Locus 11187

Sequence ID dm3.chr3R
Location 19,282,890 – 19,283,029
Length 139
Max. P 0.945829
window15366 window15367

overview

Window 6

Location 19,282,890 – 19,282,991
Length 101
Sequences 10
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 70.32
Shannon entropy 0.56734
G+C content 0.49448
Mean single sequence MFE -32.77
Consensus MFE -9.65
Energy contribution -9.52
Covariance contribution -0.13
Combinations/Pair 1.44
Mean z-score -2.83
Structure conservation index 0.29
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 1.51
SVM RNA-class probability 0.945829
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 19282890 101 - 27905053
UAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCGGUC--AGCCGGGCAUUUGAGCUAAA-----------AACUCAACUCAAAAGCCCGGCUGCGCCCACAAAACUUGGCUCA----
((((((((....)))))))).(((.......((.((((--((((((((.((((((.....-----------.......)))))).))))))))).))).))........)))..---- ( -38.16, z-score =  -5.05, R)
>droSim1.chr3R 19102847 101 - 27517382
UAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCGGUC--AGCCGGGCAUUUGAGCUAAA-----------AACUCAACUCAAAAGCCCGGCUGCGCCCACAAAACUUGGCUCA----
((((((((....)))))))).(((.......((.((((--((((((((.((((((.....-----------.......)))))).))))))))).))).))........)))..---- ( -38.16, z-score =  -5.05, R)
>droSec1.super_0 19646055 101 - 21120651
UAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCGGUC--AGCCGGGCAUUUGAGCUAAA-----------AACUCAACUCAGAAGCCCGGCUGCGCCCACAAAACUUGGCUCA----
((((((((....)))))))).(((.......((.((((--((((((((.((((((.....-----------.......)))))).))))))))).))).))........)))..---- ( -38.26, z-score =  -4.62, R)
>droYak2.chr3R 20166008 114 - 28832112
UAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGCUCGGUC--AGCCGGGCAUUUGAGCUUAAAAACUCAGCUCAGCUCAACUCAAAAACCCGGCUGCGCCCACAAAACUUGGCUUAAG--
((((((((....)))))))).(((..........((((--(((((((...(((((((..............)))))))........)))))))).)))...........)))....-- ( -30.94, z-score =  -2.30, R)
>droEre2.scaffold_4820 1703511 101 + 10470090
UAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCGGUC--AGCCGGGCAUUUGAGCUAAA-----------AACUCAACUCAAAAGCCCGGCUGCGCCCACAAAACUUGGCUCA----
((((((((....)))))))).(((.......((.((((--((((((((.((((((.....-----------.......)))))).))))))))).))).))........)))..---- ( -38.16, z-score =  -5.05, R)
>droAna3.scaffold_13340 3426487 90 + 23697760
UAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCAG-CCGGGCUAAAAA-----------------------ACCCAGUUCAG-UGCUGGGCUGCGCCCACAAAACUCAGCCAAA---
((((((((....))))))))((((......((....-))((((......-----------------------.((((((....-.))))))....))))..........))))..--- ( -29.50, z-score =  -2.78, R)
>dp4.chr2 2766286 104 - 30794189
UAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCAGUCCGAGCUCGGGA-UCGGGCU-GA-----------GGUUCUGUUCAC-UGCUGGGCUGCGCCCACAAAACUCAACCAAAGUU
((((((((....))))))))............(((((((((........-)))))))-))-----------((((..(((...-((.(((((...))))))).)))..))))...... ( -32.20, z-score =  -1.53, R)
>droPer1.super_7 2859516 104 + 4445127
UAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCAGUCCGAGCUCGGGA-UCGGGCU-GG-----------GGUUCUGUUCAG-UGCUGGGCUGCGCCCACAAAACUCAACCAAAGUU
((((((((....))))))))..........(((((((((((........-)))))))-)(-----------((((.(((...(-(((......))))..))).))))).)))...... ( -32.40, z-score =  -1.16, R)
>droVir3.scaffold_13047 8915534 98 - 19223366
UAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGACAGC---AGCUGCGCCCACAAAGUUG----------CCACUGCAACUCAGUU--CAGACCAGCCAGAUCCAAGCCGGCCC-----
((((((((....)))))))).(((......(((....---.((((.....((..(((((----------(....))))))..)).--.....))))....)))......))).----- ( -22.80, z-score =  -0.52, R)
>droMoj3.scaffold_6540 2397763 98 + 34148556
UAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGACAGC---GGCUGCGCCCACAAAGUUG----------CCACUGCAGCUCGGCU--CGGCUCACCUCGACUAGGCCCUACCC-----
((((((((....)))))))).(((.....(((.....---(((((.(((.....(((((----------(....)))))).))).--)))))....))).....)))......----- ( -27.10, z-score =  -0.22, R)
>consensus
UAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCAGUC__AGCCGGGCAUUUGAGCUAAA___________AACUCAACUCAGAAGCCCGGCUGCGCCCACAAAACUCGGCCCA____
((((((((....))))))))((((.......)))).....((((((.........................................))))))......................... ( -9.65 =  -9.52 +  -0.13)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 7

Location 19,282,924 – 19,283,029
Length 105
Sequences 11
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.65
Shannon entropy 0.42563
G+C content 0.44408
Mean single sequence MFE -26.05
Consensus MFE -13.11
Energy contribution -13.00
Covariance contribution -0.11
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.50
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 0.02
SVM RNA-class probability 0.505862
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 19282924 105 - 27905053
--CCACGCCCCUUUAAUUGCCACCUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCGGUCAGCCGGGCAUUUGAGC-UAAAAACUCAACU----------
--....((((.......(((((..((((......))))..((((((((....))))))))))))).....(((......)))))))..(((((.-......)))))..---------- ( -26.40, z-score =  -2.12, R)
>droSim1.chr3R 19102881 105 - 27517382
--CCACGCCCCUUUAAUUGCCACCUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCGGUCAGCCGGGCAUUUGAGC-UAAAAACUCAACU----------
--....((((.......(((((..((((......))))..((((((((....))))))))))))).....(((......)))))))..(((((.-......)))))..---------- ( -26.40, z-score =  -2.12, R)
>droSec1.super_0 19646089 105 - 21120651
--CCACGCCCCUUUAAUUGCCACCUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCGGUCAGCCGGGCAUUUGAGC-UAAAAACUCAACU----------
--....((((.......(((((..((((......))))..((((((((....))))))))))))).....(((......)))))))..(((((.-......)))))..---------- ( -26.40, z-score =  -2.12, R)
>droYak2.chr3R 20166044 118 - 28832112
AGCCACGCCCCUUUAAUUGCCACCUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGCUCGGUCAGCCGGGCAUUUGAGCUUAAAAACUCAGCUCAGCUCAACU
.((((......(((((.(((......))).))))).....((((((((....))))))))))))......((((((....))))))..(((((((.........)))))))....... ( -32.70, z-score =  -3.00, R)
>droEre2.scaffold_4820 1703545 105 + 10470090
--CCACGCCCCUUUAAUUGCCACCUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCGGUCAGCCGGGCAUUUGAGC-UAAAAACUCAACU----------
--....((((.......(((((..((((......))))..((((((((....))))))))))))).....(((......)))))))..(((((.-......)))))..---------- ( -26.40, z-score =  -2.12, R)
>droAna3.scaffold_13340 3426521 96 + 23697760
AGCCACGCCCAUUUAAUUGCCACCUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCAGCCGGGCUAAAAAACCCAGUU----------------------
((((..(((.((((((.(((......))).))))))....((((((((....)))))))).))).....(((....))))))).............---------------------- ( -24.60, z-score =  -2.42, R)
>dp4.chr2 2766323 105 - 30794189
--CCACGCCCCUUUAAUUGCCACCUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCAGUCCGAGCUCGGGAUCGGGCUGAGGUUCUGUU-----------
--....(((((......(((((..((((......))))..((((((((....))))))))))))).....))(((((((((........))))))))))))......----------- ( -30.00, z-score =  -1.65, R)
>droPer1.super_7 2859553 105 + 4445127
--CCCCGCCCCUUUAAUUGCCACCUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCAGUCCGAGCUCGGGAUCGGGCUGGGGUUCUGUU-----------
--((((((((.......(((((..((((......))))..((((((((....))))))))))))).....((((...(((....))))))))))).)))).......----------- ( -34.30, z-score =  -2.13, R)
>droVir3.scaffold_13047 8915573 97 - 19223366
--CCACGCCCAUUUAAUUGCCACCUAACAUUUGAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGACAG-CAGCUGCGCCCACAAAGUUGCCA------------------
--....(.((.......(((((..((((......))))..((((((((....))))))))))))).....)).).(-(((((..........))))))..------------------ ( -19.90, z-score =  -0.76, R)
>droMoj3.scaffold_6540 2397802 97 + 34148556
--CCACGCCCAUUUAAUUGCCACCUAGCAUUUGAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGACAG-CGGCUGCGCCCACAAAGUUGCCA------------------
--....(((.((((((.(((......))).))))))....((((((((....)))))))).)))......((.(((-((((...)))......)))))).------------------ ( -21.20, z-score =  -0.22, R)
>droGri2.scaffold_15074 7025871 97 + 7742996
--CCACGCCCAUUUAAUUGCCACCUAGCAUUUGAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGACAG-CGGCUGCGCCCACAAAAUUGCCA------------------
--........((((((.(((......))).))))))....((((((((....))))))))(((((.....((...(-((....))))).......)))))------------------ ( -18.30, z-score =   0.44, R)
>consensus
__CCACGCCCCUUUAAUUGCCACCUAGCAUUUAAGUUAACUAACUGUUCAUAAAUAGUUAUGGCAUACACGGUCAGUCAGCCGGGCAUAUGAGCUUAAAAACUCA_C___________
......(((..(((((.(((......))).))))).....((((((((....)))))))).)))...................................................... (-13.11 = -13.00 +  -0.11)

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