Locus 10287

Sequence ID dm3.chr3R
Location 12,697,947 – 12,698,038
Length 91
Max. P 0.965810
window14142 window14143

overview

Window 2

Location 12,697,947 – 12,698,038
Length 91
Sequences 8
Columns 106
Reading direction forward
Mean pairwise identity 62.70
Shannon entropy 0.73269
G+C content 0.39504
Mean single sequence MFE -27.61
Consensus MFE -9.21
Energy contribution -8.10
Covariance contribution -1.11
Combinations/Pair 1.88
Mean z-score -1.77
Structure conservation index 0.33
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 1.26
SVM RNA-class probability 0.917172
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 12697947 91 + 27905053
---CACAUGAAUAUGG--GUGGGUGUGUGCCCCACAGAUACUCGUAUCUG-AUGGAUACGAA-AAUAUGUAUG------UUUGUCUUUUGUCCGUAAAUGUUUA--
---.((((...(((((--(((((.(....))))))((((..(((((((..-...)))))))(-((((....))------))))))).....))))).))))...-- ( -24.60, z-score =  -1.44, R)
>droSim1.chr3R 18742331 99 - 27517382
---CACAUGAAUGUGGCGGUGGGUGUGUGCCCCACAGAUACUCGUAUCUG-AUGGAUACGAA-AAUAUGUAUGAACAAGUAUGUCUUUUGUCCGUAGAUGUUUA--
---((((....))))...(((((.(....))))))......(((((((..-...)))))))(-(((((.((((.(((((.......))))).)))).)))))).-- ( -29.70, z-score =  -1.85, R)
>droSec1.super_12 666756 97 - 2123299
---CACAUGAAUGUGG--GUGGGUGUGUGCCCCACAGAUACUCGUAUCUG-AUGGAUACGAA-AAUAUGUAUGAACAAGUAUGUCUUUUGUCCGUAGAUGUUUA--
---((((....)))).--(((((.(....))))))......(((((((..-...)))))))(-(((((.((((.(((((.......))))).)))).)))))).-- ( -29.70, z-score =  -2.20, R)
>droYak2.chr3R 17139642 97 - 28832112
---CACAUGAAUGCGG--GCGUGUGUUUGCCCCACAGAUACUCGUAUCUG-AUGGAUACGAA-AAUAUGUAUGUGCAAGUAUGUCUUUUGUCCGUAGAUGUUUA--
---........((.((--(((......))))))).......(((((((..-...)))))))(-(((((.((((..((((.......))))..)))).)))))).-- ( -28.40, z-score =  -1.84, R)
>droEre2.scaffold_4770 8810642 97 - 17746568
---CACAUGAAUGUGG--GUGUUUGUGUGCCGCACAGCUACUCGUAUCUG-AUGGAUACGAA-AAUAUGUAUGAGCAAGUAUGUCUUUUGUCCGUAGAUGUUUA--
---((((....)))).--(((.(((((.....))))).)))(((((((..-...)))))))(-(((((.((((..((((.......))))..)))).)))))).-- ( -28.20, z-score =  -1.74, R)
>dp4.chr2 17688494 99 + 30794189
---UAUAUGAUUAUACAUGCUUAGAUUUGCCACAGAUACCCAUGUAUC----UGUGUGGAUAUAGCAUGAAUGUAUGCAUAAGUUAUCCACCAGCGGAGCUGUGGA
---..((((..(((.((((((...(((..(.((((((((....)))))----))))..)))..)))))).)))....)))).....(((((.(((...)))))))) ( -34.20, z-score =  -3.35, R)
>droPer1.super_0 11543450 106 + 11822988
AGAUAUAUGAUUAUACAUGCUUGGAUUUGCCACAGAUACACAUCCAUCCACAUGGAUGGAUAUAGCAUGAAUGUAUGCAUAAGUUAUCCACCAGCGGAGCUGUGGA
.(((.((((..(((.(((((((((.....))).........((((((((....))))))))..)))))).)))....)))).))).(((((.(((...)))))))) ( -32.70, z-score =  -2.20, R)
>droMoj3.scaffold_6540 1963352 92 + 34148556
---AACUUGAAAUCGU--GAAUAAUUUACUCUGGAGUAUACUCUCAUCUG-----ACAAGGUUCUCAUAUAUGUAUAUUUAAA--GUUUGUCGGUGUAUAUAUA--
---..((((.....((--((.....))))...((((....))))......-----.)))).......((((((((((((....--.......))))))))))))-- ( -13.40, z-score =   0.43, R)
>consensus
___CACAUGAAUGUGG__GUGUGUGUGUGCCCCACAGAUACUCGUAUCUG_AUGGAUACGAA_AAUAUGUAUGUACAAGUAUGUCUUUUGUCCGUAGAUGUUUA__
....(((((................((((...)))).....((((((((....))))))))....))))).................................... ( -9.21 =  -8.10 +  -1.11)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 12,697,947 – 12,698,038
Length 91
Sequences 8
Columns 106
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 62.70
Shannon entropy 0.73269
G+C content 0.39504
Mean single sequence MFE -23.26
Consensus MFE -6.75
Energy contribution -5.42
Covariance contribution -1.33
Combinations/Pair 2.00
Mean z-score -2.28
Structure conservation index 0.29
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 1.76
SVM RNA-class probability 0.965810
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3R 12697947 91 - 27905053
--UAAACAUUUACGGACAAAAGACAAA------CAUACAUAUU-UUCGUAUCCAU-CAGAUACGAGUAUCUGUGGGGCACACACCCAC--CCAUAUUCAUGUG---
--.........................------..(((((...-...(((((...-..)))))((((((..(((((.......)))))--..)))))))))))--- ( -20.60, z-score =  -2.72, R)
>droSim1.chr3R 18742331 99 + 27517382
--UAAACAUCUACGGACAAAAGACAUACUUGUUCAUACAUAUU-UUCGUAUCCAU-CAGAUACGAGUAUCUGUGGGGCACACACCCACCGCCACAUUCAUGUG---
--...........((((((.........)))))).(((((...-.(((((((...-..)))))))((..(.(((((.......))))).)..))....)))))--- ( -23.10, z-score =  -2.32, R)
>droSec1.super_12 666756 97 + 2123299
--UAAACAUCUACGGACAAAAGACAUACUUGUUCAUACAUAUU-UUCGUAUCCAU-CAGAUACGAGUAUCUGUGGGGCACACACCCAC--CCACAUUCAUGUG---
--...........((((((.........)))))).(((((...-((((((((...-..))))))))....((((((...........)--)))))...)))))--- ( -23.30, z-score =  -2.59, R)
>droYak2.chr3R 17139642 97 + 28832112
--UAAACAUCUACGGACAAAAGACAUACUUGCACAUACAUAUU-UUCGUAUCCAU-CAGAUACGAGUAUCUGUGGGGCAAACACACGC--CCGCAUUCAUGUG---
--......((....))......((((...(((.((((.((((.-.(((((((...-..))))))))))).))))((((........))--)))))...)))).--- ( -27.00, z-score =  -3.91, R)
>droEre2.scaffold_4770 8810642 97 + 17746568
--UAAACAUCUACGGACAAAAGACAUACUUGCUCAUACAUAUU-UUCGUAUCCAU-CAGAUACGAGUAGCUGUGCGGCACACAAACAC--CCACAUUCAUGUG---
--......((....)).............((((..((((....-((((((((...-..))))))))....)))).)))).........--.((((....))))--- ( -17.00, z-score =  -1.05, R)
>dp4.chr2 17688494 99 - 30794189
UCCACAGCUCCGCUGGUGGAUAACUUAUGCAUACAUUCAUGCUAUAUCCACACA----GAUACAUGGGUAUCUGUGGCAAAUCUAAGCAUGUAUAAUCAUAUA---
((((((((...))).)))))....((((((((..................((((----(((((....)))))))))((........)))))))))).......--- ( -28.40, z-score =  -2.39, R)
>droPer1.super_0 11543450 106 - 11822988
UCCACAGCUCCGCUGGUGGAUAACUUAUGCAUACAUUCAUGCUAUAUCCAUCCAUGUGGAUGGAUGUGUAUCUGUGGCAAAUCCAAGCAUGUAUAAUCAUAUAUCU
((((((((...))).)))))....((((((((.(((..((((.((((((((((....))))))))))))))..)))((........)))))))))).......... ( -35.90, z-score =  -3.08, R)
>droMoj3.scaffold_6540 1963352 92 - 34148556
--UAUAUAUACACCGACAAAC--UUUAAAUAUACAUAUAUGAGAACCUUGU-----CAGAUGAGAGUAUACUCCAGAGUAAAUUAUUC--ACGAUUUCAAGUU---
--............(((((..--(((..((((....))))..)))..))))-----)......(((((((((....))))...)))))--.............--- ( -10.80, z-score =  -0.18, R)
>consensus
__UAAACAUCUACGGACAAAAGACAUACUUGUACAUACAUAUU_UUCGUAUCCAU_CAGAUACGAGUAUCUGUGGGGCAAACACACAC__CCACAUUCAUGUG___
............................................((((((((......)))))))).........................((((....))))... ( -6.75 =  -5.42 +  -1.33)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Wed Apr 20 00:21:01 2011