| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 12,677,747 – 12,677,849 |
| Length | 102 |
| Max. P | 0.589399 |
| Location | 12,677,747 – 12,677,849 |
|---|---|
| Length | 102 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 115 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 69.12 |
| Shannon entropy | 0.65082 |
| G+C content | 0.46375 |
| Mean single sequence MFE | -29.45 |
| Consensus MFE | -10.47 |
| Energy contribution | -10.47 |
| Covariance contribution | -0.01 |
| Combinations/Pair | 1.27 |
| Mean z-score | -1.38 |
| Structure conservation index | 0.36 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.20 |
| SVM RNA-class probability | 0.589399 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 12677747 102 - 27905053 --------AGAGUGCUUAAUUAUGCGUUUCGCAGUCGUAAAACUAAACUUUAUGACUGUCGUCUG---CUCUGCCAUUGUUGGUGCAGUUGGUAACUGAUCU--AGGUUCAGCGA --------.((((((........))....((((((((((((.......)))))))))).))...)---)))(((((((((....)))).))))).((((...--....))))... ( -27.70, z-score = -1.00, R) >droSim1.chr3R 18721861 102 + 27517382 --------AGAGUGCUUAAUUAUGCGUUUGGCAGUCGUAAAACUAAACUUUAUGGCUGUCGUCUG---CUCUGCCAUUGCUGGUGCUGUUUGUAACUGAUCU--GAGUUCAGGGA --------(((((((........))....((((((((((((.......))))))))))))....)---))))((((....))))...........((((...--....))))... ( -27.60, z-score = -0.79, R) >droSec1.super_12 646734 102 + 2123299 --------AGAGUGCUUAAUUAUGCGUUUGGCAGUCGUAAAACUAAACUUUAUGGCUGUCGUCUG---CUCUGCCAUUGCUGGUGCAGUUUGUAACUGAUCU--GAGUUCAGGGA --------(((((((........))....((((((((((((.......))))))))))))....)---)))).(((((((....)))))......((((...--....)))))). ( -30.10, z-score = -1.31, R) >droYak2.chr3R 17118798 102 + 28832112 --------AGAGUGCUUAAUUAUGCGUUUGGCAGUCGUAAAACUAAACUUUAUGGCUGUCGUCUG---CACUGCCAUUGCUGGUGCAGUUUGUAACUGAUCU--GAGUUCAGGAA --------.((((((........))))))((((((((((((.......))))))))))))..(((---((((((....)).))))))).......((((...--....))))... ( -31.20, z-score = -1.68, R) >droEre2.scaffold_4770 8789795 102 + 17746568 --------AGAGUGCUUAAUUAUGCGUUUGGCAGUCGUAAAACUAAACUUUAUGGCUGUCGUCUG---CACUGCCAUUGCUUGUGCAGUUUGUAACUGAUCU--GAGUUCAGGGA --------.((((((........))))))((((((((((((.......))))))))))))..(((---(((.((....))..)))))).......((((...--....))))... ( -30.30, z-score = -1.36, R) >droAna3.scaffold_13340 16478148 98 + 23697760 ----UACCGGAGUGCGUAAUUAUGCGUUUGGCAGUCGUAAAACUAAACUAUAUGGCUGUCGUCUG---C--CGGUGUCGU--------UUUGUAACUGAUCUCCGAGUUCAGGGA ----((((((((.(((((....)))))..((((((((((...........))))))))))..)).---)--)))))....--------.......((((.(.....).))))... ( -27.20, z-score = -0.78, R) >dp4.chr2 17667057 100 - 30794189 --------AGAGUUCGUAAUUAUGCG-UCGGCAGUCGUAAAAGUUAACUUUAUGGCUGUCGUCUG---CUCGUCCAUCGCUGUUGCAGUUUACGAUUUAGCUUGGCCCGCAG--- --------.((((((((((...((((-.(((((((((((((.......))))))))))))).).(---(.........))....)))..))))))....)))).........--- ( -28.60, z-score = -1.32, R) >droPer1.super_0 11521828 100 - 11822988 --------AGAGUUCGUAAUUAUGCG-UCGGCAGUCGUAAAAGUUAACUUUAUGGCUGUCGUCUG---CUCGUCCAUUGCUGUUGCAGUUUACGAUUUAGCUUGGCCCGCAG--- --------..............((((-..((((((((((((.......))))))))))))(((.(---(((((..(((((....)))))..))))....))..))).)))).--- ( -31.10, z-score = -2.23, R) >droWil1.scaffold_181130 11749733 103 + 16660200 --------AGAGUGCGUAAUUAUGCG-UUCGCAGUCGUAAAACUCAACUUUAUGGCUGUCGUCCGUAACCAUAUCGAUGUUGCUGCAUUUUAUUAUUGGGCC--CGGGUCAGUA- --------(((((((((((...((((-..((((((((((((.......)))))))))).))..))))..(((....))))))).))))))).......(((.--...)))....- ( -28.30, z-score = -1.10, R) >droVir3.scaffold_12855 9742132 107 + 10161210 AGAGUGCGAGAGUGCGUAAUUAUGCG-CUCGCAGUCGUAAAACUGAACUUUAUUGCCGCCGAA-----GCAAGUCCGUUCAGCUGUGUCGCAUGAUU-GGCCCGGCCUCGCAUC- ...(((((((.((((.((((((((((-..(((((........((((((....((((.......-----))))....))))))))))).)))))))))-)))...))))))))).- ( -39.40, z-score = -2.24, R) >droMoj3.scaffold_6540 1938924 95 - 34148556 --------AGAGUGCGUAAUUAUGCG-UUCGCAGUCGUAAAACUGAACUUUAUGGCCGCCGUG-----GCAAGUACGUCUGGCUGCACCUCAUGAUUAGACCUCGUCCC------ --------.(((..(.((((((((.(-...(((((((((((.......)))))))).((((.(-----((......))))))))))..).)))))))))..))).....------ ( -26.10, z-score = -0.49, R) >droGri2.scaffold_14906 12809979 99 - 14172833 --------AGUGUGCGUAAUUAUGCG-UUCGCUGUCGUAAAACUAAACUUUAUGGCAGUCGGA-----GAUAGUCAUGAUUGCUUCCCCCCACCACC-CGCAUCAACUGUCAUU- --------.....((((....)))).-((((((((((((((.......)))))))))).))))-----((((((..((((.((..............-.))))))))))))...- ( -25.76, z-score = -2.21, R) >consensus ________AGAGUGCGUAAUUAUGCG_UUGGCAGUCGUAAAACUAAACUUUAUGGCUGUCGUCUG___CUCUGCCAUUGCUGGUGCAGUUUAUAACUGAUCU__GAGUUCAGGG_ ..............................(((((((((((.......)))))))))))........................................................ (-10.47 = -10.47 + -0.01)
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