Locus 10867

Sequence ID dm3.chr3R
Location 17,160,238 – 17,160,388
Length 150
Max. P 0.997903
window14933 window14934 window14935

overview

Window 3

Location 17,160,238 – 17,160,333
Length 95
Sequences 13
Columns 100
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.50
Shannon entropy 0.10704
G+C content 0.40095
Mean single sequence MFE -31.69
Consensus MFE -29.48
Energy contribution -29.57
Covariance contribution 0.09
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -3.61
Structure conservation index 0.93
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 3.21
SVM RNA-class probability 0.997903
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 17160238 95 + 27905053
-----UAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAAGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCC
-----....(((((....((((((((((.((((((((((............)))))))))).))))....))))))((((.......)))).)))))... ( -30.20, z-score =  -3.20, R)
>anoGam1.chr2L 35827589 97 - 48795086
UUUUCUGUUGCUUACAAUUGUCGCUAUCUUCAUUGGAUCGCAU---AUACGGAUCCGAUGACGAUAUUCUUGAAUGCCCGUUCAUGUUGGGAUGAGCUAA
.........(((((..........((((.((((((((((.(..---....))))))))))).))))..........((((.......)))).)))))... ( -26.20, z-score =  -1.68, R)
>droGri2.scaffold_15074 2671045 95 + 7742996
-----UAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAUGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCC
-----....(((((....(((((((((((((((((((((............)))))))))))))))....))))))((((.......)))).)))))... ( -34.10, z-score =  -4.33, R)
>droMoj3.scaffold_6540 351454 95 - 34148556
-----UAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAUGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCC
-----....(((((....(((((((((((((((((((((............)))))))))))))))....))))))((((.......)))).)))))... ( -34.10, z-score =  -4.33, R)
>droVir3.scaffold_12822 2935471 95 - 4096053
-----UAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAUGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCC
-----....(((((....(((((((((((((((((((((............)))))))))))))))....))))))((((.......)))).)))))... ( -34.10, z-score =  -4.33, R)
>droWil1.scaffold_181130 16154286 95 + 16660200
-----UAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAUGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCC
-----....(((((....(((((((((((((((((((((............)))))))))))))))....))))))((((.......)))).)))))... ( -34.10, z-score =  -4.33, R)
>droPer1.super_19 1385422 95 + 1869541
-----UAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAUGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCC
-----....(((((....(((((((((((((((((((((............)))))))))))))))....))))))((((.......)))).)))))... ( -34.10, z-score =  -4.33, R)
>dp4.chr2 5656885 95 + 30794189
-----UAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAUGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCC
-----....(((((....(((((((((((((((((((((............)))))))))))))))....))))))((((.......)))).)))))... ( -34.10, z-score =  -4.33, R)
>droAna3.scaffold_13340 3812251 95 + 23697760
-----UAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAAGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCC
-----....(((((....((((((((((.((((((((((............)))))))))).))))....))))))((((.......)))).)))))... ( -30.20, z-score =  -3.20, R)
>droEre2.scaffold_4770 13234240 95 - 17746568
-----UAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAAGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCC
-----....(((((....((((((((((.((((((((((............)))))))))).))))....))))))((((.......)))).)))))... ( -30.20, z-score =  -3.20, R)
>droYak2.chr3R 5963948 95 + 28832112
-----UAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAAGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCC
-----....(((((....((((((((((.((((((((((............)))))))))).))))....))))))((((.......)))).)))))... ( -30.20, z-score =  -3.20, R)
>droSec1.super_6 27801 95 - 4358794
-----UAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAAGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCC
-----....(((((....((((((((((.((((((((((............)))))))))).))))....))))))((((.......)))).)))))... ( -30.20, z-score =  -3.20, R)
>droSim1.chr3R 23206378 95 - 27517382
-----UAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAAGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCC
-----....(((((....((((((((((.((((((((((............)))))))))).))))....))))))((((.......)))).)))))... ( -30.20, z-score =  -3.20, R)
>consensus
_____UAAUGCUUACAAUCAUUCAUAUCGUCAUUGGAUCUCAUUAUGUACUGAUCCGAUGAAGAUAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCC
.........(((((....((((((((((.((((((((((............)))))))))).))))....))))))((((.......)))).)))))... (-29.48 = -29.57 +   0.09)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 17,160,238 – 17,160,333
Length 95
Sequences 13
Columns 100
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.50
Shannon entropy 0.10704
G+C content 0.40095
Mean single sequence MFE -22.21
Consensus MFE -21.42
Energy contribution -21.65
Covariance contribution 0.24
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -1.22
Structure conservation index 0.96
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 0.59
SVM RNA-class probability 0.752228
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 17160238 95 - 27905053
GGAGCUCAUCCCAAUACGAACGGGCAUUCAAGACUAUCUUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUA-----
...(((...(((.........)))((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).))))))))))......)))....----- ( -22.40, z-score =  -1.25, R)
>anoGam1.chr2L 35827589 97 + 48795086
UUAGCUCAUCCCAACAUGAACGGGCAUUCAAGAAUAUCGUCAUCGGAUCCGUAU---AUGCGAUCCAAUGAAGAUAGCGACAAUUGUAAGCAACAGAAAA
...((((..............)))).(((.....((((.((((.(((((.((..---..))))))).)))).))))((.((....))..))....))).. ( -19.94, z-score =  -0.95, R)
>droGri2.scaffold_15074 2671045 95 - 7742996
GGAGCUCAUCCCAAUACGAACGGGCAUUCAAGACUAUCAUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUA-----
...(((...(((.........)))((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).))))))))))......)))....----- ( -22.40, z-score =  -1.24, R)
>droMoj3.scaffold_6540 351454 95 + 34148556
GGAGCUCAUCCCAAUACGAACGGGCAUUCAAGACUAUCAUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUA-----
...(((...(((.........)))((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).))))))))))......)))....----- ( -22.40, z-score =  -1.24, R)
>droVir3.scaffold_12822 2935471 95 + 4096053
GGAGCUCAUCCCAAUACGAACGGGCAUUCAAGACUAUCAUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUA-----
...(((...(((.........)))((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).))))))))))......)))....----- ( -22.40, z-score =  -1.24, R)
>droWil1.scaffold_181130 16154286 95 - 16660200
GGAGCUCAUCCCAAUACGAACGGGCAUUCAAGACUAUCAUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUA-----
...(((...(((.........)))((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).))))))))))......)))....----- ( -22.40, z-score =  -1.24, R)
>droPer1.super_19 1385422 95 - 1869541
GGAGCUCAUCCCAAUACGAACGGGCAUUCAAGACUAUCAUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUA-----
...(((...(((.........)))((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).))))))))))......)))....----- ( -22.40, z-score =  -1.24, R)
>dp4.chr2 5656885 95 - 30794189
GGAGCUCAUCCCAAUACGAACGGGCAUUCAAGACUAUCAUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUA-----
...(((...(((.........)))((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).))))))))))......)))....----- ( -22.40, z-score =  -1.24, R)
>droAna3.scaffold_13340 3812251 95 - 23697760
GGAGCUCAUCCCAAUACGAACGGGCAUUCAAGACUAUCUUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUA-----
...(((...(((.........)))((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).))))))))))......)))....----- ( -22.40, z-score =  -1.25, R)
>droEre2.scaffold_4770 13234240 95 + 17746568
GGAGCUCAUCCCAAUACGAACGGGCAUUCAAGACUAUCUUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUA-----
...(((...(((.........)))((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).))))))))))......)))....----- ( -22.40, z-score =  -1.25, R)
>droYak2.chr3R 5963948 95 - 28832112
GGAGCUCAUCCCAAUACGAACGGGCAUUCAAGACUAUCUUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUA-----
...(((...(((.........)))((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).))))))))))......)))....----- ( -22.40, z-score =  -1.25, R)
>droSec1.super_6 27801 95 + 4358794
GGAGCUCAUCCCAAUACGAACGGGCAUUCAAGACUAUCUUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUA-----
...(((...(((.........)))((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).))))))))))......)))....----- ( -22.40, z-score =  -1.25, R)
>droSim1.chr3R 23206378 95 + 27517382
GGAGCUCAUCCCAAUACGAACGGGCAUUCAAGACUAUCUUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUA-----
...(((...(((.........)))((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).))))))))))......)))....----- ( -22.40, z-score =  -1.25, R)
>consensus
GGAGCUCAUCCCAAUACGAACGGGCAUUCAAGACUAUCAUCAUCGGAUCAGUACAUAAUGAGAUCCAAUGACGAUAUGAAUGAUUGUAAGCAUUA_____
...(((...(((.........)))((((((....((((.((((.(((((............))))).)))).))))))))))......)))......... (-21.42 = -21.65 +   0.24)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 5

Location 17,160,297 – 17,160,388
Length 91
Sequences 13
Columns 97
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.84
Shannon entropy 0.14006
G+C content 0.48583
Mean single sequence MFE -27.05
Consensus MFE -20.97
Energy contribution -21.51
Covariance contribution 0.54
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.06
Structure conservation index 0.78
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 0.44
SVM RNA-class probability 0.697985
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 17160297 91 + 27905053
UAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACUU---UGUUUAUUAGAGCUACGCAUCGCCAGUGCAGAUGGGUUC---
...........((((((..((((((((((((((((.......(..(.....)---..)......)))))...)))).)))))))..))))))..--- ( -29.12, z-score =  -2.54, R)
>anoGam1.chr2L 35827650 85 - 48795086
UAUUCUUGAAUGCCCGUUCAUGUUGGGAUGAGCUAAGCCCC---GAUCACUU------UUUAAAACGCUAUGAAUAGGCAUUGCAGCUGGAUUC---
.(((((((((((((..(((((((((((...........)))---))).....------...........)))))..)))))).)))..))))..--- ( -18.69, z-score =  -0.09, R)
>droGri2.scaffold_15074 2671104 91 + 7742996
UAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACUU---UGUUUUAUAGAGCUACGCAUCGCCAGUGCAGAUGGAUUC---
.............((((..((((((((((((((((.......(..(.....)---..)......)))))...)))).)))))))..))))....--- ( -24.92, z-score =  -1.65, R)
>droMoj3.scaffold_6540 351513 94 - 34148556
UAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACUU---UGUUUUAUAGAGCUACGCAUCGCCAGUGCAGAUGGAUUGUUC
.......((((..((((..((((((((((((((((.......(..(.....)---..)......)))))...)))).)))))))..))))...)))) ( -25.22, z-score =  -1.57, R)
>droVir3.scaffold_12822 2935530 91 - 4096053
UAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACUU---UGUUUAUUAGAGCUACGCAUCGCCAGUGCAGAUGGAUUC---
.............((((..((((((((((((((((.......(..(.....)---..)......)))))...)))).)))))))..))))....--- ( -24.92, z-score =  -1.65, R)
>droWil1.scaffold_181130 16154345 94 + 16660200
UAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACUUGUUUGUUUAAUAGAGCUACGCAUCGCCAGUGCAGAUGGAUUC---
.............((((..((((((((((((((((.......(..(........)..)......)))))...)))).)))))))..))))....--- ( -24.92, z-score =  -1.47, R)
>droPer1.super_19 1385481 91 + 1869541
UAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACUU---UGUUUAUUAGAGCUACGCAUCGCCAGUGCAGAUGGGUUC---
...........((((((..((((((((((((((((.......(..(.....)---..)......)))))...)))).)))))))..))))))..--- ( -29.12, z-score =  -2.54, R)
>dp4.chr2 5656944 91 + 30794189
UAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACUU---UGUUUAUUAGAGCUACGCAUCGCCAGUGCAGAUGGGUUC---
...........((((((..((((((((((((((((.......(..(.....)---..)......)))))...)))).)))))))..))))))..--- ( -29.12, z-score =  -2.54, R)
>droAna3.scaffold_13340 3812310 91 + 23697760
UAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACUU---UGUUUAUUAGAGCUACGCAUCGCCAGUGCAGAUGGGUUC---
...........((((((..((((((((((((((((.......(..(.....)---..)......)))))...)))).)))))))..))))))..--- ( -29.12, z-score =  -2.54, R)
>droEre2.scaffold_4770 13234299 91 - 17746568
UAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACUU---UGUUUAUUAGAGCUACGCAUCGCCAGUGCAGAUGGGUUC---
...........((((((..((((((((((((((((.......(..(.....)---..)......)))))...)))).)))))))..))))))..--- ( -29.12, z-score =  -2.54, R)
>droYak2.chr3R 5964007 91 + 28832112
UAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACUU---UGUUUAUUAGAGCUACGCAUCGCCAGUGCAGAUGGGUUC---
...........((((((..((((((((((((((((.......(..(.....)---..)......)))))...)))).)))))))..))))))..--- ( -29.12, z-score =  -2.54, R)
>droSec1.super_6 27860 91 - 4358794
UAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACUU---UGUUUAUUAGAGCUACGCAUCGCCAGUGCAGAUGGGUUC---
...........((((((..((((((((((((((((.......(..(.....)---..)......)))))...)))).)))))))..))))))..--- ( -29.12, z-score =  -2.54, R)
>droSim1.chr3R 23206437 91 - 27517382
UAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACUU---UGUUUAUUAGAGCUACGCAUCGCCAGUGCAGAUGGGUUC---
...........((((((..((((((((((((((((.......(..(.....)---..)......)))))...)))).)))))))..))))))..--- ( -29.12, z-score =  -2.54, R)
>consensus
UAGUCUUGAAUGCCCGUUCGUAUUGGGAUGAGCUCCCCCCCUAUGAUCACUU___UGUUUAUUAGAGCUACGCAUCGCCAGUGCAGAUGGGUUC___
.............((((..((((((((((((((((.............................)))))...)))).)))))))..))))....... (-20.97 = -21.51 +   0.54)

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