| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 15,031,547 – 15,031,688 |
| Length | 141 |
| Max. P | 0.540915 |
| Location | 15,031,547 – 15,031,688 |
|---|---|
| Length | 141 |
| Sequences | 11 |
| Columns | 147 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 77.09 |
| Shannon entropy | 0.50518 |
| G+C content | 0.45429 |
| Mean single sequence MFE | -38.69 |
| Consensus MFE | -19.18 |
| Energy contribution | -19.44 |
| Covariance contribution | 0.26 |
| Combinations/Pair | 1.34 |
| Mean z-score | -1.28 |
| Structure conservation index | 0.50 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.09 |
| SVM RNA-class probability | 0.540915 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 15031547 141 - 27905053 GAAGUCCUGGCGCA---GGACGACUUAAAGACGACUUAAUCUUUGCGCCCAGAUCGGGAUUGAAAAAUG--GCUU-GAUGCGGCGCUAAAAAGAUUUGGUCGCAUUAAAUGCUGUCGUUUAUCUGGCACUUGGCUCACACCAAAGGA ....((((.((.((---(((((((........((((.((((((((((((...(((((((((....))).--.)))-)))..)))))...))))))).))))((((...)))).))))))...)))))..((((......)))))))) ( -44.50, z-score = -1.76, R) >dp4.chr2 29478790 116 - 30794189 -----------------------------GACAACUUAAUCUUUGCGCUUAGAUCGGGAUUGAAAAAUG--GCUUGGAUGCGGCGUUAAAAAGAUUUGGUCGUCUUAAAUGCUGUCGUUUAUCUCGCACUUGGCUUAGAGGCGAACA -----------------------------(((.(((.((((((((((((....((((((((....))).--.)))))....)))))...))))))).))).))).((((((....))))))..((((.(((......)))))))... ( -27.60, z-score = 0.11, R) >droPer1.super_6 4849446 127 - 6141320 ------------------GACGACUUAAAGACAACUUAAUCUUUGCGCUUAGAUCGGGAUUGAAAAAUG--GCUUGGAUGCGGCGUUAAAAAGAUUUGGUCGUCUUAAAUGCUGUCGUUUAUCUCGCACUUGGCUUAGAGGCGAACA ------------------((((((...(((((.(((.((((((((((((....((((((((....))).--.)))))....)))))...))))))).))).))))).......))))))....((((.(((......)))))))... ( -33.90, z-score = -1.15, R) >droWil1.scaffold_181130 3760828 126 - 16660200 ----UUGCCCCUGCU--GGCCGACCUAAAGACAGCUUAAUCUUUAUGCUUAGAUCGGGAUUGAAAAAUGUCGCUU-GAUGCGGCGUUAAAAAGAUUUUGUCGCAUUAAAAGCUGUCGUUUAUCUCAGACCAAA-------------- ----..........(--(((.((..((((((((((((.((((........))))(((.(((....))).))).((-(((((((((............))))))))))))))))))).))))..)).).)))..-------------- ( -34.50, z-score = -1.81, R) >droSim1.chr3R 21067003 138 + 27517382 ---GAAGUGGCGCA---GGACGACUUAAAGACGACUUAAUCUUUGCGCCCAGAUCGGGAUUGAAAAAUG--GCUU-GAUGCGGCGCUAAAAAGAUUUGGUCGCAUUAAAUGCUGUCGUUUAUCUGGCACUUGGCUCACACCAAAGGA ---.(((((.((..---(((((((........((((.((((((((((((...(((((((((....))).--.)))-)))..)))))...))))))).))))((((...)))).)))))))...)).)))))((......))...... ( -42.50, z-score = -1.60, R) >droSec1.super_25 93913 141 + 827797 GAAGUCCUGGCGCA---GGACGACUUAAAGACGACUUAAUCUUUGCGCCCGGAUCGGGAUUGAAAAAUG--GCUU-GAUGCGGCGCUAAAAAGAUUUGGUCGCAUUAAAUGCUGUCGUUUAUCUGGCACUUGGCUCACACCAAAGGA ....((((.((.((---(((((((........((((.((((((((((((.(.(((((((((....))).--.)))-))).))))))...))))))).))))((((...)))).))))))...)))))..((((......)))))))) ( -47.10, z-score = -2.33, R) >droYak2.chr3R 3722667 140 - 28832112 AAAGUCCUGGCGGA---GGACGACUUAAAGACGAGUUAAUCUUUGCGCCCAAAUCGGGAUUGAAAAAUG--GCUU-GAUGCGGCGUU-AAAAGAUUUGGUCGCAUUAAAUGCUGUCGUUUAUCUGGCACUUGGCUCACACCAAAGGA ....(((((.((((---(((((((.....(((.(...((((((((((((...(((((((((....))).--.)))-)))..))))).-.)))))))).)))((((...)))).))))))).)))).)..((((......)))))))) ( -42.80, z-score = -1.47, R) >droEre2.scaffold_4770 11145038 141 + 17746568 GAAGUGCUGGCGAA---GGACGACUUGAAGACGACUUAAUCUUUGCGCCCAGAUCGGGAUUGAAAAAUG--GCUC-GAUGCGGCGCUAAAAAGAUUUGGUCGCAUUAAAUGCUGUCGUUUAUCUGGCACUUGGCUCACACCAAAGGA .((((((..(....---(((((((........((((.((((((((((((...(((((((((....))).--.)))-)))..)))))...))))))).))))((((...)))).)))))))..)..))))))((......))...... ( -48.60, z-score = -2.84, R) >droAna3.scaffold_13340 8342445 140 + 23697760 GAAGUACCUUCGCAUCUGGCCGACUUAAAGACAACAUAAUCUUUGCGCUCAGAUCGGGAUUGAAAAAUG--GCUU-GAUGCGGCGUUAAAAAGAUUUGGUCGCAUUAAAUGCUGUCGUUUAUGUGGCACUUGGCUCACACCAC---- ((((...))))(.(((((..((...((((((........))))))))..))))))((...((((..(((--((((-((((((((..............))))))))))..)))))..))))((((((.....)).))))))..---- ( -35.24, z-score = -0.14, R) >droMoj3.scaffold_6540 3170571 137 - 34148556 ---GGAGCCCCGGCUUCAGGCGACUUAAAGACAACUUAAUCUUAACGCUCGGAUCUGGAUUGAAAAAUG--GCUU-GAUGUGGCGUUAAAAAGAUUUGGACGCAUUAAAUGCUACCGUUUAUCUCGCA----AAAGCCAACACACAC ---((....))(((((...((((..((((.....((.(((((((((((.((.(((.(((((....))).--.)).-))).))))))))...))))).))..((((...)))).....))))..)))).----.)))))......... ( -34.70, z-score = -1.30, R) >droVir3.scaffold_13047 7252181 140 - 19223366 ---GCAAUCCCGGCUUCGGGCGACUUAAAGACAACUUAAUCUUAAUGCUCAGAUCUGGAUUGAAAAAUG--GCUU-GAUGGGGCAUUAAAGCGAUUUGGACGCAUUAAAUGCUGUCGUUUAUCUCACGGUGCGCAGCCAACACACA- ---........((((.((.((((..((((((((.((.(((((((((((((..(((.(((((....))).--.)).-))).)))))))))...)))).))..((((...)))))))).))))..))...)).)).))))........- ( -34.10, z-score = 0.21, R) >consensus ___GUACUGGCGCA___GGACGACUUAAAGACAACUUAAUCUUUGCGCUCAGAUCGGGAUUGAAAAAUG__GCUU_GAUGCGGCGUUAAAAAGAUUUGGUCGCAUUAAAUGCUGUCGUUUAUCUGGCACUUGGCUCACACCAAAGGA .................(((((((.....(((.....((((((((((((.........(((....)))...((......)))))))...)))))))..)))((.......)).)))))))........................... (-19.18 = -19.44 + 0.26)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Wed Apr 20 00:27:11 2011