| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 17,357,991 – 17,358,102 |
| Length | 111 |
| Max. P | 0.728371 |
| Location | 17,357,991 – 17,358,102 |
|---|---|
| Length | 111 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 81.67 |
| Shannon entropy | 0.38594 |
| G+C content | 0.40065 |
| Mean single sequence MFE | -30.39 |
| Consensus MFE | -16.37 |
| Energy contribution | -16.54 |
| Covariance contribution | 0.17 |
| Combinations/Pair | 1.22 |
| Mean z-score | -1.93 |
| Structure conservation index | 0.54 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.52 |
| SVM RNA-class probability | 0.728371 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 17357991 111 + 27905053 CGGUCUUUGACAGCGUCAUUUUGCCAGUGAUUUAUUGUCCUGUCGCUGGUAAAUUGGGUUUGUCAUUAAAGUUGCUGGAU-----UUGGCAAUGGCAUAAUCGAGAGAUUACCAAC---- ..(((..((((((..(((.((((((((((((..........)))))))))))).)))..)))))).....((((((....-----..))))))))).(((((....))))).....---- ( -37.10, z-score = -3.33, R) >droSim1.chr3R 23406071 111 - 27517382 CGGUCUUUGACAGCGUCAUUUUGCCAGUGAUUUAUUGUCCUGUCGCUGGUAAAUUGGGUUUGUCAUUAAAGUUGCUGGAU-----UUGGCAAUGGCAUAAUCGAGAGAUUACCAAC---- ..(((..((((((..(((.((((((((((((..........)))))))))))).)))..)))))).....((((((....-----..))))))))).(((((....))))).....---- ( -37.10, z-score = -3.33, R) >droSec1.super_6 226804 111 - 4358794 CGGUCUUUGACAGCGUCAUUUUGCCAGUGAUUUAUUGUCCUGUCGCUGGUAAAUUGGGUUUGUCAUUAAAGUUGCUGGAU-----UUGGCAAUGGCAUAAUCGAGAGAUUACCAAC---- ..(((..((((((..(((.((((((((((((..........)))))))))))).)))..)))))).....((((((....-----..))))))))).(((((....))))).....---- ( -37.10, z-score = -3.33, R) >droYak2.chr3R 6187786 111 + 28832112 CGGUCUUUGACAGCGUCAUUUUGCCAGUGAUUUAUUGUCCUGUCGCUGGUAAAUUGGGUUUGUCAUUAAAGUCGCUGGAU-----UUGGCAAUGGCAUAAUCGAGAGAUUACCAAC---- .(((...((((((..(((.((((((((((((..........)))))))))))).)))..))))))....((((.((.(((-----(..((....))..)))).)).)))))))...---- ( -36.90, z-score = -3.19, R) >droEre2.scaffold_4770 13438108 111 - 17746568 CGGUCUUUGACAGCGUCAUUUUGCCAGUGAUUUAUUGUCCUGUCGCUGGUAAAUUGGGUUUGUCAUUAAAGUUGCUGGAU-----UUGGCAAUGGCAUAAUCGAGAGAUUACCAAC---- ..(((..((((((..(((.((((((((((((..........)))))))))))).)))..)))))).....((((((....-----..))))))))).(((((....))))).....---- ( -37.10, z-score = -3.33, R) >droAna3.scaffold_13340 17696559 111 + 23697760 CGGUCUUUGACAGCGUCAUUUUGCCAGUGAUUUAUUGUCCUGUCACUGGUAAAUUGGGUUUGUCAUUAAAGUUUCCGGAU-----UUGGCGAUGGCAUAAUCGAGAGAUUACUAAC---- (((.(((((((((..(((.((((((((((((..........)))))))))))).)))..))))))...)))...)))(((-----((..((((......))))..)))))......---- ( -35.80, z-score = -3.40, R) >dp4.chr2 3658715 110 + 30794189 CGGUCUUUGACAGCGUCGUUUUGCCAGUGAUUUAUUGUCCUGUCAUUGGUAAAUUGGGAUUGUCAUUAAAGUUCCUGGAU------UGGCGAUAGAAUAAUCGACAGAUUACUAAC---- .((.(((((((((..(((.((((((((((((..........)))))))))))).)))..))))))...)))..))..(((------(..((((......))))...))))......---- ( -28.60, z-score = -1.41, R) >droPer1.super_7 3753859 109 - 4445127 CGGUCUUUGACAGCGUCGUUUUGCCAGUGAUUUAUUGUCCUGUCAUUGGUAAAUUGGGAUUGUCAUUAAAGUUCCUGGAU------UGGCGAUAGAAUAAUCGACAGAUUACUAA----- .((.(((((((((..(((.((((((((((((..........)))))))))))).)))..))))))...)))..))..(((------(..((((......))))...)))).....----- ( -28.60, z-score = -1.43, R) >droWil1.scaffold_181130 4139897 110 - 16660200 -AGGUUUUGACAGUGUCAUUUUGCCAGUGAUUUAUUGUCCUGACAAUGGUAAAUUGGAUUUGUCAUUAAAAUAACUAGAUGGAUUUCGGUCAUUGAAUAAUCCAGAGAAUA--------- -......((((((..(((.(((((((........((((....))))))))))).)))..)))))).........((...(((((((((.....)))..)))))).))....--------- ( -21.70, z-score = 0.10, R) >droVir3.scaffold_13047 4660873 103 - 19223366 CCGCAUUUGACAGCCUCAUUUUGCCAGUGAUUUAUUGUCUCGCUGCCGAUAAAUAGGGUUUGCCAUUAAAGUAGUUAGAU------UCCUGGUACCAUAAUCGAGAGAU----------- (((.(((((((((((..((((((.((((((.........)))))).)))..)))..))))(((.......))))))))))------...))).......(((....)))----------- ( -18.90, z-score = 0.60, R) >droMoj3.scaffold_6540 16140143 114 - 34148556 CCCCAUUUGACAGCGUCAUUUUGCCAGUGAUUUAUUGUUUCGAUGGCGGCAAAUUGGGUUUGUCAUUAAAGUAGUUAGAU------UACUGAAAGCAUAAUCGAGAGAUUACGACAACAU (((.(((((....(((((((..(.(((((...))))).)..))))))).))))).))).(((((......((..((((..------..))))..)).(((((....))))).)))))... ( -28.30, z-score = -1.84, R) >droGri2.scaffold_14830 5407168 114 + 6267026 CCACAUUUGACAGCGUCAUUUUACCAGUGAUUUAUUGUUCCAAUGUCAGAAAAUUGGGUUUGUCAUUAAAGUAGUUAGAU------UGCUCAAGCCAUAAUCGACUGAUUUUCAAAACAU .......((((((.((((((.....)))))).......((((((........)))))).))))))......(((((.(((------(((....))...)))))))))............. ( -17.50, z-score = 0.72, R) >consensus CGGUCUUUGACAGCGUCAUUUUGCCAGUGAUUUAUUGUCCUGUCGCUGGUAAAUUGGGUUUGUCAUUAAAGUUGCUGGAU_____UUGGCAAUGGCAUAAUCGAGAGAUUACCAAC____ .......((((((..(((.((((((.(((..............))).)))))).)))..))))))................................(((((....)))))......... (-16.37 = -16.54 + 0.17)
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