| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 20,632,483 – 20,632,603 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.692451 |
| Location | 20,632,483 – 20,632,603 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 15 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 74.74 |
| Shannon entropy | 0.60433 |
| G+C content | 0.58222 |
| Mean single sequence MFE | -44.95 |
| Consensus MFE | -19.85 |
| Energy contribution | -19.76 |
| Covariance contribution | -0.09 |
| Combinations/Pair | 1.83 |
| Mean z-score | -1.25 |
| Structure conservation index | 0.44 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.43 |
| SVM RNA-class probability | 0.692451 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 20632483 120 - 27905053 GGUCCCUUUGGUGCCGGCCUGGAGGUGUGUCUCAUCUUCUAUCUCGGCGCCACCUCGGUGGUGGGCUUCUACAGCAUGCCGUUCAUGCGCAAGGUUUGUCCCAAGCGGCGCCAGACUUCG ((((....(((((((((((.(((((((.....)))))))......)))(((((....)))))((((.(((...(((((.....)))))...)))...))))....))))))))))))... ( -46.90, z-score = -1.15, R) >droSim1.chr3R 20467966 120 - 27517382 GGUCCCUUUGGCGCCGGCCUGGAGGUGUGUCUCAUCUUCUAUCUGGGCGCCACCUCGGUGGUGGGCUUCUACAGCAUGCCGUUCAUGCGCAAGGUUUGUCCCAAGCGGCGCCAGACGUCG .(((....(((((((((((((((((((.....))))))).....))))(((((....)))))((((.(((...(((((.....)))))...)))...))))....))))))))))).... ( -50.40, z-score = -1.29, R) >droSec1.super_0 20968069 120 - 21120651 GGUCCCUUUGGCGCCGGCCUGGAGGUGUGUCUCAUCUUCUAUUUGGGCGCCACCUCGGUGGUGGGCUUCUACAGCAUGCCGUACAUGCGCAAGGUUUGUCCCAAGCGGCGCCAGACGUCG .(((....(((((((((((((((((((.....))))))).....))))(((((....)))))((((.(((...(((((.....)))))...)))...))))....))))))))))).... ( -51.00, z-score = -1.47, R) >droYak2.chr3R 2966994 120 + 28832112 GGUCCCUUUGGCGCCGGCCUGGAGGUGUGUCUCAUCUUCUAUCUGGGCGCCACUUCGGUGGUGGGCUUCUACAGCAUGCCCUUCAUGCGCAACGUUUGUCCCAAGCGGCGCCAGACUUCG ((((....(((((((((((((((((((.....))))))).....))))(((((....)))))((((.......(((((.....))))).........))))....))))))))))))... ( -50.09, z-score = -2.14, R) >droEre2.scaffold_4820 3045470 120 + 10470090 GGUCCCUUUGGCGCCGGCCUGGAGGUCUGUCUCAUCUUUUAUCUGGGCGCCACCUCGGUGGUGGGCUUUUAUAGCAUGCCCUUCAUGCGCAACGUUUGUCCCAAGCGGCGACAGACUUCG (((.((...)).)))......((((((((((.............((((((((((.....)))))(((.....))).))))).......((..((((((...)))))))))))))))))). ( -46.00, z-score = -1.53, R) >droAna3.scaffold_13340 3303553 120 + 23697760 GGACCCUUUGGCGCUGGAUUGGAGGUGUGUCUCAUCUUCUACCUGGGCGCCACCUCGGUUGUGGGCUUCUACAGCAUGCCCUUCAUGCGGAAUGUUCGGCCGAAAAGGCGGGAGACUUCG .((((...(((((((((...(((((((.....)))))))..))..)))))))....))))((((....)))).(((((.....)))))(((.(.(((.(((.....))).))).).))). ( -44.00, z-score = -0.29, R) >dp4.chr2 29198669 120 + 30794189 GGACCCUUUGGCGCCGGACUGGAGGUUUGCCUCAUCUUUUAUCUGGGCGCCACCUCUGUGGUGGGCUUCUACAGCAUGCCCUUCAUGCGCACUGUGCGCCCCAAGCGGCACCAGACCUCA ((....(((((.((((((...((((....))))...........((((((((((.....)))))(((.....))).))))).))..((((.....))))......)))).)))))))... ( -44.90, z-score = -0.57, R) >droPer1.super_7 2698828 120 + 4445127 GGACCCUUUGGCGCCGGACUGGAGGUUUGCCUCAUCUUUUAUCUGGGCGCCACCUCUGUGGUGGGCUUCUACAGCAUGCCCUUCAUGCGCACUGUGCGCCCCAAGCGGCACCAGACCUCA ((....(((((.((((((...((((....))))...........((((((((((.....)))))(((.....))).))))).))..((((.....))))......)))).)))))))... ( -44.90, z-score = -0.57, R) >droWil1.scaffold_181130 9183065 120 - 16660200 GGACUCUUUGGCGCCGGUCUGGAGGUGUGUCUGAUAUUCUAUCUGGGCGCCACAUCGGUGGUGGGUUUCUACAGUAUGCCCUUUAUGCGAAAUGUACGGCCCAAACGGCGUCAGACGUCG .(((..(((((((((((((..((((.((((...)))).)).))..)))(((((....)))))(((((..((((...(((.......)))...)))).)))))...)))))))))).))). ( -44.90, z-score = -1.50, R) >droVir3.scaffold_13047 18056074 120 + 19223366 GGACCGGUUGGCGCCGCCAUGGAAGUGUGUCUCAUAUUUUAUCUAGGCGCCACCUCGGUGGUGGGUUUUUACAGCAUGCCCUUCAUGAAUAAUGUGAGGCCCAAACGGCGACAGACUUCG .((..((((..(((((((.((((((((((...))))))...)))))))(((((....)))))(((((((.(((.((((.....)))).....))))))))))....))))...)))))). ( -40.60, z-score = -0.72, R) >droMoj3.scaffold_6540 28951812 120 + 34148556 GGACCUGUUGGCGCCGGCAUGGAGGUGUGCCUAAUUUUCUACCUAGGUGCCACCUCUGUGGUCGGCUUCUAUAGCAUGCCCUUUAUGAGCAACGUGCGCCCUAAACGCCGCCAAACUUCG ((...((((((((((((((((((((((..((((..........))))..).)))))))).)))))).......(((((..(((...)))...))))))))...))))...))........ ( -43.40, z-score = -1.87, R) >droGri2.scaffold_14906 5105857 120 - 14172833 GGACCUGUUGGCGCUGGCUUGGAGGUGUGCCUCAUCUUCUAUCUGGGCGCCACAUCCGUGGUGGGCUUCUACAGCAUGCCGUUCAUGAGCAAUGUGCGUCCGAAGCGGCGCCAGACUUCG (((....(((((((((.((((((((((.....)))))))....(((((((.((((((((((..(((...........)))..))))).)..)))))))))))))))))))))))..))). ( -47.10, z-score = -0.46, R) >anoGam1.chr2L 10027445 120 + 48795086 GGACCGCUGGGUGCCACGCUGGAGGUGUGCAUUAUCACCUACCUAGGCGUCACGUCCACCGUCGGGCUCUACACGAUGCCGUUCAUGCGUAACGUGCGGCCCCAGCGGCGCAACACAUCA .(.((((((((.(((((((((((((((........))))).))..)))))...((((......))))....((((.(((.((....))))).)))).))))))))))))........... ( -49.80, z-score = -1.09, R) >apiMel3.GroupUn 148485579 120 - 399230636 GGUCCUAUUGGAGCCGCAAUUGAAGUGGCAGUAAUUUUGUAUCUAGCUGCUACGAGCGCAAUAGGUUUGUACACACUUCCUGGUGUUAAACGCGUUCGACCUCGACUUCAUUCCACACCU (((((....))).)).....((((((((((((.............)))))).(((((((.....(((((.((((.(.....)))))))))))))))))......)))))).......... ( -34.02, z-score = -1.38, R) >triCas2.ChLG10 2390242 120 - 8806720 GGUCCCUUUGGGGCUGCUUUGGAGAUUGUAUUAAUUUUAUACUUAAUCGCAACUUCCUCAAUAGGUCUUUAUACAGCUCCUGUGAUGUCUCGGAUACGUCCGAGACCAAGAAGUACACCG (((..(((((((((((...(((((((((((((((........))))).))))...(((....)))))))))..)))))))......((((((((....))))))))...))))...))). ( -36.20, z-score = -2.68, R) >consensus GGACCCUUUGGCGCCGGCCUGGAGGUGUGUCUCAUCUUCUAUCUGGGCGCCACCUCGGUGGUGGGCUUCUACAGCAUGCCCUUCAUGCGCAAUGUUCGUCCCAAGCGGCGCCAGACUUCG ((.(....(((((((.....((((((.......))))))......))))))).....((((.((((...........)))).))))...........).))................... (-19.85 = -19.76 + -0.09)
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