Locus 11368

Sequence ID	dm3.chr3R
Location	20,701,151 – 20,701,251
Length	100
Max. P	0.959050

overview

Window 7

Location	20,701,151 – 20,701,251
Length	100
Sequences	11
Columns	107
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	67.84
Shannon entropy	0.70050
G+C content	0.65126
Mean single sequence MFE	-48.65
Consensus MFE	-14.86
Energy contribution	-14.85
Covariance contribution	-0.02
Combinations/Pair	1.88
Mean z-score	-1.79
Structure conservation index	0.31
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	0.81
SVM RNA-class probability	0.823917
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 20701151 100 + 27905053
---AGUGCCGCUGGUGGGUGAGCUGAGGUGGUUGGUGA--UCACAGAGGCGGCCGCCACCACCACCUCUGUGGUUGUAGCCGUGGCCGCCG--CAGCAGCUGCCUGU
---((.((.((((.((((((.(((..(((.....(..(--(((((((((.((.........)).))))))))))..).)))..))))))).--)).)))).)))).. ( -48.60, z-score =  -0.86, R)
>droSim1.chrX_random 2423945 93 + 5698898
---GGCACCACUGGCCGACGA--CGAAUUGCCGGACUU-------CAGGAAGUGAAAGCAACCGGUCGGAC--UGGCCACGGUGUCCGUUUCCGAGCUGUCAUCCGU
---((((((..((((((.(((--(...((((...((((-------....))))....))))...))))...--)))))).))))))..................... ( -28.70, z-score =   1.06, R)
>droSec1.super_0 21049171 100 + 21120651
---AGUGCCGCUGGUGGGUGAGCUGAGGUGGUUGGUGA--UCACAGAGGCGGCCGCCACCACCACCUCUGUGGUUGUAGCCGUGGCCGCCG--CAGCAGCUGCCUGU
---((.((.((((.((((((.(((..(((.....(..(--(((((((((.((.........)).))))))))))..).)))..))))))).--)).)))).)))).. ( -48.60, z-score =  -0.86, R)
>droYak2.chr3R 3037209 100 - 28832112
---AGUGCCGCUGGUGGGUGAGCUGAGGUGGUUGGUGA--UCACAGAGGCGGCCGCCACCACCACCUCGGUGGUUGUGGCCGUGGCCGCCG--CAGCUGCAGCCUGA
---...(((...)))((.(((((((.(((((((.((..--..))....((((((((.((((((.....)))))).))))))))))))))).--))))).)).))... ( -52.60, z-score =  -1.42, R)
>droEre2.scaffold_4820 3117333 100 - 10470090
---AGUGCCGCUGGUGGGUGAGCUGAGGUGGUUGGUGA--UCACAGAGGCGGCCGCCACCACCACCUCGGUAGUUGUGGCCGUGGCCGCCG--CCGCAGCUGCCUGA
---...((((((....)))).)).(((((((((((((.--.(.(....).)..)))))..))))))))((((((((((((.((....)).)--)))))))))))... ( -51.30, z-score =  -1.34, R)
>droAna3.scaffold_13340 4749711 100 - 23697760
---AGUGCCACUUGUCGGCGAGCUAAGGUGAUUCGUGA--UCACCGAGGCAGCAGCUGCAACCACCUCCGUGGUAGUGGCUGUUGCCGCAG--CCGCUGCAGCCGUU
---........(((.(((((.(((..(((((((...))--)))))(.(((((((((..(.(((((....))))).)..))))))))).)))--)))))))))..... ( -50.70, z-score =  -3.63, R)
>dp4.chr2 6567911 100 - 30794189
---CGUUCCGCUGGUGGGGGAGCUCAGGUGAUUUGUGA--UCACUGAGGCGGCAGCCACGACCACCUCGGUUGUGGUCGCGGUGGCAGCCG--CAGCAGCCGCUUGU
---.(((((.(.....).)))))...(((((((...))--))))).(((((((.(((((((((.....))))))))).(((((....))))--)....))))))).. ( -49.70, z-score =  -1.96, R)
>droPer1.super_3 382125 100 - 7375914
---CGUUCCGCUGGUGGGGGAGCUCAGGUGAUUUGUGA--UCACUGAGGCGGCAGCCACGACCACCUCGGUUGUGGUCGCGGUGGCAGCCG--CAGCAGCCGCUUGU
---.(((((.(.....).)))))...(((((((...))--))))).(((((((.(((((((((.....))))))))).(((((....))))--)....))))))).. ( -49.70, z-score =  -1.96, R)
>droWil1.scaffold_181130 8574748 100 - 16660200
---UGUGCCACUAGUGGGUGAGCUCAGGUGAUUGGUUA--UCACCGAGGCGGCAGCCACCACCACUUCGGUAGUGGUUGCAGUGGCAGCAG--CUGCAGCUGCUUGU
---..(((((((.........(((..((((((.....)--)))))..))).((((((((.(((.....))).)))))))))))))))((((--(....))))).... ( -51.40, z-score =  -3.33, R)
>droVir3.scaffold_12855 8856907 103 + 10161210
UGUACUGCCGCCGGUAGGUGAACUCAAAUGAUUUGUUA--UGGCCGAUGCAGCGGCUACCACCACCUCCGUGGUGGUGGCUGUUGCCGCCG--CCGCUGCGGCCGUU
...((.(((((((((.((((..........(((.((..--..)).)))(((((((((((((((((....))))))))))))))))))))))--)))..))))).)). ( -52.60, z-score =  -3.86, R)
>anoGam1.chr2R 29591957 103 - 62725911
---AGUGCGGGUAGGCGGUG-GUGGGGGUGCCGAGAUAGCUGGCUACGUCGUCGGUUACCAUCAGGCAGGCCGGGGCUGAGGAGCUCGCCGGACCACUGCUACCCGU
---...((((((((.(((((-((.....((((((..((((((((......))))))))...)).))))(((..(((((....))))))))..))))))))))))))) ( -51.30, z-score =  -1.53, R)
>consensus
___AGUGCCGCUGGUGGGUGAGCUGAGGUGAUUGGUGA__UCACAGAGGCGGCAGCCACCACCACCUCGGUGGUGGUGGCCGUGGCCGCCG__CAGCAGCUGCCUGU
.....((((.......)))).((..(((((....(((....)))...(((....))).....)))))..))..........(((((.((......)).))))).... (-14.86 = -14.85 +  -0.02)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	20,701,151 – 20,701,251
Length	100
Sequences	11
Columns	107
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	67.84
Shannon entropy	0.70050
G+C content	0.65126
Mean single sequence MFE	-44.69
Consensus MFE	-13.04
Energy contribution	-13.57
Covariance contribution	0.54
Combinations/Pair	1.95
Mean z-score	-2.35
Structure conservation index	0.29
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	1.66
SVM RNA-class probability	0.959050
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 20701151 100 - 27905053
ACAGGCAGCUGCUG--CGGCGGCCACGGCUACAACCACAGAGGUGGUGGUGGCGGCCGCCUCUGUGA--UCACCAACCACCUCAGCUCACCCACCAGCGGCACU---
.......(((((((--.(((((((...(((((.(((((....))))).))))))))))))...((((--.(.............).))))....)))))))...--- ( -44.22, z-score =  -1.24, R)
>droSim1.chrX_random 2423945 93 - 5698898
ACGGAUGACAGCUCGGAAACGGACACCGUGGCCA--GUCCGACCGGUUGCUUUCACUUCCUG-------AAGUCCGGCAAUUCG--UCGUCGGCCAGUGGUGCC---
..((........(((....))).((((((((((.--...((((..((((((...((((....-------))))..))))))..)--)))..))))).)))))))--- ( -34.60, z-score =  -0.57, R)
>droSec1.super_0 21049171 100 - 21120651
ACAGGCAGCUGCUG--CGGCGGCCACGGCUACAACCACAGAGGUGGUGGUGGCGGCCGCCUCUGUGA--UCACCAACCACCUCAGCUCACCCACCAGCGGCACU---
.......(((((((--.(((((((...(((((.(((((....))))).))))))))))))...((((--.(.............).))))....)))))))...--- ( -44.22, z-score =  -1.24, R)
>droYak2.chr3R 3037209 100 + 28832112
UCAGGCUGCAGCUG--CGGCGGCCACGGCCACAACCACCGAGGUGGUGGUGGCGGCCGCCUCUGUGA--UCACCAACCACCUCAGCUCACCCACCAGCGGCACU---
....((((((((((--.(((((((...(((((.(((((....))))).))))))))))))...(((.--........)))..))))).........)))))...--- ( -46.90, z-score =  -1.83, R)
>droEre2.scaffold_4820 3117333 100 + 10470090
UCAGGCAGCUGCGG--CGGCGGCCACGGCCACAACUACCGAGGUGGUGGUGGCGGCCGCCUCUGUGA--UCACCAACCACCUCAGCUCACCCACCAGCGGCACU---
.......(((((((--((((.(((((.(((((..(....)..))))).))))).))))))...((((--.(.............).))))......)))))...--- ( -47.22, z-score =  -1.86, R)
>droAna3.scaffold_13340 4749711 100 + 23697760
AACGGCUGCAGCGG--CUGCGGCAACAGCCACUACCACGGAGGUGGUUGCAGCUGCUGCCUCGGUGA--UCACGAAUCACCUUAGCUCGCCGACAAGUGGCACU---
...(((((((((((--(((((((....)))((((((.....)))))).)))))))))))...(((((--(.....))))))..)))).((((.....))))...--- ( -49.90, z-score =  -3.81, R)
>dp4.chr2 6567911 100 + 30794189
ACAAGCGGCUGCUG--CGGCUGCCACCGCGACCACAACCGAGGUGGUCGUGGCUGCCGCCUCAGUGA--UCACAAAUCACCUGAGCUCCCCCACCAGCGGAACG---
.....(.((((..(--((((.(((...((((((((.......))))))))))).)))))((((((((--(.....)))).))))).........)))).)....--- ( -42.90, z-score =  -2.64, R)
>droPer1.super_3 382125 100 + 7375914
ACAAGCGGCUGCUG--CGGCUGCCACCGCGACCACAACCGAGGUGGUCGUGGCUGCCGCCUCAGUGA--UCACAAAUCACCUGAGCUCCCCCACCAGCGGAACG---
.....(.((((..(--((((.(((...((((((((.......))))))))))).)))))((((((((--(.....)))).))))).........)))).)....--- ( -42.90, z-score =  -2.64, R)
>droWil1.scaffold_181130 8574748 100 + 16660200
ACAAGCAGCUGCAG--CUGCUGCCACUGCAACCACUACCGAAGUGGUGGUGGCUGCCGCCUCGGUGA--UAACCAAUCACCUGAGCUCACCCACUAGUGGCACA---
...((((((....)--)))))(((((((((.((((((((.....)))))))).))).((.(((((((--(.....)))))).)))).........))))))...--- ( -47.40, z-score =  -4.12, R)
>droVir3.scaffold_12855 8856907 103 - 10161210
AACGGCCGCAGCGG--CGGCGGCAACAGCCACCACCACGGAGGUGGUGGUAGCCGCUGCAUCGGCCA--UAACAAAUCAUUUGAGUUCACCUACCGGCGGCAGUACA
.((.(((((.((((--(((((....).(((((((((.....))))))))).))))))))..(((...--.......((....)).........)))))))).))... ( -51.61, z-score =  -4.46, R)
>anoGam1.chr2R 29591957 103 + 62725911
ACGGGUAGCAGUGGUCCGGCGAGCUCCUCAGCCCCGGCCUGCCUGAUGGUAACCGACGACGUAGCCAGCUAUCUCGGCACCCCCAC-CACCGCCUACCCGCACU---
.((((((((.(((((..((.(((...))).(((.(((..((((....)))).)))..((.((((....)))).)))))..))..))-))).).)))))))....--- ( -39.70, z-score =  -1.46, R)
>consensus
ACAGGCAGCUGCUG__CGGCGGCCACCGCCACCACCACCGAGGUGGUGGUGGCGGCCGCCUCUGUGA__UCACCAAUCACCUCAGCUCACCCACCAGCGGCACU___
...(((.((.(((....))).))....(((((.(((.....))).))))).)))(((((.....................................)))))...... (-13.04 = -13.57 +   0.54)

alignment

secondary structure

dotplot

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