Locus 11045

Sequence ID dm3.chr3R
Location 18,299,445 – 18,299,538
Length 93
Max. P 0.814515
window15175 window15176

overview

Window 5

Location 18,299,445 – 18,299,538
Length 93
Sequences 13
Columns 99
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.53
Shannon entropy 0.11862
G+C content 0.50065
Mean single sequence MFE -29.37
Consensus MFE -24.94
Energy contribution -25.02
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.97
Structure conservation index 0.85
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 0.78
SVM RNA-class probability 0.814515
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 18299445 93 + 27905053
AGUCGACGGGGCUCCCCCCGUCAGGGGUAUGUUAUGUAUGUAUCAACAGCAC----AUCUAU--GCCCUACUACGUGUCGUGCCGUGUCGUUUUUUUUU
...(((((.(((.(..(.(((..((((((((..((((.(((....)))..))----)).)))--)))))...))).)..).))).)))))......... ( -30.30, z-score =  -2.31, R)
>droPer1.super_0 6666260 93 + 11822988
AGUCGACGGGGCUCCCCCCGUCAGGGGUAUGUUAUGUAUGUAUCAACAGCAC----AUCUAUU-GCCCUACUACGUGUCGUGCCGUGUCGUUUUUUUU-
...(((((.(((.(..(.(((..((((((....((((.(((....)))..))----))....)-)))))...))).)..).))).)))))........- ( -28.90, z-score =  -1.84, R)
>dp4.chr2 17013568 93 - 30794189
AGUCGACGGGGCUCCCCCCGUCAGGGGUAUGUUAUGUAUGUAUCAACAGCAC----AUCUAUU-GCCCUACUACGUGUCGUGCCGUGUCGUUUUUUUU-
...(((((.(((.(..(.(((..((((((....((((.(((....)))..))----))....)-)))))...))).)..).))).)))))........- ( -28.90, z-score =  -1.84, R)
>droAna3.scaffold_12911 5340336 93 + 5364042
AGUUGACGGGGCUCCCCCCGUCAGGGGUAUGUUAUGUAUGUAUCAACAGCAC----AUCUAA--GCCCUACUACGUGUCGUGCCGUGUCGUUUUUUUUU
..(((((((((....))))))))).((((((.((((((.(((......((..----......--))..))))))))).))))))............... ( -28.80, z-score =  -1.96, R)
>droEre2.scaffold_4820 691997 93 - 10470090
AGUCGACGGGGCUCCCCCCGUCAGGGGUAUGUUAUGUAUGUAUCAACAGCAC----AUCUAU--GCCCUACUACGUGUCGUGCCGUGUCGUUUUUUUUU
...(((((.(((.(..(.(((..((((((((..((((.(((....)))..))----)).)))--)))))...))).)..).))).)))))......... ( -30.30, z-score =  -2.31, R)
>droYak2.chr3R 19144887 93 + 28832112
AGUCGACGGGGCUCCCCCCGUCAGGGGUAUGUUAUGUAUGUAUCAACAGCAC----AUCUAU--GCCCUACUACGUGUCGUGCCGUGUCGUUUUUUUUU
...(((((.(((.(..(.(((..((((((((..((((.(((....)))..))----)).)))--)))))...))).)..).))).)))))......... ( -30.30, z-score =  -2.31, R)
>droSec1.super_0 18653857 93 + 21120651
AGUCGACGGGGCUCCCCCCGUCAGGGGUAUGUUAUGUAUGUAUCAACAGCAC----AUCUAU--GCCCUACUACGUGUCGUGCCGUGUCGUUUUUUUUU
...(((((.(((.(..(.(((..((((((((..((((.(((....)))..))----)).)))--)))))...))).)..).))).)))))......... ( -30.30, z-score =  -2.31, R)
>droSim1.chr3R 18107955 93 + 27517382
AGUCGACGGGGCUCCCCCCGUCAGGGGUAUGUUAUGUAUGUAUCAACAGCAC----AUCUAU--GCCCUACUACGUGUCGUGCCGUGUCGUUUUUUUUU
...(((((.(((.(..(.(((..((((((((..((((.(((....)))..))----)).)))--)))))...))).)..).))).)))))......... ( -30.30, z-score =  -2.31, R)
>droVir3.scaffold_12822 3443156 92 - 4096053
AGUUGACGGGGCUCCCCCCGUCAGGGGUAUGUUAUGUAUGUAUCAACAGCAC----AUCUAUU-GCCCUACUACGUGUCGUGCCGUGUCGUUUUUUU--
..(((((((((....))))))))).((((((.((((((.(((.(((.((...----..)).))-)...))))))))).)))))).............-- ( -29.40, z-score =  -1.94, R)
>droGri2.scaffold_15074 3134420 92 + 7742996
AGUUGACGGGGCUCCCCCCGUCAGGGGUAUGUUAUGUAUGUAUCAACAGCAC----AUCUAUU-GCCCUACUACGUGUCGUGCCGUGUCGUUUUUUU--
..(((((((((....))))))))).((((((.((((((.(((.(((.((...----..)).))-)...))))))))).)))))).............-- ( -29.40, z-score =  -1.94, R)
>droMoj3.scaffold_6540 840804 93 - 34148556
AGUCGACGGGGCUCCCCCCGUCAGGGGUAUGUUAUGUAUGUAUCAACAGCACC---AUCUAAC-GCCCUACUACGUGUCGUGCCGUGUCGUUUUUUU--
....(((((((....)))))))...((((((.((((((.(((......((...---.......-))..))))))))).)))))).............-- ( -26.70, z-score =  -0.74, R)
>droWil1.scaffold_181089 2773527 95 + 12369635
AGUUGACGGGGCUCCCCCCGUCAGGGGUAUGUUAUGUAUGUAUCACCAGCAC----AUCUAUUUGCCCUACUACGUGUCGUGCCGUGUCGUUUUUUUUU
..(((((((((....))))))))).((((((.((((((.(((......(((.----.......)))..))))))))).))))))............... ( -29.60, z-score =  -2.14, R)
>anoGam1.chr2R 11616804 99 - 62725911
AGUUGACGGGACACAGCCCGUCAGGGGUAUGUUAUGUAUGUAUCAACAGCACCAUUACUUUUUUGCCCUAUUACGUGUCGUGACGUGUCGUUUCUCUUU
..((((((((......)))))))).(..((((((((((((((......(((............))).....)))))).))))))))..).......... ( -28.60, z-score =  -1.64, R)
>consensus
AGUCGACGGGGCUCCCCCCGUCAGGGGUAUGUUAUGUAUGUAUCAACAGCAC____AUCUAU__GCCCUACUACGUGUCGUGCCGUGUCGUUUUUUUUU
....(((((((....)))))))...((((((.((((((.(((..........................))))))))).))))))............... (-24.94 = -25.02 +   0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 18,299,445 – 18,299,538
Length 93
Sequences 13
Columns 99
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.53
Shannon entropy 0.11862
G+C content 0.50065
Mean single sequence MFE -27.94
Consensus MFE -22.19
Energy contribution -22.11
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.93
Structure conservation index 0.79
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.563242
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 18299445 93 - 27905053
AAAAAAAAACGACACGGCACGACACGUAGUAGGGC--AUAGAU----GUGCUGUUGAUACAUACAUAACAUACCCCUGACGGGGGGAGCCCCGUCGACU
.........(((((((........)))....((((--....((----(((.(((....))))))))......(((((....))))).)))).))))... ( -28.60, z-score =  -2.19, R)
>droPer1.super_0 6666260 93 - 11822988
-AAAAAAAACGACACGGCACGACACGUAGUAGGGC-AAUAGAU----GUGCUGUUGAUACAUACAUAACAUACCCCUGACGGGGGGAGCCCCGUCGACU
-........(((((((........)))....((((-.....((----(((.(((....))))))))......(((((....))))).)))).))))... ( -28.60, z-score =  -2.19, R)
>dp4.chr2 17013568 93 + 30794189
-AAAAAAAACGACACGGCACGACACGUAGUAGGGC-AAUAGAU----GUGCUGUUGAUACAUACAUAACAUACCCCUGACGGGGGGAGCCCCGUCGACU
-........(((((((........)))....((((-.....((----(((.(((....))))))))......(((((....))))).)))).))))... ( -28.60, z-score =  -2.19, R)
>droAna3.scaffold_12911 5340336 93 - 5364042
AAAAAAAAACGACACGGCACGACACGUAGUAGGGC--UUAGAU----GUGCUGUUGAUACAUACAUAACAUACCCCUGACGGGGGGAGCCCCGUCAACU
..........((((((........)))....((((--((..((----(((.(((....))))))))......((((.....)))))))))).))).... ( -28.30, z-score =  -2.19, R)
>droEre2.scaffold_4820 691997 93 + 10470090
AAAAAAAAACGACACGGCACGACACGUAGUAGGGC--AUAGAU----GUGCUGUUGAUACAUACAUAACAUACCCCUGACGGGGGGAGCCCCGUCGACU
.........(((((((........)))....((((--....((----(((.(((....))))))))......(((((....))))).)))).))))... ( -28.60, z-score =  -2.19, R)
>droYak2.chr3R 19144887 93 - 28832112
AAAAAAAAACGACACGGCACGACACGUAGUAGGGC--AUAGAU----GUGCUGUUGAUACAUACAUAACAUACCCCUGACGGGGGGAGCCCCGUCGACU
.........(((((((........)))....((((--....((----(((.(((....))))))))......(((((....))))).)))).))))... ( -28.60, z-score =  -2.19, R)
>droSec1.super_0 18653857 93 - 21120651
AAAAAAAAACGACACGGCACGACACGUAGUAGGGC--AUAGAU----GUGCUGUUGAUACAUACAUAACAUACCCCUGACGGGGGGAGCCCCGUCGACU
.........(((((((........)))....((((--....((----(((.(((....))))))))......(((((....))))).)))).))))... ( -28.60, z-score =  -2.19, R)
>droSim1.chr3R 18107955 93 - 27517382
AAAAAAAAACGACACGGCACGACACGUAGUAGGGC--AUAGAU----GUGCUGUUGAUACAUACAUAACAUACCCCUGACGGGGGGAGCCCCGUCGACU
.........(((((((........)))....((((--....((----(((.(((....))))))))......(((((....))))).)))).))))... ( -28.60, z-score =  -2.19, R)
>droVir3.scaffold_12822 3443156 92 + 4096053
--AAAAAAACGACACGGCACGACACGUAGUAGGGC-AAUAGAU----GUGCUGUUGAUACAUACAUAACAUACCCCUGACGGGGGGAGCCCCGUCAACU
--.........(((((........))).))((((.-.....((----(((.(((....)))))))).......))))(((((((....))))))).... ( -28.12, z-score =  -2.14, R)
>droGri2.scaffold_15074 3134420 92 - 7742996
--AAAAAAACGACACGGCACGACACGUAGUAGGGC-AAUAGAU----GUGCUGUUGAUACAUACAUAACAUACCCCUGACGGGGGGAGCCCCGUCAACU
--.........(((((........))).))((((.-.....((----(((.(((....)))))))).......))))(((((((....))))))).... ( -28.12, z-score =  -2.14, R)
>droMoj3.scaffold_6540 840804 93 + 34148556
--AAAAAAACGACACGGCACGACACGUAGUAGGGC-GUUAGAU---GGUGCUGUUGAUACAUACAUAACAUACCCCUGACGGGGGGAGCCCCGUCGACU
--.......(((((((........)))....((((-((((...---.(((.(((....)))))).))))...(((((....))))).)))).))))... ( -29.40, z-score =  -1.48, R)
>droWil1.scaffold_181089 2773527 95 - 12369635
AAAAAAAAACGACACGGCACGACACGUAGUAGGGCAAAUAGAU----GUGCUGGUGAUACAUACAUAACAUACCCCUGACGGGGGGAGCCCCGUCAACU
...........(((((........))).))((((.......((----(((.((......))))))).......))))(((((((....))))))).... ( -28.14, z-score =  -2.02, R)
>anoGam1.chr2R 11616804 99 + 62725911
AAAGAGAAACGACACGUCACGACACGUAAUAGGGCAAAAAAGUAAUGGUGCUGUUGAUACAUACAUAACAUACCCCUGACGGGCUGUGUCCCGUCAACU
..........(((((((......))))....((((((...((((....)))).)))...........(((((.(((....))).))))))))))).... ( -21.00, z-score =   0.19, R)
>consensus
AAAAAAAAACGACACGGCACGACACGUAGUAGGGC__AUAGAU____GUGCUGUUGAUACAUACAUAACAUACCCCUGACGGGGGGAGCCCCGUCGACU
............((((((((...........................)))))).))....................((((((((....))))))))... (-22.19 = -22.11 +  -0.08)

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