| Sequence ID | dm3.chr3R |
|---|---|
| Location | 12,548,448 – 12,548,545 |
| Length | 97 |
| Max. P | 0.541872 |
| Location | 12,548,448 – 12,548,545 |
|---|---|
| Length | 97 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 115 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 85.63 |
| Shannon entropy | 0.27135 |
| G+C content | 0.35582 |
| Mean single sequence MFE | -26.79 |
| Consensus MFE | -14.83 |
| Energy contribution | -14.22 |
| Covariance contribution | -0.61 |
| Combinations/Pair | 1.17 |
| Mean z-score | -2.25 |
| Structure conservation index | 0.55 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.10 |
| SVM RNA-class probability | 0.541872 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3R 12548448 97 - 27905053 ------------CGUCGGCCGGCACCCCUGUAAUAAAUUCAUAUUCAAAUUGUUAAUUGAAUAUUAUUUGUUAAAUUUGCAAGCAUUAAAUGUAAAUGUCAG--CGGCGGA---- ------------..((.(((((((......((((((((..((((((((........)))))))).))))))))....)))..(((((.......)))))...--)))).))---- ( -22.80, z-score = -1.50, R) >droSim1.chr3R 18595817 97 + 27517382 ------------CGUCGGCCGGCACCCCUGUAAUAAAUUCAUAUUCAAAUUGUUAAUUGAAUAUUAUUUGUUAAAUUUGCAAGCAUUAAAUGUAAAUGUCAG--UGGCGGA---- ------------......(((.(((.....((((((((..((((((((........)))))))).)))))))).(((((((.........)))))))....)--)).))).---- ( -22.00, z-score = -1.42, R) >droSec1.super_12 524313 97 + 2123299 ------------CGUCGGCCGGCACCCCUGUAAUAAAUUCAUAUUCAAAUUGUUAAUUGAAUAUUAUUUGUUAAAUUUGCAAGCAUUAAAUGUAAAUGUCAG--CGGCGGA---- ------------..((.(((((((......((((((((..((((((((........)))))))).))))))))....)))..(((((.......)))))...--)))).))---- ( -22.80, z-score = -1.50, R) >droYak2.chr3R 16991024 97 + 28832112 ------------CGUCGGCCGGCACCCCUGUAAUAAAUUCAUAUUCAAAUUGUUAAUUGAAUAUUAUUUGUUAAAUUUGCAAGCAUUAAAUGUAAAUGUCGG--CGGCGGA---- ------------(((((.(((((.......((((((((..((((((((........)))))))).)))))))).(((((((.........))))))))))))--)))))..---- ( -28.70, z-score = -3.03, R) >droEre2.scaffold_4770 8664020 97 + 17746568 ------------CGUCGGCCGGCACCCCUGUAAUAAAUUCAUAUUCAAAUUGUUAAUUGAAUAUUAUUUGUUAAAUUUGCAAGCAUUAAAUGUAAAUGUCAG--UGGCGGA---- ------------......(((.(((.....((((((((..((((((((........)))))))).)))))))).(((((((.........)))))))....)--)).))).---- ( -22.00, z-score = -1.42, R) >droAna3.scaffold_13340 16360531 109 + 23697760 CGUCGGUCGGUCGGCCGGCCGGCUCCCCUGUAAUAAAUUCAUAUUCAAAUUGUUAAUUGAAUAUUAUUUGUUAAAUUUGCAAGCAUUAAAUGUAAAUGUCAG--CGGCGGA---- .(((((((((....)))))))))(((((..((((((((..((((((((........)))))))).)))))))).....((..(((((.......)))))..)--))).)))---- ( -36.50, z-score = -3.87, R) >dp4.chr2 17533110 106 - 30794189 CGUCGGACG--CCGUCGGCUGGCA-CCCUGUAAUAAAUUCGUAUUCAAAUUGUUAAUUGAAUAUUAUUUGUUAAAUUUGCAAGCAUUAAAUGUAAAUGUCAG--UGGCGGA---- .........--((((((.(((((.-.....((((((((..((((((((........)))))))).)))))))).(((((((.........))))))))))))--)))))).---- ( -28.90, z-score = -2.11, R) >droPer1.super_0 11382169 106 - 11822988 CGUCGGACG--CCGUCGGCUGGCA-CCCUGUAAUAAAUUCGUAUUCAAAUUGUUAAUUGAAUAUUAUUUGUUAAAUUUGCAAGCAUUAAAUGUAAAUGUCAG--UGGCGGA---- .........--((((((.(((((.-.....((((((((..((((((((........)))))))).)))))))).(((((((.........))))))))))))--)))))).---- ( -28.90, z-score = -2.11, R) >droWil1.scaffold_181130 11594246 100 + 16660200 -----GACG--CCGUCGGCUUGC--CCCUGUAAUAAAUUCAUAUUCAAAUUGUUAAUUGAAUAUUAUUUGUUAAAUUUGCAAGCAUUAAAUGUAAAUGUCAG--GACGGGA---- -----....--(((((.((((((--.....((((((((..((((((((........)))))))).)))))))).....))))))......((.......)).--)))))..---- ( -27.50, z-score = -3.08, R) >droVir3.scaffold_13047 13516188 103 + 19223366 -----------CGUUCGGACUGGC-CCCUGUAAUAAAUUCAUAUUCAAAUUGUUAAUUGAAUAUUAUUUGUUAAAUUUGCAAGCAUUAAAUGUAAAUGUCGAGUGACUGGGCAAA -----------.((((((((((((-.....((((((((..((((((((........)))))))).)))))))).(((((((.........)))))))))).)))..))))))... ( -21.70, z-score = -1.34, R) >droMoj3.scaffold_6540 18042988 103 + 34148556 -----------CGGCCGGACUGGC-CCCUGUAAUAAAUUCAUAUUCAAAUUGUUAAUUGAAUAUUAUUUGUUAAAUUUGCAAGCAUUAAAUGUAAAUGUCGGCUGGCUGGGCAAA -----------(((((((.(((((-.....((((((((..((((((((........)))))))).)))))))).(((((((.........)))))))))))))))))))...... ( -30.50, z-score = -2.83, R) >droGri2.scaffold_14906 3102803 103 + 14172833 -----------CGUUCGGCGUGGC-CCCUGUAAUAAAUUAAUAUUCAAAUUGUUAAUUGAAUAUUAUUUGUUAAAUUUGCAAGCAUUAAAUGUAAACGUCGGCUGGCUGGGCAAA -----------.(((((((.((((-(....((((((((.(((((((((........)))))))))))))))))..((((((.........))))))....))))))))))))... ( -29.20, z-score = -2.81, R) >consensus ___________CCGUCGGCCGGCA_CCCUGUAAUAAAUUCAUAUUCAAAUUGUUAAUUGAAUAUUAUUUGUUAAAUUUGCAAGCAUUAAAUGUAAAUGUCAG__CGGCGGA____ ...................(.((....(((((((((((..((((((((........)))))))).)))))))).(((((((.........)))))))..)))....)).)..... (-14.83 = -14.22 + -0.61)
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