))).)))))........ ( -31.30, z-score =  -1.92, R)
>droSec1.super_13 650875 107 + 2104621
-----------GUUUGUUUUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAACCGCUCGAGACGCGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGACGCUUAUAUGGUUACGAUUA
-----------....((((((..((.(((((((...))))))).))..))))))((((((((((.....))))))))))........(((((.((((...)))).)))))........ ( -31.30, z-score =  -1.92, R)
>droYak2.chr3R 4213038 107 - 28832112
-----------GUUUGUUUUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAACCGCUCGAGACGCGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGACGCUUAUAUGGUUACGAUUA
-----------....((((((..((.(((((((...))))))).))..))))))((((((((((.....))))))))))........(((((.((((...)))).)))))........ ( -31.30, z-score =  -1.92, R)
>droEre2.scaffold_4820 4280199 107 - 10470090
-----------GUUUGUUUUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAACCGCUCGAGACGCGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGACGCUUAUAUGGUUACGAUUA
-----------....((((((..((.(((((((...))))))).))..))))))((((((((((.....))))))))))........(((((.((((...)))).)))))........ ( -31.30, z-score =  -1.92, R)
>droAna3.scaffold_13340 12411149 105 - 23697760
-----------GUUUGUUUUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAACCGCUCGA--CGCGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGACGCUUAUAUGGUUACGAUUA
-----------....(((((.(.((((......)))).))))))...(((.--(((((((((((.....))))))))))).......(((((.((((...)))).)))))..)))... ( -29.90, z-score =  -1.71, R)
>dp4.chr2 11604669 118 - 30794189
CUCGAUCUUGGGUUUGUUUUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAACCGCUCGAGACGCGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGACGCUUAUAUGGUUACGAUUA
.(((.((((((((..(((((.(.((((......)))).)))))).))))))))(((((((((((.....))))))))))).......(((((.((((...)))).)))))..)))... ( -39.30, z-score =  -2.88, R)
>droPer1.super_3 5440678 118 - 7375914
CUCGAUCUUGGGUUUGUUUUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAACCGCUCGAGACGCGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGACGCUUAUAUGGUUACGAUUA
.(((.((((((((..(((((.(.((((......)))).)))))).))))))))(((((((((((.....))))))))))).......(((((.((((...)))).)))))..)))... ( -39.30, z-score =  -2.88, R)
>droWil1.scaffold_181130 15484679 103 + 16660200
---------------CUGCUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAACCGCUUGAGACGCGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGACGCUUAUAUGGUUACGAUUA
---------------.(((..((((((((((((...)))))))....)))))..((((((((((.....))))))))))))).....(((((.((((...)))).)))))........ ( -28.70, z-score =  -1.32, R)
>droVir3.scaffold_13047 5440855 109 + 19223366
---------GUGCGUCGAUUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAACCGCUCGAGAAACGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGUCGCUUAUAUGGUUGCGAUUA
---------((((........((((((((((((...)))))))....)))))..((((((((((.....))))))))))))))............((((((..........)))))). ( -35.10, z-score =  -1.98, R)
>droMoj3.scaffold_6540 15813198 109 + 34148556
---------GUGCGUCGCUUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAGCCGCUCGAGUAACGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGUCGCUUAUAUGGUUACGAUUA
---------((((......((((((((((((((...)))))))....)))))))((((((((((.....))))))))))))))....(((((.((((...)))).)))))........ ( -37.20, z-score =  -2.63, R)
>droGri2.scaffold_14906 10815880 109 + 14172833
---------GUUCGUCACUUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAACUGCUCGAGUAACGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGUCGCUUAUAUGGUUACGAUUA
---------..((((....((((((((((((((...)))))))....)))))))((((((((((.....))))))))))........(((((.((((...)))).))))).))))... ( -33.10, z-score =  -2.47, R)
>consensus
___________GUUUGUUUUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAACCGCUCGAGACGCGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGACGCUUAUAUGGUUACGAUUA
.....................((((((((((((...)))))))....)))))..((((((((((.....))))))))))........(((((.((((...)))).)))))........ (-28.17 = -27.92 +  -0.26)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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