| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 13,973,885 – 13,973,980 |
| Length | 95 |
| Max. P | 0.639906 |
| Location | 13,973,885 – 13,973,980 |
|---|---|
| Length | 95 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 115 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 84.13 |
| Shannon entropy | 0.31206 |
| G+C content | 0.33343 |
| Mean single sequence MFE | -21.70 |
| Consensus MFE | -12.32 |
| Energy contribution | -12.04 |
| Covariance contribution | -0.28 |
| Combinations/Pair | 1.30 |
| Mean z-score | -2.08 |
| Structure conservation index | 0.57 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.31 |
| SVM RNA-class probability | 0.639906 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 13973885 95 - 27905053 -----CAAUUAAUAACUAUUUGGCGAU-AAUAUC-----GAUC------UGAGAUAG-UAAA--CUUUAUCGACGGAUUGUAAAAAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCAA -----...((((((((........(((-.....(-----((((------((.(((((-....--..)))))..)))))))......))).((((....))))))))))))..... ( -20.10, z-score = -1.65, R) >droSim1.chr3R 20008485 95 + 27517382 -----CAAUUAAUAACUAUUUGGCGAU-AAUAUC-----GAUC------UGAGAUAG-UAAA--CUUUAUCGCCGGAUUGUAAAAAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCAA -----.........((.((((((((((-((((((-----....------...)))).-....--..)))))))))))).))......((((..((((...))))..))))..... ( -22.71, z-score = -2.27, R) >droSec1.super_12 1944185 95 + 2123299 -----CAAUUAAUAACUAUUUGGCGAU-AAUAUC-----GAUC------UGAGAUAG-UAAA--CUUUAUCGCCGGAUUGUAAAAAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCAA -----.........((.((((((((((-((((((-----....------...)))).-....--..)))))))))))).))......((((..((((...))))..))))..... ( -22.71, z-score = -2.27, R) >droYak2.chr3R 2570780 95 - 28832112 -----CAAUUAAUAACUAUUUGGCGAU-AAUAUC-----GAUC------UGAGAUAC-UAAA--CUUUAUCGCCGUAUUGUAAAAAAUCAACAGCACGCUGCGUUACUAGAUCAA -----...(((.((((.....((((((-((((((-----....------...)))).-....--..)))))))).................(((....))).)))).)))..... ( -16.01, z-score = -0.97, R) >droEre2.scaffold_4770 10084199 88 + 17746568 -----CAAUUAAUAACUAUUUGGCGAU-AAUAUC------------------GAUAC-UAAA--CUUUAUCGCCGGAUUGUAAAAAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCAA -----.........((.((((((((((-((....------------------.....-....--..)))))))))))).))......((((..((((...))))..))))..... ( -21.36, z-score = -3.06, R) >droAna3.scaffold_13340 11947813 95 + 23697760 -----CAAUUAAUAACUAUUUUGCGAU-AAUAUC-----GAUC------AGUGAUAG-UAAA--CUUUAUCGCCGGAUUGUAAAAAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCAA -----...((((((((.......((((-...)))-----)..(------((((((((-....--..)))))((((((((......))))..))))..)))).))))))))..... ( -20.90, z-score = -1.69, R) >dp4.chr2 29064101 96 - 30794189 -----CGAUUAAUAACUAAUAUGCGAUCAAUAUC-----GAUC------AACGAUGG-UAAA--UUUUAUCGUUCGAUUGUAAAAAAUCAACGGCCUGCUGUGUUAUUGGAUCAA -----.((((((((((........(((......(-----((((------((((((((-....--..)))))))).)))))......))).((((....)))))))))).)))).. ( -23.50, z-score = -2.34, R) >droPer1.super_6 4388312 96 - 6141320 -----CGAUUAAUAACUAAUUUGCGAUCAAUAUC-----GAUC------AACGAUAG-UAAA--UUUUAUCGUUCGAUUGUAAAAAAUCAACGGCCUGCUGUGUUAUUGGAUCAA -----.((((((((((........(((......(-----((((------((((((((-....--..)))))))).)))))......))).((((....)))))))))).)))).. ( -23.90, z-score = -2.79, R) >droWil1.scaffold_181089 7630361 107 + 12369635 ------AAUUAAUAACAAUUUUGCGAU-AAUAUCAUGGCGAUUGUACUGAUCGAUAGUUAAACUUUUUAAUGUUAGAUUAU-AAAAAUCGAUAGCCUGCUGGGUUAUUGGGACAA ------........((((((..((.((-......)).))))))))..((.((.((((((.(((........))).))))))-.....(((((((((.....))))))))))))). ( -19.50, z-score = -0.72, R) >droMoj3.scaffold_6540 31617026 99 + 34148556 GUCGACAAUUAAUAACAAUUUUGCGAU-AAUAUC-----GAUC------AGCGAUAG-UAAA--CUUUAUCGCCAGAUUGU-AAAAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCAA ...((.........(((((((.(((((-((((((-----(...------..))))).-....--..))))))).)))))))-.....((((..((((...))))..)))).)).. ( -23.01, z-score = -1.94, R) >droVir3.scaffold_13047 12537885 99 + 19223366 GACAACAAUUAAUAACAAUUUUGCGAU-AAUAUC-----GAUC------AGCGAUAG-UAAA--UUUUAUCGCUAGAUUGU-AAAAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCAA ........((((((((........(((-.....(-----((((------((((((((-....--..)))))))).))))).-....))).((((....))))))))))))..... ( -25.10, z-score = -3.27, R) >droGri2.scaffold_14830 3704684 96 + 6267026 -----CAAUUAAUAACAAUUUUGCGAU-AAUAUC-----GAUC------GGCGAUAG-UCAAUUUUUUAUCGCUAGAUUAU-AAAAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCAA -----...(((((((((((((.(((((-((....-----(((.------(((....)-)).)))..))))))).)))))..-........((((....))))))))))))..... ( -21.60, z-score = -2.05, R) >consensus _____CAAUUAAUAACUAUUUUGCGAU_AAUAUC_____GAUC______AGCGAUAG_UAAA__CUUUAUCGCCGGAUUGUAAAAAAUCAACGGCACGCUGUGUUAUUGGAUCAA ........((((((((......(((...........................(((((.........)))))(((.((((......))))...))).)))...))))))))..... (-12.32 = -12.04 + -0.28)
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