| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 20,707,395 – 20,707,515 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.837915 |
| Location | 20,707,395 – 20,707,515 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 14 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 75.58 |
| Shannon entropy | 0.58260 |
| G+C content | 0.60903 |
| Mean single sequence MFE | -44.37 |
| Consensus MFE | -17.85 |
| Energy contribution | -17.96 |
| Covariance contribution | 0.11 |
| Combinations/Pair | 1.62 |
| Mean z-score | -1.77 |
| Structure conservation index | 0.40 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.86 |
| SVM RNA-class probability | 0.837915 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 20707395 120 - 27905053 CCGCCCAACGGCACCCAAGUGCUAGUCGACUUCGAGCUGCUGCCCCAGCAGCACGUGCUGGAUCCCACGCCCACCUAUGACCAGACCACCUCGGUGGCUUUGGUUCUGGGUUCGGUGCUC ..(((....)))..(((.(..(...(((....)))(((((((...)))))))..)..))))......((((.(((((.(((((((((((....)))).))))))).)))))..))))... ( -50.50, z-score = -2.56, R) >droSim1.chr3R 20542517 120 - 27517382 CCGCCCAACGGCACCCAAGUGCUAGUCGACUUCGAGCUGCUGCCGCAGCAGCACGUUCUGGAUCCCACGCCCACCUAUGACCAGACCACCUCGGUGGCUUUGGUCCUGGGCUCGGUGAUC ..(((....)))......(((((..(((....)))(((((....))))))))))......((((((..(((((.....(((((((((((....)))).))))))).)))))..)).)))) ( -51.70, z-score = -3.02, R) >droSec1.super_0 21055481 120 - 21120651 CCGCCCAACGGCACCCAAGUGCUAGUCGACUUCGAGCUGCUGCCGCAGCAGCACGUGCUGGAUCCCACGCCCACCUAUGAUCAGACCACCUCUGUGGCUUUGGUCCUGGGCUCGGUGAUC ........((((((....(((((..(((....)))(((((....))))))))))))))))((((((..(((((.....(((((((((((....)))).))))))).)))))..)).)))) ( -50.50, z-score = -2.69, R) >droYak2.chr3R 3043515 120 + 28832112 CCGCCCAACGGCACCCAAGUGCUAGUCGACUUCGAGCUGCUGCCCCAGCAGCACGUGCUGGAUCCCACGGCCACCUAUGACCAGACCACCUCGGUGGCUCUGGUCCUGGGCUCGGGGCUG ..((((...(((((....))))).........(((((((((((....)))))).((((((.......))).)))(((.(((((((((((....)))).))))))).)))))))))))).. ( -57.20, z-score = -2.86, R) >droEre2.scaffold_4820 3123606 120 + 10470090 CCGCCCAACGGUACCCAAGUGCUAGUCGACUUCGAGCUGCUGCCCCAGCAGCACGUGCUGGAUCCCACGCCCACCUAUGACCAGACCACCUCGGUGGCUUUGGUCCUGGGCUCGGUGCUC ..((((...((...(((.(..(...(((....)))(((((((...)))))))..)..))))...))..(((((.....(((((((((((....)))).))))))).)))))..)).)).. ( -51.20, z-score = -2.71, R) >droAna3.scaffold_13340 4755716 120 + 23697760 CCGCCCAACGGCACCCAAGUGCUAGUCGACUUCGAGCUGCUGCCACAGCAGCAUAUCCUGGAUCCCACAUCCAGCUACGAUCAGACCACCACAAUGGCCCUCGUCCUGGCCUCGGUGAUA .........(((((....))))).(((....(((.(((((((...))))))).....((((((.....))))))...)))...)))((((.....((((........))))..))))... ( -40.30, z-score = -2.56, R) >dp4.chr2 20748998 120 + 30794189 CCGCCCAACGGCACCCAAGUGCUAGUCGACUUUGAACUGCUGCCGCAGCAGCAUGUGCUCGAUCCCACGCUCACCUACGACCAGACCACCUCCGUGGCCCUGGUCCUGGGCUCUGUGCUC ..(((....)))......(((...(((((......((((((((....)))))).))..)))))..)))((.((((((.((((((.((((....))))..)))))).))))...)).)).. ( -42.40, z-score = -1.73, R) >droPer1.super_0 10437067 120 - 11822988 CCGCCCAACGGCACCCAAGUGCUAGUCGACUUUGAACUGCUGCCGCAGCAGCAUGUGCUCGAUCCCACGCUCACCUACGACCAGACCACAUCCGUGGCCCUGGUCCUGGGCUCUGUGCUC ..(((....)))......(((...(((((......((((((((....)))))).))..)))))..)))((.((((((.((((((.((((....))))..)))))).))))...)).)).. ( -43.00, z-score = -1.85, R) >droWil1.scaffold_181130 3944294 120 + 16660200 CCGCCCAAUGGCACCCAAGUGCUAGUCGACUUUCAAUUGCUGCCGCAGCAGCAUGUACUCGAUCCCACACACAACUAUGAUCAGACCACUUCGAUGGCUUUGGUGCUGGCCUCUGUGUUG ..(((....((((((.((((....(((((........((((((....)))))).......((((..............))))........))))).)))).))))))))).......... ( -32.44, z-score = -0.12, R) >droVir3.scaffold_12855 2438105 120 - 10161210 CCGCCCAAUGGCACACAGGUGCUGCACGAUUAUCAGUUGCUGCCGCAGCAACAUGUGCUGGAUGCCACACUCAGCUAUGAUCAGACCACAUCUGUGGCCCUGGUGCUGGCCUCUGUGUUG ..(((....)))(((((((.(((((((....(((((((((((...)))))))....((((..((...))..))))..))))(((.((((....))))..))))))).))).))))))).. ( -47.00, z-score = -1.09, R) >droMoj3.scaffold_6540 11648519 120 - 34148556 CCGCCCAAUGGCACACAAGUGCUGCACGACUUUCAGUUGCUGCCGCAGCAGCAUGUGCUGGACGCCACGCUCAACUAUGAUCAGACCACCACUCUGGCCUUGGUGCUGGGCUCCGUGCUG .........(((((....)))))(((((...((((((((((((....))))))...))))))......(((((((((.(..((((.......))))..).))))..)))))..))))).. ( -41.70, z-score = 0.14, R) >droGri2.scaffold_14624 1730864 120 + 4233967 CCGCCAAAUGGCACUCAAGUUCUGGUCGACUAUCAACUGCUGCCGCAGCAGCAUGUCCUCGACCCGACACUCAGCUACGAUCAGACCACCUCGGUGGCUCUGGUCCUUGCGUCCGUGCUC .........(((((...(((((.((((((....((..((((((....))))))))...)))))).)).)))..((...(((((((((((....)))).)))))))...))....))))). ( -45.80, z-score = -3.30, R) >anoGam1.chr2R 14555505 117 - 62725911 CCACCGAACGGUACCUUCGUGCUGGCCGACCAUCAGCUGCUGCCGCGCGAUCACGUCCUGGAUGCGGCCGACAUGUACACCUCGACCG---UGCUGGGACUGCUGCUGACCUGCAUCGUG .(((((..((((((....))))))..))....(((((.(((((...))).....((((..(.(((((.(((..........))).)))---)))..)))).)).)))))........))) ( -37.90, z-score = 0.53, R) >triCas2.ChLG9 13338921 108 - 15222296 ACCGGAAACGGGACGCAAGUCUUGACGAAUUAUGGAUAUUU-----AACGUCGAGUUUGAAAUUCUACA-------AUUAUGGGAAUCCCCCGAUUGCGCUGGUGGUUUUCUACGUGAUU .(((....)))(((....)))((((((..(((........)-----))))))))..............(-------((((((((((..(((((.......))).))..)))).))))))) ( -29.50, z-score = -0.99, R) >consensus CCGCCCAACGGCACCCAAGUGCUAGUCGACUUUGAGCUGCUGCCGCAGCAGCAUGUGCUGGAUCCCACGCCCACCUAUGACCAGACCACCUCGGUGGCUCUGGUCCUGGGCUCGGUGCUC .........(((((....))))).............((((((...))))))..............(((.....((((..(((((.(((......)))..)))))..))))....)))... (-17.85 = -17.96 + 0.11)
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