Locus 10367

Sequence ID dm3.chr3R
Location 13,393,058 – 13,393,148
Length 90
Max. P 0.961208
window14257

overview

Window 7

Location 13,393,058 – 13,393,148
Length 90
Sequences 6
Columns 96
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 69.19
Shannon entropy 0.52748
G+C content 0.68524
Mean single sequence MFE -45.40
Consensus MFE -17.44
Energy contribution -22.25
Covariance contribution 4.81
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.57
Structure conservation index 0.38
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 1.69
SVM RNA-class probability 0.961208
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 13393058 90 - 27905053
AUCCGCCAUGUGAGCCGGUCAGAUGCGGAUGCGGAU------GGUGGGUCAGACUGCUGCCGCCUCCGCUGCUGCUGCUGCUGGUGGGCGUGGUGG
..(((((((((..(((((.(((..((((..(((((.------(((((..(((....)))))))))))))..))))..))))))))..))))))))) ( -51.50, z-score =  -3.71, R)
>droSim1.chr3R 19438267 90 + 27517382
AUCCGCCAUGUGAGCCGGUCAGAUGCGGAUGCGGAU------GGUGGGCCAGACUGCUGCCGCCUCCGCUGCUGCUGCUGCUGGUGGGCGUGGUGG
..(((((((((..(((((.(((..((((..(((((.------(((((..(((....)))))))))))))..))))..))))))))..))))))))) ( -51.50, z-score =  -3.36, R)
>droYak2.chr3R 1954608 96 - 28832112
AUCCGCCAUGUGAGCCGGUCAGGUGCGGAUGCGGAUGUGGAUGGUGGGCCAGACUGCUGCCGCCUCCGCUGCUGCUGCUGCUGGUGGGCGUGGUGG
..(((((((((..(((((.(((..((((..(((((.((((.(((..(......)..))))))).)))))..))))..))))))))..))))))))) ( -53.80, z-score =  -3.15, R)
>droEre2.scaffold_4770 9516007 90 + 17746568
AUCCGCCAUGCGAGCCGCUCAGGUGCGGAUGCGGAU------GGUGGGCCAGACUGCUGCCGCCUCCGCUGCUGCUGCUGCUGGUGGGCGUGGUGG
..(((((((((..((((..(((..((((..(((((.------(((((..(((....)))))))))))))..))))..))).))))..))))))))) ( -48.30, z-score =  -1.60, R)
>droVir3.scaffold_13047 14490954 78 - 19223366
---------AACCGCCGCUCCCAUGAGAGCCCGACA---UAUGAU-GACCAUGAUGCGAGAGA-----CCGCCGGCGCUGCUGGUGGGCGUGCUGG
---------..(((.(((.(((((.((((((((...---((((..-...))))..(((.....-----.)))))).))).)).))))).))).))) ( -30.10, z-score =  -1.86, R)
>droMoj3.scaffold_6540 17924682 78 - 34148556
---------AGCCGCCGCUCGCAUGAGAGCCCGACA---GAUGGU-GCCCAUGAUGCGAGAGU-----CCGCCAGCGCUGCUGGUGGGCGUGCUGG
---------(((((((.(((((((.(..(((((...---..))).-))...).)))))))...-----.(((((((...))))))))))).))).. ( -37.20, z-score =  -1.76, R)
>consensus
AUCCGCCAUGUGAGCCGCUCAGAUGCGGAUGCGGAU______GGUGGGCCAGACUGCUGCCGCCUCCGCUGCUGCUGCUGCUGGUGGGCGUGGUGG
..(((((((((..((((..(((..(((((.((((........((....)).........)))).))))).....)))....))))..))))))))) (-17.44 = -22.25 +   4.81)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Wed Apr 20 00:22:37 2011