| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 20,517,496 – 20,517,670 |
| Length | 174 |
| Max. P | 0.767958 |
| Location | 20,517,496 – 20,517,670 |
|---|---|
| Length | 174 |
| Sequences | 15 |
| Columns | 177 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 81.32 |
| Shannon entropy | 0.42603 |
| G+C content | 0.51427 |
| Mean single sequence MFE | -62.53 |
| Consensus MFE | -32.33 |
| Energy contribution | -31.68 |
| Covariance contribution | -0.65 |
| Combinations/Pair | 1.52 |
| Mean z-score | -1.86 |
| Structure conservation index | 0.52 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.63 |
| SVM RNA-class probability | 0.767958 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 20517496 174 + 27905053 CAGGCAUACUUGCUGAACAUACCAUCAUGGGAUUGGAAACAGGGCGACGAUGUCAUCUGCCUGGCCGAACUGAAGCUGGGCUUCAUUGCCCAGAGUUGUUUGGCGCCCGGGUUCUCGACCAUGAUGGCCAAUCUGUUCGCCAUGAGAUCGUUCAAGACGGUAAGUGUGGGGUUG--- ....(((((((((((((((..(((((((((..(((..(((.(((((((...))).........(((((((.((..((((((......))))))..)))))))))))))..)))..))))))))))))......)))))....((((....))))....))))))))))......--- ( -70.80, z-score = -2.57, R) >droSim1.chr3R_random 984104 174 + 1307089 UAGGCGUACUUGCUGAACAUACCAUCGUGGGAUUGGAAACAGGGCGACGAUGUCAUCUGCCUGGCCGAACUGAAGCUGGGCUUCAUUGCCCAGAGCUGUUUGGCGCCCGGGUUCUCGACCAUGAUGGCCAACCUGUUCGCCAUGAGAUCGUUCAAGACGGUAAGUGUGGGGUUG--- ..((((....))))(((((..(((((((((..(((..(((.(((((((...))).........(((((((.(...((((((......))))))..).)))))))))))..)))..))))))))))))......))))).(((((..((((((...))))))...))))).....--- ( -69.40, z-score = -1.86, R) >droSec1.super_0 20851668 174 + 21120651 UAGGCGUACUUGCUGAACAUACCAUCGUGGGAUUGGAAACAGGGCGACGAUGUCAUCUGCCUGGCCGAACUGAAGCUGGGCUUCAUUGCCCAGAGCUGUUUGGCGCCCGGUUUCUCGACCAUGAUGGCCAACCUGUUCGCCAUGAGAUCGUUCAAGACGGUAAGUGUGGGGUUG--- ..((((....))))(((((..(((((((((....((((((.(((((((...))).........(((((((.(...((((((......))))))..).))))))))))).))))))...)))))))))......))))).(((((..((((((...))))))...))))).....--- ( -72.00, z-score = -2.72, R) >droYak2.chr3R 2852802 174 - 28832112 UAGGCGUACUUGCUGAACAUACCAUCGUGGGACUGGAAACAGGGCGACGAUGUCAUCUGCCUGGCCGAACUCAAGCUGGGCUUCAUUGCCCAGAGUUGUUUGGCGCCCGGGUUCUCGACCAUGAUGGCCAACCUGUUCGCCAUGAGAUCGUUCAAGACGGUAAGUGUGGGGUUG--- ....(((((((((((.......((((((.(..(((....)))..).))))))...(((...((..(((.((((..((((((......)))))).......(((((..((((((...(.((.....))).))))))..))))))))).)))..))))))))))))))))......--- ( -68.50, z-score = -1.64, R) >droEre2.scaffold_4820 2929340 173 - 10470090 UAGGCGUACUUGCUGAACAUACCAUCGUGGGACUGGAAACAGGGCGACGAUGUCAUCUGCCUGGCCGAACUCAAGCUGGGCUUCAUUGCCCAGAGUUGUUUGGCGCCCGGGUUCUCGACCAUGAUGGCCAACCUGUUCGCCAUGAGGUCGUUCAAGACGGUAAGU-UGGGGUUG--- ............((.(((.(((((((((.(..(((....)))..).)))))(((....((((((((((((.....((((((......))))))....)))))))...)))))...(((((.(.(((((.((....)).))))).)))))).....))))))).))-).))....--- ( -71.70, z-score = -2.35, R) >droAna3.scaffold_13340 19039561 173 - 23697760 UAGGCCUAUUUGCUGAACAUACCAUCGUGGGACUGGAAACAGGGCGACGAUGUCAUUUGCUUGGCCGAGCUGAAGCUGGGCUUCAUAGCCCAGAGCUGUCUGGCUCCUGGCUUCUCGACGAUGAUGGCCAAUCUGUUUGCCAUGCGAUCGUUCAAGACGGUAAGUACGGUCUU---- .((((((((((((((.......((((((.(..(((....)))..).)))))).......((((((((((((((..(((((((....))))))).....)).)))))..))).....((((((((((((.((....)).))))).).)))))))))).))))))))).))))).---- ( -71.20, z-score = -3.30, R) >dp4.chr2 29078867 172 - 30794189 CAGGCGUACUUGCUCAACAUACCAUCGUGGGACUGGAAACAGGGCGACGAUGUCAUCUGCCUGGCCGAGCUGAAGCUGGGCUUCAUUGCCCAGAGCUGUCUGGCCCCCGGUUUCUCCACCAUGAUGGCCAAUCUGUUUGCCAUGCGAUCGUUCAAGACGGUAAGU--AGGGUUG--- (((.(.((((((((.......(((((((((....((((((.(((.(((...)))........(((((..(.(...((((((......))))))..).)..)))))))).))))))...))))))))).......((((.....((....))...)))))))))))--).).)))--- ( -65.00, z-score = -0.97, R) >droPer1.super_7 2575258 172 - 4445127 CAGGCGUACUUGCUCAACAUACCAUCGUGGGACUGGAAACAGGGCGACGAUGUCAUCUGCCUGGCCGAACUGAAGCUGGGCUUCAUUGCCCAGAGCUGUCUGGCCCCCGGUUUCUCCACCAUGAUGGCCAAUCUGUUUGCCAUGCGAUCGUUCAAGACGGUAAGU--AGGGUUG--- (((.(.((((((((.........(((((.(..(((....)))..).)))))(((....((.((((.((((.((..((((((......)))))).......(((((...(((......))).....))))).)).)))))))).))((....))..))))))))))--).).)))--- ( -64.40, z-score = -1.19, R) >droWil1.scaffold_181089 2792263 175 - 12369635 --GGCCUAUCUAUUGAAUAUUCCAUCGUGGGACUGGAAACAAGGUGACGAUGUCAUUUGUUUGGCCGAAUUAAAGUUGGGUUUUAUAGCCCAAAGUUGUUUGGCGCCCGGUUUCUCUACCAUGAUGGCCAAUCUAUUUGCCAUGCGUUCUUUUAAGACCGUAAGUAUAUCAACGUAU --(((..((..((((......(((((((((....((((((..((((((((......)))))..(((((((.((..(((((((....)))))))..))))))))))))..))))))...))))))))).))))..))..))).((((.(((....))).))))............... ( -55.70, z-score = -2.87, R) >droVir3.scaffold_13047 823536 172 + 19223366 CAGGCGUACUUGCUGAAUAUACCUUCGUGGGACUGGAAGCAGGGCGAUGAUGUCAUUUGCUUGGCCGAGCUGAAGUUGGGUUUUAUAGCGCAGAGCUGUUUGGCACCUGGCUUUUCGACAAUGAUGGCAAAUUUGUUUGCCAUGCGUUCCUUUAAAACGGUAAGUAU--UGCCA--- ..(((((((((((((......(((....)))...(((((((.(((((.(((((((((...(((..(((...(((((..(((...(((((.....))))).....)))..)))))))).))).)))))))..))...))))).))).)))).......))))))))).--)))).--- ( -61.50, z-score = -2.17, R) >droMoj3.scaffold_6540 4819227 174 + 34148556 CAGGCGUACUUGCUGAACAUCCCGUCGUGGGACUGGAAACAAGGUGACGAUGUUAUUUGCCUGGCCGAGCUGAAGUUGGGCUUCAUAGCGCAGAGCUGCUUGGCGCCCGGCUUCUCCACCAUGAUGGCCAAUCUGUUUGCAAUGCGAUCCUUCAAGACGGUAAGUAUAGUGCCA--- ..(((((((((((((......(((((((((...((((((((.(....)..))))....(((.((((((((.(...(((.(((....))).)))..).))))))).)..)))...))))))))))))).........((((...))))..........))))))))))...))).--- ( -62.50, z-score = -0.73, R) >droGri2.scaffold_14906 8685353 172 - 14172833 UAGGCGUACUUGCUGAACAUACCAUCGUGGGACUGGAAACAGGGAGAUGAUGUCAUUUGCCUGGCCGAGUUGAAGUUGGGCUUUAUAGCGCAGAGCUGUUUGGCGCCCGGAUUUUCCACAAUGAUGGCCAAUUUGUUCGCUAUGCGUUCUUUUAAGACGGUAAGUAU--UGCCA--- ..(((((((((((.(((((..(((((((((((((((...((((.(((((....))))).))))((((((..(...(((.(((....))).)))..)..))))))..))))...))))))...)))))......)))))......((((.......))))))))))).--)))).--- ( -64.20, z-score = -3.01, R) >anoGam1.chr2R 44183581 165 + 62725911 UAGGCAUAUUUAUUAAAUAUACCCUCAUGGGAUUGGAAACAAGGUGAUGAUGUUAUUUGUUUAGCCGAGUUGAAAUUAGGUUUUAUAGCACAGAGUUGUUUAGCACCGGGAUUCUCAACAAUGAUGGCGAACUUGUUUGCCAUGCGCUCAUUUAAAACGGUUAGU------------ ..(((((..(((((.......(((....))).(((....))))))))..)))))......(((((((.(((((((((.(((...(((((.....))))).....)))..)))).)))))....((((((((....))))))))..............))))))).------------ ( -42.00, z-score = -1.20, R) >apiMel3.GroupUn 298542347 174 - 399230636 CAGGCCUACUUACUAAACAUUCCAUCAUGGGACUGGAAACAGGGCGACGACGUGAUUUGCCUGGCCGAAUUGAAGCUGGGCUUCAUCGCACAGUCCUGUCUAGCGCCGGGUUUCAGCACGAUGAUGGCCAAUCUUUUCGCCAUGCGUUCCUUCAAGACGGUCAGUAGAAUGUCG--- ...(((.............((((.....))))(((....))))))..((((((..(((((.((((((..((((((..(.((.((((((......((((........))))........))))))((((.((....)).)))).)).)..))))))..)))))))))))))))))--- ( -57.14, z-score = -0.81, R) >triCas2.ChLG10 2271822 146 + 8806720 ----------------------CAUCAUGGGACUGGAAGCAAGGCGACGACGUAAUUUGUUUGGCUGAACUGAAGCUAGGUUUUAUAGCUCAAUCCUGUUUAGCGCCCGGUUUUUCGACAAUGAUGGCGAACUUGUUCGCUAUGCGUUCGUUCAAAACGGUAAGCUUG--------- ----------------------((((((..(.(..(((((..((((((((......)))))..(((((((.(((((((.......)))))...))..))))))))))..)))))..).).))))))(((((....)))))...((..((((.....))))...))...--------- ( -41.90, z-score = -0.52, R) >consensus UAGGCGUACUUGCUGAACAUACCAUCGUGGGACUGGAAACAGGGCGACGAUGUCAUUUGCCUGGCCGAACUGAAGCUGGGCUUCAUAGCCCAGAGCUGUUUGGCGCCCGGUUUCUCGACCAUGAUGGCCAAUCUGUUCGCCAUGCGAUCGUUCAAGACGGUAAGUAUGGGGUUG___ (((((.....((.....)).....((((.(..(((....)))..).))))........)))))((((....(((.((((((.(((..((.....))....))).)))))).))).........(((((.((....)).)))))..............))))................ (-32.33 = -31.68 + -0.65)
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