| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 17,822,214 – 17,822,326 |
| Length | 112 |
| Max. P | 0.510291 |
| Location | 17,822,214 – 17,822,326 |
|---|---|
| Length | 112 |
| Sequences | 11 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 83.39 |
| Shannon entropy | 0.34937 |
| G+C content | 0.56265 |
| Mean single sequence MFE | -45.90 |
| Consensus MFE | -26.60 |
| Energy contribution | -26.30 |
| Covariance contribution | -0.30 |
| Combinations/Pair | 1.46 |
| Mean z-score | -1.72 |
| Structure conservation index | 0.58 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.03 |
| SVM RNA-class probability | 0.510291 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 17822214 112 - 27905053 --UGGCUGGCCAGCGAGUUGAUCAGAUUGAAGUCGGCC---AGCAGUGAGAAUUGCGCCAGCUGGGCGGCCAUCGAGUCCAUCGAUGUCAUUUUGGCUGCCCGCUGGGUCAGCAGCU --..(((((((((((.((.(.(((((.(((.((((.((---(((.(((.......)))..))))).))))((((((.....))))))))).)))))).)).)))).))))))).... ( -51.70, z-score = -2.29, R) >droYak2.chr3R 18655524 110 - 28832112 ----GCUGGCCAGCGAGUUGAUCAGAUUGAAGUCGGCC---AGCAGUGAGAAUUGCGCCAGCUGGGCGGCCAUCGAGUCCAUCGAUGUCAUUUUGGCUGCCCGCUGGGUCAGCAGCU ----(((((((((((.((.(.(((((.(((.((((.((---(((.(((.......)))..))))).))))((((((.....))))))))).)))))).)).)))).))))))).... ( -51.70, z-score = -2.70, R) >droSec1.super_0 18192624 112 - 21120651 --UGGCUGGCCAGCGAGUUGAUCAGAUUGAAGUCGGCC---AGCAGUGAGAAUUGCGCCAGCUGGGCGGCCAUCGAGUCCAUCGAUGUCAUUUUGGCUGCCCGCUGGGUCAGCAGCU --..(((((((((((.((.(.(((((.(((.((((.((---(((.(((.......)))..))))).))))((((((.....))))))))).)))))).)).)))).))))))).... ( -51.70, z-score = -2.29, R) >droSim1.chr3R 17642748 112 - 27517382 --UGGCUGGCCAGCGAGUUGAUCAGAUUGAAGUCGGCC---AGCAGUGAGAAUUGCGCCAGCUGGGCGGCCAUCGAGUCCAUCGAUGUCAUUUUGGCUGCCCGCUGGGUCAGCAGCU --..(((((((((((.((.(.(((((.(((.((((.((---(((.(((.......)))..))))).))))((((((.....))))))))).)))))).)).)))).))))))).... ( -51.70, z-score = -2.29, R) >dp4.chr2 6684006 112 - 30794189 --UGGCUGGCCAGAGAGUUUAUCAGAUUGAAGUCGGCC---AGCAGCGAGAACUGGGCCAGCUGGGCGGCCAUCGAGUCCAUGGAUGUCAUUUUGGCUGCCCGUUGGGUGAGCAGCU --..(((((((...((.((((......)))).))))))---)))(((.....((.(.(((((.(((((((((....(((....))).......)))))))))))))).).))..))) ( -50.80, z-score = -2.48, R) >droPer1.super_0 509417 112 - 11822988 --UGGCUGGCCAGAGAGUUAAUCAGAUUGAAGUCGGCC---AGCAGCGAGAACUGGGCCAGCUGGGCGGCCAUCGAGUCCAUGGAUGUCAUUUUGGCUGCCCGUUGGGUGAGCAGCU --..(((((((...((.....)).(((....)))))))---)))(((.....((.(.(((((.(((((((((....(((....))).......)))))))))))))).).))..))) ( -50.20, z-score = -2.38, R) >droAna3.scaffold_13340 8827298 115 - 23697760 UGCUGCUGA--AGUGUGCUGAUCAGGUUGAAGUCGGCCGCGAGCAGCGAGAACUGCGCCAGCUGGGCGGCCAUCGAGUCCAUCGAUGUCAUUUUGGCAGCCUGCUGGGUGAGCAGCU .((((((..--(((.(((((.((.(((((....)))))..)).)))))...)))((.(((((.((((.((((((((.....))))........)))).))))))))))).)))))). ( -52.20, z-score = -1.43, R) >droWil1.scaffold_181130 11917549 100 - 16660200 ----ACUG-CCAAUGAAUUGAUCAGACUGAAAUCGGCC------------AACAGUGCCAAUUGGGCGGCCAUUGAGUCCAUUGAUGUCAUUUUGACAGCCUGUUGGGUUAGCAGCU ----.(((-(.(((............(((....)))((------------(((((.((((((.((((.........)))))))).((((.....)))))))))))))))).)))).. ( -30.50, z-score = -0.67, R) >droGri2.scaffold_15074 956099 110 - 7742996 ----AUUGGCCAGCGUGCUCAUCAGAUUGAAAUCGGCC---AUCAUUGAGAACUGUGCCAGCUUGGCGGCCAUUGAUUCCAUCGAUGUCAUUUCUACUGCUUGCUGGGUGAGCAGCU ----.......(((.(((((((((((.(((.(((((((---.((.....)).....(((.....)))))))...(((...)))))).)))..))).(........)))))))))))) ( -31.80, z-score = 0.95, R) >droMoj3.scaffold_6540 32034179 110 - 34148556 ----ACUGGCCAGCGUGUUCAUCAAAUUGAUGUCGGCC---AUCAUUGUGAAUUGGGCCAGCUUGGCGGCCAUUGAUUCCAUGGAUGUCAUCUUGGCUGUUUGCUGCGUGAGCAGCU ----.((((((.....(((((.(((..(((((.....)---))))))))))))..))))))...((((((((.((((((....)).))))...)))))))).(((((....))))). ( -46.60, z-score = -2.67, R) >droVir3.scaffold_13047 10556562 110 + 19223366 ----AUUCGCCAGCGUGUUCAUCAAAUUGAAAUCGGCC---AUCAUGUUGAACUGUGCCAGCUUGGCGGCCAUCGAUUCCAUUGAUGUCAUUUCAGCUGCUUGCUGGGUGAGCAGCU ----...(((((((...((((......))))...((((---(((.....))..)).))).)).)))))(.(((((((...))))))).).....(((((((..(...)..))))))) ( -36.00, z-score = -0.62, R) >consensus ____GCUGGCCAGCGAGUUGAUCAGAUUGAAGUCGGCC___AGCAGUGAGAACUGCGCCAGCUGGGCGGCCAUCGAGUCCAUCGAUGUCAUUUUGGCUGCCCGCUGGGUGAGCAGCU ................(((((((...........(((...................)))(((.(((((((((((((.....))))))........)))))))))).))))))).... (-26.60 = -26.30 + -0.30)
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