| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 13,835,743 – 13,835,857 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.805470 |
| Location | 13,835,743 – 13,835,857 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 14 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 85.50 |
| Shannon entropy | 0.32563 |
| G+C content | 0.56288 |
| Mean single sequence MFE | -48.17 |
| Consensus MFE | -27.50 |
| Energy contribution | -27.07 |
| Covariance contribution | -0.43 |
| Combinations/Pair | 1.42 |
| Mean z-score | -2.23 |
| Structure conservation index | 0.57 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.75 |
| SVM RNA-class probability | 0.805470 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 13835743 114 - 27905053 ------CUCCAUUACUUUGUCUGUAUUUAGUCAGAGAUAGGAGCGCACUGGCACCUGCGGAUGCAGGGCCGGAUGCACUAGCGUUGCAUGCUGCAGUGCAGCAGCUCCUGGCAAUUCGGC ------..((....(((((.(((....))).))))).(((((((((((((((.(((((....)))))))))).)))......(((((((......))))))).))))))).......)). ( -51.90, z-score = -3.00, R) >droSim1.chr3R 19865093 114 + 27517382 ------UUCCAUUACUUUGUCUGUAUUUAGUCAGAGAUAGGAGCGCACUGGCACCUGCGGAUGCAGGGCCGGAUGCACUAGCGUUGCAUGCUGCAGUGCAGCAGCUCCUGGCAAUUCGGC ------..((....(((((.(((....))).))))).(((((((((((((((.(((((....)))))))))).)))......(((((((......))))))).))))))).......)). ( -51.90, z-score = -3.16, R) >droSec1.super_12 1802513 114 + 2123299 ------CUCCAUUACUUUGUCUGUAUUUAGUCAGAGAUAGGAGCGCACUGGCACCUGCGGGUGCAGGGCCGGAUGCACUAGCGUUGCAUGCUGCAGUGCAGCAGCUCCUGGCAAUUCGGC ------..((....(((((.(((....))).))))).(((((((((((((((.(((((....)))))))))).)))......(((((((......))))))).))))))).......)). ( -51.90, z-score = -2.69, R) >droYak2.chr3R 2429432 114 - 28832112 ------CUCCAUUACUUUGUCUGUAUUUAGUCAGAGAUAGGAGCGCACUGGCACCUGCGGAUGCAGGGCUGGAUGCACUAGCGUUGCAUGCUGCAGUGCAGCAGCUCCUGGCAACUCGGC ------..((....(((((.(((....))).))))).(((((((((....((((.(((((((((((.(((((.....))))).)))))).))))))))).)).))))))).......)). ( -50.90, z-score = -2.43, R) >droEre2.scaffold_4770 9956196 114 + 17746568 ------CUCCAUUACUUUGUCUGUAUUUAGUCAGAGAUAGGAGCGCACUGGCACCUGCGGAUGCAGGGCCGGAUGCACUAGUGUUGCAUGCUGCAGUGCAGCAGCUCCUGGCAAUUCGGC ------..((....(((((.(((....))).))))).(((((((((((((((.(((((....)))))))))).))).....((((((((......))))))))))))))).......)). ( -52.50, z-score = -3.21, R) >dp4.chr2 28887314 114 - 30794189 ------CUCCAUUACUUUGUCUGUAUUUAGUCAGAGAUAGGAGCGCACUGGCACCUGCGGAUGCAGGGCCGGAUGCACUAAUGUUGCAUGCUGCAGUGCUGCAGCUCCGGGCAAAUCAGC ------.(((....(((((.(((....))).)))))...(((((((((((((.(((((....)))))))))).)))........((((.((......))))))))))))))......... ( -48.10, z-score = -2.33, R) >droPer1.super_6 4214658 114 - 6141320 ------CUCCAUUACUUUGUCUGUAUUUAGUCAGAGAUAGGAGCGCACUGGCACCUGCGGAUGCAGGGCCGGAUGCACUAAUGUUGCAUGCUGCAGUGCUGCAGCUCCGGGCAAGUCAGC ------.(((....(((((.(((....))).)))))...(((((((((((((.(((((....)))))))))).)))........((((.((......))))))))))))))......... ( -48.10, z-score = -1.97, R) >droWil1.scaffold_181089 7514397 114 + 12369635 ------CUCCAUUACUUUGUCUGUAUUUAGUCAGAGAUAGGAGCGUACUGGCACCUGCGGAUGCAGUGCCGGAUGUACAAGUGUUGCAUGCUGCAGGGCAGCAGCUCCGGGCAGUUCAGC ------.(((....(((((.(((....))).)))))...(((((...(((.(.(((((((((((((..(..(.....)..)..)))))).)))))))))))..))))))))......... ( -45.60, z-score = -1.83, R) >droVir3.scaffold_13047 12379478 114 + 19223366 ------CUCCAUUACUUUGUCUGUAUUUAGUCAGAGAUAGGAGCGGACGGGCACCUGCGGAUGCAGUGCCGGAUGCACGAGUGUUGCAUGCUGCAGUGCAGCGGCACCGGGCAGCUCAGC ------........(((((.(((....))).)))))....((((...(.(((((.(((....)))))))).).(((.((.(((((((.(((......)))))))))))).)))))))... ( -47.30, z-score = -1.49, R) >droMoj3.scaffold_6540 31443018 114 + 34148556 ------CUCCAUUACUUUGUCUGUAUUUAGUCAGAGAUAGGAGCGUACGGGCACCUGCGGAUGCAGUGCCGGAUGCACGAGUGUUGCAUGCUGCAAGGCAGCGGCACCGGGCAGCUCAGC ------........(((((.(((....))).)))))....((((...(.(((((.(((....)))))))).).(((.((.(((((((.((((....))))))))))))).)))))))... ( -48.00, z-score = -2.01, R) >droGri2.scaffold_14830 3548502 114 + 6267026 ------CUCCAUUACUUUGUCUGUAUUUAGUCAGAGAUAGGAGCGAACGGGCACCUGCGGAUGCAGUGCCGGAUGCACGAGUGUUGCAUGCUGCAAGGCAGCAGCGCCGGGCAGCUCAGC ------........(((((.(((....))).)))))....((((...(.(((((.(((....)))))))).).(((.((.(((((((.((((....))))))))))))).)))))))... ( -48.40, z-score = -2.08, R) >anoGam1.chr2R 8650960 120 - 62725911 CUGCUGAUCGAGGACUUUGUCCGUAUUUAGUCAGAGGUAGGACCGUACCGGUACCUGCGGAUGCAGUGCCGGAUGGACGAGUGUCGCGUGCUGCAGUGCUGCUGCACUCGGCAGCUCAGC ..(((((.....((((((((((((...........((.....))...(((((((.(((....))))))))))))))))))).)))((.(((((.(((((....))))))))))))))))) ( -54.30, z-score = -2.38, R) >apiMel3.Group7 1842835 108 - 9974240 ------CUCCAGAGCUUUGUCUGCAGAUAGUCAAAGAUAGGAACGUACGGGGACCUGAGGAUGUAACGCCGGAUGCACCAGCGUCGCGUGUUGCAG------CGUUCCUGGUAAUUCGCC ------.....((((((((.(((....))).))))).(((((((((.(((....)))....((((((((..(((((....)))))..)))))))))------))))))))....)))... ( -37.80, z-score = -1.26, R) >triCas2.ChLG1X 2633885 111 + 8109244 ------GUCCAGAGUUUUGUCUGUAGAUAGUCAAAGAUAGGAACGUACGGGGACCUGUGGGUGCAGUGCGGGAUGAACGAGUGUUGCGUGUUGCAA---AGCGGCCCCCGGUAAUUCUGC ------...(((((((((((((............)))))))).....(((((.((.((...(((((..((.(((........))).))..))))).---.)))).)))))....))))). ( -37.70, z-score = -1.43, R) >consensus ______CUCCAUUACUUUGUCUGUAUUUAGUCAGAGAUAGGAGCGCACUGGCACCUGCGGAUGCAGGGCCGGAUGCACUAGUGUUGCAUGCUGCAGUGCAGCAGCUCCGGGCAAUUCAGC .......(((....(((((.(((....))).)))))...)))........((..((((....)))).(((((((((((....)).))))(((((......))))).)).)))......)) (-27.50 = -27.07 + -0.43)
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